Belangrijkste flashcards 2A1 (t/m week 5)

Question

Wat betekenen de begrippen ‘coverage’ en ‘VAF’ bij NGS?

Answer 1

- Coverage (deep sequencing): hoeveelheid dat een base-positie (onafhankelijk) bepaald is, hoe hoger de coverga hoe meer gesequenced is en hoe nauwkeuriger het resultaat - VAF (variant allel frequency): aantal malen dat een DNA-variant op een specifieke positie wordt gevonden t.o.v. het referentie DNA (afhankelijk van gen en van tumor percentage)

Answer 2

Single molecuul, duizenden fragmenten/analyse, output van 1-20 * 10^9 basen, weinig DNA nodig (20 ng), hoge gevoeligheid (1-2%), poolen van samples (barcode), bio-informatica nodig Nuttig voor: bepalen diagnose, kiezen therapie, vinden erfelijke tumorsyndromen, onderscheid tussen weefsel van patiënten en kijken of het een primaire tumor of metastase is

Answer 3

9;22 translocatie, breuk bij introns bij genen BCR (22) en ABL (9) --> ontstaan Philadelphia chromosoom (22) (nieuw fusie-gen) – na het weghalen van de intronen ontstaat fusie-mRNA en hierna wordt een nieuw fusie-eiwit (p210^BCR-ABL) gevormd – het gevormde eiwit is een enzym dat ATP kan binden en actief substraten gaat fosforyleren - geneesmiddel Imatinib (Gleevec): tyrosine kinase inhibitor –> bindt op de plek (pocket) waar ATP in het BCR-ABL eiwit moet binden en inactiveert zo BCR-ABL --> bij mutatie pocket (in Abl1 gedeelte) kan imatinib niet meer binden --> daarom bij resistentie dasatinib, nilotinib, bosutinib of ponatinib geven of een stamceltransplantatie

Answer 4

G1: celgroei - Cycline D: tijdens G1-fase actief, zorgt voor activatie van celcyclus na G1 (na groeisignaal) + CDK4 + CKI p16ink4a - Cycline E: overgang van G1- naar S-fase en voortgang S-fase + CDK2 + CKI p21 S: verdubbeling DNA - Cycline A: tijdens S-fase actief, zorgt voor progressie S-fase + CDK2 + CKI p21 G2: klaarmaken voor mitose - Cycline B: tijdens G2-fase actief, zorgt voor overgang naar M-fase M: mitose - Profase: oprollen van het DNA om de histonen (condenseren) tot chromosomen - Prometafase: celenvelop wordt afgebroken zodat chromosomen los komen te liggen in het cytoplasma - Metafase: chromosomen komen in de metafaseplaat te liggen in het midden van de cel - Anafase: chromosomen worden uiteen getrokken naar 2 tegenovergestelde polen - Telofase: DNA wordt ontwonden en raakt weer open voor activiteit, kern wordt gevormd om de chromosomen - Cytokinese: cel snoert in naar 2 afzonderlijke dochtercellen met beide een kern met chromosomen

Answer 5

- **Restrictie-punt**: besluit van wel of niet delen/specialiseren (RB); groeifactor bind aan signaaltransductieroute --> activatie cycline D en binding aan CDK4 --> fosforylatie E2F en loskomen van RB-eiwit --> aanzetten cycline E en p16-eiwit - **G1/S-checkpoint**: kijken of DNA beschadigd is (P53); bij beschadigd DNA p53 eiwit omhoog --> p21 (CKI) afschrijven --> cycline E/CDK2-complex remmen --> G1/S-arrest - **Intra S-fase-checkpoint**: kijken of DNA beschadigd is (ATM); bij beschadigd DNA ATM activatie --> activatie CHK2 --> inactivatie cycline A/CDK2-complex --> remmen synthese, werking checken met radioresistente DNA-synthese (RDS) - **G2/M-checkpoint**: kijken of DNA beschadigd is en of het volledig gerepliceerd is - **Anafase-checkpoint**: kijken of de chromosomen goed gerangschikt zijn (BUB1): kijken of er spanning op microtubuli aan kinetochoor in metafase zit (MAD1/BUB1) --> bij een fout proces stoppen, soms Nijmegen breuk syndroom (Nbs1 en RAD50 --> dubbelstrengs DNA-breuken)

Answer 6

- Klassieke cytogenetica: chromosomen aankleuren (bijv. R Bandering) - In situ hybridisatie (FISH) (kijken naar een specifiek gen) - Chromosoom specifieke probes (FISH) (kijken naar een specifiek chromosoom) - Karyogram: 45, XY, -7[10] (chromosoom 7 mist in 10 metafasen bij een mannelijk karyotype) - SNP array - Analyse van (CA)n repeats: in veel chromosomen vindt je CA repeats (veel = lange band in PCR, weinig = korte band), 2 allelen dragen verschillende hoeveelheden repeats (1 van vader, 1 van moeder), als er maar 1 band te zien nis dan ontbreekt er 1 allel en dus 1 chromosoom - Moleculaire diagnostiek: RQ-PCR, Q-PCR, Sanger, Next generation sequencing (NGS); verlies van single nucleotide polymorphisms, basenparen normale plaats cellen vergelijken met tumorcellen

Answer 7

- **dicentrisch chromosoom**: Tijdens de metafase worden de chromosomen uit elkaar getrokken --> tubuli (kinetochoor) aan de verkeerde kant vastgemaakt –> hierdoor trek je van 2 verschillende kanten aan het chromosoom en krijg je een 4endeling waarna het chromosoom vaak breekt (vaak na bestraling, na een aantal keer deleties/translocaties --> verdwijnen dicentrisch chromosoom maar DNA-schade over - **numerieke afwijking**: Tijdens de metafase van de mitose: alle chromosomen moeten aan 2 centromeren worden gemaakt en pas dan kan de anafase beginnen (tijdens metafase zendt kinetochoor signaal uit als niet alles vastzit) –> als een chromosoom niet vast zit voor de verdeling begint kan er een teveel of te weinig in komen (non-disjunctie) –> er zitten dan 3 in de ene cel en 1 in de andere cel - **deletie**: Eerst een dubbelstrengs breuk in het DNA, hierna gaat het de mitose in; chromosomen worden netjes uitverdeeld alleen het deel aan de centromeer wordt netjes uitgelijnd terwijl het andere stukje niet verdeeld wordt (komt ergens middenin de cel terecht) –> na de mitose zal dit stukje in het cytoplasma van 1 van de dochtercellen circuleren en daar zal een micronucleoli (microkern) omheen gevormd worden –> meestal gaat het stukje hierna helemaal verloren

Answer 8

Soms wordt het chromosoom in de S-fase vaker verdubbeld waardoor meerdere kopieën van een gen ontstaan (genamplificatie), dit kan als een origin of replication niet stopt –> dit is zichtbaar als homogeen gekleurde gebieden in chromosomen –> soms kan het uit het chromosoom springen en krijg je ‘double minute’ chromosomen wat mogelijk een groeivoordeel van de tumor kan opleveren

Answer 9

Uiteinde van DNA (dubbelstrengs breuk) en zorgen voor bescherming – bij een fout; einde wordt herkend als een breuk --> ontstaan dicentrische chromosomen (bij reparatie door NHEJ) waardoor er genomische instabilieit komt –> dit wordt voorkomen door de T-loop en eiwitten waardoor het niet herkenbaar is - beperken van celgroei: na elke deling verkorten de telomeren (in stamcellen m.b.v. telomerase wel in stand gehouden) en als ze te kort dreigen te worden geven ze een signaal af (M1 Hayflick Limit), als ze hierna nog een paar keer delen zijn de telomeren echt te kort (M2-crisis) en ontstaat chromosomale instabiliteit met celdood als gevolg - tumorcellen hebben alternatieve telomeerverleging door telomerase tot expressie te brengen (85-90%) of via het ALT-mechanisme

Answer 10

1. Beenmerg en bloed als kweekmedium en hieraan groeifactoren toevoegen om leukemische cellen te triggeren om te delen (1-2 dagen) 2. Met een colcemid de celdeling stopzetten (mitose blok) en dus chromosomen tijdens de metafase bevriezen (half uur) 3. Hypotone oplossing toevoegen waardoor cellen zwellen en kapot gaan 4. Kapotte cellen (met celkern en celdeling) fixeren met methanol-azijnzuur waardoor het membraan ontvet wordt 5. Suspensie op het glaasje druppelen waardoor membranen breken 6. Kleuring en bandering (R-, G- of Q-bandering) waarna er een (unieke) streepjescode op elk chromosoom te zien is

Answer 11

Methode om mutaties zichtbaar te maken: onderzoek gericht op een specifieke target (bijv. plek x op chromosoom x) en hierdoor beperkt 1. DNA wordt gesmolten door te verwarmen waardoor de strengen uit elkaar gaan 2. Een stukje enkelstrengs DNA (probe) wordt eroverheen gewassen wat hecht aan het uiteengesmolten DNA 3. Probe wordt gebruikt om aan te tonen of het stukje DNA wel/niet aanwezig is in de patiënt 4. Een fluorescerend label wordt aan de probe geplakt zodat hij terug te vinden is –> kan bij gekweekte/delende cellen (metafase FISH) en niet/slecht delende cellen (interfase FISH) Soorten probes: - Fusion probes: voor translocaties aan te tonen, fusiesignaal is geel (rood+groen), wel een probleem als rood boven groen ligt (3D-structuur) want dan krijg je onterecht geel - Break-apart probes: als er een breuk tussen 2 stukken komt, bij geen translocatie dan 2 fusies (2x geel), bij een translocatie is er 1 fusie en ook 1 groen-rood signaal Voordelen: detectie microdeleties, breukpunt detectie en verbetering, detectie van cryptische translocaties en complexe genoom veranderingen, snelle diagnostische detectie op kernen in interfase, kleine hoeveelheid afwijkende cellen zichtbaar Nadelen: gelimiteerde sensitiviteit, beperkte target locaties, alleen antwoord op welke vragen je stelt

Answer 12

Afwijkende cellen komen niet in deling, dus klassieke technieken leveren een normaal karyotype op en een aantal afwijkingen zijn chromosomaal niet zichtbaar (cryptisch) Oplossing: hoger % plasmacellen nodig dus zuivering van plasmacellen 1. rode bloedcellen verwijderen uit beenmerg door rode bloedcel lysis 2. antilichamen maken tegen CD-138 (buitenkant plasmacellen) waaraan beads (magneten) worden gekoppeld 3. CD-138 met het antilichaam laten binden en er een magneet bij houden waardoor de beads samen met de plasmacellen hangen aan de magneet en ze alleen overblijven

Answer 13

Genoom-breed kijken en fouten met kleine resoluties in kaart brengen - Onderzoek met 850.000 probes - Testen of iemand voor een bepaalde SNP homozygoot of heterozygoot is - Analyse m.b.v. LogR (maat voor aantal kopieën) en B-allele frequency (frequentie van de SNP) 1 allel zichtbaar = depletie, 3 allelen = duplicatie, 2 allelen maar alleen AA en BB zichtbaar (niet AB) = verlies heterozygositeit In de praktijk: geen 100% zuivere populatie, dus ook normale cellen erdoor die interfereren

Answer 14

- omlooptijd van 25 uur - werkt door licht-resetting door neuronen van de suprachiasmatische nucleus (SCN) - Cry-genen worden vanaf e-box promotor afgeschreven; negatieve loop (core loop): cryptochroom eiwitten gaan terug naar de kern, zorgen voor cyclische remming door remmen van transcriptiefactoren Clock en Bmal1 via de vorming van een CRY/PER complex. Positieve loop (stabiliserende loop): Bmal1 activatie via Rev-Erba - stabiliteit (timing beïnvloeden) door posttranslationele modificatie van PER- en CRY-eiwitten - chronotype; snellere klok (ochtendmens) of langzamere (avondmens) - koppeling klok met gedrag en metabole processen verloopt via klok-gecontroleerde genen (CCG’s) die ritmisch tot expressie komen - per orgaan 10-20% van actieve genen o.i.v. circadiane klok (temporele organisatie) hierdoor verschillende piekmomenten op de dag

Answer 15

Als er een verschil in lichaamstijd en geografische tijd is - Acuut: slaaptekort, vermoeidheid, minder alert, lager prestatievermogen - Chronisch: metabole verstoringen (hoger risico op diabetes, HVZ en obesitas), versnelde tumorinductie en veranderd tumorspectrum (risicofactor voor borstkanker)

Answer 16

Cellen delen altijd op hetzelfde moment op de dag (niet alle cellen allemaal, maar elke cel heeft zijn eigen moment), meestal 20 uur tussen de 2 celdelingen Deling van tumorcellen loopt asynchroon met de celcyclus omdat ze op ieder moment van de dag kunnen delen Medicatie: chronotherapeutica met chronotoxiciteit (toxisch effect afhankelijk van tijdstip van blootstelling) wil je ook op bepaalde momenten op de dag (niet) geven, zodat je gezonde cellen die delen niet beschadigd --> kijken of er circadiane variatie zit in symptomen, gevoeligheid voor geneesmiddel van orgaan en farmacokinetiek afhankelijk van tijdstip van toediening

Answer 17

1. Isoleren DNA 2. Kloneren DNA (m.b.v. bacteriën) 3. Delen van het DNA ordenen op plekken van het chromosoom 4. Specifiek deel van het DNA in kleine stukjes knippen 5. Sequencen van kleine stukjes DNA, waarna ze weer in de goede volgorde gezet worden (overlap op strengen)

Answer 18

Door combinaties van bepaalde regulatie-eiwitten met cellen ontstaan verschillende soorten celtypen (400 verschillende in het lichaam) –> te onderscheiden door naar genexpressie in celtypen te kijken Microarray: 1. Isoleren RNA uit tumor en gezond weefsel 2. Analyse m.b.v. microarray analyse, 3 opties: * Geen oplichting: geen genexpressie * Gele uitslag: genen even hart tot expressie in beide weefsels * Groene/rode uitslag: genen komen in het gezonde weefsel meer tot expressie dan in het tumor weefsel (groen) of andersom (rood) 3. Data analyseren m.b.v. bioinformatica 4. Validering van microarray analyse: m.b.v. western blot of PCR 5. Inzicht in genen en moleculaire processen (–> voor diagnose, prognose en individuele behandeling te verbeteren)

Answer 19

Voor €1000 het complete genoom van een individu sequencen - genoom individu vergelijken met referentiegenoom: varianten in eiwit coderende exonen, varianten die genexpressie beïnvloeden en genduplicaties, kleine deleties en inversies in kaart brengen - gebruikt voor het voorspellen van eigenschappen: oogkleur, ziekterisico, verslaving - ong. 44% v.d. genen zijn heterozygoot voor 1/meerdere varianten (invloed op het eiwit wat het codeert) - in de praktijk: opsporen mutaties, sequensen RNA om genexpressie profielen te bepalen, dynamisch bereik bepalen, alternatieve promotoren/splicing onderzoeken, allel-specifieke genexpressie en ontdekken van nieuwe exons, niet-coderend RNA en microRNA

Answer 20

Techniek waarmee je de eiwitten van een cel kunt bestuderen - hoeveelheid (actie) eiwit is een betere maat voor genexpressie dan mRNA - op basis hiervan een expressieprofiel van eiwitten maken (kost tijd, maar met verbeterde technieken mogelijk - mogelijkheden voor analyse: eiwitidentificatie, eiwitmodificatie, eiwit-interacties tussen eiwitten

Answer 21

1. Mengsel van eiwitten in kleine stukjes knippen m.b.v. trypsine (protease uit de darmen, knipt voor een arginine (R) of lysine (K)) 2. Kleine stukjes eiwitten (peptiden die beginnen met K of R –> tryptische fragmenten) aanbrengen op massaspectometerplaat 3. Plaat wordt met een laser geschenen 4. Eiwitten worden positief geladen doordat elektronen wegschieten --> positief geladen peptiden gaan bewegen richting de negatieve pool –> snelheid is afhankelijk van de grootte (kleiner = sneller) 5. Peptiden worden geregistreerd als ze langs de detector plaat komen en hier kan de molecuulmassa en relatieve hoeveelheid van het eiwit aangeduid worden 6. M.b.v. een computer maak je van alle mogelijke eiwitten een lijst van alle mogelijke tryptische fragmenten en bereken je hier de molecuulmassa’s van 7. Uitkomst van stap 5 en 6 samen nemen en eiwitten identificeren --> kan ook eiwitten kwantificeren, bindende eiwitten (antilichaam toevoegen en de rest wegwassen) en eiwitmodificaties (fosfaatgroep toevoegen) identificeren

Answer 22

mRNA zorgt niet alleen voor eiwitactiviteit, maar ook voor: - regulatie van eiwitmodificaties (fosforylering, etc.) - regulatie van eiwitstabiliteit (afbraak door bepaalde proteases) - regulatie van translatie (aantal eiwitten dat van een mRNA molecuul gemaakt wordt) op het niveau van microRNAs

Answer 23

Op het DNA liggen genen die niet coderen voor eiwitten maar voor kleine stukjes RNA (microRNA) die de translatie van mRNA beïnvloeden, dit gebeurt in de volgende stappen: 1. Van DNA wordt een stuk RNA afgeschreven: primair micro-RNA (miRNA) 2. Drosha (enzymcomplex) knipt het tot pre-miRNA 3. Transport vanuit nucleus naar cytoplasma 4. Dicer knipt het complex tot miRNA (kort dubbelstrengs RNA) 5. 1 streng wordt ingebouwd in het RISC-complex 6. RISC-complex bindt aan een complementaire sequentie in het mRNA (meestal 3’) 7. miRNA zorgt voor specificiteit, binding vermindert de translatie van dat stuk RNA of zorgt voor meer mRNA afbraak –> 1 miRNA kan soms binden aan verschillende mRNAs en zo meerdere eiwitten reguleren

Answer 24

Stukje RNA die je zelf in het genoom kunt inbrengen en hierdoor mRNA kan afbreken waartegen het gericht is 1. Zodra dubbelstrengs RNA de cel inkomt, knipt het enzym dicer in korte stukjes (siRNA) 2. Deze kunnen worden ingebouwd in het RISC-complex 3. RISC-complex zal het dubbelstrengs-RNA in stukken gaan knippen –> echter in de praktijk voor de therapie nog niet mogelijk om dit toe te passen (wel in het laboratorium)

Answer 25

Principe: 1. Een hele hoop stukjes siRNAs verzamelen in een aparte celkweek 2. In elke celkweek een specifiek eiwit uitschakelen 3. Effect van de behandeling analyseren 4. Kijken welke siRNAs celdood voor kankercellen geven, maar niet voor normale cellen 5. Controleren of er al remmers voor deze targets zijn 6. Controleren of de remmer daadwerkelijk werkt in cellen/diermodellen Voordelen: voorkomen dat eiwitten die essentieel zijn voor de groei van kankercellen tot expressie komen, eenvoudig toe te passen op elk willekeurig gen waarvan men de sequentie weet (zeer specifiek), niet snel resistentie, geschikt voor hoge doorvoer analyses Nadelen: alleen gebruikt om expressie te remmen, niet bekend hoe het in de gewenste cellen ingebracht wordt (heel misschien hiervoor virussen gebruiken –> onderzoek in DLBCL)

Answer 26

- Het eiwitproduct wegvangen: remmen van kinase activiteit van BCR-ABL-gen heeft wel nadelen; probleem met specificiteit waardoor makkelijk resistentie optreed en het probleem wordt niet bij de bron aangepakt (op DNA niveau) - Ingrijpen via siRNAs op het niveau van mRNA (wat het afbreekt)

Answer 27

Enkelvoudige ketens vormen o.i.v. een ligand een dimeer, in 2 categorieën: - Tyrosine kinase receptoren: hebben een extra-, intra- en transcellulair domein, enzymactiviteit zit in de receptor zelf bij het kinase (intrinsiek) - NON-RKT: zelfde proces als andere receptoren alleen heeft de receptor zelf geen kinase activiteit, maar zit er enzymactiviteit (JAK tyrosine kinase) gekoppeld aan het intracellulaire domein Eiwit(de)fosforylering: receptoren (kinases) zorgen voor fosforylering van een tyrosine op een eiwit (door tyrosine kinases) –> activiteit bevorderd door groeifactoren o.i.v. dimeervorming van 2 receptorketens - o.i.v. ATP 3 verschillende aminozuren fosforyleren m.b.v. kinases - kan aan tyrosine, maar ook aan serine en threonine (door serine-threonine kinases) Fosfatases: gefosforyleerde tyrosine in een geactiveerde receptor vormt een interactie met het SH2-domein –> vorming specifieke bindingsplaats voor phosphatase (SHP-1) –> specifieke binding aan het SH2-domein met tyrosine –> ontvouwing phosphatase en fosfatase activiteit deactiveert JAK-kinase

Answer 28

AML: gaat over receptor FLT3-ITD; ITD in JM domein veroorzaakt spontane activering van het FLT3 receptoreiwit –> spontane deling van AML cellen - Mutatie bestaat uit een aantal gedupliceerde eiwitten –> hierdoor geen groeifactor meer nodig' CNL: mutatie in G-CSF receptor waardoor de JAKs altijd aan elkaar vast zitten (spontane dimeervorming) --> G-CSF onafhankelijke proliferatie - cellen zijn in staat om te differentiëren, alleen het worden er heel erg veel

Answer 29

Zolang geen groeifactor bindt, is hij inactief als monomeer Werking (voorbeeld met G-CSF (leukocyten)) 1. Als G-CSF een groeifactor bindt wordt een homodimeer gevormd waar aan de ketens JAK kinase zit gebonden 2. JAK-kinases kunnen door dimeer vorming (receptor-dimerisatie) elkaar activeren (cross-activering) 3. Signaalmoleculen binden aan deze gefosforyleerde tyrosine in de receptoreiwit met hun SH2-domein (specificiteit) –> signaal wordt doorgegeven SH2-domein: 1. SH2-domein kan binden (slot-sleutel) aan de receptor zodra tyrosine gefosforyleerd is 2. C-terminaal (onder gefosforyleerde tyrosine) van het SH2-domein zitten nog 3 aminozuren die een unieke code vormen waardoor het signaalmolecuul wel/niet kan binden (verschillende P-Y-A1A2A2 codes) wat zorgt voor specificiteit

Answer 30

Verhoogde productie van bloedcellen door een JAK2-V617F mutatie: mutatie in JH2 domein --> heft remmende werking van het JH2 domein op de kinase activiteit (van het JH1 domein) op –> over activatie van het JH1 domein (kinase domein) --> EPO/TPO onafhankelijke signaaltransductie, maar het EPO/TPO receptor is wel nog steeds nodig (hiervan niet onafhankelijk) en min of meer normale uitrijping, soorten: - Essentiële trombocytose (ET): heel veel bloedplaatjes aanmaak --> normale levensverwachting bij behandeling - Polycytemia Vera (PV): heel veel erytrocyten aanmaak, evt. leuco's en trombocyten aanmaak --> 15-20 jaar (vaak langer te leven) - Primaire myelofibrose (PMF): overvloedige fibrose in het beenmerg, bloedcelvorming verplaatst (milt), veel klachten (afvallen, hoofdpijn, algehele malaise) --> gemiddeld 7 jaar na diagnose overlijden (overleving CALR mutatie is beter dan JAK2 en MPL mutatie)

Answer 31

Gevolgen: - Beenmerg hypercellulariteit: celrijk beenmerg - Megakaryocyten hyperplasie en dysplasie: aanmaak bloedplaatjes afwijkend - In vitro groeifactor-onafhankelijke koloniegroei - Spontane transformatie tot AML of beenmergfibrose: vooral berucht bij PMF Symptomen: - Moeheid (81%) - Pruritus (jeuk) (52%) - Nachtzweten (49%) - Botpijn (44%) - Koorts (14%) - Gewichtsverlies (13%) Complicaties: - Arteriële/veneuze trombose waardoor vingers zwart worden (niet vaak meer) - Bloedingen in bijv. retina (visusklachten) (door vervorven ziekte van Von Willebrand) - Rood gelaat - Jeukklachten - Sterk vergrote milt (leukemische transformatie)

Answer 32

- Plaatjesaggregatieremming: acetylsalicylzuur - Plaatjesredutie: (hydroxyureum, interferon, anagrelide) hiermee bloedwaardes terug naar normaal brengen - Allogene stamceltransplantatie: bij PMF als de levensverwachting heel slecht is en de patiënt jong - Aderlaten: bij PV, HT moet <0,45%

Answer 33

Je hebt een stuk DNA en je wilt weten waar de mutatie zit; 1. Enkelstrengs DNA maken van dubbelstrengs DNA 2. Primer (20 basenparen) toevoegen die het complement van het eerste stuk enkelstrengs DNA is 3. Toevoegen van dNTPs (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) en dezelfde waar een kleurtje aan zit (rood, blauw, groen, roze) en als die worden toegevoegd zal altijd de transcriptie stoppen 4. Hierdoor krijg je telkens een stukje DNA die stopt met op het einde een kleur, deze gaat door een capillair en wordt gescand door een laserstraal 5. Dit wordt door de computer omgerekend en zo komt de DNA-volgorde eruit 6. Stel er zitten ergens ineens 2 kleuren/basenparen dan zit daar dus de mutatie

Answer 34

1. DNA knippen in stukjes en aan de uiteinden adaptors ligeren 2. Dit leg je op de Flow cell en als de adaptors hun complement op de flow cell hebben zullen ze hier naartoe gaan 3. Op een specifieke plek ga je PCR uitvoeren waardoor je het heel vaak dupliceert en het hierdoor wel kan gaan aflezen 4. Hierna ga je de hele plaat incuberen met groene T, rode C, blauwe G en paarse A 5. Hierna degenereer je het dubbelstrengs DNA weer naar enkelstrengs DNA en wacht je tot het getranscribeerd wordt 6. Na elke ingebouwde nucleotide maak je een foto waardoor je precies ziet welke nucleotide waar wordt ingebouwd

Answer 35

Eerste gebruik is ruxolitinib - weinig bijwerkingen - veel klachtvermindering - positief effect op prognose - minder vaak een aderlating

Answer 36

- Onderin de crypten zitten stamcellen en paneth-cellen (productie lysozymen voor antimicrobiële werking voor stamcelnice en WNT) - Daarboven transit amplifying cellen (nog proliferatie) - Bovenin differentiatie plaats en gespecialiseerde cellen (enterocyten, Goblet cellen, etc.) Constant celvernieuwing vanuit de stamcel pool onderin (elke 7 dagen complete vervanging), WNT-gradiënt aanwezig die afneemt richting het darmoppervlak (door lipide groep voor binding celmembraan)

Answer 37

Effector: bèta-catenine: functie in de kern (WNT pathway transcriptie regulatie) en functie in cel-celcontact tussen E-cadherines (membraan) Als WNT **niet** bindt aan de receptor: bèta-catenine bindt aan cytoplasmatische deel E-cadherine en zorgt voor stabiliteit, ook binding aan APC (samen met axine en GSK) en vormt zo een destructiecomplex wat bèta-catenine afbreekt Als WNT **wel** bindt aan de receptor: 1. axine afbraak 2. destructiecomplex inactief 3. resterende bèta-catenine komt los en gaat de celkern in 4. binding aan transcriptiefactor TcF 5. targetgenen die celdeling bevorderen aangezet en meenemen transactiverende domein waardoor gentranscriptie op gang komt 6. celproliferatie en onderhouden stamcellen (asymmetrische deling, cel dichtste bij Paneth cel blijft stamcel en andere nieuwe cel voor differentiatie)

Answer 38

1. Dysplasie: poliep uitgroeiend vanuit bestaand epitheel, nog steeds buizenvormend en niet binnendringend in omliggend weefsel 2. Vroeg adenoom: door inactivatie van APC adenoomvorming 3. Gemiddeld adenoom: mutatie in het adenoom in het KRAS-gen (ongocen) en uitgroeien 4. Laat adenoom: meer mutaties in bijv. p53 en SMAD (tumorsuppressorgenen) 5. Carcinoom: 3-5 specifieke mutaties nodig om een tumorcel te maken Van dysplasie –> maligniteit duurt ong. 17 jaar (afhankelijk van mutatie)

Answer 39

> 85% heeft sporadische darmkanker (vaak alsnog sprake van APC mutaties) ongeveer 15% erfelijk: - FAP: familiaire adenomateuze polyposis, 10%, autosomaal dominante predispositie voor ontwikkeling multiple adenomateuze poliepen in colon (door mutaties in APC gen; 1 gen al mutatie, 2e mutatie verworven) - Lynch syndroom/HNPCC: mutaties in mismatch repair, 20% - Familiaire colorectale kanker: genen onbekend, 70%

Answer 40

85% van de darmtumoren: als APC ontbreekt zal bèta-catenine niet afgebroken worden en ongecontroleerd TcF stimuleren en zo celproliferatie aansturen –> geen rem op het systeem 5% van de darmtumoren: bij intact APC wordt het gemuteerde bèta-catanine niet meer gefosforyleerd/afgebroken door het destructieproces, wel is het nog functioneel en kan het dus nog de celkern in –> activering targetgenen en celdeling --> geen rem op het systeem

Answer 41

Oncogenen: - Cycline D/CDK4: activering celcyclus –> gen afgeschreven door TCF-4 als bèta-catenine gebonden is - C-MYC: WNT-activatie laten stijgen –> kortere duur G0-fase celcyclus –> activatie expressie CKDs en inactivatie CKIs - LGR5: stamcelmarker, WNT-activatie induceert dit Remming op WNT-pathway: - remming van cyclo-oxygenase-2 (COX-2); COX-2 ontstaat door productie van tumorcellen en inflammatie, induceert PGE2 productie en activeert WNT signaling –> hierdoor aanzetten pathway en deling - met NSAID’s (aspirine) ingrijpen en hierdoor tumorvorming uitstellen (voorkomen kan helaas niet) en overall survival verbeteren

Answer 42

Klonale ziekte van de hemopoietische stamcel - Methylering DNA gestoord waardoor te veel DNA gemethyleerd wordt en 1/meerdere genen uitgezet zijn - Verhoogd aantal blasten (wel <20%) - Medicijn 5-azacytidine; cytidine homoloog die niet gemethyleerd kan worden (N i.p.v. C 5e plek) --> inbouwen in DNA en genen weer tot expressie laten komen

Answer 43

Veranderingen in genexpressie, zonder dat er DNA veranderingen optreden, open chromatine (geen mythelering) vs. dichte (sterke mythelering), 2 soorten; **DNA-methylering**: toevoegen methylgroep (-CH3) aan cytosine op plek 5 door DNMT bij een CpG-eiland --> ontstaan 5-methylcytosine --> aangrijpingspunt eiwitten die binden en chromatine inpakken - Novo methylering: nieuwe, iets fout in de cel - Maintenance methylering: instandhouding, bij replicatie op de nieuwe complementaire streng het cytosine molecuul methyleren (ook CpG-eiland) **Histonmodificatie**: modificatie door acetylering, bij een dusdanige lading staat de chromatine open en na de-acetylering (lading verlies) zal hij sluiten

Answer 44

**Apoptose**: streng gereguleerde balans celdood en celproliferatie, geen ontstekingsreactie (zwellen/breken membraan alleen bij necrose) 1. intrinsiek (stress/schade) of extrinsiek (TNF/FASL) signaal dat leidt tot activatie van caspase-cascade (BAX > Bcl-2) 2. Cel krimpt 3. Eosinofiel cytoplasma 4. Verlies celmembraan stabiliteit en celcontact 5. Chromatine condensatie 6. Apoptotische lichaampjes; fragmentatie van cellen maar wel omgeven door een celmembraan 7. Fagocytose door naburige cellen **Senescence**: 1. Verandering celmorfologie: platter en groter 2. Expressie celcyclus remmende eiwitten (p53, p21, p16, etc.) 3. Onomkeerbaar in de G0 fase van de celcyclus 4. Productie SASP factoren: veroorzaken ontsteking en stapeling cellen --> tumorprogressie

Answer 45

**Intrinsiek**: via Bcl-2 (remming) en BAX (induceert); relatieve concentraties hiervan bepalen of de cel dood gaat - Bcl-2 en BAX doen werk aan de mitochondriale membraan; bij het vormen van poriën hierin wordt cytochroom C vrijgemaakt: initiatie caspase cascade –> eiwit afbraak en celdood - Bij kankercellen vaak remming apoptose (Bcl-2 > BAX) en hierdoor juist toename van het aantal cellen **Extrinsiek**: van buitenaf herkent een lymfocyt een zieke cel die dood moet –> buiten de cel manifesteert zich een Fas death receptor waaraan de lymfocyt met de Fas ligand bindt –> intracellulair DISC (death inducing signaling complex) in werking –> procaspase wordt geknipt tot caspase waardoor de caspase cascade wordt geactiveerd --> apoptose

Answer 46

Tumor suppresorgen dat allerlei processen in de cel signaleert - Regulatie van: ~ P21 (CDKN1A): remt celcyclus bij activatie ~ BAX: zorgt dat cel in apoptose gaat ~ MDM2: bindt normaal aan N-terminus p53 en blokkeert TAD --> eiwit geubiquitineerd door proteasomen --> afbraak p53 (feedback regulator) --> geen apoptose - Targetgenen: bij cellulaire stress fosforylatie kinase p53 --> binding MDM2 geblokkeerd --> [p53 stijgt] --> activatie van: GADD45 (schade repareren), BAX (apoptose) en TP21 (remmen celcyclus) - Meest gemuteerd bij alle kankers (70%); grote deleties, missence mutaties in DNA-bindend domein (75%) en verkorte eiwitten - Inactivatie door: verlies beide allelen, missense mutatie (allel verloren en 1 mutatie), MDM2 amplificatie (p53 sneller afgebroken) - werkt alleen als het bindt als tetrameer aan DNA, als daar een gen in de buurt zit met een TATA-box kan p53 het transcriptiecomplex activeren

Answer 47

Door cancer immuun editing: aanpassen van kankercellen om het immuunsysteem te ontwijken door niet herkenbaar te zijn of het immuunsysteem te onderdrukken (escape) - tumoren zijn weinig immunogeen: lichaamseigen structuren en survival of de fittest (niet herkend worden = overleven) - tumoromgeving immuun-suppresief: door cytokines, mediatoren (M2-macrofaten), regulatoire T-cellen, MDSC

Answer 48

1. Vrijkomen van tumorantigenen; door bestraling of apoptose, immuunsysteem gebruikt dit als herkenning 2. Vrijgekomen antigenen opnemen en verwerken door cellen in de omgeving; bijv. dendritische cellen die dan antigeen presenterende cellen (APC) worden 3. Presenteren van het antigeen in de lymfeklier; aan CD8+ cytotoxische T-cel via HLA-1 en aan CD4+ T-helpercel via HLA-2 (co-activatie cytotoxische T-cel) 4. T-cel gaat via het bloed richting de tumor; chemokines en chemokines-receptoren zorgen dat hij op de goede plek terecht komt 5. T-cel infiltreert door het endotheel naar de tumor 6. T-cel herkent de tumorcel; via HLA 7. T-cel dood de tumorcel; door een cytotoxische granule die met perforine granzym B en gaatje maakt in de tumorcel wat tot apoptose leidt

Answer 49

1. HLA met antigen EN co-stimulator (CK28 op T-cel en CD80/CD86 op APC) moeten gebonden worden 2. Als T-cel geactiveerd is komt CTLA-4 op het membraan wat met een hogere affiniteit bindt met CD80/CD86, CTLA-4 zorgt met APC voor inhibitie van het systeem Inhiberende factoren: - PD-1: op T-cel, bindt aan PD-L1 (op APC) en zorgt dat de T-cel geïnactiveerd wordt, tumorcellen maken hier misbruik van door PD-L1 tot expressie te brengen –> interactie is met PD-1/PD-L1 antistoffen te beïnvloeden (inactivering voorkomen). Tumoren met een hoge PD-L1 expressie zijn vatbaar voor PD-1 antistof therapie -CTLA4 antistoffen zijn effectief op het moment dat in de lymfeklier de APC de CD4+ T-cel en CD8+ T-cel informeert over wat er gevonden is –> dit remt de remmer waardoor de activatie van de T-cel langer in stand blijft

Answer 50

Stimulering immuunsysteem en op indirecte weg de tumor herkennen en vernietigen - zeldzame tumoren met veel mutaties - effect op anti-CTLA4 en anti-PD-1/PD-L1 --> monoclonale antilichamen specifiek tegen 1 receptor (soms ook combinatie --> superieur maar veel toxischer) - lange halfwaardetijd (>20 dagen) en dus weinig frequente behandeling (3-6 wekelijks), wel lange respons dus misschien eerder stoppen bij respons - dosis-effect relatie en dosis-toxiciteit relatie onbekend - bij longkanker beter dan chemo - steeds vaker inzetten in een vroeg stadium - hoge kosten en emotionele status - bijwerkingen: huidproblemen, lever toxiciteit, pneumonitis, thyroiditis, auto-immuun reacties

Answer 51

**Preklinisch onderzoek**: testen van nieuwe geneesmiddelen 1. Patiënt-derived tumor xenograft (PDTX) in immunologisch verzwakte muis inbrengen (natuurlijke of ectopische plek) 2. Kijken hoe de tumor zich gedraagd 3. Kijken of geneesmiddelen effect hebben en toxiciteit en dosis onderzoeken **Tumorbiologie**: opbouw van algemene kennis rondom kanker (processen, opwekken, gedrag, beloop), kijken naar wat specifieke mutaties doen, soorten onderzoek: A. onderzoek effect dominant negatieve mutaties (oncogenen) (oncomuis/transgenic) --> oncogeen isoleren en in bevruchte eicel injecteren B. onderzoek effect gendeleties (tumorsuppressorgenen) (knock-out-muis) --> in embrynale stamcel elektroporatie DNA toevoegen C. onderzoek effect puntmutaties (CRISPR-CAS)

Answer 52

Het is verboden, tenzij; - doel van de proef niet op een andere manier, met minder dieren of minder leed bereikt kan worden - belang van de proef opweegt tegen het leed van de dieren - geen schending van de intrinsieke waarde van het dier (geen dorst, honger, fysiek lijden, pijn, verwondingen, angst, stress en natuurlijk gedrag mogelijk) - vergunning voor het verrichten van dierproeven - goedkeuring vanuit de dierexperimenten commissie: methodologische opzet beoordelen; kijken voor vervanging, vermindering en verfijning --> jaarlijks 600.000 dierproeven, 75% muis/rat, 15% genetisch gemodificeerd, 80-85% geen/matig lijden --> boeken Speciesim (dier voortrekken voor de ander is discriminatie) en Capabilities (dieren in gevangenschap helpen floreren) belangrijk

Answer 53

- **Conventionele technieken**: röntgenstraling, verschil in absorptie, X-thorax (metastasen) en X-BOZ (complicaties), goedkoop, toegankelijk, evt. met contrast, lagere sensitiviteit, screening - **Echografie**: geluidsgolven, niet schadelijk, geen hoge sensitiviteit/specificiteit (kleine laesies gemist en bij stevige patiënt moeilijker), abdominale klachten (lymfoom, hydronefrose, levermetastase, grote milt), follow-up met lage verdenking kanker - **CT**: röntgenstraling, superieur aan echo/röntgen, nierfunctie en allergie jodium checken, kans op overdiagnosticering, TNM stadiëring, schadelijk, meerdere protocollen (blanco,, arterieel, veneus), densiteit afwijking - **MRI**: magnetisme, als we iets niet snappen, H-atomen, hoge resolutie, duurt lang, kan met contrast, last van bewegingsartefacten (peristaltiek), bij kleine bekken of rectumtumor, niet bij; claustrofobie, pacemaker, metaal in het lichaam - **PET/CT**: radioactieve tracers, vaak suikeropname (FDG toediening), tracer-gebruikers lichten op (hersenen en tumoren), veel duurder dan gewone CT, niet al het positieve is tumor

Answer 54

- Longcarcinoom: FDG PET-CT > CT (< EUS + biopsie maar wel heel invasief) - Coloncarcinoom: colonoscopie + biopt = CT-scan (bij T kijken naar doorgroei en zoeken naar lever/long metastases (MRI))

Answer 55

Techniek met als doel prognose en behandeling te bepalen, door classificatie van ernst en aard van de ziekte **T**: lokale stadium primaire tumor: grootte en uitgebreidheid binnen orgaan en ingroei omliggend weefsel - Tx: tumor onvindbaar - T0: primaire tumor weg - Tis: carcinoma in situ/hooggradige dysplasie - T1: intra- of submucosaal - T2: ingroei in muscularis propria - T3: doorgroei in muscularis propria - T4: doorgroei naar andere organen **N**: lymfekliermetastasen, of er locoregionale zijn, afhankelijk van omvang, aantal en locatie (borst- en liesmetastase valt onder M) - Nx: niet met zekerheid vast te stellen - N0: geen aangedane lymfeklieren - N1-N3: aanwezigheid lymfekliermetastasen (mamma: N1 = 1-3, N2 = 4-9 en N3 >10) **M**: metastasen op afstand - Mx: niet te beoordelen - M0: geen metastasen op afstand - M1: wel metastasen (orgaan of lymfeklieren) Slechtere TNM = slechtere kans voor de patiënt - Soms hierbij ook een biopsie

Answer 56

- Klinisch stageren (cTNM): onderzoek voor start behandeling, klinische inschatting ernst ziekte maken o.b.v. LO, AO en biopt –> voor goede voorlichting, optimale behandeling, vergelijkingen en reproduceerbaarheid resultaten - Pathologisch stageren (pTNM): na verwijderen van tumor (inclusief lymfeklieren), microscopisch onderzocht - Pathologisch stageren na voorbehandeling (ypTNM): stagering na voorbehandeling (bij neoadjuvante of inductie therapie)

Answer 57

Gebaseerd op de TNM (ook wel stage grouping) - Stadium 0: carcinoma in situ, zeer beperkt, geen locoregionale of afstandsmetastasen - Stadium I: kleine carcinomen, zonder/beperkte doorgroei in orgaan van origine, goede prognose - Stadium II: doorgroei in orgaan van origine, geen lymfekliermetastasen, geen doorgroei in omliggend weefsel, goed behandelbaar, grotere kans of recidief - Stadium III: locoregionale kliermetastasen - Stadium IV: metastasen op afstand

Answer 58

Als een stukje tumor los in de buikholte terecht komt en aan het buikvlies gaat zitten, gaan daar allemaal kleine metastasen in het peritoneum ontstaan (ascites met tumoren) - Vaak bij een ovariumcarcinoom

Answer 59

Manier om het effect van chemotherapie te meten - Baseline: op zoek gaan naar target laesies waarbij maximaal 5 laesies in kaart worden gebracht (max. 2 per orgaan, aankleurende rand meenemen) –> lengte tumoren minimaal 1 cm op CT (langste as) en 2 cm op X-thorax, lymfeklieren minimaal 1,5 m (korte as) - Lengtes baseline optellen en bij follow-up kijken wat er met deze som gebeurt Niet-meetbare laesie als: - tumor lengte as < 1 cm - pathologische klieren 1,0-1,5 cm - slecht afgrensbaar - leptomeningeale ziekte (uitzaaiingen tumorcellen naar zachte hersen- en ruggenmergvliezen) - vocht - inflammatoir borstkanker - lymfangitis huid of long NADIR: meetpunt waarop de laesies het kleintse waren (hoeft niet op baseline te zijn)

Answer 60

- Complete respons (CR): verdwijnen van alle target laesies, pathologische lymfeklieren <1 cm (som hiervan niet 0, want lymfeklieren verdwijnen nooit compleet) - Partiële respons (PR): >30% afname van totale som target laesies vergeleken met baseline (weinig verandering in non-target laesies en markers) - Ziekte progressie (PD): >20% toename van totale som target laesies vergeleken met NADIR of bij absolute toename van 5 mm of ontstaan nieuwe laesies - Stabiele ziekte: weinig verandering

Answer 61

- Biopt nemen van de tumor - Fixeren met formaline (reactief gas): zorgt voor crosslinking van aminogroepen waardoor lysis (degradering door inwerking microben) wordt voorkomen en het weefsel hard wordt - Solvent wisselen: overgang van hydrofiel naar hydrofoob met machines, duurt uren - Inbedden van geselecteerde stukjes in paraffine: stolt op de onderkant van een cassette, door het biopt hierin toe te voegen ontstaat ffpe (formaline fixed paraffine embedded) - Snijden van coupes (5-7 micrometer) op de microtoom - ffpe (coupe) plakken op objectglaasjes en vastbakken op een warme plaat - Kleuren van het weefsel (meestal HE (hematoxyline-eosine) - Afdekken van preparaat met dekglas –> hierna beoordelen via de microscoop

Answer 62

- Punctie cytologie: opzuigen van cellen uit weefsel, op geleide van palpatie/echo, geen verdoving en snelle uitslag, via scopie/echo lymfeklieren uit mediastinum bereikbaar voor stagering - Exfoliatieve cytologie: van cellen die vanzelf loslaten (cervix, endometrium, bronchus, peritoneum, liquor, etc.), kunnen van het oppervlak afgeschraapt/gezogen worden –> bij cytologie geen inbedding, fixering, kleuring nodig, gewoon direct op een glaasje met een plaatje erover onder de microscoop

Answer 63

Cellen liggen naast/tussen elkaar en liggen op een bindweefsellaag (basaalmembraan) die vast zit aan de extracellulaire matrix (ECM) - Contact via meerdere cel adhesie receptoren en liganden - Via een binding een signaal doorgegeven aan de cel - Via membraanreceptoren hechting met het celskelet: tight junction (verbinding cel-adapter molecuul aan actine vezels), adherente junctions (E-cadherine aan actine, voor buisvorming), desmosomen (E-cadherine aan intermediair filament (keratine), links bèta-catenine a/d), gap-junctions (kanaaltjes, connexin, hemidesmosomen (intermediair filament met ECM, aan integrines) - Cellen zijn gepolariseerd: apicale zijde verschillend aan basale zijde –> belangrijk voor de functie (verschilt per plek bijv.: nutriënt opname, barrière, haargroei, talgaanmaak, hormoonsecretie, zintuig functie, etc.) - Zorgt ook voor het opvangen van mechanische stress

Answer 64

- **intermediair filament**: keratine, vimentine, desmine, GFAP, neurofilament (kleine diameter (tussen actine vezels en microtubuli in)) - **E-cadherine**: hierdoor cel-cel verbindingen, homofiele adhesie, calcium-afhankelijk, rol in de contact inhibitie, epitheliaal, door plasmamembraan en indirect verbonden met intermediair-/actine-filamenten, remt uitzaaiing kankercellen - **integrine**: onderdeel hemidesmosoom, cel-basaalmembraan verbinding (laminine, fibrinogeen, collageen), heterotypische adhesie, dimeer met alfa-/bètaketen, rol in signaaltransductie, binnenkant cel gekoppeld aan cytoskelet, binden RGD sequenties - **extracellulaire matrix**: onoplosbaar, dynamisch netwerk van geglycosyleerde eiwitten, stevigheid en compartimentalisatie cellen/weefsels/organen, bestaat uit basaalmembraan en interstitiële matrix (collageen I, elastine, fibronectine, proteoglycanen, cellulaire componenten) - **basaalmembraan**: hoog georganiseerde laag van ECM onder epitheelcellen en om endotheelcellen in ECM, gemaakt door cellen er op/onder, collageen type IV en laminine

Answer 65

1. Normaal: er is proliferatie en differentiatie van epitheel, cel-cel en cel-ECM adhesie is normaal 2. Dysplasie: gestoorde differentiatie en proliferatie, verminderde cel-cel en cel-ECM adhesie, verlies E-cadherine 3. CIS (carcinoom in situ): gestoorde differentiatie in alle lagen, verminderde cel-cel en cel-ECM adhesie, basaalmembraan nog niet doorbroken 4. Invasief carcinoom: autonome groei, veranderde cel-cel en cel-ECM adhesie, tumorcellen penetreren omringende ECM, eiwitten die het BM afbreken (metalloproteases), upregulatie van integrines (meer verbindingen met BM om er doorheen te komen) 5. Metastase: autonome uitgroei van tumorcellen op afstand van de primaire tumor, gedeeltelijk herstel van cel-cel en cel-ECM adhesie om te voorkomen dat gemetastaseerde tumor door kan verspreiden, vaak in lymfeklieren en andere organen

Answer 66

1. Verbreken van intracellulaire junctions (tight junctions, hemidesmosomen, desmosomen, gap junctions) tussen epitheliale cellen door verlies van E-cadherine 2. Cellen zijn los van elkaar en migreren door basaalmembraan (detachment) m.b.v. proteolyse 3. Begin met matrix afbraak waar metalloprotease (MMP-9) een hoofdrol heeft, zorgt voor afbraak collageen type IV 4. ECM afbraak m.b.v. proteases (preoteases hoge expressie in maligne tumoren), vrijkomen van angiogene-, chemotactische- en groei bevorderende factoren 5. Verplaatsing van tumorcellen door het ECM (locomotion) naar de dichtbijzijnste vatenstructuur en manipuleren van het ECM voor tumor stroma vorming (ECM-exploitatie) –> basaalmembraan doorbroken = invasie –> invasie en metastase gekoppeld, maar niet noodzakelijk (als tumor in bloedvaten komen is ingewikkeld)

Answer 67

1. Invasie 2. Locomotion in extracellulaire matrix zorgt dat tumorcellen de bloedbaan bereiken 3. Intravasatie door basaalmembraan bloedvat 4. Veranderingen in tumorcellen om met het bloed mee te stromen, doen dit door mee te liften met platelets (of myeloïde cellen/granulocyten) 5. Uit het bloedvat treden op een andere plek (extravasatie) en hier zich vestigen (angiogenese hiervoor noodzakelijk) Metastase cascade: vermogen om te verplaatsen en vestigen

Answer 68

- Lymfogeen: meeste carcinomen als eerste - Hematogeen: via bloedvaten, veel bij metastasen op afstand - Entmetastasering (seeding/transcoelomisch): uitzaaiing in lichaamsholtes of doorgroei daarin (bijv. borst-/buikholte), kan ontstaan na een biopt van een tumor (in bioptspoor)

Answer 69

Stapsgewijsproces die route van lymfedrainage volgt - Eerste metastase in regionale lymfeklieren, hierna komt de tumor in de circulatie terecht (via ductus thoracicus) - Tumoren blijven vaak bij de randsinus (hilus lymfeklier) steken waardoor daar uitgroei plaatsvind - Metastase kan zelfs in deels vervette lymfeklieren Begrippen: - **Skip-metastase**: als een metastase een klier overslaat - **In transit metastase**: vooral bij melanomen, uitgroei van tumorcellen in een lymfebaan voordat een lymfeklier bereikt wordt - **Schildwachterklier/sentinel node**: eerste klierstation die de tumor bereikt –> meest proximale lymfeklier in drainagegebied van de tumor, door deze voorspelbaarheid van de eerste metastase plek is het belangrijk deze goed te bekijken bij onderzoek naar metastasen - **Lymfangitis carcinomatosa**: totale blokkade van alle lymfebanen zorgt voor verwijdering van de lymfevaten bij het orgaan –> in de pleuraholte heet dit pleuritis carcinomatosa - **Tumor deposit**: we zien geen lymfeklier context maar er is wel metastasering alleen we weten niet echt hoe

Answer 70

Meestal vanuit het veneuze systeem (dunnere wand) en vormen scherp afgeronde begrensde metastase haarden die meestal niet voor functieverlies van het getroffen orgaan zorgen, 3 voorkeursroutes: - Vena porta type (coloncarcinoom) - Vena cava type (niercarcinoom) - Mediaanlijn type (schildklier-/prostaatcarcinoom, vooral naar/langs de wervelkolom) –> meestal eerste (en enige) vorm van uitzaaiing bij niet-epitheliale tumoren (sarcomen), bij epitheliale tumoren meestal eerst lymfogeen

Answer 71

Door sprake van expressie van bepaalde receptoren op circulerende tumorcellen (homing receptoren) en expressie van bepaalde chemokines op tumorcellen waarvan liganden orgaanspecifiek zijn - Maar 0,02% v.d. bloed-tumorcellen worden metastases door goed opruimingssysteem in het bloed –> niet-lineaire metastasering (patroon onvoorspelbaar en metastasen ontstaan uit andere metastasen) vs. lineair (metastase zoals verwacht, via schildwachterklier naar eerste organen)

Answer 72

- Maligniteit van lymfatische cellen, follikel architectuur verdwenen en 1 celtype overheerst - Anders dan leukemiën, want ze zijn sessiel (vormen lokale tumormassa’s) i.p.v. circulatoir - Multiple myeloom (ziekte van Kahler): meerdere plasmacel cytomen die B-cel fragmenten van immunoglobulinen produceren dat symptomatologie veroorzaakt - Afkomstig uit B-cellen (rijpen tot precursorcel in beenmerg waarna maturatie in lymfeklieren plaatsvindt) en T-cellen (rijpen tot precursorcel in thymus waarna maturatie in lymfeklieren plaatsvindt) - Zichtbaar als een architectuur loze massa Kunnen nodaal en extranodaal (op plaatsen waar normaal geen lymfeklieren zitten –> MALT-/Burkitt lymfoom) ontstaan - Categorieën: ~ **Non-Hodgkin lymfomen** (NHL): 91%, groot deel gezwel bestaat uit tumorcellen, systemisch, eerste presentatie vaak buiten de lymfeklier, vaak (secundair) beenmerg aangedaan, voornamelijk in milt en lever (brein, testis) ~ **Hodgkin Lymfomen** (HL): 9%, B-cel lymfoom, karakteristieke eigenschappen, vaker bij jongere mensen, eerst beschreven als infectieziekte, klein deel gezwel bestaat uit tumorcellen, speciale tumor reuscel (Reed Sternberg Cell)

Answer 73

- **Longcarcinoom**: hamartoom, (niet-)kleincellig (adeno, plaveisel, grootcellig, neuroendocrien), vanuit basale cellen, vaak lymfogeen metastasering naar hoofdbronchus hierna hematogeen naar hersenen, etc. - **Coloncarcinoom**: vanuit poliep met APC mutatie (-->K-RAS --> p53/LOH) naar carcinoom of vanuit MLH1/-2 (DNA-reparatiemechanismen) naar sessiel serrated adenoom en dan naar carcinoom of Lynch, altijd cilindrische cellen en verschil tussen goed- en weinig/slecht gedifferentieerd, metastasering via v. cava of -portae of beide - **Mammacarcinoom**: bijna altijd adenocarcinoom (invasief ductaal (80%), lobulair (10%), overig (10%)), vanuit lobulair CIS of ductuaal CIS, metastasering vaak via lymfe (oksel/thoracaal) of abnormaal (cervix, placenta, huid, pancreas, colon), onderverdeling: oestrogeen positief (HER2 negatief, vaak BRCA2) (50-65%), oestrogeen negatief (HER2-negatief, vaak BRCA1) (15%) en HER2-positief (met immunohistochemie gemeten, vaak TP53 mutatie) (20%)

Answer 74

- **Proto-oncogen**: dominant gen, bij een activerende mutatie in 1 van de allelen leidt het tot tumorvorming, 1 mutatie dus voldoende om het tumor fenotype tot uiting te laten komen - **Tumorsuppressorgenen**: recessief gen, zijn aanwezig om te zorgen dat geen tumor ontstaan, er zijn 2 deletie/inactiverende mutaties nodig (dus in beide allelen) voor het ontstaan van het tumor fenotype (bijv. P53)

Answer 75

Mutant allel frequentie = mutant / totaal - bij een tumorsuppressorgen, bij 100% tumorcel is er 100% mutant tumorsuppressorgen DNA –> in werkelijkheid gemiddeld 80% tumorcel en 20% normale cel; v.d. 100 cellen dus 80 tumorcellen met 80 mutante allelen (grote kans op 1 verlies en 1 mutatie) en 20 normale cellen met 40 wild type allelen –> mutant allel frequentie is dan 80/120 = 0,67 = 67% mutant DNA - bij een proto-oncogen: in 1 v.d. genen een activerende mutatie dus 50% gemuteerd en 50% wild type allel –> in werkelijkheid weer 80% tumorcel en 20% normaal; 80 tumorcellen met 80 mutante allelen en 80 normale en 20 normale cellen met 40 wild type allelen –> mutant allel frequentie is dan 80/200 = 0,40 = 40% mutant DNA

Belangrijkste flashcards 2A1 (t/m week 5)

(100 cards)