Biotechnologies - outils enzymatiques Flashcards

1
Q

endonucléase (def et ex)

A
  • hydrolyse liaison phosphodiester entre 2 nt à l’intérieur de la molécule d’ADN
  • enzyme de restriction
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2
Q

exonucléase (def)

A

dégrade ADN à partir de l’une des extrémités

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3
Q

enzyme de restriction (but)

A
  • hydrolyse liaison phosphodiester entre 2 nt à l’intérieur de la molécule d’ADN
  • restreint l’infectiosité des phages vis-à-vis de la souche bactérienne
  • ne coupe pas une sqc méthylée
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4
Q

méthyltransférase (but)

A
  • reconnaît la même sqc que l’enzyme de restriction
  • transfert un méthyl sur au moins une des bases du site de reconnaissance
  • protège la bactérie de l’enzyme de restriction qu’elle code
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5
Q

enzyme de restriction de type II

A

Site de restriction :
- sqc de 4 à 8 pb
- axe de symétrie inversée : palindrome
Produit des extrémités 5’-P et 3’-OH

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6
Q

extrémité sortante (def et synonymes)

A
  • quand les coupures sont décalées l’une par rapport à l’autre sur les 2 brins
  • extrémité cohésive
  • sticky end
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7
Q

extrémité franche (def et synonyme)

A
  • quand la coupure se fait exactement au milieu du palindrome
  • bouts francs
  • blunt end
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8
Q

enz isoschizomères

A
  • enz de restriction qui reconnaissant la même sqc et la coupent de façon identique
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9
Q

enz néoschizomères

A
  • enz de restriction qui reconnaissant la même sqc mais la coupent de façon différente
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10
Q

enz compatibles

A

enz de restriction qui

  • reconnaissent des sites de restriction différents
  • génèrent des fragments aux extrémités cohésives et complémentaires
  • qui pourront être ligaturées
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11
Q

nucléase S1 (def)

A
  • dégrade spécifiquement des acides nucléiques simples brins

- pas les ADN bicaténaires, ni les hybrides ARN-ADN

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12
Q

nucléase S1 (ex d’application)

A

peut être utilisée pour convertir les extrémités cohésives et extrémités franches

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13
Q

phosphatases alcalines

A
  • éliminent le P en 5’
  • évite la ligation des fragments d’ADN entre eux
  • fonctionnent à pH alcalin
  • origine : muqueuse intestinale veau, souches d’E.cli ou souches de crevettes
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14
Q

ligase (def)

A

catalyse la formation d’une liaison phosphodiester entre 2 brins d’ADN (entre 3’OH et 5’P)

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15
Q

ADN ligase

A
  • extraite de E.coli
  • catalyse la formation de Pdiester
  • entre 2 extrémités cohésives
  • nécessite NAD
  • intéressant pour clonage cellulaire
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16
Q

T4 ADN ligase

A
  • origine : bactériophage T4
  • extrémités franches ou cohésives
  • nécessite ATP
17
Q

T4 ADN polymérase

A
  • polymérisation 5’ => 3’ (à partir de 3’OH)
  • exonucléase 3’ => 5’
  • converti extrémités cohésives en bouts francs
  • nécessite dNTP
18
Q

taille de l’insert : 3 à 10 kb (vecteur)

A

plasmide

19
Q

taille de l’insert : 6 à 20 kb (vecteur)

A

vecteurs dérivés de phages ou bactériophages

20
Q

taille de l’insert : 35 à 45 kb (vecteur)

A

cosmide

21
Q

taille de l’insert

A

BAC

22
Q

taille de l’insert de 150 à 1000 kb (vecteur)

A

YAC

23
Q

réplication épisomale (def)

A

réplication du vecteur indépendamment de l’ADN génomique de la cellule hôte

24
Q

site de clonage multiple = MCS = polylinker (def)

A

lieu de regroupement des sites de restriction uniques

25
Q

site de restriction unique (def)

A

lieu d’insertion de l’ADN à cloner

26
Q

cellule hôte conditions :

A
  • génotype Res- (déficiente pour la restriction)

- génotype RecA- (évite la recombinaison, surtout si eucaryote)

27
Q

rendement choc thermique E.coli

A

1/1O^6 bactérie est transformée par microgramme de plasmide

28
Q

taux de mortalité cellulaire électroporation

A

50% de mortalité cellulaire

29
Q

rendement électroporation ADN petite taille chez E.coli

A

1/1O^6 bactérie est transformée par microgramme de plasmide

30
Q

choc thermique avec molécules > 50 kb

A

efficacité presque nulle

31
Q

électroporation avec molécules > 240 kb

A

rendement encore satisfaisant

32
Q

rendement infection d’une cellule par un virus

A

très élevé!!

propriétés de la particule virale