Brainscape's Knowledge GenomeTM


Top Flashcards (Certified)
All Flashcards

bmb550 > 2. semester rigtig > Flashcards

2. semester rigtig Flashcards

(82 cards)

Start Studying
1
Q

Hvordan ved du, om en bølge bevæger sig til venstre eller højre?

A

Se på formen:

cos(kx−ωt) → bølgen bevæger sig mod højre

cos(kx+ωt) → bølgen bevæger sig mod venstre

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvordan aflæser du amplitude og periode fra en bølgegraf?

A

Amplitude: Halvdelen af højdeforskellen mellem bølgetop og bølgedal

Periode 𝑇: Afstand mellem to ens punkter på tidsaksen (f.eks. top til top)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvad betyder det, hvis 𝑣_𝑇 er negativ i en centrifuge?

A

Det betyder, at partiklen bevæger sig opad (fx luftboble).
Hvis: v_T >0, bevæger partikler sig nedad (synker).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvad er lysets hastighed i vakuum

A

c=3,00⋅10^8 m/s

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvad er en reflekteret stråle?

A

En reflekteret stråle er lys, der bliver kastet tilbage, når det rammer en overflade.
Lyset går ikke videre, men forbliver i det samme materiale.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hvad er en refrakteret stråle?

A

En refrakteret stråle er lys, der går ind i et nyt materiale og bøjer retning.
Det sker, fordi lyset ændrer hastighed.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvad sker der med en lysstråle, når den går fra et medie(n1) med lavere brydningsindeks til et medie(n2) med højere?

A

Strålen bliver refrakteret (bøjet) og går videre ind i det nye materiale.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvad sker der med en lysstråle, når den går fra et medie(n1) med højere brydningsindeks til et medie(n2) med lavere?

A

Strålen bliver reflekteret

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Hvad sker der med lyset, når det går fra et medie til et andet med samme brydningsindeks? altså n1=n2

A

Lyset går bare lige igennem. Der sker ingen brydning (refraktion) og ingen refleksion

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvornår er et billede virkeligt?

A

Når strålerne mødes på højre side af linsen. Kan fanges på en skærm.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvornår er et billede virtuelt?

A

Når strålerne ikke mødes, men ser ud til at komme fra samme sted bag linsen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvad betyder forstørrelsen m?

A

Hvis m er større end 1 → billedet er forstørret

Hvis m er mellem 0 og 1 → billedet er formindsket

Hvis m er negativ → billedet er omvendt

Hvis m er positiv → billedet er opret

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hvordan omregner man millitesla (mT) til tesla (T)?

A

Man dividerer med 1000

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hvad er ladningen af en proton

A

1.602×10 ^−19C

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvad bruges et Bainbridge massespektrometer til?

A

Det bruges til at bestemme forholdet mellem masse og ladning (m/q) for ioner.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvad er Hookes lov, og hvordan finder man fjederkonstanten?

A

F = k · Δx

F = kraft i Newton
k = fjederkonstant (N/m)
Δx = forlængelse i meter

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvordan finder man svingningstiden (T) for en masse på en fjeder?

A

2π·√(m/k)

T = svingningstid (sekunder)
m = masse (kg)
k = fjederkonstant (N/m)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hvad er immunofluorescens?

A

En metode til at finde specifikke proteiner i celler ved hjælp af antistoffer og fluorescens.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Hvad er formålet med fixering

A

At fastholde cellens struktur og stoppe biologiske processer.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Hvorfor bruger man methanol (MeOH) til fixering?

A

Methanol denaturerer proteiner og gør cellens struktur stabil.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Hvad er blocking, og hvorfor er det vigtigt?

A

Blocking forhindrer uspecifik binding af antistoffer og reducerer baggrundsstøj.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Hvad er forskellen på primære og sekundære antistoffer?

A

Primære binder til proteinet, sekundære binder til det primære og er fluorescerende.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Hvorfor bruger man sekundære antistoffer i stedet for direkte fluorescens?

A

For at forstærke signalet og spare på fluorescerende reagenser.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hvilke farver svarer til hvilke antistoffer i øvelsen?

A

Mus: Alexa Fluor 488 (Grøn)

Kanin: Alexa Fluor 546 (Rød)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Hvad gør antifade mountant?
Forhindrer fluorescens i at falme under mikroskopi.
26
Hvad gør DAPI?
Farver cellekerner blå ved at binde til DNA.
27
Hvad er et humidity chamber?
Et humidity chamber til celler er en beholder, der holder høj luftfugtighed for at forhindre cellekulturer i at udtørre under inkubation.
28
Hvad betyder det at merge channels?
At kombinere blå, grøn og rød fluorescens til ét billede.
28
Hvad er DeconvolutionLab?
Et plugin der gør fluorescensbilleder skarpere og mere tydelige.
28
Hvad er formålet med montage i billedanalyse?
At samle billeder fra flere kanaler og vise tydelig kolokalisering.
29
Hvad er formålet med pipetteøvelsen med SYBR Gold?
At øve korrekt pipettering i 96-well plade og visualisere variation ved hjælp af fluorescens.
30
Hvad er SYBR Gold, og hvad gør det?
Et farvestof der binder til DNA og fluorescerer kraftigt, når det er bundet.
31
Hvad er en mastermix, og hvorfor bruges den?
En færdigblandet opløsning med alle komponenter undtagen template; sikrer ensartethed i alle wells.
32
Hvad må man ikke gøre med en RealQ-mastermix og hvorfor?
Den må ikke vortextes, da enzymet kan beskadiges.
33
Hvorfor arbejder man i triplikater i qPCR?
For at kunne identificere variation og sikre nøjagtighed i målingerne.
34
Hvad er No RT kontrol?
En kontrol uden revers transkriptase; viser om der er genomisk DNA til stede.
35
Hvad er Ct-værdi i qPCR?
Cycle threshold; antal cyklusser det tager før fluorescens overstiger baggrundsniveau
35
Hvad betyder en lav Ct-værdi?
At der var meget startmateriale (cDNA) i reaktionen.
35
Hvad er melting curve analyse?
Analyse af DNA-produktets smeltepunkt for at bekræfte, at kun én specifik amplifikation er sket.
36
Hvad er NT (No Template) kontrol?
En kontrol uden cDNA; bruges til at identificere kontaminering.
37
Hvad betyder det, hvis melting curve har flere toppe?
At der er amplificeret uspecifikke produkter eller primer-dimers.
38
Hvilke to gener analyseres i denne øvelse?
JUNB og AREG (analyseres med gendesignede primere).
39
Hvorfor er det vigtigt at bruge samme pipette og teknik i hele pladen?
For at undgå teknisk variation, der kan forveksles med biologisk variation.
40
Hvad er cDNA, og hvordan fremstilles det?
cDNA er komplementært DNA lavet ud fra mRNA vha. revers transkriptase.
41
Hvad er qPCRs vigtigste formål i denne kontekst?
At måle hvor meget af et bestemt mRNA der er i celler – ved først at omdanne det til cDNA og derefter måle det med fluorescens.
42
Hvad er forskellen på MALDI og elektrospray?
MALDI giver typisk 1+ ladning; elektrospray giver ofte 2+ eller flere
43
Hvad sker der i positiv ion-mode?
Molekylet får en proton (H+), og massen bliver m/z = (masse + 1.0073) / ladning.
44
Hvad sker der i negativ ion-mode?
Molekylet mister en proton, og formel bliver: (masse - 1.0073) / ladning.
44
Hvilke isotoper kan give +2 toppe?
Chlor (Cl) og Brom (Br), da de har isotoper med høj naturlig forekomst.
45
Hvordan kan du kende ladning på et molekyle i et MS-spektrum?
Ved at se på afstand mellem isotoptoppe: 1/z.
45
Hvorfor bruger man elektrospray til proteiner?
Fordi det giver flere ladninger og gør m/z lavere, så store molekyler kan måles.
46
Hvorfor er det vigtigt at vide ladningen på et molekyle i MS?
Fordi ladningen bestemmer m/z, og dermed hvordan molekylet vises i spektret.
47
Hvad er MS/MS (tandem massespektrometri)?
En teknik hvor et peptid først vejes (MS1) og derefter nedbrydes i mindre stykker (MS2), som også vejes.
48
Hvorfor bruger man MS/MS til peptider
For at finde ud af hvilken aminosyrerækkefølge (sekvens) et peptid har ved at analysere fragmenterne.
49
Hvad er en b-ion?
Et fragment hvor ladningen sidder på N-terminalen (forenden) af peptidet.
50
Hvad er en y-ion?
Et fragment hvor ladningen sidder på C-terminalen (bagenden) af peptidet.
51
Hvordan bruger man m/z forskelle til at identificere peptider?
Ved at sammenligne forskellen i masse mellem to toppe med kendte aminosyremasser.
52
Hvad betyder det, hvis to toppe ligger 113 Da fra hinanden?
At fragmenterne sandsynligvis adskilles af en Leucin (113 Da).
52
Hvad er princippet bag sekvensbestemmelse i MS/MS?
Knæk i peptidbindinger giver en m/z-serie, som afslører aminosyrernes rækkefølge.
53
Hvilken information får man fra MS1 i MS/MS?
Det samlede m/z for hele peptidet.
54
Hvilken information får man fra MS2 i MS/MS?
Fragmenternes m/z, som bruges til at bestemme sekvensen.
55
Hvad skal du bruge for at tolke et MS/MS spektrum?
En tabel med aminosyremasser og viden om b- og y-ioner.
55
Hvad er proteomics?
Studiet af alle proteiner, der udtrykkes i en celle eller væv.
56
Hvad er phosphoproteomics
Måling af phosphorylerede (ændrede) proteiner i en celle.
57
Hvad bruges fold change (FC) til i dataanalyse?
Til at vurdere hvor meget et protein er op- eller nedreguleret i forhold til kontrol.
58
Hvilke FC-værdier filtrerer man typisk fra?
Mellem 0.7 og 1.3, da de ikke regnes som væsentligt ændrede.
59
Hvad bruges p-værdi til i analysen?
Til at vurdere om ændringer i proteinniveauer er statistisk signifikante.
60
Hvad betyder det, at et protein er opreguleret?
At det findes i højere mængde i behandlingen sammenlignet med kontrol.
60
Hvad betyder det, at et protein er nedreguleret?
At det findes i lavere mængde i behandlingen sammenlignet med kontrol.
60
Hvad er Uniprot, og hvorfor bruges det?
En database med detaljeret information om proteiner, deres funktion og struktur.
61
Hvad var hovedformålet med forsøget med brystkræftceller i artiklen?
At undersøge hvordan IL-6 og fulvestrant påvirker ER-positive brystkræftcellers signalveje og genudtryk.
61
Hvad er Fulvestrant og hvordan virker det?
nedbryder østrogenreceptorer og hæmmer ER-afhængig genekspression.
62
Hvad gør IL-6 i brystkræftceller?
IL-6 aktiverer STAT3-pathway og fremmer inflammation og celleoverlevelse uafhængigt af østrogen.
63
Hvad er pSTAT3, og hvorfor er det vigtigt i forsøget?
Det er den fosforylerede, aktive form af STAT3, som fremmer transkription af gener som JUNB og AREG.
63
Hvad er JUNB og AREG, og hvorfor blev de målt?
To target-gener: JUNB aktiveres af STAT3, AREG af ER. De viser, hvilken signalvej der er aktiv.
63
Hvad viste immunofluorescens-analysen?
IL-6 øgede pSTAT3-signal, mens Fulvestrant reducerede ER-signal. Kombinationen gav højt pSTAT3 og lavt ER.
64
Hvad viste qPCR-resultaterne for JUNB og AREG?
JUNB blev opreguleret af IL-6, mens AREG blev nedreguleret af Fulvestrant, hvilket afspejler signalaktivering.
64
Hvad viste phosphoproteomics for IL-6 behandling?
Øget fosforylering af transkriptionsregulatorer som JUNB og SP100 – understøtter transkriptionsaktivering
64
Hvilke proteiner blev opreguleret af IL-6 ifølge massespektrometri?
JUNB, ZFP36, CD55 og C3 – forbundet med inflammation og celleproliferation
65
Hvad blev nedreguleret efter IL-6-behandling?
Proteiner som TK1 og RRM2 samt fosforylering af INCENP, RACGAP1 og BUB1B – tyder på hæmmet celledeling.
66
Hvad skete der med ER-målproteiner under Fulvestrant-behandling?
ESR1, PGR og GREB1 blev alle nedreguleret, hvilket bekræfter effektiv ER-hæmning.
67
Hvad tyder aktiveringen af alternative pathways på ift. behandling?
At kræftceller kan udvikle endokrin resistens ved at aktivere kompensatoriske overlevelsessignaler.

bmb550 (3 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions