9 QTLs - clase

Question 1

Locus de rasgo cuantitativo

Answer 1

Locus que se correlaciona con la variación de un rasgo cuantitativo en el fenotipo de una población de organismos

Question 2

¿Qué rasgos pueden ser de carácter cuantitativo? (3)

Answer 2

La producción, calidad y resistencia a enfermedades o sequía

Question 3

¿Un QTLs sólo se encuentran en un mismo cromosoma?

Answer 3

Nel, los QTLs se pueden encontrar en diferentes cromosomas

Question 4

Los QTLs se correlacionan con rasgos de tipo:

Answer 4

Continuo (no discreto)

Question 5

Característica de de cómo se ven afectados los rasgos cuantitativos

Answer 5

Son multifactoriales:

Están influenciados por varios genes polimórficos y por condiciones ambientales

Question 6

¿Sólo un QTL afecta al fenotipo?

Answer 6

Nel, 1 o + QTLs pueden influenciar en un rasgo o fenotipo

Question 7

¿Qué se busca en el análisis de QTLs?

Answer 7

Identificar diferencias en el genoma que puedan estar relacionadas con un carácter de interés

Question 8

Marcadores genéticos

Answer 8

Representan diferencias genéticas entre individuos o especies

Question 9

¿Los marcadores genéticos son genes de interés?

Answer 9

No, los marcadores no representan a genes de interés pero actúan como señales para indicar la PRESENCIA de los mismos

Question 10

Tags

Answer 10

Marcadores que se encuentran cerca de los genes de interés (ligados estrechamente)

Question 11

¿Los marcadores afectan al fenotipo? Explique por qué

Answer 11

No, los marcadores no afectan al fenotipo del carácter que se está analizando porque sólo están cerca de los genes que controlan al fenotipo

Question 12

¿Qué son los mapeos de ligamiento?

Answer 12

Son mapas que indican la posición y la distancia relativa entre marcadores a lo largo de los cromosomas

Question 13

3 cosas principales que se necesitan para el análisis de QTLs

Answer 13

1-Determinar los marcadores genéticos
2-Generar de un mapa genético
3-Detección estadística de un QTL

Question 14

2 ejemplos de marcadores genéticos

Answer 14

AFLPs

SNPs

Question 15

¿Por qué no se buscan diferencias en los genes?

Answer 15

Porque pude ser que se analicen genes conservados que no tienen muchas diferencias observables; con el análisis de QTLs primero SE BUSCA DIFERENCIAS y LUEGO se analiza la relación de esas diferencias con el fenotipo

Question 16

¿Qué se hace en el mapeo de QTLs?

Answer 16

Se construye un mapa de ligamiento

Question 17

¿Qué se necesita para hacer un mapa de ligamiento?

Answer 17

Se necesita una población de plantas que se segregan (o sea, población derivada de reproducción sexual)

Question 18

¿Las líneas parentales seleccionadas para la población de mapeo son idénticos o diferentes?

Answer 18

Deben diferenciarse en un o más rasgos de interés para poder identificar varios marcadores polimórficos bien distribuidos en todo el genoma

Question 19

Los tamaños de población utilizados general/ varían entre:

Answer 19

50-250 individuos

Question 20

Poblaciones de mapeo:

F2

Answer 20

F1xF1

Derivadas de híbridos F1 autofecundados que fueron derivados del cruce de dos padres contrastante

Question 21

Poblaciones de mapeo:

Retrocruzamiento (BC; backcrossing)

Answer 21

F1 x P1 o P2

Derivadas del cruce del híbrido F1 con uno de los padres

Question 22

Poblaciones de mapeo:

Líneas endogámicas recombinantes (RIL; recombinant interbred lines)

Answer 22

Derivadas de cruzar varias veces plantas F2 (endogamia) por 7-8 generaciones

Question 23

Poblaciones de mapeo:

Las poblaciones dobles haploides (DH)

Answer 23

Derivadas de la regeneración de plantas por la inducción de la duplicación de cromosomas a partir de los granos de polen

Question 24

¿Qué se usa para hacer el mapa de ligamiento?

Answer 24

El mapa de ligamiento se prepara mediante programas informáticos, usando una codificación de datos para cada marcador en cada individuo

Question 25

¿Cómo se asignan los marcadores a los grupos de ligamiento?

Answer 25

Se usan razones de probabilidad que se expresa como el logaritmo de la relación (Valor LOD)

Question 26

¿Quiénes sugirieron valores LOD? 2 personas jeje

Answer 26

Lander y Kruglyak sugirieron valores LOD

Question 27

LOD score

Answer 27

Logaritmo de las probabilidades de que dos genes o loci se encuentren ligados y por lo tanto se hereden unidos con más frecuencia de lo habitual

Question 28

¿Cómo se representa el valor LOD?

Answer 28

Se representa por la letra “Z”

Question 29

¿Cómo se evalúa el valor LOD? (3 opciones)

Answer 29

Z > o = a 3 se considera ligamiento
Z < -2 se afirma que no existe ligamiento
-2 > Z > 3 no se puede asegurar si hay o no ligamiento (falta análisis)

Question 30

¿Cómo se calcula el valor LOD?

Answer 30

logaritmo en base 10 de la razón entre la probabilidad de que los loci se encuentren ligados con una frecuencia de recombinación específica (R), respecto a una no recombinación

Question 31

¿Qué se requiere para hacer un mapeo fino?

Answer 31

Un mapeo fino es más dificil porque se requieren más eventos de recombinación para separar los genes que codifican al rasgo de marcadores que están cercanos a éstos

Question 32

Una vez que se han identificado un set de QTLs, ¿se usan todos?

Answer 32

No, se usan los que tienen efecto fuerte en el fenotipo para clonación posicional

Question 33

clonación posicional

Answer 33

aislamiento de segmentos de ADN que se superponen parcialmente y que se van localizando a lo largo del cromosoma para identificar un gen candidato