Phylogenie

Question 1

Taxonomie

Answer 1

Zusammenfassung von Arten in Gruppen

Question 2

Phylogenie

Answer 2

Zeitlich gerichtet, möglichst gut aufgelöste Hierarchie von Taxa

Question 3

Kladogramm

Answer 3

fasst Gruppen nur hierarchisch, aber ohne Kantenlänge zusammen

Question 4

Polytomie

Answer 4

nicht komplett aufgelöste Topologie

Question 5

Warum ist horizontaler Gentransfer ein Problem für den Aufbau von Bäumen?

Answer 5

Zusammenlagerung von nicht nah verwandten Arten in Bäumen, schwer darstellbar

Question 6

Was ist eine Outgroup, wofür kann man sie verwenden?

Answer 6

am wenigsten verwandt mit allen anderen Objekten, einige gemeinsame Merkmale -> zum Wurzeln von Bäumen

Question 7

Was bedeutet rotationsinvariant?

Answer 7

Man darf die Zweige in einem Stammbau rotieren und sie spiegeln immer noch dieselbe Topologie wider

Question 8

Synapomorphien

Answer 8

Merkmale, die über mehrere Spezies gleich sind, da der gemeinsame Vorfahre auch dieses Merkmal besaß -> Synapomorphien identifizieren eine monophyletische Gruppe

Question 9

Homoplasien

Answer 9

Merkmale, die sich durch konvergente Evolution mehrmals un unabhängig voneinander entwickelt haben -> identifizieren polyphyletische Gruppen

Question 10

Plesiomorphien

Answer 10

Merkmale, die sich gegenüber dem Vorgänger nicht verändert haben -> identifizieren paraphyletische Gruppen

Question 11

Was bestimmt, wie nah verwandt die Taxa miteinander sind (wie kann man es anhand einer Topologie ablesen)?

Answer 11

Wo der letzte gemeinsame Knoten ist (Vorfahre)?

Question 12

Most recent common ancestor (MRCA)

Answer 12

Spezies, die nur kurz existiert hat und zwei Taxa gemein ist

Question 13

Distanzbasierte Methoden (UPGMA, Neighbourjoining)

Answer 13

Aus den relativen Distanzen aller Taxa werden iterativ Bäume gebaut durch Zusammenfassen zuerst der am engsten verwandten Sequenzen und dann hinzufügen von zunehmend weniger eng verwandten Sequenzen

Question 14

Charakteristika basierte Bäume (Parsimony)

Answer 14

Baum, der entlang der Kanten die geringste Anzahl an Austauschoperationen erfordert (gleich wahrscheinlich: Maximum Parsimony, gewichtete Austauschoperationen: Maximum Likelihood)

Question 15

Was ist das Prinzip bei UPGMA?

Answer 15

die zwei am engsten verwandten Sequenzen werden zu einem Cluster zusammengefasst, dies wird immer wiederholt

Question 16

Prinzip von Neighbour Joining

Answer 16

hierarchisches Clustering: Polytomie, dann Knoten einfügen jeweils bei Blättern mit geringster Distanz

Question 17

Maximum parsimony-prinzip, was ist das Problem?

Answer 17

Baum der geringste Anzahl an Gesamtaustauschen benötigt (Natur ist aber nicht immer sparsam -> Rückmutationen, adaptive Evolution)