4.1 Transcrption bactérie

Question 1

Décrit la structure de l’ARN polymérase bactérienne. (holoenzyme)

Answer 1

Core : 5 sous-unités : α2ββ’ω
+ sous-unité σ
>Facteurs d’initiation, reconnait le promoteur.

Question 2

Quelle sous unité contient le site actif en pince de crabe ?

Answer 2

Subunits β

Question 3

Rôle de la Sous-unité α?

Answer 3

1. Échafaudage
2. Reconnait l’élément UP du promoteur.

Question 4

Rôle de la Sous-unité ω

Answer 4

1. Assemblage + stabilisation du core
2. Liaison à la sous unité sigma (σ)

Question 5

Qu’est-ce qu’un “consensus promoter”?

Answer 5

Une séquence reliée à un facteur d’initiation, par exemple le plus populaire : σ70. Plus la séquence du promoteur se rapproche du consensus, plus le promoteur est fort!

Question 6

Que veut-on dire par force du promoteur?

Answer 6

Nombre de transcrits qu’il produit en un temps donnée.

Question 7

Qu’est-ce que la boite de Pribnow?

Answer 7

Région de 6 nucléotides que toutes les bactéries possèdent en -10. Associez le plus souvent avec la région -35, ils sont les deux sites où l’ARN polymérase s’accroche!

Question 8

Quelle est l’espacement optimal entre la boite de Pribnow et la région -35?

Answer 8

17 nts

Question 9

Qu’est-ce que l’élément UP et où se lie-t-il

Answer 9

Variante du promoteur situé en amont, lui procurant une plus grande force. Une de ses majeures différences, est qu’il se lie au core de l’ARN polymérase, plus spécifiquement sur la sous-unité α.

Question 10

Soyons encore plus spécifique par rapport à l’élément UP

Answer 10

Régions de gènes fortement exprimés et riche en A-T (- de liaison) et qui est liée par extrémité C-terminale de la sous-unité α : αCTD (bizarre de queue).

Question 11

Lors de l’initiation, on sait que l’ARN polymérase, ouvre l’ADN pour formé le complexe ouvert. Où ce passe cette isomérisation et pourquoi?

Answer 11

Région σ2 et élément -10
>On sait que l’élément -10 est riche en A-T, moins de liens H et donc plus maléyable.

Question 12

Comment l’ARN polymérase fait pour flippez l’ADN.

Answer 12

Grâce à des poches hydrophobes.

Question 13

À quoi sert le Linker sigma ¾?

Answer 13

Il est responsable des transcrits avortées (dernière étape de l’initiation). En effet, tant que la réaction n’est pas énergiquement favorable, il bloque le canal de sortie de l’ARN. (limit de <10 nucléotides)

Question 14

Les trois modèles expliquant la transcription avortés.

Answer 14

1. Excursion
2. Étirement
3. Froissement compression
   >formation d’un renflement + stacking d’E permetant le rebonbinage(évasion promoteur).

Question 15

Les deux mécanismes de Proofreading durant l’élongation.

Answer 15

1. pyrophosphorolytique (PPi)
   >coupure d’un lien phosphodiester , relachement d’un NTP, mouv. -1
2. hydrolitique
   >coupure d’un lien phospho. par H2O
   >favorisé par facteur Gre (facteur d’élongation).
   >erreur plus loin, recule de 1 ou +

Question 16

Il peut y avoir un arrêt accidentel de la transcription, quelle est la cause et la solution?

Answer 16

Le brin peut être endommagé, protéine TRCF (2 fonctions)
>moteur qui pousse l’ARN pol. avec de l’ATP
OU
>recrtue machinerie : réparation

Question 17

Il y a deux mécanismes de terminaison, le premier Rho-indé, comment fonctionne-t-il?

Answer 17

À la fin de la séquence transcrit, il y a une répétition inversée (dyad symmetry)
>formation hairpin (deletion physique)
Suivie d’une région de deletion full U (liens plus faibles)

Question 18

Le deuxième mécanisme de terminaison est Rho-dépendant, comment fonctionne-t-il?

Answer 18

Nécessite le facteur Rho (dépend de Rho)
>action d’une helicase (qui découpe!)