Alles Flashcards
(135 cards)
1
Q
Wat zijn restrictie endonucleases?
A
Nucleases die DNA in kleinere stukjes knippen.
2
Q
Wat is het verschil tussen exonucleases en endonucleases?
A
Exonucleases hydrolyseren de fosfodiester binding aan de uiteinden van de keten; endonucleases knippen op specifieke plekken in het DNA.
3
Q
Wat is een palindroom in het DNA?
A
Een herkenningssite die door nucleases kan worden herkend en waar ze het DNA knippen.
4
Q
Wat zijn sticky (staggered) en blunt ends?
A
Sticky ends zijn de zigzag knipresultaten, blunt ends zijn recht door het DNA geknipt.
5
Q
Wat is een restrictie map?
A
Een kaart met knipplekken van een gen geknipt door specifieke restrictie enzymen.
6
Q
Wat is DNA fingerprinting?
A
Een techniek om DNA te knippen en te vergelijken om bijvoorbeeld een dader te identificeren.
7
Q
Hoe werkt agarose gel elektroforese?
A
DNA fragmenten worden gescheiden op basis van grootte en migreren door een gel onder invloed van een buffer.
8
Q
Hoe kan je een vreemd gen in een plasmide klonen?
A
Door een vector te injecteren die je gen bevat.
Eerst moet je een goede vector vinden, daarna knip je met type II nucleases, liefst op een staggered manier. Injecteer je het gen en vervolgens injecteer je de vector in de plasmide. Om te kijken of de vector goed is opgenomen in de plasmide moet je restrictie analyse uitvoeren. Bijvoorbeeld door toestanden te vormen waarbij alleen vectoren met het juiste gen overleven.
9
Q
Wat zijn de stappen van PCR?
A
Denaturatie, hybridisatie, elongatie.
10
Q
Hoe maak je een puntmutatie met PCR?
A
Voeg een primer met de puntmutatie toe, gebruik DNA polymerase en DNA ligase.
Plasmiden in cellen opnemen en controleren welke cel de puntmutatie bevat.
11
Q
Waarom maak je een puntmutatie?
A
Om een andere aminozuurcode te verkrijgen.
12
Q
Wat kun je onderzoeken met micro-arrays?
A
De expressie van genen in verschillende condities.
13
Q
Hoe wordt de expressie van een vreemd gen in E. coli gereguleerd?
A
Via het lac-operon systeem met een inducer.
14
Q
Wat is de rol van het lac operon in bacteriën?
A
Reguleert transcriptie door een repressor en inducer interacties.
15
Q
Op welke niveaus vindt expressie regulatie plaats bij eukaryoten?
A
DNA, RNA, eiwit niveau. Chromatine, transcriptie-initiatie, RNA splicing, afbraak RNA, eiwit processing (chemische modificatie) en afbraak eiwit (ubiquitine).
16
Q
Wat is de basisstructuur van α-aminozuren?
A
Een aminozuur bestaat uit NH2-CHR-COOH. Een aminozuur bestaat uit een NH2-CHR-COOH. Als de koolstofatoom van de CHR direct verbonden is met de aminogroep en carbonzuurgroep dan is het een alfa-aminozuur. Zo niet een bèta, gamma, etc aminozuur.
17
Q
Waardoor wordt de lading van een eiwit bepaald?
A
Door de pH in het lichaam/cellen.
18
Q
Welke 4 niveaus zijn er in de structuur van eiwitten?
A
- Primair: covalente aminozuur bindingen. * Secundair: waterstofbruggen. * Tertiair: hydrofobe interacties, ion bruggen, van der waals bruggen, zwavelbruggen. * Quaternair: vouwing van tertiaire structuren.
19
Q
Wat is denaturatie?
A
Eiwitten verliezen hun functie door hoge/lage pH of temperatuur.
20
Q
Noem 3 vormen van kolomchromatografie die geschikt zijn voor eiwitzuivering.
A
- Size chromatografie: scheiding op basis van grootte. * Ion chromatografie: scheiding op basis van lading. * Affiniteit chromatografie: scheiding op basis van bindingssterkte.
21
Q
Hoe werkt SDS-PAGE gel-elektroforese?
A
Op basis van lading en grootte worden de geknipte eiwitten in buffer (door restrictie enzymen) gescheiden op het gel. Grote geknipte stukken eiwit gaan minder snel door het gel heen.
22
Q
Hoe kun je met SDS-Page het aantal subunits bepalen?
A
Door MBE restrictie enzymen gaan de zwavelbruggen kapot tussen de subunits (tertiaire structuren). Op de SDS-page kan je dit vinden door op twee rijen apart +BME en -BME te plaatsen. Bij -BME gaan alleen de subunits uit elkaar die zwak zijn gebonden en met +BME gaan ook de subunits uiteen die gebonden zijn met zwavelbruggen.
23
Q
Welke techniek wordt gebruikt voor het bepalen van de aminozuurvolgorde van eiwitten?
A
Massaspectrometrie.
24
Q
Wat is een BLAST search?
A
Het voorspellen van biologische functie en structuur van een onbekend eiwit door vergelijking met bekende eiwitten.
25
Met welke 2 technieken kan de driedimensionale structuur van eiwitten bepaald worden?
* X-ray * NMR.
26
Wat zijn de voor- en nadelen van NMR?
VD: Beweging en vouwing en de naive staat bestuderen.
ND: Lagere resolutie dan X-ray en alleen kleine eiwitten mogelijk
27
Hoe kun je met X-Ray Diffractie de structuur van een eiwit bepalen?
Door een gekristalliseerd eiwit te bestralen met Röntgenstraling.
28
Wat zijn de voor- en nadelen van X-Ray Diffractie?
VD: Bepaling van 3D structuur, eiwitgrootte maakt niet uit en hogere resolutie dan NMR.
ND: Gekristalliseerd eiwit is noodzakelijk en beweging eiwit niet volgbaar.
29
Wat is het verschil tussen globulaire en fibreuze eiwitten?
Globulair: Klein en puntige eiwitten.
Fibreuze: Grote en langwerpige eiwitten.
30
Waar komt collageen in organismen voor?
In bindweefsel, huid en bot.
31
Hoe is collageen opgebouwd?
Het is opgebouwd in een triple coiled coil en het vormt lange vezels. Opgebouwd uit hydroxyproline, hydroxylysine en glycine. Wordt gestabiliseerd door cross-linking.
32
Wat is een glycoproteïne?
Een eiwit waaraan een of meer polysachariden zijn gekoppeld.
33
Hoe ziet een antibody eruit?
Opgebouwd uit heavy chains, light chains en zwavelbruggen.
34
Noem 2 farmaceutische toepassingen van antibodies.
* Medicijnen afleveren op specifieke plekken. * Antibodies markeren antigenen voor afbraak.
35
Wat zijn nanobodies?
Flexibele stukjes van een antibody die door de bloed-hersenbarrière kunnen.
36
Noem 3 toepassingen van eiwitten binnen de voedingsmiddelen-, farmaceutische- en/of cosmetische industrie en leg uit hoe hun structuur en functie samenhangt met de toepassing.
Voeding: Nisine; conserveermiddel in kaas, Collageen; bindmiddel, Caseine; melkeiwit.
Farmaceutisch/Cosmetisch: collageen; bindweefsel, keratine; stevigheid huid/nagels en elastine; elastische vezels.
37
Welke 6 enzym hoofdklassen zijn er?
* Ligases * Lyases * Transferases * Isomerases * Hydrolases * Oxidoreductases.
38
Wat is het voordeel van enzymen boven chemische katalysatoren?
Hogere efficiëntie en selectiviteit.
39
Wat is de eerste stap in een enzymatische reactie?
De vorming van het substraatenzymcomplex.
40
Wat zijn serine proteases?
Enzymen die peptidebindingen in eiwitten knippen.
41
Welke 2 typen cofactoren zijn er?
* Co-enzymen * Essentiële ionen.
42
Wat is de rol van aminozuurresiduen in enzymatische reacties?
Fungeren als protondonoren of -acceptoren, nucleofielen en als katalytische triade.
43
Hoe beïnvloedt pH de activiteit van enzymen?
pH-veranderingen kunnen de vorm van het actieve centrum van het enzym beïnvloeden. Enzymen werken op een pH optimum. Ook wil je voorkomen dat er denaturatie plaatsvind.
44
Welke 2 typen cofactoren zijn er?
Co-enzymen en essentiële ionen
## Footnote
Co-enzymen zijn onderverdeeld in co-substraten en protetische groepen. Essentiële ionen omvatten activator- en metaal-ionen.
45
Welke 2 typen co-enzymen zijn er?
Co-substraten en protetische groepen
46
Wat zijn de verschillen tussen co-substraten en protetische groepen?
Protetische groepen blijven gedurende de hele reactie aan het enzym gebonden via covalente en non-covalente bindingen.
47
Wat is de bron voor co-enzymen voor zoogdieren die niet in staat zijn zelf bepaalde co-enzymen te synthetiseren?
Vitamines
48
Wat is de functie van ATP?
Levert een fosfaatgroep die reversible koppelt aan de -OH van ser, thr en tyr
## Footnote
ATP levert energie.
49
Wat doen nicotinamide co-enzymen?
Functioneren als biochemische elektronendragers in redoxreacties
## Footnote
Ze kunnen in twee vormen voorkomen: geoxideerd (NAD+/NADP+) en gereduceerd (NADH/NADPH).
50
Voor welke klasse enzymen fungeren nicotinamide co-enzymen als co-substraat?
Oxidoreductases
51
Waaruit worden de nicotinamide co-enzymen gesynthetiseerd?
Niacine (vitamine B2)
52
Wat doet de elisa analyse techniek?
Aantonen aanwezigheid van antigen in een monster.
53
Wat doet de western-blotting analyse techniek?
Aantonen/identificatie aanwezigheid inmmuunrespons eiwitten.
54
Waarin verschilt enzymkinetiek van eenvoudige chemische reactiekinetiek?
Reactiesnelheid hangt af van enzym, substraat en product concentratie. Covalente modificatie. Allosterische regulatie. Substraatspecificiteit. Feedbackloop.
55
Wat is covalente modificatie en wat zijn twee voorbeelden?
Het enzym pas pas actief na een specifieke behandeling.
1. enzym (proenzym of zymogeen) wordt pas actief na afknippen N-terminaal)
2. ATP levert een fosfaatgroep aan OH- van Ser, Thr, Tyr.
56
Wat wordt verstaan onder feedback regulatie?
A->B->C->D, D remt bv aanmaak B.
57
Wat wordt bedoeld met de initiële reactiesnelheid, v0?
De initiële reactiesnelheid, v0, in enzymkinetiek verwijst naar de snelheid van de enzymatische reactie aan het begin van het proces.
58
Hoe bepaal je experimenteel v0?
Door de reactiesnelheid te meten bij verschillende substraatconcentraties en de resultaten te plotten in een Michaelis-Menten grafiek en uit te rekenen volgens: Vo = Vmax*[S]/Km+[S]
59
Hoe luidt de Michaelis-Menten vergelijking?
Vo = Vmax*[S]/Km+[S]
60
Hoe ziet een Michaelis-Menten curve (v0 tegen [S]) eruit?
61
Wat is de betekenis van Vmax? Wat is de eenheid van Vmax?
De hoogst mogelijke snelheid waarmee een enzym substraat kan omzetten in product. Vmax wordt bereikt wanneer alle beschikbare enzymmoleculen gebonden zijn aan substraat. De hoeveelheid substraat die per tijdseenheid wordt omgezet.
62
Wat is de betekenis van Km? Wat is de eenheid van Km?
Km staat voor de affiniteit van substraat tot enzym. Een hogere Km is een lagere affiniteit. Heeft dezelfde eenheid als de substraatconcentratie.
63
Hoe ziet een Lineweaver-Burk-plot eruit?
64
Wat zijn de voordelen van een Lineweaver-Burk plot t.o.v. een Michaelis-Menten plot? Wat is het nadeel?
VD: Meer accuraat bepaling van Vmax en soort enzym remming.
ND: De invloed van meetfouten worden versterkt
65
Hoe bepaal je uit een Lineweaver-Burk plot de Vmax en Km?
Vmax: snijpunt op Y-as = 1/Vmax. 1/Y-as = Vmax
Km: snijpunt op X-as = -1/Km. -1/X-as = Km
V/H = Km / Vmax
66
Wat is de betekenis van het turnovergetal (kcat)?
n substraatmoleculen dat per seconde per enzym omgezet wordt omgezet in product.
67
Hoe is kcat experimenteel te bepalen?
Kcat = Vmax/[E]totaal.
68
Bij welke substraatconcentraties gedraagt een enzymreactie zich als 0e orde?
[S]>>Km, orde is substraat onafhankelijk
69
Volgens welke orde gedraagt een enzymreactie zich bij lage substraatconcentraties? ([S]<<
Eerste orde, afhankelijk van [S].
70
Wat is een maat voor enzymefficientie?
Kcat (turnovergetal) geeft aan n substraat per seconde omgezet per enzym.
71
Wat is de theoretische bovengrens voor de snelheid van enzymgekatalyseerde reacties?
Het turnover getal (kcat) benaderd de diffusielimiet.
72
Bij welke inhibitie kan een overmaat aan substraat de inhibator weg concurreren?
Bij competitieve inhibatie
73
Welke vormen van reversibele enzymremming zijn er?
Competitief, oncompetitief, niet-competitief en gemengd.
74
Waar bind inhibator S en waar inhibitor I op het enzym?
Inhibator S bind aan actieve site en inhibator I bind niet aan actieve site maar ergens anders.
75
Wat is bij competitieve inhibitie het effect op Km en Vmax ?
Km = verhoogd
Vmax = hetzelfde
76
Wat is bij niet-competitieve en gemengde inhibitie het effect op Km en Vmax ?
Km = verhoogd
Vmax = verlaagd
77
Wat is bij oncompetitieve inhibitie het effect op Km en Vmax ?
Km = verlaagd
Vmax = verlaagd
78
Hoe is het effect van een inhibitor bij competitieve remming te verminderen/op te heffen?
Door een overmaat normaal substraat toe te voegen.
79
Veel inhibitoren bij competitieve remming zijn substraat analogen. Wat wordt hiermee bedoeld?
Ze lijken hetzelfde als substraat, maar kunnen zelf niet omgezet worden.
80
Waarin verschilt irreversibele enzymremming van reversibele remming?
Bij irreversible enzymremming komt de inhibator niet meer van het enzym af.
81
Noem 4 vormen van enzymregulatie.
n enzym, substraat en product concentratie. Covalente modificatie. Feedbackloop. Homo- en hetro allostere enzymen.
82
Wat wordt verstaan onder feedback regulatie?
A->B->C->D, D remt bv aanmaak B.
83
Wat is het voordeel van feedback regulatie t.o.v. gewone productinhibitie?
Dat feedback regulatie zichzelf reguleerd, minder moeilijk is voor productzuivering en minder schadelijk voor de enzymen.
84
Wat bekent het als een enzym allosteer gereguleerd wordt?
Dat er een ligand (coöperatieve binding) of een metabole remmer/activator bind aan het enzym om voor hogere/lagere enzym activiteit te zorgen. Zorgt voor conformatie veranderingen in het enzym.
85
Wat wordt verstaan onder coöperatieve binding van substraat?
Dat er een substraat ligand bind aan het enzym waardoor er conformatie veranderingen plaats vind in het enzm. Het enzym kan dan veel makkelijker substraat binden. Als [S] omhoog, lage Km. Als [S] omlaag, hoge Km.
86
Wat wordt verstaan onder de T-conformatie en de R-conformatie?
De enzym komt voor of in de tense-vorm of relaxed-vorm.
87
Wat is de invloed van metabole activatoren en remmers op de conformatie van hetero-allostere enzymen?
Metabole activators zorgen voor de R-vorm (hogere activiteit) en metabole remmers de T-vorm (lagere activiteit).
88
Wat is een zymogeen of pro-enzym?
Een niet-actieve enzym. Zymogeen en pro-enzym betekend hetzelfde.
89
Hoe wordt een zymogeen geactiveerd?
Bv door een N-terminaal peptide af te knippen.
90
Waarom worden de proteolytische darmenzymen in de cel niet meteen in een actieve vorm gemaakt?
Er is in de darm niet altijd gelijk substraat aanwezig en om te voorkomen dat ze weefsel aantasten
91
Wanneer is een suiker een aldose en wanneer een ketose in fischer projectie?
Aldose: CHO-CHOH-R
Ketose: CH2OH-CO-R
92
Wanneer is een suiker een aldose en wanneer een ketose in haworth projectie?
Aldose: Een CH2-CHOH groep
Ketose: Twee CH2-CHOH groepen
93
Wanneer spreek je van een D-suiker, wanneer van een L-suiker?
Als de onderste chirale C-atoom zijn OH groep rechts heeft staat is het een D-suiker, links is het een L-suiker.
94
Wat wordt bedoeld met een C3-epimeer?
Op de derde chirale C-atoom is van de ene naar de andere suiker alleen een OH groep van R->L of L->D verwisseld.
95
Suikers cycliseren intramoleculair. Welke functionele groepen reageren met elkaar?
OH van onderste chirale C-atoom reageerd met functonele groep =O
96
Wat is het anomere koolstofatoom in suikers?
Is het koolstofatoom dat betrokken is bij de vorming van de ringstructuur van het suikermolecuul. Voormalig aldehyde- of ketongroep.
97
Wat is een furanose-, wat is een pyranose-ring?
Furanose: is een vijf-ring.
Pyanose: is een zes-ring.
98
Wat bepaalt of een suiker de α- of de β-conformatie heeft?
Alles wat rechts staat in de Fischerprojectie naar onderen in de Haworthprojectie en visa versa.
99
Waar worden groepen die in een Fischer projectie rechts getekend worden in een Haworth projectie getekend?
Naar onderen
100
Wat is een glycosidische binding?
Twee suiker moleculen zijn samen verbonden.
101
Wat wordt bedoeld met een α-(1,4)-O-glycosidische binding?
Dat er een alfa binding is tussen twee suiker moleculen op C1 van suiker nr 1 en C4 van suiker nr 2. Verbonden in het midden zit een O-atoom.
102
Wanneer is een suiker reducerend en wanneer niet-reducerend?
Reducerend: Anomeer C-atoom is vrij en kan geoxideerd worden.
Niet-reducerend: De twee anomeer C-atomen zitten samen in de glycosidische binding.
103
Wat is het verschil tussen hetroglycanen en homoglycanen?
Homoglycanen: opgebouwd uit één type monomeer.
Hetroglycanen: opgeboywd uit meerdere type monomeren.
104
Wat zijn overeenkomsten en verschillen tussen amylose en amylopectine?
Amylose en amylopectine zijn allebij zetmeel en spelen een rol in de energie opslag van planten.
Amylose: is lineair polymeer, breekt langzamer.
Amylopectine is sterk vertakt, wordt sneller afgebroken.
105
Wat is het verschil tussen amylose en cellulose? (geef een verschil in zowel primaire en als in secundaire structuur en leg uit wat dat voor invloed heeft op de eigenschappen)
Amylose: Bestaat uit α-D-glucose moleculen, helixstructuur, als energieopslag in planten.
Cellulose: Bestaat uit β-D-glucose moleculen, rechte parallele ketens, sterkte en stevigheid van planten.
106
Waarom is chitine zo sterk?
Chitine is een aromatische polysaccharide. De waterstofbruggen tussen de chitinemonomeren maken het een sterk materiaal net zoals cellulose.
107
Wat zijn proteoglycanen?
Eiwitten met daaromheen lange sachariden ketens.
108
Waaruit is hyaluronzuur opgebouwd, waar tref je het aan, wat is de functie?
Lange keten van disachariden, betrokken in de celvernieuwing en waterhuishouding in het lichaam. Werkt goed voor cosmetische ingrepen en tegen artrose.
109
Wat zijn peptidoglycanen?
Bestaan uit lange ketens van twee afwisselende aminosuikers. Vormen van de celwand van bacteriën
110
Wat doe je als je op het vakgebied 'glycomics' werkt?
Bestudeer je alle glycaanstructuren (complexe suikerketens) in een bepaalde cel of organisme.
111
Geef een paar voorbeelden van koolhydraat/sacharide gebaseerde geneesmiddelen.
Hyaluronzuur: tegen artrose
Heparine: voorkomt bloedstolling
112
Wat doe je met een micro-array in glycomics?
Om verschillen in genexpressie te bestuderen onder verschillende condities.
113
Noem drie industriële toepassingen van koolhydraten/sachariden.
Vaccins, vulmiddel en bestrijding schimmel.
114
Hoe bepaal je het aantal isomeren?
2^n, met n = chirale C-atomen
115
Welke functies hebben lipiden in cellen?
Het is een bestanddeel van het celmembraan.
116
Uit welke soort lipiden zijn biologische membranen voornamelijk opgebouwd? Welke onderdelen kun je onderscheiden in deze lipiden en waarom zijn ze zo geschikt voor hun functie?
Fosforlipiden en Sfingolipiden, ze zijn amfipatisch (hydrofobe staart en hydrofiele kop), vormen een dubbele laag voor de celmembraan.
Cholesterol, ook amfipatisch, reguleerd de membraanvloeibaarheid
117
Wat is de functie van triacylglycerolen?
Als energie opslag. Het is een glycerol veresterd met drie vetzuren. Niet voorkomend in membraan.
118
Wat is het effect van een dubbele binding op de ruimtelijke conformatie van de vetzuurstaart?
Als Cis, verstoord de ruimtelijke ordening, zorgt ervoor dat de smeltpunt lager wordt.
119
Hoe verandert het smeltpunt van vetzuren bij verlenging van de keten en hoe bij meerdere dubbele bindingen?
Langere vetzuur ketens: de smeltpunt zal omhoog gaan.
Meer dubbele bindingen: de smeltpunt zal omlaag gaan.
120
Waaruit zijn glycerofosfolipiden (fosfoglyceriden) samengesteld?
Glycerol backbone en een fosfaatgroep.
121
Waaruit zijn sfingolipiden samengesteld?
Sfingosine backbone (een aminogroep I.n.v alcohol groep).
122
Waar tref je sfingolipiden veel aan?
In celmembranen, in de hoornlaag van de huid en in het zenuwstelsel.
123
Waarom is cholesterol amfipatisch?
Het heeft een hydrofiele alcohol kop en hydrofobe staart met de koolstof ringstructuren.
124
Tot welke lipidengroep behoort cholesterol?
Van de lipide groep steroïden.
125
Wat is de rol van cholesterol?
Regulatie van de membraanvloeibaarheid. Van hoge naar lage temperatuur: verstoren ordening, verhogen membraanvloeibaarheid en visa versa.
Precursor van veel hormonen (testosteron en oestrogeen).
126
Hoe herken je cholesterol?
Door de typische vier-ringsstructuur en alcohol groep op de kop.
127
Wat zijn de kenmerken van een wax? Noem ook een voorbeeld.
Een lange vetzuur veresterd met een ester. Kan volledig oplossen in water. Voorbeeld: bijenwax voor het maken van honingraten of kaarsen.
128
Wat is een zeep?
Vetzuur behandeld met sterke base, er vind zoutvorming plaats.
Vormen micellen rond olie, ze zijn emulgatoren en detergenten.
129
Hoe is een biologisch membraan opgebouwd? Wat zijn de bestanddelen?
Fosforlipides, cholesterol, sfingolipiden, koolhydraten en diverse eiwitten.
130
Wat is het Fluid Mosaic Model?
Geeft de structuur aan van het plasma celmembraan, waaronder fosforlipiden, cholesterol, eiwitten en koolhydraten.
131
Waarom zijn de fosfolipiden ongelijk verdeeld over de binnen- en buitenkant van de bilaag?
Functionele specialisatie, bescherming en celherkenning. Daarnaast moet het ook een curve maken om weer het membraan te kunnen sluiten.
132
Noem twee toepassingen van lipides in de voedingsindustrie
Omega-3 vetzuur voor cholesterolniveau.
Omega-6 vetzuur voor aanmaak linolzuur.
133
Wat wordt bedoeld met omega-3 en omega-6 onverzadigde vetzuren? (leg de link met de molecuulstructuur)
Omega-3-vetzuur is een onverzadigd vetzuur waarbij op de laastste drie koolstofatomen geen dubbele binding zit.
Omega-6-vetzuur is een onverzadigd vetzuur waarbij op de laastste zes koolstofatomen geen dubbele binding zit.
134
Hoe worden liposomen farmaceutisch toegepast?
Immunoliposomen voor herkenning tumoren met medicijnaflevering.
Anandamide als neurotransmitter tegen chronische pijn.
135
Wat is het verschil tussen een liposoom en lipide?
Een liposoom is opgebouwd uit fosforlipides.
