conception bon usage médicament 3 Flashcards
système conjugué ?
doublet π = de la double liaison CO conjugué au doublet d’électrons de l’ion = doublets d’électrons séparés par des doublets sigma
→ délocalisation des doublets d’électrons (charge négative délocalisée / se répartit entre les deux atomes
d’oxygène) = conjugaison
fonctions azotés NK2, capacité ?
NH sont des fonctions capables de capter un proton donc pKa plutôt basiques.
La capacité du doublet non liant sur l’atome d’azote (caractéristique) de pouvoir capter le proton est dépendante du fait que le doublet non liant soit disponible.
plus le pKa est élevé ?
Plus le pKa est élevé, plus le doublet non liant est accessible
Acide aspartique et Acide glutamique (ionisable à pH physiologique), pKa?
Les fonctions carboxyliques de l’acide aspartique et de l’acide glutamique ont des propriétés acides avec un pKa inférieur à 7.
Ces fonctions carboxyliques s’ionisent à pH physiologique en ion carboxylate.
La charge négative de l’ion carboxylate est délocalisée entre les 2 atomes d’oxygène en raison d’une conjugaison entre le doublet d’électrons de la charge et le doublet d’électrons de la double liaison C=O de la fonction carbonyle.
Cet ion carboxylate est capable de faire une liaison ionique avec une fonction complémentaire du ligand qui elle sera chargée positivement.
lysine, pKa ?
La fonction amine -NH2 de la lysine a des propriétés basiques avec un pKa supérieur à 7.
Cette fonction amine s’ionise à pH physiologique en ion ammonium.
La charge positive se trouve sur l’atome d’azote (N).
Cet ion ammonium est capable de faire une liaison ionique avec une fonction complémentaire du ligand qui elle sera changée négativement.
arginine ?
Les fonctions amines -NH- et -NH2 de l’arginine ont aussi des propriétés basiques avec un pKa supérieur à 7.
Ces fonctions amines s’ionisent à pH physiologique en ion iminium.
La charge positive se trouve sur un des atomes d’azote.
Elle est délocalisée entre 2 atomes d’azote en raison d’une conjugaison entre le doublet non liant de l’azote de la fonction amine primaire et le doublet d’électrons de la double liaison de la fonction imine -C=NH.
Cet ion iminium est capable de faire une liaison ionique avec une fonction complémentaire du ligand qui elle sera chargée négativement.
histidine ?
Les fonctions amines du cycle imidazole de l’histidine n’ont pas les mêmes propriétés basiques que celle de la lysine ou de l’arginine.
En effet, le pKa est inférieur à 7.
Le caractère aromatique du cycle d’imidazole de l’histidine diminue la capacité des atomes d’azote à s’ioniser.
Néanmoins, cette forme ionisée existe si dans l’environnement de la chaîne latérale de l’histidine les conditions chimiques permettent des échanges de protons avec d’autres acides aminés.
la charge de imidazole dans sa forme ionisée ?
Dans sa forme ionisée, la charge positive du cycle imidazole est délocalisée entre les 2 atomes d’azote.
L’atome d’azote chargé positivement du cycle imidazole est capable de faire une liaison ionique avec une fonction complémentaire du ligand qui elle sera chargée négativement
les doublets non liants dans une protéine ?
Les doublets non liants sont moins disponibles dans une protéine (environnement particulier)
possibilité d’échanges de protons → donc ionisation possible mais dans des conditions particulières
où peut arriver le ligand ?
Soit le ligand arrive du côté SYN ou du côté ANTI. Selon l’endroit où le ligand arrive la liaison n’aura pas la même forme
Acide aspartique (D) et Acide glutamique (E) ?
Pour la fonction carboxylate de l’acide aspartique et de l’acide glutamique, l’atome de carbone et les deux atomes oxygène sont dans le même plan, la charge négative étant délocalisée entre les deux atomes d’oxygène.
Un ligand possédant une fonction chimique chargée positivement pourrait donc faire une liaison ionique soit en arrivant du côté « SYN » soit du côté « ANTI ».
C’est le côté « SYN » qui est privilégié
(++), il donnera l’interaction la plus forte ou la plus favorable.
La complémentarité vient de cette notion de direction, mais ça ne veut pas dire que cela ne peut pas se faire du côté « anti »
arginine (R), stéréochimie de la liaison ?
Dans le cas de l’arginine les 4 atomes de la fonction guanidique sont dans le même plan.
La charge étant délocalisée entre les 2 atomes terminaux, l’azote enchâssé entre le carbone et le reste de la
chaîne latérale de l’acide aminé et dissymétrique.
Du côté « ANTI I », il est relié au reste de la chaine latérale.
Alors que du côté « ANTI II », la place est noir occupée par le doublet non liant de l’azote qui est moins encombrant que la chaîne latérale.
De par cette dissymétrie et de la plus ou moins grande gène stérique, ce sont les côtés « SYN » et « ANTI II », qui donneront les interactions les plus fortes ou les plus favorables avec une fonction chimique chargée négativement d’un ligand.
lysine (K) stéréochimie de la liaison ?
Si on regarde maintenant la fonction Amine de la lysine en projection de Newman décalée (si on regarde dans la direction de la liaison entre l’azote et le carbone qui le porte dans leur conformation la plus stable), il y a 3 directions possibles pour une charge négative d’un ligand de faire une interaction ionique avec l’amine de la lysine :
- La direction « TRANS »
- Les directions « gauche - »
- et « gauche + ».
Ces 3 directions sont équiprobables et aussi favorables les unes que les autres pour une interaction
À chaque fois qu’une interaction ionique se produira entre un ligand et sa cible ?
l’énergie mise en jeu sera comprise entre 100 et 200 kcal.mol-1 en fonction de la nature des fonctions chimiques mises en jeu et la direction de la liaison ionique.
Les fonctions chimiques des acides aminés capables de réaliser des liaisons hydrogène sont ?
- Les fonctions hydroxyle -OH de la sérine et de la thréonine
- La fonction thiol -SH de la cystéine
- La fonction thioether -S de la méthionine
- La fonction amide primaire -CONH2 de l’asparagine et la glutamine
