post-genomische analyse: proteomics

Question 1

translationele analyse

Answer 1

welke EW eefectief gemaakt

Question 2

proteomics

Answer 2

2D GEF + massa spectrometrie

Question 3

AL array

Answer 3

elke spot verzameling AL die peptide/EW bind

Question 4

2D GEF

Answer 4

1) scheiden pI & grootte
2) kleuren coomassie (welk EW welke spot??)
EW ID via blot met antibody stack

Question 5

massa spectrometrie

Answer 5

EW ID
!! staalvoorbereiding!!
> IEF, WB, 2D GEF, co-IP/WB, SILAC, MALDI-TOF, ESI, MS

Question 6

MALDI-TOF MS

Answer 6

matrix assisted laser desorption ionization time of flight MS
1) staalvoorbereiding (uitkn & herisoleren)
2) proteolyse (trypsine)
3) op matrix
4) MALDI-TOF
> laser op matrix > geïoniseerd EW los matrix > EW door elektrisch veld > tijd tot detector
5) detectie vluchttijd (massa/lading)

Question 7

ESI-MS

Answer 7

elektro spray ionization MS
1) HPLC
2) ESI-MS
> spray geladen druppels > solvent verdampen > EW geladen > versnelling elektrostatisch veld

Question 8

MS-MS

Answer 8

zonder kennis genoom
obv databanken gekende prot
1e = scheiding peptiden > collision induced fragementation
2e = grootte bepalen

Question 9

SILAC MS-MS + tekening

Answer 9

stable isotope labeling by amino acids in cell culture
- kwantitatief: alle exp EW in beeld
p91

Question 10

in kaart brengen:

Answer 10

genexpressie
PTM
prot-prot interactie
secretomics (nieus gesecr EW vs serum-eigen EW)

Question 11

doelen/methode MS

Answer 11

• identificatie spot/band of mengsel proteïnen
  > SDS-PAGE, IEF, 2G GEF > MS/MS
• identificatie PTM
  > IP (bead met AL, hoog zout)
• identificatie interactoom (prot-prot)
  > co-IP (bead met ALx, laag zout y/z ook mee elueren)
• paarsgewijze vergelijking (SILAC) mengsels de novo peptiden/EW & interacties