week 2, HC.6 - Next Generation Sequencing

Question 1

hoeveel waterstof bruggen zitter er tussen de adenine en de tyosine

en tussen guanine en cytosine

Answer 1

A-T –> 2 H-bruggen
G-C –> 3 H-bruggen

Question 2

hoe verloopt de PCR reactie

Answer 2

1. stuk DNA
2. word door verhitting gesplitst
3. primers die specifiek zijn voor dit stukje binen
4. door de polymerase word dat stukje gekopieerd
5. bij 30 keer deze reactie heb je 1 miljard kopieën

Question 3

waarvoor worden DNA-sequencing gebruikt bij de oncologie

Answer 3

• differentiaal diagnostiek –> wel of geen kanker + soort
• therapiekeuze –> doelgerichte therapie op een bepaalde mutatie
• clonaliteitsanalyse –> of het een uitzaaiing of een andere tumor is
• oncogenetica –> erfelijke tumorsyndromen
• weefselidentificatie

Question 4

wat is de variant allel freaquentie (VAF)

Answer 4

aantal malen dat een variant op een specifiek epositie gevonden is ten opzichte van referentie