ARN d'interférence Flashcards
(41 cards)
Que sont les ARN d’interférence?
Petits ARN non-codants.
Quels sont les 3 types d’ARNi?
- Voie RdDM (méthylation de l’ADN dépendante de l’ARN)
- Voie antivirale : siARNs
- Voie des miARNs
Vrai ou faux : la voie antivirale (siARNs) et des miARNs sont toutes les 2 de l’extinction génique transcriptionnelle.
Faux : post-transcriptionnelle. La voie de la méthylation est de l’extinction génique transcriptionnelle.
Que fait l’extinction génique post-transcriptionnelle des voies impliquées de l’ARNi?
Inhibe la traduction de l’ARN ou le clive
Que fait l’extinction génique transcriptionnelle des voies impliquées de l’ARNi?
Induction de méthylations sur l’ADN de la plante, ce qui compacte la chromatine et inhibe la transcription.
Comment appelle-t-on la polymérase qui se charge de former de l’ARN double brin?
RdRp : ARN polymérase ARN dépendante
Quelles sont les étapes globales qu’effectuent les ARNi pour induire l’immunité de la plante?
- Fabrication de l’ARN double brin par l’ARN polymérase ARN dépendante
- ARN double brin active la machinerie Dicer qui reconnait l’ARN double brin et va le transformer en ARNi
- Complexe RISC avec la protéine Argonaute se lie aux ARNi et garde un des 2 brins
- Homologie de séquence entre l’ARNi et un brin d’ARN : activité hélicase qui dégrade l’ARN
Quelle est la taille des fragments d’ARNi?
21-23 nucléotides
Quelle enzyme va couper des fragments d’ARNdb pour former les ARNi?
Le Dicer
Quelle est l’enzyme très importante dans le complexe RISC?
Argonaute
À quoi sert le complexe RISC dans l’activité ARNi?
Prélève un ARNi (ARNsb de 21-23 nucléotides) pour trouver une séquence complémentaire
Vrai ou faux : l’activité ARNi se fait exclusivement sur de l’ARN double brin
Faux : une fois l’ARNi formé, détection possible sur les ARNsb.
Combien est-ce qu’il y a de polymérase RdRP chez arabidopsis?
6
Combien est-ce qu’il y a de Dicers chez arabidopsis?
4
Combien est-ce qu’il y a de protéines argonaute chez arabidopsis?
10
Pourquoi est-ce que l’immunité par les ARNi peut aussi fonctionner chez les virus à ADN?
Il y a quand même formation d’un ARN double brin à un moment ou à un autre.
Décrivez le mécanisme de méthylation de l’ADN dépendante de l’ARN voie RdDM
RDR2 synthétise un deuxième brin d’ARN sur un ARN préexistant.
DCL3 scinde l’ARNdb en morceaux de 24 nt (siRNA)
AGO4 du complexe RISC prend un des brins du siRNA et l’amène dans le noyau
Le complexe RISC se pose au bon endroit sur le génome grâce au siRNA
Méthylation de l’ADN via l’enzyme DRM2 = compaction de la chromatine
Décrire la voie de miARN
Expression du gène du miARN
Formation d’une tige-boucle (complémentarité sur un même brin)
DCL1 clive une petite portion de la tige boucle aux extrémité pour former un miARN précurseur.
DCL1 enlève la boucle (régions non-appariées de la tige boucle) pour former un miARN mature.
Le complexe RISC prend un des brins du miARN via AGO1
Appariement du miARN à un ARNm.
Si il y y une homologie important = clivage entre le de l’ARNm au niveau du 10-11e nt du miARN
Si pas important = inhibition de la traduction
Quelles enzymes sont responsable de dégrader les petits ARNs non-codant particulièrement le miARN
SDN (small degrading nuclease)
Comment faire de l’ARN d’interférence db pour une étude?
- Façon transgénique
Sens-antisens
Avec agrobacterium tumefaciens, on place un gène dans la plant qui contient 2 fois le gène de la GFP. 1 sens, 1 antisens
Quand ils seront transcrit les deux gènes de la GFP vont s’apparier.
Si la GFP disparait, ça veut dire qu’il y a des ARNi qui capte les ARN double brin.
Comment faire de l’ARN d’interférence db pour une étude?
- Façon transgénique
Cosupression
Avec agrobacterium, on donne le gène CHS (chalcone synthase) déjà présent dans la plante.
Il y 2 gènes CHS.
Les transcrits de chaque gène s’associent ensemble dans certaines lignées transgénique et forme de l’ARN double brin.
Comment les ARNdb synthétisés se déplacent de cellule en cellules?
Plasmodesme et vaisseaux conducteur
Mis en évident par la méthode sens-antisens
Décrivez le mécanisme de la technologie VIGS (virus induced Gene Silencing)
Agrobacterium tumefaciens
ex. phytoène désaturase
Clonage du gène d’un virus dans Agrobacterium (réplicase, PM, protéine de la capside) dans lequel on a ajouté des sites de clonage multiple qui permettent d’insérer une partie (300 pb) du gène de la phytoène désaturase qui agit dans la synthèse de chlorophylle
L’ADNt d’agrobacterium devient db dans la cellule à cause de la réplicase.
DCL dégrade l’ARNdb pour faire des ARNi. Certains de ces ARNi correspondent à la portion du gène de la phytoène désaturase.
Complexe RISC/AGO prend les ARNi
Les ARNi contenant une région de la phytoène auront 100% d’homologie avec l’ARNm de la phytoène qui sera clivé.
Quels sont les désavantages de la technologie VIGS? (3)
L’inhibition du gène ne se fait pas à 100% (knock-down)
Masque certains phénotypes (réaction lié à la présence du génome du virus et non à cause du gène d’intérêt)
Silencer d’autres gènes non ciblés
