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Microbiologie > Caractérisation et classification (exam 3) > Flashcards

Caractérisation et classification (exam 3) Flashcards

1
Q

Qu’est ce que la taxonomie permet ?

A

Permet d’établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs.

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Q

Qu,est ce qu’un TAXONS (ou TAXA) ?

A

Groupe taxonomique

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3
Q

Comment se fait la hiérarchie des taxons ?

A

Selon la proportion des caractères communs.

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4
Q

Pourquoi dit-on que c’est une hiérarchie non chevauchante (taxonomie)?

A

Un organisme fait partie d’un seul taxon à un niveau donné de la hiérarchie.

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5
Q

Quelles caractéristiques sont présentées dans la taxonomie ?

A

Identification (description et caractérisation) + nomenclature (noms) + classification (arrangements et relations inter-groupes)

On a donc : espèce, genre, famille, ordre, classe, embranchement, sous-embranchement, règne et domaine.

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6
Q

Qu’est-ce qu’une culture pure ?

A

Culture (population) de microorganismes où tous les individus ont les mêmes caractéristiques.

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7
Q

Qu’est-ce qu’une souche (isolat) ?

A

Tous les descendants (sous-culture) d’une culture pure.

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8
Q

Qu’est-ce qu’un espèce ?

A

Groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques. Exemple : E.coli de différents individus.

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9
Q

Qu’et ce qu’une souche type ?

A

Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce (la 1ère, référence).

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10
Q

Comment procède l’identification ?

A

Description et caractérisation, selon une culture pure.

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11
Q

Quels caractères morphologiques est caractérisé lors de l’identification ?

A
  • Taille, forme, arrangement
  • structures cellulaire
  • réaction aux colorants
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12
Q

Quels caractères de la composition chimique est identifié ?

A
  • Membrane : type de lipides, alcools (archae/eubact.)
  • Parois cellulaire : polysaccharides, protéines (peptidoglycane:eubact., pseudomuréine:archae., cellulose :mycètes ou algues)
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13
Q

Quels caractères physiologique sont identifiés ?

A
  • Exigences nutritionnelles : milieux de culture (cource de carbone, facteur de croissance)
  • Conditions d’incubation : T°, O2, lumière
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14
Q

Quels caractères métaboliques sont identifiés ?

A
  • Produits finaux de fermentation ; identification et quantités
  • Enzymes extracellulaires : protéases, exotoxines, hémolysine
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15
Q

quels caractères génétiques sont identifiées ?

A
  • Composition en G+C% (plantes et animaux 30-50%, microorganismes 25-80%) : valeur typique de l’espèce mais pas exclusive, valeur intragenre très similaire.
  • nombre de chromosomes (eucaryote)
  • Plasmides : tailles, nombres, gènes plasmidique (molécule d’ADN extrachromosomique)
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16
Q

Par quoi les interactions avec l’hôte sont identifiés ?

A
  • Pathogénécité
  • Capacité de provoquer une maladie chez différents hôtes (spécificité d’hôte : VIF, influenza)
  • Symbiose : plante, poisson…
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17
Q

Par quoi se fait l’identification écologique ?

A

Habitats d’où provient l’isolat.

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18
Q

Comment l’identification moléculaire se fait-elle ?

A
  • Comparaison de séquences : gènes conservés, protéines conservées, homologie des séquences (organismes apparentés)
  • Hybridation ADN-ADN (complémentarité des séquences d’ADN chromosomiques)
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19
Q

Que fait-on suite à l’identification des caractères ?

A

Compilation des caractères et comparaison avec espèces connues

20
Q

Comment savoir si une nouvelle espèce est identifiée ?

A

Nombre élevé de caractéristiques différentes des autres espèces connues (on peut lui attribuer un nom, selon les règles de nomenclature)

21
Q

Que comporte les règles de nomenclature linnéenne établis par Carl Von Linné ?

A
  • Binominale (italique ou souligné)
  • Genre 1ere lettre majuscule
  • descriptif
  • découvreur
  • espèce 1ere lettre minuscule (latin ou grec, descriptif de ce qu’on va retrouver comme caractéristique importante)
22
Q

Qu,est ce que la classification ?

A

Arrangement en groupes et relations intergroupes : selon les caractères communs, liens évolutifs

23
Q

Quels sont les différents types de classification ?

A
  • naturelle
  • phénétique
  • numérique
  • phylogénétique
  • polyphasique
24
Q

Qu’est ce que la classification naturelle ?

A

Nature biologique de organismes (anatomiques)

25
Q

Qu’est ce que la classification phénétique ?

A

Similarité de caractères phénotypiques : morphologiques, métaboliques, génétiques…

26
Q

Qu’est ce que la classification numérique ?

A

Comparaison de plusieurs organismes (2 par 2, nombre de caractères : minimum 50)
-coefficients d’appariement

Aujourd’hui on a matrice qui permet d’utiliser encore plus de caractères.

27
Q

Comment calculer le % de similarité ?

A

%S = (nombre de caractère similaires/nombre de caractères totaux)x100

28
Q

Quelle est la limite de la classification numérique ?

A

La pondération des caractères est uniforme (un présent, un absent) biologiquement lorsqu’on analyse un organisme, certains sont très important er d’autres sont plutôt accessoires.

Exemple de limite : présence de capsule (critère accessoire) vs similarité fonctionnelle de l’ADN polymérase (important), le poids qu’on accorde à un critère peut être sujet à discussion.

29
Q

Qu’est ce qu’un dendogramme ?

A

Représentation graphique qui ressemble à un arbre. Embranchements relient les branches aux %S.

30
Q

1 espèce correspond à quoi?

A

1 groupe de souches que les caractéristiques sont PRESQUE identiques (peut avoir 20% de variation).

Difficile de définir les bornes d’une espèce.

31
Q

Qu’est ce qu’une classification phylogénétique ?

A

C’est selon la race, génèse/origine.
Relations évolutives probables (ancêtres communs, comparaison d’espèces distantes)

Comparaison de séquences de gènes/protéines conservées.

32
Q

Que se passe-t-il lorsqu’il y a une mutation qui va nuire qui apparaît ?

A

Celle-ci va être éliminée.

33
Q

Pourquoi certaines régions sont-elles conservées chez le gène ARN ribosomal ?

A

Essentielles à la fonction. Si on les altère : ribosomes fonctionnent plus.

34
Q

Qu’est-ce qu’une région variable ?

A

C’est une région, qui, lorsqu’il y a mutation, sa fonction n’est pas altérée.

Le nombre de divergence est proportionnel au temps depuis la divergence d’un ancêtre commun.

35
Q

Sur un schéma de classification, qu’est-ce que les noeuds et longueur des branches signifient ?

A

Noeuds : événement de divergence (mutation)
Longueur des branches : proportionnel au nombre de changements moléculaire et donc, au temps qui sépare les organismes par rapport à leur ancêtre commun.

36
Q

Grâce à quels outils la classification phylogénétique peut-elle se faire ?

A

Outils bio-informatiques : disponibilité des séquences génomiques, développement constant (sujet à des interprétations différentes).

37
Q

Quelle est la classification contemporaine ?

A

Classification polyphasique

38
Q

Comment fonctionne la classification polyphasique ?

A

Analyse un lien entre les microorganismes

  • informations phénétiques et phylogénétiques : plus complète, remaniements continus
  • Ré-évaluations de la notion d’espèce (ex: % d’identité des séquences génomiques)

En fonction du gène qu’on utilise, on a des arbres différents.

39
Q

Quelle a été la première classification ? Et que contenait-elle ?

A

Linnaeus (1753)

  • Anatomie (basée sur les caractères anatomiques)
  • 2 règnes : animaux et plantes
40
Q

Quelle a été la deuxième classification ? Et que contenait-elle ?

A

Haeckel (1865)

  • Les deux mêmes règnes que Linnaeus
  • Un 3e règne : les protistes (bactéries, levures, protozoaires, algues)
41
Q

Quelle a été la troisième classification ? et que compare-elle ?

A 
Whittaker (1969)
Nutrition + organisation cellulaire :
- photosynthèse, absorption (de particules solubles), ingestion (de particules solides);
- eucaryotes, procaryotes
- unicellulaire, pluricellulaire
42
Q

Quels sont les 5 règnes de la classification Whittaker ?

A
  • Plantes
  • Animaux
  • Mycètes (pas de photosynthèse, se nourrissent par absorption)
  • Protistes (protozoaires, algues, …)
  • Monaires (procaryotes)
43
Q

Que c’est-il passé entre la deuxième et troisième classification pour qu’il y ait autant de changement ?

A

1940 : commencé à avoir de l’information sur les structures fines des microorganismes

44
Q

Quelle a été la quatrième classification ? Et que comprenait-elle ?

A

Woese (1977) Approche phylogénétique/ARNr
Propose l’existence de 3 domaines (niveau hiérarchiques les plus élevés) :
-Eucarya
-Bacteria (procaryotes)
-Archae (procaryotes)

45
Q

Qu’est ce que la théorie de l’endosymbiose ?

A

Mitochondries et chloroplastes des cellules eucaryotes proviennent de l’incorporation (endocytose) par certaines archeobactéries.

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