factoren die genexpressie beinvloede

Question 1

alle factoren

Answer 1

genkopijen
promtoractiviteit
mRNA stabiliteit
RBS/kozak-AUG
codongebruik
eiwitstabiliteit
PTM
waardcelfactore

Question 2

aantal genkopijen

Answer 2

hvh gen/expressievector voorkomt in gastheer
high copy number niet interessant (meer E nodig, tragere groei)

Question 3

promotoractiviteit

Answer 3

liefst gereguleerd actief
aangepast aan gastheerorganisme

Question 4

mRNA stabilieit

Answer 4

bepaald door:
seq AU rijke elementen in 3’UTR
cap/polyA
match mRNA tss organisme van GOI & gastheer
hoe stabieler, hoe meer translatie, hoe meer genexpressie

Question 5

RBS/kozak-AUG

Answer 5

= TF
> RBS = shine-dalgarno seq (pro)
- 16S
- tss AUG & SD, positie juist!
> kozak (euk)
- cap op 5’ mRNA scanning nr kozak (AUG)

Question 6

expressie euk in pro

Answer 6

juiste T&TF, promotor (aangepast aan gastheer)
GOI geen intronen (pro geen splicing)

Question 7

codongebruik

Answer 7

=/= codons zelfde AZ (codon bias)
> indien niet goed
- prematuur terminatie translatie
- vertraging translatie
> oplossing:
- aceepteer lage efficientie
- extra tRNA aan gastheer
- aanpassen E.coli genoom -> stabiele exp tRNA
- muteren codons insert DNA -> aangepast aan codon bias)

Question 8

eiwitstabiliteit

Answer 8

vervat in AZ seq (vervouwing)
opstapeling = dood hastheer
> oplossing
- EW secreteren -> extra signaalpeptide (AZseq staat ervoor in, soms niet mogelijk)
-> goed voor oogsten
-> niet voor onderzoek

Question 9

PTM

Answer 9

functionaliteit & stabiliteit EW
-> glycosylatie, fosforylatie, acetylatie, ubiqituinatie, sumoylatie