Data-analyse & Databanken

Question 1

PubMed

Answer 1

Databanken > literatuur > soms betalend

Question 2

Web of Science

Answer 2

Databanken > literatuur > soms betalend, vereist login

Question 3

Sci-Hub

Answer 3

Databanken > literatuur > volledig gratis (90 miljoen artikels)

Question 4

Google Scholar

Answer 4

Databanken > literatuur > soms betalend, sneller geüpdatet dan PubMed

Question 5

BioRxiv & medRxiv

Answer 5

Databanken > literatuur > preprint servers > geen peer review (!)

Question 6

Zenodo

Answer 6

Databanken > literatuur > preprint servers > geen peer review (!)

Question 7

JoVE

Answer 7

Journal of Visualized Experiments

Databanken > literatuur > soms betalend, video’s van methoden

Question 8

The Lens

Answer 8

Databanken > literatuur > patent/octrooi > juridisch document met technische uitleg over uitvinding

Question 9

GEO

Answer 9

Gene Expression Omnibus

Databanken > data repositoria > datasets van RNA-expressie

Question 10

PRIDE

Answer 10

PRoteomics IDEntification database

Databanken > data repositoria > datasets van proteomics via MS

Question 11

PDB

Answer 11

Protein Data Base

Databanken > data repositoria > 3D-structuur van eiwitten

Question 12

Ensembl & UCSC

Answer 12

Databanken > dataplatformen > DNA > genome browsers > Europees en Amerikaans, resp.

Question 13

GeneCards

Answer 13

Databanken > dataplatformen > DNA > uitleg bij gennamen

Question 14

OMIM

Answer 14

Online Mendelian Inheritance in Man

Databanken > dataplatformen > DNA > ziektegenen > info over erfelijke mutaties

Question 15

COSMIC & TCGA

Answer 15

Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer & The Cancer Genome Atlas

Databanken > dataplatformen > DNA > ziektegenen > somatisch verworven mutaties (kanker)

Question 16

Human Protein Atlas

Answer 16

Databanken > dataplatformen > eiwitten > eiwitexpressie in weefsels en cellen, beschikbare Ab’s voor POI’s

Question 17

UniProt

Answer 17

Databanken > dataplatformen > eiwitten > GeneCards voor eiwitten

Question 18

MGI

Answer 18

Mouse Genome Informatics

Databanken > dataplatformen > diermodellen > info over genen en ziektemodellen van M. musculus

Question 19

FlyBase

Answer 19

Databanken > dataplatformen > diermodellen > info over genen en ziektemodellen van D. melanogaster

Question 20

WormBase

Answer 20

Databanken > dataplatformen > diermodellen > info over genen van C. elegans

Question 21

ZFIN

Answer 21

ZebraFish Information Network

Databanken > dataplatformen > diermodellen > info over genen van D. rerio

Question 22

DEPMAP

Answer 22

Cancer DEPendency MAP

Databanken > dataplatformen > essentiële genen in kankercellen > gevoeligheid van kankercel aan specifieke KO’s of geneesmiddelen (genetische en farmacologische afhankelijkheid)

Question 23

Panther

Answer 23

Data-analyse > annotatie genlijsten > GO > genlijstje geven en 3 componenten terugkrijgen

Question 24

ShinyGO

Answer 24

Data-analyse > annotatie genlijsten > aanrijkingsanalyse > genlijstje geven; welke componenten zijn aangerijkt?

Question 25

GSEA

Answer 25

Gene Set Enrichment Analysis Data-analyse > annotatie genlijsten > GSEA > genlijstje geven en kijken of dit aangerijkt is in bepaalde PW

Question 26

STRING

Answer 26

Data-analyse > interactienetwerken > interactie tussen eiwitten

Question 27

KEGG & REACTOME

Answer 27

Data-analyse > interactienetwerken > eiwitten in PW’s en cellulaire processen

Question 28

ARACNE

Answer 28

Data-analyse > interactienetwerken > softwarepakket; interactie tussen genen (vaak co-expressie)

Question 29

Alphafold Alphafold 2 complex AlphaMissense

Answer 29

Data-analyse > structuuranalyse biomoleculen > AI voorspelt, resp. 3D-structuur proteïnen Eiwit-eiwitinteracties Welke mutaties ziekte veroorzaken

Question 30

PyMOL

Answer 30

Data-analyse > structuuranalyse biomoleculen > visualisatie biomoleculen voor molecular docking