Mécanismes de régulation

Question 1

Vrai ou faux

Les promoteurs indépendants d’un activateur ont une forte affinité pour l’ARNpol.

Answer 1

Faux

faible affinité + leur séquence souvent éloignée du consensus -35/-10

Question 2

La protéine répresseur/activateur p4 d’un phage (B.subtilis) réprime un promoteur tellement fort que……

Answer 2

ARNpol ne peut le quitter

Question 3

Est-ce que tous les activateurs peuvent faire à toutes les étapes de l’initiation?

Answer 3

Oui

Question 4

Décrire les 4 modes action des activateurs avec ARNpol

Answer 4

• promoteur typique -35/-10
• attachement à élément Up
• CAP en amont promoteur peut contacter région ARNpol + stabilise
• prot s’attache de manière coopérative aux opérateurs (contacte σ70 et αCTD)

Question 5

Est-ce que les activateurs peuvent contacter ARNpol avant son attachement au promoteur ?

Answer 5

OUI

Question 6

Vrai ou faux

Activateurs ne peuvent pas altérer l’espace -35/-10.

Answer 6

Faux, ils peuvent le rendre optimal pour ARNpol

Question 7

Définir atténuation

+ exemple

Answer 7

ARNpol a quitté promoteur mais termine prématurément dans la région leader du transcrit

Survient seulement si le produit de l’éperon n’est pas requis

exemple: opéron trp E.Coli

Question 8

Dans atténuation, la terminaison de transcription est due à ?

Answer 8

à structure secondaire précédant une suite de Us dans ARN

Question 9

Prévenir formation structure secondaire dans l’atténuation : besoin antiterminateur.

Séquence ABC

Association BC induit ?
Association AB induit ?

Answer 9

BC : terminateur = gène OFF

AB : anti terminateur = gène ON

Question 10

Atténuation transcription chez E.Coli opéron trp

Structure 1:2 + 3:4 induit ?
rôles de 1:2 et 3:4 ?

Structure 2:3 induit ? rôle ?

Answer 10

1:2 = structure pause de transcription
3:4 = terminateur
==> structures terminent transcription

2:3 = anti terminateur
==> Structure permet transcription gène trp

Question 11

Comment est régulée l’atténuation de l’operon trp? E.coli

Answer 11

Niveau de ARNt Trp chargé en trp est élément clé.

Trop de ARNt Trp chargé (donc présence trp) = formation structure causant arrêt transcription = atténuation
(structure 1:2 et 3:4)

Si pas de ARNt Trp chargé (donc absence trp) = formation 2:3 = transcription a lieu

Quantité normale ARNt Trp = ribosome va jusqu’au codon stop = arrêt normal

Question 12

Vrai ou faux

L’atténuation de l’opéron trp est exactement similaire chez B.subtilis et E.coli

Answer 12

Faux

différence dans la détection des niveaux de tryptophane
E.coli : ribosome
B.subtilis : protéine TRAP

Question 13

Comment agit TRAP ?

Answer 13

TRAP forme une roue interagissant avec séquence triplet si lié par tryptophane

Présence trp, interaction ARN/TRAP prévient anti terminateur = atténuation

Absence trp, aucune interaction TRAP/ARN: formation anti terminateur

Question 14

TRAP est un activateur ou répresseur ? de quel opéron ?

Answer 14

Répresseur de l’opéron trp chez B.subtilis

tryptophane = co-répresseur

Question 15

Vrai ou faux

TRAP n’agit qu’au cours de la traduction.

Answer 15

FAUX

peut agir lors initiation traduction

Question 16

Comment TRAP peut inhiber l’initiation de la traduction ?

Answer 16

Interaction avec des triplets proches de RBS -> empêche attachement du ribosome au RBS

Question 17

Comment TRAP peut-elle être empêchée d’agir ?

Answer 17

Protéine anti-TRAP synthétisée selon niveau ARNt Trp chargé

Question 18

Définir riboswitch

Answer 18

élément ARN contrôlant l’expression des régions codantes en amont en détectant un signal régulateur directement

Question 19

Que signifie directement dans la définition d’un riboswitch ?

Answer 19

PAS besoin de traduction ou protéine régulatrice pour détecter un signal régulateur

Question 20

Vrai ou faux

Le riboswitch répond à des ligands.

Answer 20

Vrai

et aussi des métabolites

Question 21

Vrai ou faux

Si la majorité des ARNt d’un aa sont chargés, la transcription se termine moins souvent dans la région leader de ARN.

Answer 21

FAUX

si ARNt chargé = + souvent région leader

si ARNt non chargé = - souvent dans région leader

Question 22

Vrai ou faux

Le ribowitch ne détecte pas les ARNt chargés.

Answer 22

Faux

Question 23

Atténuation de la transcription par riboswitch. Décrire la situation si :
- Beaucoup de métabolite

• Niveau limitant de métabolite

Answer 23

- Bcp :
Présence anti anti terminateur A:B 
\+
terminateur C:D 
=> fin transcription 

• Peu
  Antiterminateur B:C
  => transcription continue

Question 24

Définir antiterminaison processive

Answer 24

ARNpol directement modifiée par protéines régulatrices

= augmente vélocité et processivité

Question 25

Vrai ou faux

La demi-vie des ARNms chez E.coli ont une demi-vie élevée

Answer 25

Faux

Question 26

Vrai ou faux

Pour dégradation ARNm,

Initiation par clivage par une exoribonucléase et des endoribonucléases terminent la dégradation complète.

Answer 26

FAUX

initiation par 1 endoribonucléase (coupure spé)

termine processus par DES exoribonucléases

Question 27

Vrai ou faux

La régulation de la traduction se fait le plus souvent au niveau de l’élongation.

Comment ?

Answer 27

faux

au niveau de l’initiation via formation structure secondaire dans ARN emprisonnant le TIR

Question 28

Interaction avec TIR par ?

Answer 28

TRAP, protéines ribosomales, ARNs

Question 29

Vrai ou faux

Les modifications post-transcriptionnelles sont irréversibles.

Answer 29

Faux

Question 30

comment appelle t-on?

La stabilité d’une protéine dépend de ses propriétés instrinsèques mais peut aussi être modifiée en réponse à stress environnemental.

Answer 30

Protéolyse régulée

fait intervenir des adaptateurs et anti-adaptateurs

Question 31

Comment est régulé σS par des adaptateurs et anti-adaptateurs ?

Answer 31

toujours synthétisé

absence stress : dégradation par ClpXP grâce adapteur Rss

Présence stress : Ira anti-adaptateur de Rss et l’inactive
accumulation de σS

Question 32

Que permet σS?

Answer 32

Expression gènes requis pour réponse général au stress