ASSAIG FINAL Flashcards
Preguntes assaig del final
Microbiota:
Indica en que consiste el trasplante de heces y para que infección específica está aceptado
como tratamien
En el trasplante de heces, las heces de un individuo donador se colocan mediante una sonda
gástrica en el intestino del paciente. Los trasplantes de heces están aceptados para el
tratamiento de infecciones con Clostrodium difficile, ya que éstas no responden a menudo
adecuadamente al tratamiento con antibiótic
En microbiota:
Nombra 3 beneficios demostrados del microbioma intestinal en la salud human
- Ayuda a digerir los alimentos
- Ayuda en la maduración del sistema inmune
- Protege frente a patógen
Explica que son las porinas y explica por qué son necesarias en las bacterias gram negativas
y no en las positiv
Las porinas son unos poros que se encuentra en la membrana externa de las bacterias gram
negativas. Están formada por proteínas hidrofílicas. Las bacterias gram negativas crean un ambiente hidofílico alrededor a través de las extensiones de azucares de los LPS de su membrana externa que dificulta la entrada de compuestos hidrofóbicos (muchos compuestos tóxicos para
la bacteria) pero no de hidrofílicos (nutrientes). Sin embargo, la membrana externa es hidrofobica y no dejarían entrar a los nutrientes (hidrofílicos). Las porinas son pues esenciales para que entren los nutrientes en las bacterias gram negativas. La pared celular de las gram positivas esta compuestas solamente de mureina (hidrofilica) y por tanto los compuestos hidrofílicos pueden llegar a la membrana plasmática bacteriana sin dificultad y no necesitan porin
Poros que se encuentra en la membrana externa de las bacterias gram
negativas. Están formada por proteínas hidrofílicas. Las bacterias gram negativas crean un
ambiente hidofílico alrededor a través de las extensiones de azucares de los LPS de su membrana
externa que dificulta la entrada de compuestos hidrofóbicos (muchos compuestos tóxicos para
la bacteria) pero no de hidrofílicos (nutriente
Porinas
El uso abusivo de antibióticos en el crecimiento de animales para consumo humano
aumenta la resistencias a antibióticos de patógenos humanos. ¿cómo ocurr
Las bacterias que infectan animales pueden transferir las resistencias a las bacterias que infectan humanos a través de los plásmidos llamados promiscuo
Explica brevemente en que consiste el rescato de “viejos antibióticos” y un ejemplo concreto
ya en farmacia
La principal idea es administrar el antibiótico junto con otro compuesto que desactiva la
resistencia de la bacteria. Un ejemplo concreto es el fármaco Augmentine. Que combina el
antibiótico amoxilina junto con el ácido clavulánico que inhibe las beta lactamasas que inactiva
la amoxicili
Respecto al virus de la gripe
Indica qué es el antigenic shift (salto antigénico) y porque solo se da con el virus de la gripe
El virus de la gripe, además de as mutaciones puntuales producidas por errores de la RNA replicasa viral (antigenic drift), es capaz de generar nuevos virus a partir de la reordenación de segmentos de dos virus diferentes. Por ejemplo, si una persona se infecta con un virus de la gripe humano y otro de ave simultáneamente, como el genoma del virus es segmentado se generan variantes virales que tendrán segmentos de virus de aves y de humanos en multiples
combinaciones. Alguna de ellas podría dar lugar a virus pandémicos muy virulentos.
El antigineic shift se da con la gripe A y no con la B porque la gripe B solo infecta a humanos y la gripe A infecta a humanos y otros animales (cerdos, caballos, aves..). La mayor fuente de nuevos virus pandémicos es el virus A de aves ya que presenta 16 tipos de Hemoaglutinina (H) y 9 tipos de Neuroaminidasa (N), las dos glicoproteínas virales que se encuentran en la membrana de los viriones. Sin embargo, en el virus de la gripe humana se dan solamente las H1, H2 y H3, y N1 y N2
Respecto al virus de la grip:
Indica el mecanismo y acción del Oseltamivir (Tamiflu
Actúa sobre la Neuraminidas (N) inhibiendo la liberación del virus de la célula infectada. La N es esencial para liberar los viriones que salen de la célula infectada.. El virión al salir de la célula infectada por budding queda muy cerca de la membrana donde se encuentran los receptores para el virus de la gripe (acido alpha 2,6 siálico). La N corta la unión de la Hemoaglutinina con estos receptores liberando el vir
Actúa sobre la Neuraminidas (N) inhibiendo la liberación del virus de la célula infectada. La N es esencial para liberar los viriones que salen de la célula infectada.. El virión al salir de la célula infectada por budding queda muy cerca de la membrana donde se encuentran los receptores
para el virus de la gripe (acido alpha 2,6 siálic
Oseltamivir (Tamifl
Respecto a una infección con el HPV explica que información adicional nos da un test PCR
frete a la citología tradicional y por que para una mujer de 60 años sin historia previa de
cribado recomendarías una histología y una PCR pero a una de 20 años solo la citolog
La PCR es objetiva, nos indica la presencia del virus y además nos indica el tipo de HPV y podemos ver si es de alto riesgo o no. La citología detecta la presencia de células transformadas.
El HPV da lugar a cáncer después de una persistencia larga en las células epiteliales del cérvix. El número de mujeres infectadas al iniciar una actividad sexual es muy alto, sin embargo la gran mayoría de ellas eliminarán el virus. Por tanto, la presencia de virus en este segmento de población no es muy informativo. Sin embargo la presencia del virus en una mujer de 60 años
hace sospechar una persistencia del VPH y necesitaría un seguimiento mas a menudo aunque la citología fuera normal
Una dona de 62 anys atesa a urgències presenta febre de 38,3ºC, calfreds, dolor en flanc
esquerre, taquicàrdia i taquipnea. L’analítica de sang mostra leucocitosi amb neutrofília.
L’auscultació cardíaca i radiografia de tòrax són normals. Com antecedents d’interès refereix infeccions urinàries de repetició tractades ambulatòriament. Actualment està prenent cefuroxima per aquest motiu, receptada pel seu metge de capçalera. S’obtenen dos hemocultius i una mostra d’orina i s’envien al laboratori. El sediment d’orina mostra >50 leucòcits per camp i el Gram mostra cocs Gram positius en cadenes. A les 24 hores, l’informe preliminar del laboratori de microbiologia indica que els hemocultius són positius i també s’observen cocs Gram positius en cadenes. Identificació i antibiograma en curs
Quin tipus d’infecció presenta?
Quin microorganisme és el causant més probable de la infecció?
Perquè el tractament antibiòtic no ha resultat efectiu?
Quin és l’habitat natural d’aquest microorganisme i com ha adquirit la infecció??
Quin tipus d’infecció presenta?
Infecció del tracte urinari i en concret pielonefritis.
Quin microorganisme és el causant més probable de la infecció?
Enterococcus o Enterococcus faecalis o Enterococcus faecium.
Perquè el tractament antibiòtic no ha resultat efectiu?
Enterococcus presenta una resistència natural a múltiples antibiòtics, entre els quals
estan les cefalosporines.
Quin és l’habitat natural d’aquest microorganisme i com ha adquirit la infecció??
És membre de la nostra microbiota gastrointestinal i urogenital.
És una adquisició endògena: el microorganisme procedent de la microbiota ha aconseguit colonitzar la uretra, arribar a la bufeta urinària, i pujant per l’urèter, arribar al ronyó i a la sang.
Una dona boliviana de 31 anys, embarassada, porta 10 anys vivint al nostre país amb la
seva parella, un home nascut aquí i que no ha viatjat mai a Sud-Amèrica. La serologia de
Trypanosoma cruzi efectuada en el primer trimestre d’embaràs és positiva.
Quina malaltia causa Trypanosoma cruzi?
Quin tipus d’organisme és
Perquè s’ha realitzat aquesta serologia a aquesta dona?
Està la seva parella en risc de contraure la malaltia?
Quina malaltia causa Trypanosoma cruzi?
Malaltia de Chagas.
Quin tipus d’organisme és Trypanosoma cruzi?
És un protozou flagel·lat.
Perquè s’ha realitzat aquesta serologia a aquesta dona?
Perquè la malaltia de Chagas és endèmica en certs països de Sud-Amèrica i per tant aquesta dona està en risc de tenir-la.
El motiu de controlar les embarassades és evitar la transmissió vertical.
Com que Trypanosoma cruzi es pot transmetre per via transplacentària, una dóna
infectada pot transmetre la infecció al seu fill. Els fills de mares infectades s’analitzen al
néixer i si són positius per T. cruzi, es tracten.
Està la seva parella en risc de contraure la malaltia?
No. No hi ha contagi per transmissió sexual ni respiratòria ni per contacte directe. Les tres formes de transmissió són:
1. A través d’un vector (en concret una xinxa Triatoma) que defeca sobra la pell o mucoses al picar. Quan la persona es toca o rasca la picada, contribueix a la introducció del tripomastigot flagel·lat, que es troba a les femtes de la xinxa, en el
seu organisme. Donat que aquí no viu aquest vector, no pot infectar-se d’aquesta manera.
2. Per transfusió de sang i trasplantament d’òrgans contaminats. Donat que es fan
controls previs a les donacions, no pot infectar-se d’aquesta manera.
3. Vertical: de mares a fills.
Treballes en el departament de desenvolupament d’una empresa dedicada als sistemes de diagnòstic in vitro. Esteu preparant un kit de PCR múltiple per realitzar el diagnòstic de l’agent causal de les gastroenteritis. Voleu incloure en el kit tots els primers necessaris per
amplificar els microorganismes unicel·lulars que més habitualment causen diarrea, a partir d’una mostra de femtes.
Enumera 8 microorganismes unicel·lulars que el kit hauria de ser capaç de detectar com a mínim.
Creus que la presència de microbiota intestinal pot ser un problema per al kit? Com
creus que es podrien evitar falsos positius?
Donat que el vostre kit serà més car que els sistemes emprats actualment, perquè
creus que pot tenir interès?
Enumera 8 microorganismes unicel·lulars que el kit hauria de ser capaç de detectar
com a mínim.
Soques enteropatògenes d’Escherichia coli, Shigella, Salmonella, Yersinia
enterocolitica, Campylobacter, Vibrio cholerae, Entamoeba histolytica, Giardia lamblia,
Cryptosporidium parvum, Clostridium difficile.
Encara que hi ha virus i helmints causants de diarrea, segons l’enunciat del cas, no
s’inclouen en el kit.
Creus que la presència de microbiota intestinal pot ser un problema per al kit? Com creus que es podrien evitar falsos positius?
Si, la microbiota intestinal pot ser causa de falsos positius. Per exemple, no totes les soques d’Escherichia coli són causants de gastroenteritis. Per evitar aquest problema, caldria dissenyar primers que amplifiquin gens específics implicats en la gastroenteritis,
com per exemple, els gens de les toxines (Stx, LT, ST, etc).
Donat que el vostre kit serà més car que els sistemes emprats actualment, perquè
creus que pot tenir interès?
La amplificació per PCR múltiple permetrà la detecció simultània de bacteris i protozous, mentre que actualment s’ha de fer per tècniques diferents: cultiu per bacteris en medis selectius diferents i diferents atmosferes d’incubació en funció del patogen, i microscòpia per protozous.
Per una altra banda, l’amplificació d’àcids nucleics és més sensible que els mètodes
actuals (microscòpia i cultiu) i permetrà detectar microorganismes que actualment passen desapercebuts, com soques d’E. coli enteropatògenes difícils de distingir per cultiu i que en canvi presenten gens específics que es poden amplificar.
A més, la PCR és més ràpida (triga hores) que el cultiu (triga dies).
Usando la tecnología IChip investigadores de la UPF han identificado un nuevo antibiótico que actúa sobre la síntesis de mureina y es muy activo contra Staphyloccocus ureus MRSA. Sin embargo su actividad es muy mala frente a cepas muy agresivas de Neisseria gonorrhoeae y Legionella. Podrías explicar por que??
S.a es una bacteria G+ y las otras dos Gram-.
Aunque ambas tienen pared celular y por tanto pueden ser afectadas por el nuevo antibiótico, las bacterias Gram – debido a la estructura de su pared que presenta una membrana externa es mas selectiva y, por tanto, puede dificultar la entrada del antibióticos
Con respecto al HIV. Explica por qué si el genoma del virus HIV está formado por dos moléculas de RNA de cadena positiva estos genomas no se traducen directamente después de la entrada del virus en la célula infectad
El virion cuando entra en la célula no se desencapsida sino que simplemente abre
ligeramente su estructura para que entren los nucleótidos celulares. Dentro del virión
la retotranscriptasa del virus pasará el RNA viral a DNA, que posteriormente se
integrará en el genoma celular
Con respecto al Hiv: . Explica por qué no podemos curar de la infección por HIV y los enfermos necesitan tomar medicación de por vida si los antivirales que tenemos son efectivos
HIV se integra en el genoma de los linfocitos T. Cuando el linfocito está activo HIV expresa sus proteínas, replica el genoma y produce nuevos virus. En este estado los antivirales que van dirigidos contra diferentes fases de la replicación viral son efectivos y la inhiben. Sin embargo el virus no es eliminado ya que su genoma queda integrado de forma latente en los linfocitos T memoria
Cuando estos linfocitos se activan por ejemplo por alguna infección o reacción alérgica, también se reactiva el virus. Si esto ocurre y no se está tomando medicación se produce de nuevo una alta cantidad de
virus. Por ello hay que tomar de forma continuada la medicacion
Explica que factores contribuyen a la gran capacidad de evolución de los virus RNA
o que pasan por una fase RNA y su implicación práctica en terapia.
La gran capacidad de variación viene dada por:
1) el gran tamaños de población que generan en pocas horas. Como ejemplo en una persona infectada con HIV (sin tratar) se generar 1010 nuevas partículas al día.
2) Los mecanismos de generar variación (mutación puntal, recombinación y
reordenamiento de segmentos en virus segmentados). Las RNA polimerasas virales (RNA polimerasa dependiente de RNA) tiene una frecuencia de
mutación muy alta, de alrededor de 10-4 (1 mutación cada 10.000 nucleótidos) porque no tienen el proceso de corrección de error que se encuentra en las
DNA polimerasas. Como muchos virus tiene una tamaño de alrededor de 10.000 o mayor, cada vez que se copie su genoma se genera un nueva
mutación. Además, la procesividad de la RNA polimersa viral es baja y cuando
esta copiando es frecuente que se suelte y siga copiando en otro genoma adyacente del virus, generando recombinantes.
3) Una selección y turnover (reemplazo) muy rápido. Como ejemplo un 90% de
los virus de HIV que se generan diariamente son destruidos
Com pot influir el canvi climàtic en l’aparició de nous patògens? Formula una hipòtesi
El canvi climàtic està produint un increment en la temperatura ambiental i això selecciona
microorganismes ambientals capaços de créixer a la temperatura del cos de les aus o mamífers. Aquests microorganismes adaptats poden entrar en contacte i infectar animals. A més, pot resultar que alguns atributs que els són útils per sobreviure a l’ambient, per exemple toxines, els facin virulents per animals. Posteriorment, en ambients rurals on les persones conviuen molt estretament amb animals, aquests patògens emergents poden infectar humans. Es tractaria de patògens nous, d’origen ambiental, que abans del canvi climàtic no infectaven humans
Un possible tractament contra Covid19 és la transfusió de plasma de persones que s’han
recuperat de la malaltia. Indica quines proves diagnòstiques caldria realitzar per seleccionar
els donant
Determinar per amplificació d’àcids nucleics que no hi ha patògens en la sang dels donants (virus HIV, Hepatitis B, Hepatitis C, Trypanosoma cruzi, SARS-CoV2) per assegurar que no es transmet cap malaltia infecciosa al receptor.
Determinar per serologia la presència d’anticossos anti SARS-CoV2 que puguin neutralitzar el virus en el receptor
Et proposen col·laborar en un projecte per dissenyar una vacuna contra Candida albicans
basada en una adhesina (Adh) que s’expressa en les seves hifes i verificar-la en un model
animal.
a) Si la vacuna és efectiva, eliminaria Candida albicans de la microbiota humana? Perque?
b) Candida auris és un patogen emergent resistent a les principals famílies d’antifúngics.
Suposant que ja heu desenvolupat la vacuna contra Candida albicans basada en l’adhesina (Adh) i heu demostrat la seva eficàcia, podria servir la mateixa vacuna contra Candida auris?
Com ho podries predir abans de fer experiments amb animals?
a) No, perquè la resposta immunitària només actuaria contra les hifes de Candida albicans, no en la forma de llevat.
Un dels mecanismes de patogènesis de Candida albicans és la seva capacitat de produir hifes, que poden adherir-se i envair els teixits. Seleccionar com a base de la vacuna una adhesina que només s’expressa en les hifes és una estratègia que permetria evitar les infeccions per Candida albicans sense eliminar-la de la microbiot
b) Podria ser útil només si expressa la mateixa adhesina Adh. Es podria predir si es seqüencia el seu genoma i es detecta el gen que codifica l’adhesina Adh.
O bé si es seqüencia el seu mRNA i es detecta el que codifica per Adh. O també si es detecta l’adhesina Adh en Candida auris mitjançant tècniques immunològiques (ELISA, immunoblot, etc)
basades en anticossos anti Ad
Et contracten com microbiòleg consultor en una empresa alimentària que vol establir una
planta nova a Catalunya.
a)Una de les línies de producció són daus de meló i bosses d’amanida que es venen
refrigerats i llestos per al seu ús. Indica un patogen alimentari que pugui constituir una amenaça en aquesta línia i perquè.
b) Una forma innovadora d’eliminar bacteris patògens de les superfícies és l’ús de fags. La
teva empresa vol provar-ho. Quin tipus de fags seleccionaries?
A) Listeria monocytogenes és un bacteri Gram positiu que es troba en les plantes i el sòl. Pot
contaminar fàcilment les fruites i verdures. A més, té la capacitat de créixer en temperatura de
refrigeració i a pH àcid, o sigui que pot sobreviure en l’amanida o el meló. Donat que són aliments que es mengen crus, no s’eliminaria el patogen abans del consum. Listeria pot causar
gastroenteritis i també sèpsia, meningoencefalitis i avortament.
b)
Usar fags lítics. No interessen els fags amb cicles lisogènics capaços d’integrar-se en el genoma.
Usar fags d’ampli espectre que infectin el màxim nombre possible de soques del patogen o bé usar barreges (còctels) amb diferents fags per assegurar una àmplia cobertura
Consigues financiación para un estudio sobre una posible correlación entre autismo y
microbioma. Consigues muestras de heces de 1000 niños con autismo y 1000 sin autismo.
Creces las bacterias de las heces en diferentes medios, las aíslas en cultivos puros y las
caracterizas. Los resultados de tu análisis muestran que no hay diferencias entre los dos
grupos (niños con y sin autismo). ¿Que concluirías?
No puedes concluir nada ya que puede haber muchas bacterias que no has caracterizado porque no crecen en los medios que has usado. Habría que realizar análisis genómicos para evitar crecer las bacterias
Esta establecido que el uso intensivo de antibióticos en la cría animal incrementa la
resistencia a antibióticos de bacterias patógenas humanas. ¿Pero como ocurre? Razona
tu respuesta
La toma de antibióticos en los animales genera la selección de bacterias (bien del microbioma,
bien bacterias patógenas) resistentes a estos antibióticos. Estas bacterias al estar de forma
natural liberadas al ambiente pueden pasar estas resistencias a bacterias patógenas humanas
por ejemplo por conjugación (plásmidos promiscuos)
Las bacterias Gram negativas son mas sensibles a la sequedad que las Gram positivas debido a la estructura de su pared. Sin embargo, dicha estructura también les
da importantes ventajas para su supervivencia. Razona al menos dos y como se
relacionan con componentes de la pared
Las porinas de la membrana externa incrementan la selectividad de compuestos que entran en la célula, esto puede ayudar a disminuir la entrada de compuestos tóxicos.
El espacio periplasmico contiene enzimas que pueden degradar productos tóxicos. Por ejemplo,
la penicilina actúa sobre la síntesis de murena y afectaría tanto a Gram+ como Gram- ,sin
embargo, la penicilina es inactivada en el periplasma de las bacterias Gr