Dem på quizlet som en tidligere årgang har lavet Flashcards Preview

Proteinkemi og enzymologi I > Dem på quizlet som en tidligere årgang har lavet > Flashcards

Flashcards in Dem på quizlet som en tidligere årgang har lavet Deck (48):
1

Hvad er pKr for His?

6.00

2

Hvad er pKr for Asp?

3.65

3

Hvad er pKr for Glu?

4.25

4

Hvad er pKr for Tyr?

10.07

5

Hvad er pKr for Lys?

10.53

6

Hvad er pKr for Arg?

12.48

7

Hvad er pKr for Cys?

8.18

8

Hvad er Lambert-Beers lov?

log(I0/I) = A = ε*c*l
hvor ε er ekstriktionskoefficienten, l er tykkelsen af cuvetten og c er koncentrationen.

9

Ved hvilken bølgelængde absorberer Phe UV-lys?

253 nm

10

Ved hvilken bølgelængde absorberer Trp UV-lys?

281 nm (dette er desuden den stærkeste UV-absorberende aminosyre)

11

Ved hvilken bølgelængde absorberer Tyr UV-lys?

275 nm (dog 293 nm ved høj pH)

12

Hvilke aminosyrer er gode nukleofiler?

Cystein og histidin.

13

Hvordan kan svovlbroer brydes?

Enten ved oxidation til sulfonsyre eller ved reduktion under brug af DTT (stærk reduktant).

14

Hvilke aminosyrer indgår typisk i alfa-helix?

Ala, Leu, Lys og Glu.
Prolins rolle kan diskuteres. Pro indgår aldrig i beta-sheets pga. sine begrænsede phi- og psi-vinkler, og derfor kan den favoriserer alfa-helix. I transmembrane segmenter kan det desuden være en fordel, fordi den efterlader en uparret carbonyl-gruppe, som kan interagerer med et vandigt miljø. Desuden giver den et karakteristisk knæk, som kan give anledning til cis-konformationer i backbone.

15

Hvilke aminosyrer indgår typisk i beta-sheets?

Aminosyrer der er forgrenede på beta-carbon, dvs. Thr, Ile og Val.

16

Hvor lang er én rotation i en alfa-helix?

1.5 Å.

17

Forklar hvordan alfa-helix kan stabiliseres.

Hydrofobe dele kan begraves i helicens indre - herunder også Van der Waals interaktioner.
Interaktioner med helix som en dipol, herunder capping.
Hovedkædeinteraktioner i form af hydrogenbindinger.
Solvatisering - man ønsker ikke at lade de yderste aminogrupper og carboxylsyregrupper skærme af hydrofobicitet.

18

Forklar hvorden et CD spektrum kan bruges.

Et CD spektrum måler absorptionen i kromoforer ved belysning med UV-lys. I dette intervl er det peptidbindingerne, der absorberer lys. Disse er definerende gennem deres vinkler (jævnfør Ramachandran plot) for sekundærstrukturen i et protein, hvorfor man kan opnå information om denne.

19

Hvor absorberer alfa-helix UV-lys i et CD spektrum?

- bånd ved 208 nm
+ bånd ved 192 nm

20

Hvor absorberer beta-sheet UV-lys i et CD spektrum?

- bånd ved 216 nm
+ bånd ved 195 nm

21

Hvor absorberer random coil UV-lys i et CD spektrum?

- bånd ved 200 nm
+ bånd ved 212 nm

22

Hvad plottes i et CD spektrum?

Δε mod bølgelængden i nm.
ε er definerer som absorptionen over koncentrationen og altså dermed hældningen på klassisk afbildning af Lambert-Beers lov.

23

Hvad er paraloger?

Varianter af det samme protein, opstået på grund af genduplikation.

24

Hvad er ortologer?

Den samme variant af et protein i forskellige arter.

25

Hvorfor er antiparallele beta-sheets mere stabile end parallelle?

Strukturen er holdt sammen af hydrogenbindinger. Hydrogenbindinger er stærkt afhængige af bindingsvinklen, og den er vinkelret i antiparallelle sheets, mens den i parallelle har en vinkel - hvilket giver mindre stabilitet.

26

Hvad er et beta-turn?

Et 180° "sving" i peptidkæden, som indeholder Pro eller Gly - Pro giver knækket + cis konformation, mens Gly er lille og har derfor ikke sterisk hindring.
Et turn består af 4 aminosyrerester, hvor rest-1 og rest-4 hydrogenbinder.

27

Hvor lang er 1 aminosyrerest i en alfa-helix?

1.5 Å

28

Hvor lang er 1 aminosyrerest i et beta-sheet?

3.25 Å

29

Definér et domæne.

En kompakt, semi-uafhængig del af en subunit. Et domæne kan beskrives ved dets fold (omkring 100 aminosyrer, da en hydrofob kerne kræver en vis længde)

30

Definér et motiv (supersekundær struktur)

Et genkendeligt foldningsmønster bestående af flere sekundærestrukturer. Eksisterer sjældent alene (et motiv kan blive så stort, at det bliver et fold). Motiver er typisk ikke større end 3 sekundærstrukturer.

31

Giv et par eksempler på motiver.

Greek key, beta-alfa-beta loop, beta-hairpin osv.

32

Definér et modul

Modulære proteiner består af en gentagende sekvens af en eller få domæner inden for samme polypeptidkæde. Alle moduler er domæner, men ikke alle domæner er moduler. Modulerne har ikke nødvendigvis samme sekvens, fordi fold ikke afhænger af aminosyresekvens.
Hvorfor sker det? Genduplikation. Divergens, så de ikke er ens. Det er smart, fordi det har større kapacitet.

33

Definér et fold.

Refererer til en genkendelig rumlig struktur og arrangement af flere sekundærstrukturer. Dette kan være en supersekundærstruktur, men ikke alle fold i et protein tilhører en bestemt supersekundærstruktur.

34

Giv et par eksempler på fold.

4-helix bundle, beta-barrel.

35

Definér tertiær struktur.

Den overordnede tredimensionelle ordning af et enkelt, men helt, polypeptid. Kan bestå af flere fold og flere domæner, samt mange motiver.

36

Definér kvaternær struktur.

Den struktur, som to eller flere polypeptidkæder (subunits) indgår i for at danne et nativt protein.

37

Definér et loop.

Et udefinebart område, som ikke antager regulære sekundærstrukturer, men forbinder dem.

38

Angiv interne vekselvirkninger i et protein, og hvordan de aftaler med r.

- Polære rester aftaler med 1/r^2.
- Hydrogenbinding (

39

Hvad er nuclear overhauser effect (NOE), og hvad kan det bruges til?

NOE afslører H indbyrdes placering. Ethvert cross peak svarer til hydrogenatomer

40

Hvordan vurderes akkurathed og præcision i NMR?

Præcision: rmsd. Kig på de ca. 20 aminosyresekvenser, som man har fået fra NMR og sammenlign, hvor meget de ligner hinanden. (den skal gerne være lav).

Upræcis betyder ikke dårlig struktur, fordi proteinerne ikke nødvendigvis er statiske - de bevægelige dele kan meget vel være essentielle for proteinet. Størrelsen på et atom er ca. 1 Å, så hvis rmsd er lavere end det, så er det godt.

Akkurathed: Overensstemmelse mellem model og eksperimentelle data → overtrædelser af restraints (afstandsbegrænsninger, vinkelbegrænsninger). En akkurat struktur må have 0 overtrældelser >0,5 Å.

41

Hvordan bruges røntgen krystallografi?

Røntgenstråler genererer et diffraktionsmønster, som angiver elektrontætheden. Det er elektronernes afbøjning af røntgenstråler. Der gives amplitude og bølgelængde ud fra diffraktionsmønstret. Man kender IKKE fasen, som man skal bruge til de matematiske beregninger i FT.

42

Forklar faseproblemet.

Fasen er røntgenstråling idet den rammer, fordi den kun rammer ét punkt på bølgen. Faser er atomare koordinater. Fasen skal kendes for at kunne udføre Fourier transformationer.

43

Beskriv forfining/refinement (ifm røntgen)

Det er computermanipulationer, som tilpasser sin peptidkæde til elektrontætheden, hvori man sikrer phi og psi vinkler. Der kan ikke ligge atomer uden elektrontæthed.

44

Benævn og forklar akkurathed og præcision inden for røntgen.

R-faktor: Et mål for konsensus mellem krystallografi-modellen og de eksperimentelle røntgen diffraktionsdata. Det er et mål for, hvor godt den forfinede struktur forudsiger det observerede data. Dette er accuracy. R er bedst omkring 0, men den ligger tit på 20 % (0,2).

B-faktor: tager højde for temperaturen, idet atomer vibrerer, og derfor kan man ikke vide sig sikker på, hvor de er. Det er altså variationen i position OGSÅ inden for et krystal, selvom den optages ved meget lave temperaturer. Dette er præcision. Den skal være så lille som mulig, men den er tit 20 Å^2. Ikke så gerne over 40 Å^2. Upræcis betyder ikke dårlig, fordi proteinerne ikke nødvendigvis er statiske.

45

Forklar quantum yield.

Forholdet mellem antallet af fotoner udsendt i forhold til hvor mange fotoner, der optages. Det er ikke alt absorption, der kommer ud som emission.

46

Forklar quenching.

Den forskydning af det emitterede lys' bølgelængde (i fluorescens), som skyldes ændringer i det omgivne miljø. Eksempelvis vil man i hydrofilt miljø observere, at de exciterede molekyler indgår i dipol-dipol vekselvirkninger med vandet, hvorfor man vil se en rødforskydning.

47

Hvad betyder det, at K_I er stor?

Eftersom AppKm = =α*Km og α=1+[I]/K_I, så fremkommer det, at en stor K_I medfører lille α, og dermed binder hæmmeren dårligt til enzymet.

48

Hvordan sænker enzymer aktiveringsenergien?

Ved at stabilisere transition state.