CRISPR-Cas

Question 1

herkomst + tekening

Answer 1

• virussen infect bacterien
• kleine fragmenten viraal genoom in eigen bacterieel genoom (spacers)
  p117

Question 2

CRISPR

Answer 2

= clustered regulary interspaced short palindromic repeats
= prokaryotisch DNA met regelmatige herhalingen met spacergebieden tss CRISPR locus

Question 3

Cas

Answer 3

CRISPR associated proteins
= coderen voor enzymen (DNA/RNA seq verknippen) obv herkenning spacers

Question 4

natuurlijke werking CRISPR-Cas tekening

Answer 4

p118

Question 5

rol cas

Answer 5

I: presentatie/integratie spacer in CRISPR locus
II: maturatie prematuur crRNA
III: binnenkomende invaderend viraal DNA/RNA verknippen tot inactief

Question 6

CRISPR-Cas9 type II tekening

Answer 6

p119

Question 7

PAM

Answer 7

• natuurlijke herkomst inf virus op plasmide
  > geen deel bac genoom of CRISPR locus
  > essentieel voor onderscheiden self & non-self origineel systeem
• nodig Cas9 te binden + knippen
• 5’NNG3’ > 5’T/CG3’

Question 8

CRISPR-Cas genome editing tekening

Answer 8

p119

Question 9

crRNA

Answer 9

bevat gRNA dat doelwit DNA seq in gastheer localiseert

Question 10

tracrRNA

Answer 10

bind crRNA > actief complex

Question 11

sgRNA

Answer 11

combinatie tracrRNA & crRNA(‘s)

Question 12

cas9

Answer 12

proteïne in actieve vorm DNA specifiek omvormen op specifieke herkenningsseq (versch. varianten)

Question 13

repair template

Answer 13

DNA dat eventueel cellulair herstellingsproces begeleidt, laat insertie specifieke DNA seq toe

Question 14

CRISPR-Cas plasmide

Answer 14

• promotor (CMV)
• tags
• NLS = nuclear localisation signals (aan Cas9)
• cas9 (naar nucleus > verknipping gDNA)
• combinatieconstruct (H1 promotor+sgRNA+polA sig. exp. sgRNA)
• pUC ori replicatie E.coli
• KanR resistentie in prokaryoten selectie
  p120

Question 15

tekening Cas9nuclease vs Ca9 nickase

Answer 15

p121

Question 16

Cas9 null mutant

Answer 16

• verb sgRNA door interactie tracrRNA
• geen knipactiviteit
• obv herkenning sgRNA met responselement als promotoractivatie of visualisatie responselementen

Question 17

toepassingen CRISPR-CAS

Answer 17

• genactivatie
• gene knock-out
• genrepressie
• genome wide screening
• in beeld genomische loci
• opzuivering DNA-EW mat anti-Cas9 AL seq nr beneden