3 Centrala Dogmat Flashcards
(43 cards)
Replikation
- OriC avgör DNA sekvensen där replikationen startar.
- Helikas öppnar upp replikationsbubblan.
- SSB stabiliserar det enkelsträngade DNA.
- RNA primer: görs av DNA primas och krävs för att starta replikationen.
PCNA (clamp) fäster in => Primas lämnar => RF-C (clamp loader) sätts in => DNA
- polymeras byter ut RF-C
Ligas
Binder ihop okazakifragmenten.
Topoisomeras I och II
Topoisomeras I = motverka negativ/ positiv super-coiling
Topoisomeras II = kräver ATP och löser upp mer tilltrasslat DNA
Telomerer
Skyddar linjära kromosomer från att förlora viktig information.
Upprepade nukleotidsekvenser i slutet av kromosomen.
Telomeras
Kan förlänga telomerer. Reverse transcriptase.
RNA Polymeraser
- Känner igen och binder till promotorer
- Smälter DNA kring transkriptionsstarten
- Känner igen termineringssignaler: hairpin loop som binder till RNAP
- Kommunicerar med reglerande proteiner som binder till promotorn.
σ faktor
Krävs för igenkänning av promotorn.
σ(70) är vanligast som känner igen TATAAT
Skillander mellan prokaryot och eukaryot transkription.
Eukaryot transkription: •3 olika RNAP istället för 1 •Transkription och translation är skiljda •Kräver flera TF för initiering •Processing och modifiering •Templatet är i form av kromatin
TBP
TATA binding protein. Alla RNAP använder TBP för start av transkription.
TAF
TBP Associerade faktorer.
TAF + TBP = TFIID
Alternativa sekvenser för transkriptionsstart
- INR
- DPE
- MTE
Alla binder TFIID
RNAP I
transkriberar rRNA
RNAP II
Transkriberar pre-mRNA
RNAP III
Transkriberar tRNA
Polycistroniskt mRNA
Hos både eukaryoter och prokaryoter. En grupp gener transkriberas i samma mRNA.
Prokaryot transkription
- Initiering: Transkriptionsapparaten binder till promotorn. Transkriptionen startar på +1.
- Elongation: RNAP öppnar upp DNA och bygger rNTP på 3’ änden. => Konformationsändring hos RNAP så att σ faktorn släpper. Supercoiling => pauser/ backtracking.
- Terminering: Igenkänning av terminator. Rho - oberoende faktorer => inverted repeats transkriberas => hårnålsstruktur => destabiliserar RNA-DNA parningen så att RNA lossnar och termineringen sker.
Konsensussekvenser
-10 och -35, i promotorn. Kan reducera hastigheten av transkriptionen. Holoenzymet binder in hit. Oritentering på konsensussekvenserna avgör templat och håll.
Eukaryot transkription
Initiering: Igenkänning av core promotor sker genom TF + RNAP II som känner igen TATA-boxen. Kromatinremodellering. PIC bildas. Konformationsförändring av polymeraset och DNA skapar transkriptionsbubbla.
•Elongering: Efter 30bp lämnar polymeraset promotorn, TF stannar kvar.
pre-mRNA processing
- 5’ -capping: Addering av en Guanin med metylering. Ger stabilitet och igenkänning för translation.
- Polyadenylering: Addering av poly-A svans. Ger stabilitet och underlättar transport ut ur nukleus.
- Splicing: Spliceosomen klyver introner, som bildar lariat strukturer.
Wobble hypotesen
Den tredje basparningen sker svagt och ger upphov till en viss flexibilitet.
tRNA laddning
Aminoacyl - tRNA syntetaser katalyserar bindning mellan tRNA och kopplade aminosyror.
Syntetaserna har två active sites: Acetyleringssite och Hydrolytiskt site.
Initiering translation
mRNA, lilla subenheten, IF, tRNA(Met/fMet) och GTP binder till:
•CAP- strukturen (eukaryoter)
•Shine-Dalgarno sekvensen (prokaryoter)
=> Scanning till första AUG => IF dissocierar => Stora subenheten binder in => tRNA(Met) i P -site och nästa tRNA binder till A- site
IF 1
IF 2
IF 3
IF 1: ser till att stora & lilla subenheten hålls isär
IF 2: ett G- protein som binder till lilla subenheten. IF2 och GTP i komplex hjälper bindning mellan tRNA(Met) och lilla subenheten.
IF 3: ser till att stora & lilla subenheten hålls isär
Translation Elongation
•Laddad tRNA binder i A-site när EF-Tu är i komplex med GTP, efter basparning lämnar komplexet.
Komplexet kan regenereras med EF-Ts.
•Peptidbindning mellan tRNA i A- och P- site.
•Translokation: rörelsen av ribosomen nedför mRNA, kräver EF-G.
