prot-prot interacties (PTM)

Question 1

two-hybrid screening tekening

Answer 1

p92

Question 2

two-hybrid testen voor:

Answer 2

interactie 2 EW (bait/prey)
interactie 1 bait met andere EW in vgl library preys

Question 3

bevestiging

Answer 3

in vivo
co-IP of ChIP

Question 4

phage display libraries tekening

Answer 4

p93

Question 5

voordeel phage display libraries

Answer 5

relatief artificiële situatie (extracellulaire interactie)
high throughput, vele EW tegelijk

Question 6

co-IP voordelen

Answer 6

natuurlijk
in vivo intracellulair

Question 7

co-IP

Answer 7

int X & Y: co-IP + WB
welke EW int X: co-IP + SDS-PAGE coomassie + MS/MS of SILAC-MS/MS
> laag zout

Question 8

controles

Answer 8

input controle > ladingscontrole (+)
igG > is binding specifiek? (-)

Question 9

oef int WB na co-IP met GR & HSP70 +/- dex

Answer 9

p94

Question 10

indien geen AL tegen EW van interesse

Answer 10

tags > opvouwingsprobleem

Question 11

in situ methoden

Answer 11

FRET/BRET
anti-body linked FRET

Question 12

FRET/BRET

Answer 12

EW gebonden met donor/acceptor
- dicht bij elkaar = fluorescentie/bioluminescentie
> intracellulaire int > transfectie > everexpressie > vindbaar
>overexpressie reduceren door minde DNA of zwakkere prom

Question 13

antibody-linked FRET + tekening

Answer 13

natuurlijker dan gwne > geen overexp of tags
problemen: te ver of epitoop weg door int EW
p95

Question 14

prot-prot int arrays

Answer 14

extracellulair/in vitro
spots met peptiden (onderdeel EW)
visualisatie streptavidine/HRP
artificieel & wijde screening (co-IP+MS/MS

Question 15

mogelijke arrays

Answer 15

int EW/EW prot, EW-kleine mol, EW-DNA, EW-enzymen (kinase array), AL, EW-kleine seq, EW-RNA, EW-liganden