Dna onderzoek

Question 1

Next Generation Sequencing (NGS)

Answer 1

Bepaalt basevolgorde in een stuk DNA.
1. Pak een DNA fragment (via PCR of fragmenteren en probe+beads toevoegen)
2. Adaptoren op DNA uiteinde
3. Flow cell, waardoor adaptoren binden aan de flow cell
4. DNA fragment bindt andere kant aan primer op flow cell
5. PCR
6. Clusterformatie
7. Sequencing (voeg fluorescente basen toe, maak foto, spoel weg, opnieuw)

Coverage/Deep: Hoe vaak je molecuul hebt gesequenced

Question 2

Fluorescentie in situ hybridisatie (FISH)

Answer 2

Chromosoomdelen worden aangekleurd dmv probe. Vervolgens kijk je onder microscoop waar deze chromosoomdelen zich bevinden.
Twee manieren:
1. Fusie probes (twee verschillende genen)
2. Break-apart probes (rond breekpunt)

Dit kan alleen bij targets.

Question 3

Bandering

Answer 3

Chromosomen banden aankleuren (genen)

Question 4

Spectrale karyotypering (SKY)

Answer 4

Elk chromosoom krijgt eigen kleur. Hierdoor zie je translocaties goed.

Question 5

Single Nucleotide Polymorfisme (SNP)

Answer 5

Techniek waarbij je kijkt hoeveel allelen je hebt van een gen.
Dit kan alleen bij ongebalanceerde mutaties.

Question 6

Microsatelliet analyse

Answer 6

Kijkt naar hoe vaak een microsatelliet herhaald wordt.

Question 7

Micro-array

Answer 7

Kijkt welke genen op het DNA actieve transcriptie hebben. Dit kan alleen op specifieke DNA fragmenten (je moet dus weten welk deel je wil onderzoeken). Geeft een gen expressie matrix.

Question 8

RT-qPCR

Answer 8

Reverse transcriptase-quantitatieve PCR.
Je pakt mRNA, daar doe je reverse transcriptase op. Dan heb je cDNA. Hierop doe je PCR.

Question 9

Massa spectrometrie

Answer 9

Manier om te zien welke eiwitten er aanwezig zijn in een cel.

1. Trypsine digestie
2. Maak elk fragment positief geladen
3. Massa spectrometrie
4. Vergelijk massa spectrogram met humaan genoom database.

Question 10

Immunoblot/Western blot

Answer 10

Grafiek waarin staat hoe zwaar/hoe groot het eiwit is en hoe vaak het tot expressie is gekomen

Question 11

siRNA

Answer 11

Short interfering RNA
Kleine stukken die als siRNA-RISC complex binden aan RNA, waardoor het RNA niet getransleerd kan worden en het eiwit niet tot expressie komt. Gemaakt in een lab, niet door het lichaam zelf.

Question 12

Ethynyl deoxy uridine (EdU)

Answer 12

Stof die tijdens S-fase wordt ingebouwd op de plek van thymidine

Question 13

Fluorescentie activated cell sorting (FACS)

Answer 13

Manier om te kijken hoeveel DNA een aantal cellen hebben.

i. Propridium iodide bindt aan DNA in een cel.
ii. Cel door lazer
iii. Mate van fluorescentie wordt gemeten

Question 14

Sanger DNA sequencing

Answer 14

Basevolgorde bepalen van een DNA streng. Oude manier.

i. Heel vaak 1 stuk enkelstrengs DNA
ii. Normale nucleotiden en fluorescentie nucleotiden
iii. Leg fragmenten op volgorde van grootte
iv. Lees laatste fluorescente stuk af, bepaal basevolgorde.

Question 15

Homogeen kleurend gebied

Answer 15

Stuk chromosoom dat bij FISH aankleurt. Dit komt door gen-amplificatie.