Chap 6 : Les nucleases Et Ribozymes

Question 1

C’est quoi le role mecanistique des nucleases ?

Answer 1

Hydrolysent des liens phospho diesters des acides nucléiques

Question 2

5 fonctions cellulaires des nucleases qu’on va retenir

Answer 2

Replication ADN
Réparation ADN
Traduction
Reponse immunitaire innee
Apoptose

Question 3

3 maladies causées par mutation nucleases

Answer 3

Syndrome Dicer1 : tumeur poumon,reins, ovaires ect

Dnase 1 Lupus erythemeux systemique : immunitaire inflammatoire

Rnase h2 Syndrome Aicardi-goutiere : neurologique enfant

Question 4

Les deux types de nucleases ?

Answer 4

Nuclease ribose-specifique
Nuclease non ribose-specifique

Question 5

Les deux nuclease sur lesquelles on va se pencher

Answer 5

Ribonuclease A : endoribonuclease
3,5 exonuclease DNase 1 : exodesoxyribonucleaqe

Question 6

Quelles sont les 2 etapes du mecanisme de la ribonuclease A

Answer 6

1-Transesterification : transfert 3’-5P en 2’-3P
2-hydrolyse du 2’-3P en 3’-monophosphate

Question 7

La ribonuclease A degrade quoi ?

Answer 7

ARN simple brin avec résidu C ou U en 5’ et 3’ en A

Question 8

Comment est la géométrie de l’etat de transition ?

Answer 8

Geometrie trigonale bipyramidale

Question 9

Par quoi peut etre remplacer U dans ribonuclease A ?

Answer 9

C mais pas A OU G car encombrement stérique

Question 10

D’où provient la specificite pour U dans la ribonuclease A

Answer 10

Empilement de base avec Phe120 et ponts H face de Watson Crick

Question 11

C’est quoi le role de la lysine 41 ? Dans ribonuclease A

Answer 11

Stabilise l’etat de transition chargé negativement
par interaction électrostatique
et par un pont H fort

Question 12

Quels sont les deux autres AA impliques dans la ribo A

Answer 12

His 12
His119
Aident a l’etat de transition

Question 13

Quel type d’enzyme est la phosphatase alcaline ? Role ? Type de mecanisme ?

Answer 13

Monoesterase non specifique qui enleve les 5’phosphate de l’Adn,Arn ect et ser thr tyr
Mecanisme a 3 cations

Question 14

Explication mécanisme phosphate alcaline a 2 cations

Answer 14

2 Zn+ qui stabilisent
Tranesterfication avec Ser102 nucleophile
Hydrolyse

Question 15

Explication mecanisme a 3 cations de la p alcaline

Answer 15

Zn x2+ Mg
Mg stabilise un groupe OH- et une mol H20 qui sont impliques dans l’ionisation de la ser102 = bon nucleophile
OH- = base generale

Question 16

Les introns 1 peuvent faire de l’auto epissage ?

Answer 16

Oui

Question 17

Explication des 3 etapes de la réaction autoepissage des introns 1 et la spécification

Answer 17

Groupe 3’OH G attaque 5’P intron et libere exon 5’

3’OH attaque le phosphate en 3’

3’OH cyclise intron

Que des réactions transesterifixations
ENZYME PAS REGENERE

Question 18

La structure 3D des ribozymes est complexe ?

Answer 18

Ouii necessaire a son activite

Question 19

Les acides nucléiques ont ils des residus avec un pKa pres du pH physiologique ? Charge positivement ? Jouent ils un role dans reaction des ribozymes ?

Answer 19

Non
Non
Oui seulement si ce sont des bases avec pKa modifies

Question 20

Pour le Ribozymr hairpin c’est quel type de mecanisme ?

Answer 20

Acide base general

Question 21

Explication du mecanisme hairpin ?

Answer 21

2 boucles internes AG qui s’empilent
Ou G8 est le nucleophile (base general si deprotonee)

Question 22

L’Enzyme RNAse A a t elle un avantage catalytique ?

Answer 22

Oui sur les proteines et elle est plus specifique (intron 1)

Question 23

Methode qui permet de creer des ribozymes artificiels ?

Answer 23

SELEX

Question 24

C’est quoi un aptamere ?

Answer 24

Petite sequence d’ARN/ADN qui lie qqch de specifique

Question 25

C’est quoi la diff entre ribozyme hairpin et son mutant ?

Answer 25

Guanine devient Diamino purine
Soit une mutation de la base pKa de 7 au lieu de 9 seul la forme deprotonee est active

Question 26

C’est quoi la seule forme active du ribozymr hairpin ?

Answer 26

Quand base est deprotonee
Et Acide protonee

Question 27

Au niveau du Kobs entre Rnase A, ribozyme hairpin et sa version mutee ? Qui est le meilleur ? Pk ?

Answer 27

Rnase A 37% de forme active et c’est pck les pKa sont tres rapprochés entre eux et que l’acide et la base sont meilleures

Question 28

Selon Bronsted comment doivent etre les pKa pour une bonne valeur de K1 ?

Answer 28

Les pKa doivent être éloignés de la neutralité

Question 29

Toute fois entre l’effet des K1 (pKa) et l’effet acide base qui est le plus important ?

Answer 29

Effet acide base qui contribue le plus a la vitesse de réaction meme si le pkA avec l’effet k1 joue un role