HC.6 Next generation sequencing

Question 1

Voor welke drie dingen kan NGS gebruikt worden?

Answer 1

1. detectie kleine mutaties
2. deleties en amplificaties
3. translocaties en fusiegenen

Question 2

Wat is de toepassing van NGS? (5 dingen)

Answer 2

1. Differentiaal diagnostiek
2. therapiekeuze
3. clonaliteitsanalyse (metastase of 2e primaire tumor)
4. onco-genentica: erfelijke tumorsyndromen
5. Weefselindicatie

Question 3

Welke base verbinding is steviger en waardoor komt dit?

Answer 3

Tussen C en G; drie waterstofbruggen
Tussen A en T: twee waterstofbruggen

Question 4

Wat wordt bedoeld met single molecule?

Answer 4

Dat de sequentie van afzonderlijke moleculen bepaald wordt

Question 5

Wat wordt bedoeld met Massively parallel?

Answer 5

Van een zeer groot aantal afzonderlijke moleculen wordt de sequentie tegelijk bepaald

Question 6

Hoe kunnen we de patiënten die op dezelfde flowcell zitten uit elkaar houden?

Answer 6

Door aan een stukje van een patiënt een bepaalde sequentie met nucleotiden te hangen (voor en achter) –> herkennen

Question 7

Wat is de variant allel frequentie?

Answer 7

Aantal keer dat een variant (nucleotide) op een specifieke positie is gevonden tov de referentie nucleotide (vaak in %)

Question 8

Wat is de coverage?

Answer 8

Aantal keren dat een base positie (onafhankelijk) bepaald is dus hoe vaak heb je naar target regio gekeken

Question 9

Wat is de relatie tussen coverage en deep?

Answer 9

Hoe hoger de coverage hoe deeper gesequenced

Question 10

Wat is de relatie tussen coverage/deep en VAF?

Answer 10

Hoe hoger de coverage hoe deeper gesequenced hoe lager de VAF

Question 11

Waarvan is de VAF afhankelijk?

Answer 11

1. Type gen (oncogen vs tumorsuprressor gen)
2. tumorcel%

Question 12

Wat is de relatie tussen de coverage en het tumorcel%?

Answer 12

Hoe hoger tumorcel% hoe lager je coverage nodig is
Je ziet de mutatie al eerder

Question 13

Wat is het verschil tussen amplicon enrichtment en hybridization enrichtment?

Answer 13

Hybridization enrichment is minder efficient, maar kan wel meerdere fragmenten van een bepaald gebied sequencen

Question 14

Hoe groot moet de coverage zijn en waarom?

Answer 14

100x omdat er altijd wel ruis is en je wil niks missen

Question 15

Wat is targeted sequencing?

Answer 15

Je richt je op een deel van de genen bvb bepaalde hotspots waar vaak (bekende) mutaties in voor komen

Question 16

Welke drie soorten sequencing heb je?

Answer 16

1. Targeted sequencing
2. Whole genome sequencing
3. Whole exome sequencing

Question 17

Wat is het voordeel van TS tov WGS en WES?

Answer 17

WGS en WES kan je veel minder diep sequencing (<100x) omdat het veel meer is
TS is een specifiek gebied/beeld maar je kan dit wel heel diep sequencen

Question 18

Waarom is de VAF afhankelijk van het type gen?

Answer 18

Bij oncogen maar 1 hit nodig
Tumor supressor gen: gezonde kopie is weg dus er is meer van die sequentie

Question 19

Stel je hebt evenveel tumorcellen als normale cellen. Wat is dan de VAF?

Answer 19

50% tumorcellen en 50% normaal
tumorcellen hebben 1 wildtype en 1 mutant
Dus in 25% de variant vinden

Question 20

Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
Aantal moleculen

Answer 20

SS: mix van molexulen
NGS: single molecule

Question 21

Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
aantal fragmenten

Answer 21

SS: 1 fragment per analyse
NGS: duizenden fragmenten per analyse

Question 22

Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
Output van basen

Answer 22

SS: max 1000
NGS: 1-20 x 10^9

Question 23

Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
hoeveelheid DNA nodig

Answer 23

SS: veel
NGS: weinig

Question 24

Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
gevoeligheid

Answer 24

SS: lage gevoeligheid (20%)
NGS: hoge gevoeligheid (1-2%)

Question 25

Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
Analyse

Answer 25

SS: eenvoudig
NGS: bio-informatica vereist

Question 26

Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
Poolen

Answer 26

SS: niet mogelijk
NGS: poolen van samples (barcode)