2 - DNA schade en reparatie

Question 1

Welke 2 soorten mutaties zijn er bij kanker en hoe zijn deze te onderscheiden?

Answer 1

• Puntmutaties: kleine veranderingen op basepaar niveau
• Chrosomale afwijkingen: grote veranderingen, waar te nemen op chromosomaal niveau

Question 2

Wat zijn 5 oorzaken van DNA-schade?

Answer 2

• Chemische instabiliteit
• Chemische verbindingen
• Biologische stoffen
• Fysische agentia
• Foutieve replicatie

Question 3

Welke 2 soorten DNA-schade zijn er bij chemische instabiliteit, en hoe kenmerkt chemische instabiliteit zich?

Answer 3

Chemische instabiliteit wordt niet veroorzaakt, maar het gebeurt gewoon.
1. Spontane hydrolyse -> depurinatie -> deletie
2. Deaminatie van basen-> cytosine naar uracil -> verandering complementariteit

Question 4

Welke 2 biologische stoffen kunnen DNA-schade induceren?

Answer 4

1. Endogene stoffen -> guanine naar 8-oxoguanine -> transversie G naar T
2. Benzo(a)pyreen -> benzo(a)pyreen naar BPDE -> BPDE kan binden aan DNA

Question 5

Wat kan BPDE veroorzaken zodra het bindt aan DNA?

Answer 5

• Veroorzaakt chemische adducten die de DNA dubbelhelix verstoren
• BPDE reageert voornamelijk met G residue
• Tegenover G-BPDE wordt een A residue ingebouwd

Question 6

Hoe kunnen fysische agentia DNA-schade induceren?

Answer 6

UV zorgt ervoor dat intrastreng DNA-beschadigingen ontstaan door straling.

Question 7

Wat houdt base excisie reparatie (BER) in?

Answer 7

Het is een herstel van kleine adducten en er is 1 base die hersteld moet worden.

Question 8

Hoe werkt de excisie van DNA-schade bij BER?

Answer 8

Endonuclease maakt een knip in het DNA waardoor de AP-site wordt verwijderd.

Question 8

Hoe werkt de herkenning van oxidatieve DNA-schade bij BER?

Answer 8

8-oxoguanine DNA-glycosylase (OGG1) hydrolyseert de N-glycosyl verbinding tussen deoxyribose en 8-oxoG. Het creëert een abasische plaats. Endonuclease herkent de AP-site.

Question 9

Hoe werkt het herstel van DNA-schade bij BER?

Answer 9

DNA-polymerase en ligase zorgen ervoor dat de AP-site opgevuld wordt met een nieuwe base.

Question 9

Wat houdt nucleotide excisie reparatie (NER) in?

Answer 9

Herstel van grote adducten.

Question 10

Hoe werkt de DNA-schade herkenning bij globaal genoom NER?

Answer 10

Een laesie wordt herkend door XPC, CETN2 en RAD23. Deze binden aan de laesie en er komen extra eiwitten die controleren wat de DNA-schade is.

Question 12

Is globaal genoom NER een snel of traag proces?

Answer 12

Traag proces

Question 13

Hoe werkt DNA-schade herkenning via transcriptie gekoppeld NER?

Answer 13

De transcriptie wordt geblokkeerd door een mutatie in het DNA. CSB herkent de blokkade. CSA duwt dan het hele transcriptieproces naar achteren: backtracking.

Question 14

Is transcriptie gekoppeld NER een snel of traag proces?

Answer 14

Snel proces

Question 15

Hoe werkt excisie van DNA-schade bij NER?

Answer 15

Als er een probleem herkend is, komt RAD23 los van het complex. Er komt dan een plek vrij voor een andere groep eiwitten: TF2H. Dit complex is betrokken bij transcriptie van genen, die binden aan de promotor en zorgen dat de RNA-polymerase kan binden. Vervolgens wordt er een knip gemaakt in het DNA waarna XPC nog een knip maakt in het einde. Je verwijdert op deze manier een heel gedeelte DNA.

Question 16

Wat zijn 2 voorbeelden van ziektebeelden die ontstaan bij defect NER?

Answer 16

1. Xeroderma pigmentosum
2. Cockayne syndroom

Question 17

Wat zijn sympromen bij XP?

Answer 17

• Zongevoeligheid
• Droge, harde huid
• Pigmentale afwijkingen
• Cataract
• Huidkaker
• Versnelde neurologische achteruitgang

Question 18

Welk gen/welke genen zijn defect bij XP?

Answer 18

Een mutatie in 1 van de 8 genen: XPA, XPB, … XPG.

Question 19

Wat zijn sympromen bij CS?

Answer 19

• Zongevoeligheid
• Groei achterstand
• Neurologische achteruitgang
• Netvliesafwijkingen
• Versnelde veroudering
• Geen huidkanker

Question 20

Welk gen/welke genen zijn defect bij CS?

Answer 20

Een mutatie in 1 van de 2 genen: CSA of CSB. Samen met XP: XPB, XPD, XPG.

Question 21

Wat voor defect is er biJ XP? En bij CS?

Answer 21

• Xeroderma pigmentosum (XP): globaal genoom NER defect
• Cockayne syndroom (CS) -> transcriptie gekoppeld NER defect

Question 22

Wanneer gebruik je een zusterchromatide of een homoloog chromosoom bij herstel van DNA-schade?

Answer 22

Bij interstrengs DNA-crosslinks en bij dubbelstrengs DNA-breuken kan de tegenovergestelde streng niet gebruikt worden voor herstel, aangezien deze ook gemuteerd is. In zo’n geval kan een zusterchromatide of een homoloog chromosoom worden gebruikt.

Question 23

Wat zijn 2 manieren van herstel van dubbelstrengs DNA-breuken?

Answer 23

1. Niet-homologe DNA-eindverbinding -> onnauwkeurig herstel
2. Homologe recombinatie -> nauwkeurig herstel

Question 24

Waarom is er bij niet-homologe DNA-eindverbinding sprake van onnauwkeurig DNA-herstel?

Answer 24

Er wordt geen template gebruikt. Een template is eigenlijk noodzakelijk voor foutloos DNA-herstel.

Question 25

Hoe vindt niet-homologe DNA-eindverbinding plaats?

Answer 25

Door het direct aan elkaar ligeren van twee uiteinden van een DNA-breuk.

Question 26

Hoe vindt homologe recombiantie plaats?

Answer 26

Er is een uitwisseling van DNA strengen tussen DNA-moleculen. Bij dit proces wordt voornamelijk het zusterchromatide gebruikt.

Question 27

Welke 2 dingen kunnen gebeuren bij niet-homologe DNA-eindverbinding dubbelstrengs DNA-breuk herstel?

Answer 27

• Interne chromosomale deletie
• Translocatie -> chronische myeloïde leukemie