מבנה וטופולוגיה של חומצות גרעין Flashcards
(22 cards)
מי מהנוקלאוטידים הוא פרימידין ומי פורין
אג פורין גדול בשלישי לפברואר
אדנין וגואנין הם פורינים עם שתי טבעות- עושים 3 קשרי מימן
ולכן טימין ציטוזין הם פרימידינים
מי זה כל אחד
אדנין- נין=אמין
גואנין- גם אמין וגם חמצן קרבונילי
ההבדל בין אורציל לתימין:
לזכור שבT יש מTיל (מתיל)
הנוקלאוטידים מצויים לרב בצורתם ה
אניונית/קטיונית
בPH
פזיולוגי?
אניונית
רק הבסיס החנקתי של אדנין נקרא?
הצורה עם הריבוז או הדאורסיריבוז נקראת?
הצורה האניונית עם הריבוז/דה אוסי נקראת?
רק הבסיס החנקתי=אדנין
עם ריבוז אדנוזין או דאוקסיאדנוזין
PH פזיולוגי ב
אדנילט 5 חד פוספט AMP
או
דאוקסיאדנילט dAMP
אינוזין הוא?
פורין/פרימידין?
פורין כי הוא נגזר מאדנין
AIG חברת ביטוח גדולה
התמרה זו יוצרת את ההבדל העיקרי בין הDNA לRNA.
הידרוקסיל על פחמן מס2
אין בDNA
מדוע מבנה
B-DNA
הוא מבנה מועדף?
כי המבנה שלו מאפשר חדירה של מעט מולקולות מים לשקע הקטן, מולקולות המים יוצרות קשרי מימן עם ה
DNA
מיצבות אותו – הרחקתן תערער את המבנה
סליל הליקס מסוג B
מתאפשר רק עבור ___
ורק בסביבה___
DNA
הידרופובית
עבור
RNA דו גדילי
ועבור DNA
בסביבה הידרופילית
סביר שנראה
סליל A
האנרגיה ליצירת הקשר בשרשרת הנוקלאוטידים מגיעה משבירת קשר?
פוספואנהידרידי
הOH
על פחמן 3 מתקיף נוקלאופילית את הפופסט של הנוקלאוטיד שמחובר לאינהיריד
נוצר קשר פוספודיאסטרי שהוא קשר קוולנטי!!
הריאקציה מזורזת עי פירופוספטאז שמונע מהריאקציה לחזור אחורה
אפקט היפרוכימי-
ככל שהבסיסים החנקניים (שהם מבנים ארומטים) חשופים יותר כך יש בליעת
UV
גבוהה יותר, על כן חד גדיל יבלע יותר אור מדו גדיל- הבסיסים לא מכונסים בתוכו
טמפרטורת ההתכה
Tm
מהי
מתי היא עולה?
פרט עוד 4 גורמים שמשפיעים עליה
- - הטמפרטורה בה 50% הגדילים עבור דה נטורציה מלאה. ככל שיש יותר
- GC
- היא עולה כי יש להם יותר קשרי מימן שמיצבים את
-
המבנה.
*
H-DNA
ממה הוא נוצר
למה הוא גורם?
נוצר כאשר יש פוליפירמידין או פוליפורין. יוצר אזור טריפלקס המורכב מ3 שרשראות (משתיק ביטוי גנים)
מה ההבדל בין אקסו לאנדו נוקלאזות?
אקסונוקלאזות- אנזימים המזרזים הידרוליזה של חומצות גרעין ע”י ביקוע הקשר הפוספספודיאסטרי (כלומר בין 2 נוקלאוטידים) הקיצוני בשתי קצוות השרשרת. ואנדונוקלאזות מזרזות ביקוע קשר פופספואסטרי בין שיירי נוקלאוטידים פנימיים
מהו לדעתך מבנה הDNA
שהרכב הבסיסים שלו הוא 32 מול אדנוזין 16 מול גואנוזין 40 מול דאוקסיתמידין ו12 מולים ציטידין?
לפי צ’ראגרף
זהו
DNA
חד גדילי כי כאשר אין התפלגות זוגות בסיסיםזה זהה- לא יכול להיות שיש
32 מול
A ו12 מול T- אין זיווג מלא בינהם
טופואיזומראזות
מה ההבדל בין
TYPE 1
ל
TYPE 2
טופואיזומרזות- מבקרים את מידת הסליליות של המבנה הרביעוני של הDNA
TYPE 1-
מזרזים יצירת שברים זמניים ע”י הוספה או ביטול סלסול אחד. זהו חלבון מונומרי. יוצרים שבר חד גדילי
TYPE2
בנויים משני מונומרים צורכים
ATP
ותהליך שהן מזרזות כולל שביר של שני הגדילים
מהזה
LK
TW
WR
TW
איך מחשבים את WR
אם TW שלילי אז זה סליל?
אם tw חיובי אז זה סליל
LK=linkage
מספר הפעמים שצריך להעביר גדיל אחד בתוך השני כדי להתיר את הקשר לגמרי
WR-writhe
דרגת פיתולי העל - לא בהכרח מספר שלם
TW=TWIST
אם זה חיובי אז זה סליל שמאלי, אם זה שלילי זה ימני-מספר וכיוון פיתולי העל
LK-TW=WR
לאיזה אורגניזמים יש פיתולי על חיוביים?
תרמופיליים
מה אטידיום ברומיד עושה ל
TW
TW=TWIST
בגלל שהוא נדחף לסטקינג אינטראקשיינז בין כל שני זוגות בסיסים הוא מגדיל את מספר זוגות הבסיסים בכל פיתול וכתוצאה מכך מקטין את
TW
זה גורם אינטרקלציה
מה תפקידו בטבע של
Z DNA
לא ידוע
אינוזין נקרא ב
DNA כ?
גואנין
לכן הוא עושה אינטראקציות
I-CAU
ולא עם G
איזה כוחות מייצבים את סליל ההליקס בתמיסה מימית?
איזה כוחות מייצבים סליל אקראי של דנא בתמיסה מימית לאחר שעבר דה נטורציה?
מהם הכוחות המייצבים את מבנה הדנא?
בתמיסה מימית - ההליקס מיוצב הודות לאיטראקציות הידרופוביות - קשרי המימן לא מעניינים בתמיסה מימית מאחר והם מתחרים עם מים
סליל דנא שעבר דה נטורציה הופך לסליל חד גדילי - מבנה זה מיוצב עי קשרי מימן ביו הבסיסים הפוריניים והפרימדיניים לבין מים
בין נוקלאוטידים סמוכים על אותו גדיל: הכי משמעותי
קשרים קוולנטי - קשר פוספודיאסטרי
סטאקינג - מערום הנוקלאוטידים יוצרים אינטראקציות הידרופוביות
בין נוקלאוטידים בגדילים שונים:
קשרי מימן GC 3 , AT2
