Phylogénétique

Question 1

Définir la phylogénétique

Answer 1

Etude des relations d’un point de vue évolution entre les

organismes

Question 2

Définir la phylogénie

Answer 2

Histoire évolutive d’un groupe d’organismes

Question 3

Définir l’arbre phylogénétique ou les arbres évolutifs

Answer 3

Diagrammes décrivant les liens entre ancêtres et

descendants au sein d’un groupe d’organismes

Question 4

Comment fabriquons-nous des arbres phylogénétiques

Answer 4

1. Acquisition de données moléculaires
(séquences d’ADN)
2. Reconstructions phylogénétiques
3. Tests statistiques de robustesse de
l’hypothèse

Question 5

Quel est le noeud de l’arbre phylogénétique

Answer 5

Point où une branche se divise en 2 branches ou plus. Représente un ancêtre commun réel ou hypothétique

Question 6

Quel est le branche de l’arbre phylogénétique

Answer 6

Lien décrivant une relation ancêtre-descendant entre
2 noeuds. La façon dont les branches sont connectées les unes aux autres est appelée la topologie ou un cladogramme. La longueur des branches peut représenter le nombre de changements ayant lieu sur cette branche

Question 7

Que sont les arbres enracinés

Answer 7

Arbres pour lesquels la direction de l’évolution est insinuée. Besoin de connaître l’état ancestral

Question 8

Que sont les arbres non enracinés

Answer 8

Arbres indiquant les relations entre taxons sans aucune direction évolutive ni représentation de la position de l’ancêtre commun

Question 9

Comment savoir si un arbre est enraciné ou non

Answer 9

Enraciner un arbre qui ne l’est pas est comme choisir une branche à un point précis. Il y a toujours plus de topologies enracinées que de topologies non enracinées pour un nombre de taxons donné

Question 10

Quels sont les caractères phylogénétiques

Answer 10

Caractères peuvent être tout ce qui peut être mesuré dans les taxons: Séquences d’ADN, traits morphologiques, traits comportementaux

Question 11

Quelles sont les différentes classifications des caractères phylogénétiques

Answer 11

Invariants, Non informatifs et Infomatif

Question 12

Quel est le caractère phylogénétique invariant

Answer 12

Identique dans tous les taxons (1-2)

Question 13

Quel est le caractère phylogénétique non informatifs

Answer 13

Variable mais n’apporte pas d’informations phylogénétiques (3-4). Un état peut être partagé par plusieurs taxons mais aucun
autre état n’est présent chez plus d’un taxon

Question 14

Quel est le caractère phylogénétique informatifs

Answer 14

Caractère avec au moins 2 états où chaque état est partagé par, au moins, 2 taxons (5-6)

Question 15

Quelle est la méthode cladistique de construction d’un arbre

Answer 15

Arbres construits à partir des caractères communs: Parcimonie maximale, Vraisemblance maximale et Estimation bayésienne

Question 16

Quelle est la méthode phénétique de construction d’un arbre

Answer 16

Arbres construits sur la base de la similarité, sur des distances estimées: UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using arithmetic Averages) et Neighbour Joining

Question 17

C’est quoi un clade

Answer 17

Groupe de taxons dérivés d’un ancêtre commun. Inclus tous les taxons descendants d’un nœud particulier
mais pas les autres taxons. Les taxons vivants dans un clade forment toujours un groupe
monophylétique

Question 18

Comment trouver l’arbre le plus simple avec le parcimonie maximale

Answer 18

Trouver l’arbre le plus simple
1. Construire toutes les possibilités d’arbres (non enracinés).
2. Pour chaque arbre, compter le nombre de changements nécessaires pour chaque caractère et faites la somme de tous les caractères
3. Sélectionner le « meilleur » arbre en choisissant celui
nécessitant le moins de changements/mutations

Question 19

Comment construire tous les arbres possibles

Answer 19

Exemple avec 5 taxons. On commence avec 3 d’entre eux (ABC). Puis on en ajoute un (D) à chaque branche. On fait la même chose avec le 5e (et les suivants si nécessaire)

Question 20

C’est quoi l’apomorphie

Answer 20

L’état d’un caractère dérivé

Question 21

C’est quoi le synapomorphie

Answer 21

Une apomorphie partagée entreplusieurs taxons

Question 22

C’est quoi le pléisiomorphie

Answer 22

L’état ancestral du caractère

Question 23

C’est quoi le sympléisiomorphie

Answer 23

Une pléisiomorphie partagée

Question 24

C’est quoi le variation et divergence

Answer 24

La génétique des populations est l’étude du comportement des gènes dans les populations, ce qui est essentiel pour notre compréhension de l’évolution. La génétique des populations est quantitative. Les marqueurs moléculaires sont l’outil privilégié pour plusieurs raisons

Question 25

C’est quoi le polymorphisme moléculaire

Answer 25

Polymorphisme de séquence d’ADN

Question 26

C’est quoi un haplotype

Answer 26

Combinaison donnée de nucléotides polymorphes le long d’une séquence

Question 27

C’est quoi le théorie de la coalescence

Answer 27

En coalescence, on s’intéresse à la généalogie de loci
homologues au sein d’une espèce/population. En phylogénie moléculaire, on s’interesse à la généalogie
de loci homologues entre les espèces

Question 28

Quel est l’arbre des espèces

Answer 28

Histoire évolutive d’un groupe d’espèces ou de populations. Le temps de divergence entre 2 espèces correspond au temps à partir duquel les 2 espèces sont devenues isolées génétiquement (barrières reproductives)

Question 29

Qu’est-ce que l’arbre des gènes

Answer 29

Histoire évolutive d’un échantillon de copies de gènes

Question 30

Comment la variation génétique est-elle révélée

Answer 30

La variation génétique élevée révélée par l’électrophorèse des protéines a remis en question le dogme que les mutations sont délétères et éliminées par la sélection

Question 31

Que prouve la théorie neutre sur la phylogénétique

Answer 31

La théorie neutre prédit que la plupart des variants qui
apparaissent suite à des mutations sont sélectivement neutres. Les fréquences alléliques sont ainsi dues à l’équilibre entre la mutation et la dérive génique. Cette nouvelle théorie a permis l’étude de l’évolution au niveau de la population

Question 32

Comment se produisent les mutations

Answer 32

Les mutations s’accumulent suivant une horloge