Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Isolement Et Culture Des Mo COPY > Chapitre 9 - Caractérisation des environnements complexes COPY > Flashcards

Chapitre 9 - Caractérisation des environnements complexes COPY Flashcards

1
Q

À quoi peut servir la quantification d’un microorganismes particulier?

A

Connaître si les environnements respectent les normes établie.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Deux techniques pour la quantification d’un microorganismes par culture existent, lesquels?

A

Milieux sélectifs

Étalement de volume de dilution connues

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Comment ce nomme la technique dérivé du PCR qui permet de quantifier un microorganisme précis?

A

Le PCR en temps réel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Sur quoi est basée le PCR en temps réel?

A

Sur la détection et la quantification EN CONTINU d’un marqueur fluorescent.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Qu’est-ce qui permet de quantifier les marqueurs fluorescents?

A

L’augmentation du signal fluorescent est directement proportionnel à la quantité d’amplicons généré durant le PCR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Quelles sont les deux approches pour le PCR en temps réel?

A

L’intercalation d’un colorant fluorescent dans l’ADN double brin
L’utilisation de sonde nucléotidiques marquées

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Grâce à quelle propriété des colorants l’intercalation des colorants?

A

La capacité des colorants à s’intercaler dans n’importe quel ADN double-brin généré lors de l’amplification.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Quel sont les colorants les plus utilisés lors de la PCR en temps réel?

A

SYBR Green I, SYBR Gold I, YoYo-1

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Sur quoi est basée l’utilisation d’une sonde nucléotidique fluorescente linéaire?

A

Sur une sonde fluorescente complémentaire à un gène amplifié.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Qu’est-ce qui augmente la spécificité de la PCR?

A

La spécificité de la sonde à une séquence interne aux amorces utilisées.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Comment est suivie l’amplification en temps réel?

A

Par la reconnaissance d’une séquence-cible qui augmente en quantité en même temps que l’ADN cible est amplifié.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Comment la fluorescence est libéré dans les sondes nucléotidique?

A

La TAQ polymérase hydrolyse la sonde et libère de fluorophore de la molécule.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Comment ce différencient les sondes moléculaire des phares moléculaires?

A

Les sondes moléculaires on une structure en épingle à cheveux

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Quelles sont les molécules aux extrémités de la molécule ?

A

Un fluorophore et un absorbeur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Qu’arrive t’il à la sonde linéaire lorsque la température est augmenté pour dissocier l’ADN?

A

La sonde est linéarisée, mais la distance entre le fluorosphore et l’absorbeur n’est pas assez grand pour permettre un fluorescence optimale.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

À quel moment la sonde est relâcher et d’hybride avec l’ADN cible?

A

Lorsque la température redescend

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Une fois la sonde hybridé quel phénomène permet d’assurer une fluorescence optimal?

A

La distance entre le fluorosphore et l’absorber

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Vrai ou faux, la sonde linéaire une fois hybridé reste constamment attaché à l’ADN?

A

Faux, dès que la température remonte, la sonde est relâchée.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Quels sont les étapes nécessaire pour faire une quantification des mo totaux dans un environnement par culture?

A
  1. Échantillon
  2. Dissociation des mo
  3. Dilution
  4. Milieux de cultures qui permettent d’obtenir un maximum de mo.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Mise en contexte: Suite à la culture en milieu solide de 5 Pétri nous obtenons un Pétri à 100 colonies, un a 150, un a 300, un a 320, un a 345 et un à 50. Si nous voulons quantifier les bactéries totales, quel serait notre conclusion?

A

Il y a au moins 345 bactéries différentes dans l’environnement

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Pour quantifier les mo totaux d’un environnement avec les méthodes moléculaires, de quoi avons nous besoin?

A

Amorce ou sonde universelles

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Quel gène est souvent la cible des analyse moléculaire pour quantifier des mo totaux?

A

Gène codant pour 16S

23
Q

Quel agent nous permet d’évaluer la viabilité des mo par PCR?

A

Le colorant PMA

24
Q

Que devons nous faire pour évaluer la viabilité des mo pa PCR?

A

Il faut faire DEUX réactions qPCR:

  1. Échantillon traité avec PMA
  2. Échantillon NON-traité
25
Q

Quels sont les autres méthodes disponibles pour quantifier des mo totaux?

A
  • Microscopie à fluorescence
  • Cytométrie en flux
  • Mesure d’ATP
26
Q

Quels sont les conditions à respecter pour étudier la biodiversité par méthode de culture?

A

Il faut absolument utilisé le plus de méthode de culture possible (milieux varié, condition différentes).

27
Q

Comment pouvons nous nous y prendre pour étudier la biodiversité avec les méthodes moléculaire?

A
  • Séquençage des gènes de l’ARNr 16S (la plus utilisé aujourd’hui)
  • Méthode clonage-séquençage
28
Q

De quoi avons nous absolument besoin pour faire l’analyse de la biodiversité avec le gène de l’ARNr 16S?

A

Amorces universelle

29
Q

Comment fonctionne la méthode de clonage-séquençage?

A

L’ADN est extrait et on amplifie une séquence du gène codant pour l’ARN 16S.
Les amplifions obtenus sont placés dans des plasmides qui sont multiplié par réplication de la cellule bactérienne
Les colonies obtenues peuvent par la suite être analysé

30
Q

Comment fonctionne l’approche DGGE?

A

Une fois les séquences du gènes codant pour l’ARN16S amplifier, des pinces GC sont ajoutés au mélange.

Les fragments les plus riches en GC ne seront pas dénaturé et migreront plus loins sur le gel.

31
Q

Quels sont les étapes que partage le séquençage nouvel génération est les méthodes DGGE et clonage/séquençage?

A

Extraction de l’ADN et amplification du gène ARNr16S.

32
Q

Quels sont les avantages du séquençage nouvel génération pour l’étude de la biodiversité?

A

Permet de séquencer plus de copies de gènes 16S

Analyse de biodiversité plus complète.

33
Q

Quelles sont les 3 améliorations majeure du séquençage nouvelle génération?

A
  1. Ces méthodes s’appuient sur la généation de librairies de fragments d’ADN générées dans des systèmes acellulaire plutôt que par clonage.
  2. Millier voir millions de réactions de séquences produites en parallèle
  3. Lecture des résultats in situ, sans électrophorèse
34
Q

Il existe 2 approches de la métagénomiques, lesquels?

A
  • Recherche de fonction particulières par séquençage haut débit (pure)
  • Recherche de séquences similaires à des gènes connus en comparant aux bases de données par étude de l’expression de molécule in vitro (fonctionnelle)
35
Q

Les approches métagénomiques permettent de contourner quoi?

A

L’obligation de cultiver le ou les mo pour les caractériser.

36
Q

Quelles sont les étapes pour faire de métagénomique pure?

A

Extraction de l’ADN
Fragmentation de l’ADN
Séquençage nouvelle génération
Analyse des données

37
Q

Quel est le moyen utilisé pour enrichir une certaine population dans la métagénomique pure?

A

Séparation physique

38
Q

Quel type de métagénomique n’utilise pas le séquençage?

A

La métagénomique fonctionnelle

39
Q

Comment fonctionne la métagénomique fonctionnelle?

A

De l’ADN d’un environnement est isolé, des fragment de cet ADN sont insérés dans des vecteurs d’expression ce qui permet de rechercher une fonction désirée.

40
Q

Quels sont les étapes générales a suivre pour effectuer de la métagénomique fonctionnelle?

A
  1. Isolé l’ADN d’un environnement donné
  2. Digéré l’ADN en plusieurs petits fragments
  3. Inséré ces fragments dans des plasmides
  4. Transformation des segments de plasmide dans la bactérie hôte
  5. Obtention d’une multitude de clone représentant l’ensemble de génome bactérien de l’environnement utilisé
41
Q

Comment sont détectés les nouvelles fonctionnalités par la méthode de métagénomique fonctionnelle?

A

Détection phénotypique de l’activité recherchée
Complémentation hétérologue de souches hôtes ou de mutants
Expression induite de gènes

42
Q

Quels sont les limitations de la détection phénotypique de l’activité recherchée?

A

La plupart des gènes ne seront pas exprimés dans les bactéries utilisé comme hôtes de clonage
La recherche de clone présentant une activité détectable représente une énorme somme de travail

43
Q

Sur quoi est basée la complémentation hétérologue de souches hôtes ou de mutant?

A

Sur le fait qu’un hôte, receveur de la séquence envionnementale, est défectueux pour un gène et que le gène recherché permettra de complémenter la fonction manquante chez l’hôte.

44
Q

Qu’est-ce qui rend la deuxième approche de la métagénomique fonctionnelle plus facile à réaliser?

A

Peu de clone pourront pousser dans ces conditions hautement sélective, ce qui réduit donc la charge de travail.

45
Q

Sur quoi repose la technique de l’expression induite de gènes?

A

Sur le fait que l’expression des gènes du catabolisme est souvent induite par des substrat spécifiques et est souvent contrôler par des éléments régulateurs situés près de ces gènes.

46
Q

Comment fonctionne la méthode de l’expression induite de gènes?

A

Le clonage des gènes du métagénomique en amont du gène de la GFP rendant l’expression de ce gène dépendant des promoteur présent dans l’insertion. Par la suite les clones qui produisent GFP sont isolés par cytofluoromètre.

47
Q

Quel est la différence entre la métagénomique et la métatranscriptonique?

A

Métagénomique : portrait du potentiel génétique

Métatranscriptonique: portrait de l’activité bactérienne

48
Q

Quelle molécule est ciblée par la métatranscriptonique qui est indicatrice de l’expression génétique?

A

ARNm

49
Q

Quel est l’étape essentielle à réaliser pou pouvou étudier les ARNm?

A

Les traduire en ADNc, car les ARNm sont trop instable.

50
Q

Quel est le principe de base des puces à ADN?

A

La capacité des séquences complémentaire d’ADN de se reconnaître et de ce lier l’une à l’autre.

51
Q

Quels sont les étapes utilisées avec les puces à ADN?

A
  • Extraction et purification des ARNm
  • Transformation des ARNm en ADNc et coloration par marquage fluorescent
  • Mise en contact de l’ADNc et du support solide contenant des milliers de séquences connues de gènes dont on veut étudier l’expression
52
Q

Que permet la technique de puce à ADN?

A

Elle permet de déduire facilement la nature des gènes exprimés dans l’échantillon de l’environnement complexe au moment de la prise de l’échantillon

53
Q

Il existe une autre technique de les puces à ADN pour l’étude de la métatranscriptonique, laquelle?

A

Le séquençage des ADNc

54
Q

Quel sont les biais associés aux approches moléculaires?

A
  • Amplification et séquençage d’ADN de cellules morte ou d’ADN libre
  • La représentativité de l’ADN extrait pas rapport au consortium naturel

Isolement Et Culture Des Mo COPY (9 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions