ZS 3: RNA processing

Question 1

Geef het verschil tussen RNA processing bij eukaryoten en prokaryoten

Answer 1

Prokaryoten :
Er is geen modificatie van het RNA. Meeste mRNAs zullen na transcriptie meteen getransleerd worden, tenzij een poly A staart wordt gebonden op 3’ uiteinde (= signaal voor degradatie)

Eukaryoten:
meeste mRNAs zullen eerst gemodifieerd worden.
Voor modificatie = pre-mrna

modificaties zijn :

alternatieve splicing:

toevoeging van poly-A start aan 3’ uiteinde, en cap op 5’ uiteinde

volgorde: Transcriptie -> capping -> splicing -> tailing

Question 2

intronen

Answer 2

5’: splice donor site met GU
3’: splice acceptor site met AG
ertussen: branche site met A:

• intervening regions: niet expressed, want worden verwijderd voor de translatie
• niet aanwezig in prokaryoten, en eencellige eukaryoten;
  explanation: The correct answer is that prokaryotes only have exons, whereas eukaryotes have exons and introns. As a result, in eukaryotes, when mRNA is transcribed from DNA, the introns have to be cut out of the newly synthesized mRNA strand. … Prokaryotes do not have to process their mRNA to this extent.

Question 3

Exons

Answer 3

-Expressed regions

Question 4

Wat is de functie van de 5’ cap

en de poly A staart

Answer 4

De cap:
> wordt gezet wanneer pre-mRNA wordt gevormd door RNA polymerase

> de cap wordt herkend door cap-bindende proteinen, nodig voor de exit van mature mRNA , uit de nucelus.

> Cap is ook nodig voor de herkenning van het mRNA door eiwitten in het cytosol, nodig voor binding met een ribosoom voor translatie

De poly-A staart:
>De poly A staart wordt niet afgeschreven van het DNA. Er zijn enzymen die het koppelen op het mRNA

> de poly A staart is ook nodig voor de export van mRNA uit de nucleus .

> Het zorgt voor stabiliteit van de mRNA zodat het langer bestaat in het cytosol.

Question 5

Leg het proces van alternatieve splicing uit

Answer 5

1. splicosoom herkent donorsite regio en bindt op het dna (splicosoom bestaat naast eiwitten, ook uit snRNA, die complementair kunnen vinden aan consensusequenties)
2. dit veroorzaakt looping van het DNA, waardoor exonen beter kunnen interageren met elkaar
3. RNA wordt geknipt thv donorsite, en deze wordt covalent gebonden op de branch site
4. de acceptor site wordt ook geknipt , en de twee exonen worden aaneen geligeerd

Question 6

Duid aan met juist of fout: Welk van onderstaande processen is aanwezig in prokaryoten?

a. Alternatieve splicing
b. Intronen and exonen
c. Capping
d. 3’ poly-A staart

Answer 6

enke poly A-staart, maar functie is anders met eukaryoten. Hier, ipv stabiliteit, en export uit nucelus , is dit teken voor afbraak

Question 7

Rangschik volgende gebeurtenissen met betrekking tot eukaryotische mRNA-synthese: A: 3’-
polyadenylatie, B: terminatie, C: splicing, D: 5’-capping, E: initiatie.
a. ECDAB
b. EABDC
c. CBEDA
d. EDBCA
e. DEBCA

Answer 7

antwoord D

Question 8

leg uit ‘de genetische code is gedegenereert’

Answer 8

er zijn 64 codons . Er zijn 20 AZ. -> er zijn meerdere codons die voor 1 AZ coderen.

Question 9

Leg het proces van translatie uit

Answer 9

Er is een ribosomale-binding site nabij de 5’ uiteinde van mRNA.

Gelegen daarnaast, vinden we de coderende sequentie, met als eerst de startcodon, die de reading frame difinieert. Op het einde vinden we de stopcodon.

(stopcodon = terminatie )
(codon = nonsense codon.)

de anticodon, in de tRNA bindt complementair aan rRNA.

Question 10

beschrijf de structuur van tRNA

Answer 10

• zie tekening!!

klaver structuur waar de uiteindes aar de loop is , bestaan uit enkelstrengige regios.

1 loop heeft een anticodong, die zal binden op het mRNA

Elk trna brengt aminozuren waar de codon voor codeert. AZ zijn gebonden op de 3’ uiteinde
tRNAser -> brengt serine

aminoacyl-tRNA synthetase katalyseert de reacite waarop eiwit wordt gebonden op t-RNA
(er zijn 20 verschillende types, waarbij de types specifiek een AZ herkennen en binden op tRNA)

Question 11

Bespreek ribosomen

Answer 11

Prokaryoten
https://www.youtube.com/watch?v=KZBljAM6B1s&ab_channel=AlilaMedicalMedia

Eukaryoten
https://www.youtube.com/watch?v=qIwrhUrvX-k&ab_channel=AlilaMedicalMedia

belangrijkste info:
In eukaryoten:
cap site is waar de ribosoom en initiator t-rna samenkomen. Het complex beweegit zich vervolgens naar de startcodon.
Initiatie van translatie is thv de AUG codon (methionine).

in prokaryoten:
ribosomale bindingsite is waar de assemblage plaaysvindt. De assemblage is zo, dat de complex meteen met de P-site op de AUG sequentie zit.
De initiator t-rna brengt formyl gebonden methionine.