Allmänt Flashcards
(80 cards)
1
Q
Enzymatisk katalys sker via olika katalytiska mekanismer. Ge exempel på sådana och beskriv kortfattat samverkan mellan enzym och substrat i dessa fall.
A
Det är när enzymer fungerar som katalysatorer och sänker aktiveringsenergin.
I det aktiva sätet sker kemiska reaktioner som leder till bildande av transitionstateoch slutligen produkt.
Reaktionsmekanismer:
- Kovalent katalys, en tillfällig kovalent bindning bildas mellan enzym och substrat, polära aminosyror.
- Allmän syra/bas katalys, enzymet fungerar som protonavgivare/protonupptagare, laddade aminosyror.
- Metalljon-katalys, en kofaktor deltar i redoxreaktioner, stabiliserar negativa laddningar mmReaktionen underlättas genom att substrat kommer nära varandra och orienteras i rätt riktning i förhållande till varandra.Katalys är känsligt för förändringar i pH, jonstyrka och temperatur.
2
Q
Isoelektrisk fokusering
A
Proteinerna vandrar i ett spänningsfält, i en gel med en pH-gradient.
Proteinet vandrar mot anod (+) eller katod (-) beroende på dess laddning. Eftersom proteinet förflyttar sig i gelen så förändras det omgivande pH ́t.
3
Q
Tvådimensionell elektrofores
A
Isoelektrisk fokusering kan kombineras med SDS-PAGE.Först görs en isoelektrisk fokusering.
Efter separation läggs gelremsan ovanpå (i 90ovinkel) en SDS-PAGE gel.
På det viset kan man få bättre upplösning så att enskilda polypeptidkedjor kan analyseras i ett prov bestående av många proteiner. Det är användbart inom proteomik= studier av alla proteiner och deras interaktioner med varandra i en hel cell/organism.
4
Q
Gelfiltrerings-kromatografi
A
Vid gelfiltrering separeras provkomponenterna m a p storlek.
Den stationära fasen består av porösa kulor. Porstorleken varierar inom ett bestämt intervall som väljs efter provkomponenternas storlek.Prov-komponenter som är för stora för att ta sig in i kulorna elueras ut först och samtidigt. ”Störst går först”
Kan användas för:
•avsaltning, då kommer de stora molekylerna ut först, saltet sist
•separation av olika proteiner,
•molekylviktsbestämning, då måste alla proteiner passera genom kulorna
5
Q
Om vi tänker oss en minimalistisk cell som innehåller så få strukturer som möjligt men som ändå kan växa och reproducera sig, vilka tre cellstrukturer anser du är helt nödvändiga denna.
A
Cellmembran - skiljer det som är i cellen från omgivningen. Låter det som ska transportera igenom att transportera och hindrar det andra.
Kromosom - innehåller dubbelsträngad DNA sträng som kan replikeras och då kan dellen dela på sig (reproducera sig).
Ribosom - Synes av protein
6
Q
Cellmembran
A
Skiljer det som är i cellen från omgivningen. Låter det som ska transportera igenom att transportera och hindrar det andra.
Uppbyggda av lipider och proteiner.
Ett membrans viktigaste uppgift är att hindra vattenlösliga ämnen från att diffundera genom det.
Lipidskiktet fungerar som en kemisk barriär.
7
Q
Ribosomer
A
- Syntes av proteiner, dvs binda aminosyror till proteiner
- Producerar mycket protein? -> Många ribosomer
- Inte en organell
- Alla celler har ribosomer
- Består av proteiner och RNA som tillsammans bildar två subenheterna som i sin tur bildar en fungerande ribosom
8
Q
Vad finns det för typer av celler?
A
Det finns Prokaryota (före kärna) och Eukaryota (äkta kärna)
9
Q
Prokaryota celler
A
- Mindre än Eukaryota
- Saknar inre membranomsluta utrymmen, organeller (små organ) och inre struktur.
- Relativt enkel struktur
- Bakterier och arkeer, oftast encelliga (ex. E. Coli)
- Skyddar mot farliga mikroorganismer men kan också ge sjukdomar.
10
Q
Eukaryota celler
A
- Har membran som stänger in allt
- Alla andra celler förutom bakterier och arkeer, kan vara både encelliga (ex. jästsvamp) eller flercelliga (ex. djur och växter)
- Har organeller (små organ)
- Intracellulär
11
Q
Prokaryotas cellstruktur
A
- Cellvägg ytterst
- Sedan cellmembran
- Arvsmassan ligger fritt i cytoplasman
- Ribosomer
- (saknar organeller och cellkärna)
- Plasmider (små cirkulära DNA-molekyler)
12
Q
Eukaryotas cellstruktur
A
- Cellmembran
- Vissa saknar cellvägg (ex. djurcell) andra har (ex. växtcell)
- Organeller
- Valukol (växtcell)
- Cytoplasma
- Ribosomer
- Endosom
- Peroxisom
- Cytoskelett
13
Q
Vad finns det för Organeller?
A
Cellkärnan Mitokondriern Kloroplaster (växtcell) Golgi Lysosom Endoplasmatiska retikulumet (ER)
14
Q
Cellkärna
A
- Största organellen
- Dubbelmembran (kontinuerligt)
- Informationscenter
- Transport genom porer til och från kärnan.
15
Q
Mitokondien
A
- Två membran, inre och yttre.
- Inre är mycket invagerad.
- Mellan finns intermembranutrymmet
- Här genomgår bränslemolekyler förbränning till koldioxid och vatten.
16
Q
Cellvägg
A
- Djurcell saknar
- Växtcell har, gjord av polysackarider
- Alla prokaryota har cellvägg ytterst
- Skyddar
17
Q
Kloroplasten
A
- Dubbelmembransbunden
- Finns endast i växtcellen
- Omvandling av solljus till kemisk energi (fotosyntes)
18
Q
Golgi
A
- Består av flera tätt sammanpackade membranblåsor
- Här modifieras, sorteras och packas proteiner som kommer från ER.
- Kolhydrater tillsätts
- Transport från grova ER till Golgi.
19
Q
ER
A
Endoplasmatiska retikulumet.
- En serie membransäckar
- Biokemiska reaktioner i säckarna eller på ytan
- Två typer: släta (ER eller SER) som är som hål och grova (ER eller RER) som är som skivor.
- Bearbetning av exergona (ursprung utanför cellen) kemikalier (ex. läkemedel) (SER)
- RER - highway
- Proteiner synteras på de grova ER
- Lumen - viks protein aha kapeloner.
20
Q
Lysosom
A
- Brett spektrum av matsmältningsenzymer
- Smälter samman med endosomer
- Efter fusion -> smälter material -> frigör små molekyler -> kan anv som byggstenar eller bränsle
21
Q
Peroxisom
A
- Innehåller nedbrytande enzymer
* Tar hand om ämnen som inte kan brytas ner nån annan stans.
22
Q
Cytoskelett
A
- Utgörs av tre olika proteinfibrer:
aktinfilament, mikrotubili och intermediära filament. - Ger cellen form, stabilitet och rörelseförmåga samt bildar transportleder i cytosolen.
23
Q
Kromosom
A
Innehåller dubbelsträngad DNA-sträng som kan replikeras och gör att cellen sen kan reproducera (dela) sig.
24
Q
Vad finns det för bindningar mellan aminosyror och hur binds de?
A
- Vätebindningar:
Kräver en vätebindingsacceptator och en vätebindingsdonator.
Donator: H som är bundet till ex. O, N eller F.
Acceptator: elektronegativ atom med ett fritt e par ex. O, N eller F.
Karbonylgrupper är acceptatorer
Hydroxylgrupper kan vara båda
Aminogrupper kan vara båda
- Hydrofob interaktion:
När de endast består av C och H. Koppla ihop hydrofob med hydrofob - van der Waals:
hydrofil med hydrofil
dipol-dipolbindning
25
Nativ PAGE
Nativ PAGE körs utan detergent. Proteinerna behåller sin nativa struktur vilket gör att vandringshastigheten också är beroende av proteinets form.
Bindningarna mellan subenheter i ett protein påverkas endast i liten utsträckning vilket gör att ett protein med flera subenheter oftast vandrar som en enhet.För att komma ifrån formens betydelse för vandringshastigheten kan man denaturera proteinet med detergenten SDS, Na-dodecylsulfat, metoden kallas då SDS-PAGE.
26
Namnge och beskriv den bindning mellan aminosyror som resulterar i proteinets primärstruktur.
Mellan två aminosyror, där kopplas H3N ihop med COO från den andra. Detta kallas peptidbindning. De bildas H2O som biprodukt, dvs två H och ett O försvinner. Bindning mellan kväve och kol. Peptidbindingen kan va i trans eller i cis men är nästan alltid i trans.
Både C-O och C-N bindningarna har inslag av dubbelbindningen. Dessa är inte ridbana och kommer ligga i ett plan-amidplanet
27
Tala om vilken typ av kemisk bindning som stabiliserar proteinets sekundärstruktur. Ange också vilka delar av aminosyrorna som medverkar i dessa bindningar i det här fallet.
Sekundära strukturen stabiliseras av vätebindningar mellan aminosyrornas amino- och karboxylsyrabrupper som befinner sig i olika delar av ryggraden. Den kan förekomma som alfa-helix (spiral -vriden struktur stabiliserad av vätebindningar mellan aminosyror vars avstånd är ca 3-4 aminosyror) och beta-sträng (linjär sträng som stabiliseras av vätebindningar mellan parallella och antiparallella strängar).
28
Hur fungerar SDS-PAGE?
Separering med avseende på storlek. Gel med spänning över. Mindre molekyler vandrar längre och större molekyler vandrar kortare.
29
Tvådimensionell elektrofores
Isoelektrisk fokusering kan kombineras med SDS-PAGE. Först görs en isoelektrisk fokusering. Efter separation läggs gelremsan ovanpå (i 90°-vinkel) en SDS-PAGE gel. På det viset kan man få bättre upplösning så att enskilda polypeptidkedjor kan analyseras i ett prov bestående av många proteiner. Det är användbart inom proteomik= studier av alla proteiner och deras interaktioner med varandra i en hel cell/organism.
30
Kompetativ inhibitor
Iboprofen, Sulfanilamid, Antibiotika
31
Reversibel inhibitor
komparativ inhibitorer ex antibiotika
32
Den plats i enzymet dit substratet binds och där den katalytiska reaktionen sker?
Aktivt säte
33
Det tillstånd substratet passerar på sin väg mot produkt och som har den högsta energinivån?
Övergångstillstånd
34
En reaktion som har ett negativt ΔG-värde?
Exergon reaktion
35
En katalytisk mekanism som innebär att enzymet fungerar som protonavgivare/protondonator?
Syra-Bas-Katalys
36
Vad finns det för olika konfirmation vid glykosidbindning.
Alfa-konfirmation:
När OH-gruppen pekar nedåt vid det anomera kolet
Beta-konfirmation:
När OH-gruppen pekar uppåt vid det anomera kolet
37
Fettsyrornas smältpunkt
Ju kortare kedjor desto lägre smältpunkt.
Ju fler dubbelbindningar i cis desto lägre smältpunkt (packas inte bra)
Dubbelbindningar i trans packas bra.
Mättade - hög smältpunkt:
Enelbindningar, packas bra -> binds samman.
Omättade - låg smältpunkt:
Dubbelbindningar i cis och i trans
Om cis-böjer och funkar inte bra med andra molekyler -> packas inte bra.
Om trans - packas bra men det finns fortfarande hydrofoba interaktioner och van der waalsbindningar.
38
Fettsyrornas smältpunkt
Ju kortare kedjor desto lägre smältpunkt.
Ju fler dubbelbindningar i cis desto lägre smältpunkt (packas inte bra)
Dubbelbindningar i trans packas bra.
Hydrofoba interaktioner och van der waalsbindningar är i alla. Men färre av dessa => lägre smältpunkt
Mättade - hög smältpunkt:
Enelbindningar, packas bra -> binds samman.
Omättade - låg smältpunkt:
Dubbelbindningar i cis och i trans
Om cis-böjer och funkar inte bra med andra molekyler -> packas inte bra.
Om trans - packas bra men det finns fortfarande få hydrofoba interaktioner och van der waalsbindningar.
39
Syrgasmolekyler transporteras från cellens utsida till cytosolen
Enkel diffusion
40
Glukosmolekyler transporteras från cellens utsida till cytosolen.
Underlättad diffusion
41
Aktiv transport
Kräver energi (ATP). Från cellens utsida till cytosolen.
| Den aktiva transporten sker mot koncentrationsgradienten (från låg till hög koncentration) och behöver därför egergil
42
RNAs kvävebaser
```
Adenin A
Cytosin C
Guanin G
Uracil U
A-U
C-G
```
43
DNAs kvävebaser
```
Adenin A
Cytosin C
Guanin G
Tymin T
A-T
C-G
```
44
Watson-Crick basparen, DNA
A-T
| C-G
45
Ligas
Används för att sätta samman. Det finns flera olika typer ligas som används vid olika tillfällen. Men ligas kan t.ex användas för att binda ihop två DNA-fragment och att limma ihop efter splicing. Om denna saknas så kan man inte få kompletta DNA strängar och därmed ingen ny cell.
46
Helikas
Binder till dit dubbla DNA-strängen ska öppnas. Den bryter vätebindningarna, detta kräver energi (ATP).
47
Helikas
Binder till dit dubbla DNA-strängen ska öppnas. Den bryter vätebindningarna, detta kräver energi (ATP).
48
Replikation
Är när DNA kopieras. DNA-strängarna är komplementära och hålls samman aha vätebindningar. Vätebindningarna är lätta att bryta.
Helikas (enzym) binder till dit dubbla DNA-strängen ska öppnas. Den bryter vätebindningarna, detta kräver energi (ATP). Drar upp typ som en dragkedja
Primas syntetiserar primrar på mallsträngarna
Den övre strängen:
DNA-polymeras III syntetiser de nya strängarna i ett svep och kerrekturläser, från 5' till 3'. Ledande sträng.
På den undre strängen:
De nya strängarna syntetiseras i små korta steg och kallas släpande sträng. På denna sträng blir det då istället fragment (okazaki) istället för en hel. Behöver stättas ihop.
Primer (kort RNA-sträng) - RNA måste tas bort, det gör DNA-polymeras I.
När allt RNA är utbytt mot DNA återstår en nick som lagas aha DNA-ligas. De klistras samman där det blir små luckor.
49
Transkription
Sker av RNA-polymeras II. Den del som innehåller den genetiska koden kopieras av DNAt. Dvs både introner och exoner.
50
tRNA binder till två andra molekyler, vilka?
Ena änden binder till aminosyran som tRNA transporterar
| Andra änden binder till mRNA (den änden kallas antikodon)
51
Vektor
Ett redskap för att föra in DNA i levande celler. Vektorer som ofta används är plasmider och modifierade virus.
52
EcoR1
Ett restriktionsenzym som finns i bakterien E. Coli. Dess funktion är att klyva DNA-strängar vid sekvensen GAATTC. Den klyver inte rakt av utan skapar klistriga ändar
53
Probe
Enkelsträngad DNA-sekvens som används för att hitta en komplementsekvens.
54
cDNA
Komplementärt DNA, cDNA, står för complementary DNA, vilket är komplementerande DNA-sekvens och bildas när enzymet omvänt transkriptas transkriberar RNA-sekvens till DNA.
55
Anaerob nedbrytning i glykolysen
Anaerob = utan syre
Pyruvat + NADH -> NAD(+) + mjölksyra
56
Pyruvat i svampar
| Typ när man gör alkohol
Pyruvat -> Acetaldehyd + CO2 + NADH -> Etanol + NAD(?)
57
Hur många ATP kan bildas i citronsyracykeln
```
Det bildas:
3 st NADH (3x2,5)=7,5
1 st FADH2 (1x1,5)=1,5
1st ATP
=10st ATP
```
58
Hur många ATP-molekyler skulle maximalt kunna bildas med hjälp av de elektroner som frigörs under ett varv av citronsyracykeln i de fall då ATP-syntaset har 8 st c-subenheter och samtliga protoner som transporteras ut i intermembranutrymmet med hjälp av elektrontransportkedjan används för ATP-syntes?
Under ett varv av citronsyracykeln frigörs 8e. Dessa transporteras av 3 NADH och 1 FADH2. Vid oxidering av 1 NADH i e-transportskedjan transporteras det 10st protoner ut i intermembranutrymmet (4-komplex I, 4-komplex III och 2 komplex IV).
3 NADH x 10p = 30p
Vid oxidering av 1 FADH2 transporteras det 6p ut i intermembranutrymmet (4-komplex III och 2 -komplex IV).
Totalt 30 p (NADH) + 6p (FADH2) = 36p
8c-subenheter för ATP-syntas betyder att vid transport av 8p tillbaka i matrix tillverkas 3 ATP-molekyler.
36p x (3ATP/8p) = 13,5 ATP = 13 ATP
Om energin av protonerna inte används för andra processer.
59
Elektrontransportskedjan, Vad heter det proteinkomplex som oxideras av plastoquinon?
PSII (fotosystem II)
60
Elektrontransportskedjan, Vilket proteinkomplex har ett reaktionscentrum som betecknas med P700? P680?
P700-PSI
| P680-PSII
61
Elektrontrasportkedjan, Vad heter det oxideras av plastocynin?
Cytb6f som sen reducerar PSI.
62
Hur börjar elektronernas väg genom e-transportskedjan?
I PS II, där vattenmolekyler spjälkas till elektroner, protoner och syrgas.
63
Hur skiljer sig RNA från DNA i rymdstruktur?
DNA binds samman med en komplimenterande DNA-sträng med Watson-Crick basparen för att binda helix strukturer av B-, A-, eller Z-DNA.
RNA förekommer oftast som en singelsträng och kan bilda komplexa 3D-strukturer, ex. tRNA eller vara linjär.
Skillnaden kan sägas vara att två DNA-strängar alltid binds samman för att bilda helix medan RNA kan bilda komplexa strukturer.
64
Ribonukleotid VS Deoxyribonukleotid
I RNA är sockerkomponenten Ribos och i DNA är sockerkomponenten Deoxyribos.
65
Glykolys
Det bildas 2 ATP, 2 NADH ör en cykel
IN: Glukos
STEG 1 Fosforylering
ATP => ADP
STEG 2 Isomerisering
STEG 3 Fosforylering
ATP => ADP
STEG 4 Klyvning
STEG 5 Isomerisering
STEG 6 Oxidering och fosforylering
NAD(+) + P(i) => NADH
STEG 7 Defosforylering
ADP => ATP (substratnivåfosforylering)
STEG 8 Omarrangering
STEG 9 Dehydrering
STEG 10 Defosforylering
ADP => ATP (substratnivåfosforylering)
UT: Pyruvat
66
Citronsyracykeln
Det bildas 2 CO2, 3 NADH, 1 FADH2, 1 ATP och 1 CoA per cykel.
STEG 1 Kondensering
Bildas citronsyra, CoA återbildas
STEG 2 Isomerisering
STEG 3 Oxidering och dekarboxylering
NAD(+) + H => NADH + H + CO2
STEG 4 Oxidering, dekarboxylering och reaktion
Tioeter har bildats, NAD(+) + CoA => CO2 + NADH
STEG 5 Spjälkning
P(i) + ADP => CoA + ATP
STEG 6 Oxidering och reducering
FAD => FADH2
STEG 7 Vatten adderas
STEG 8 Oxidering och reducering
NAD(+) => NADH + H
67
ATP-syntas
L-T-O
L- loose ( tar in ADP)
T- tight (gör som till ATP)
O- open (släpper ut ATP)
ADP + P(i) <=> ATP
Beta i mitten
120° vridning mellan alla
Vi människor har 8c subenheterna -> 3ATP
Bakterier har 10c subenheter -> 3 ATP
68
sigma-faktorn
Binder till ett ställe på DNAt (promotorn) och initierar transkriptionen.
69
Föreslå och beskriv ett enkelt sätt att analysera om en individ bär på denna mutation i sitt DNA.
Om man vet vart i genomet fragmentet flyttats och vilken sekvens den har.
PCR. Genom att använda värmetåliga enzymer och primära som innesluter rätt gen kan vi snabbt replikera genen tills vi fått tillräcklig mängd. Därefter kan vi rena fram den gen som vi är intresserade av och bestämma sekvenser. Om då sekvensen passar med det bp fragment vi misstänker har individen fått mutationen.
70
Vilka steg i Glykolysen är ATP ett substrat?
1 och 3
71
Vilka steg i glykolysen är ATP en produkt?
7 och 10
72
Vad är slutprodukten i Glykolysen?
Pyruvat som sedan blir acetyl-CoA och åker in i citronsyracykeln.
acetyl-CoA = acetyl koenzym A.
73
Vilka steg i Citronsyracykeln bildas NADH?
Steg 3,4,5
74
Vilka steg i Citronsyracykeln bildas FADH2?
Steg 6
75
Vilka steg i Citronsyracykeln bildas ATP?
5
76
1 NADH= ? ATP
2,5
77
1 FADH2 = ? ATP
1,5
78
I Komplex I sker ett antal redoxreaktioner. Teckna summaformeln för dessa.
NADH + Q + 5H(+)matrix -> NAD(+)intermembranspace.
79
Elektrontransporten genom Komplex I leder till protontransport mellan två utrymmen i mitokondrien, vilka? Hur många protoner transporteras dit för varje elektron som passerar Komplex I?
Transport från matrix till intermembranutrymmet. För varje e transporteras det 2 p.
80
Hur många e frigörs i citronsyracykeln?
| Hur många e frigörs per glykosmolekyl?
8
| 16
