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BIOMOL > Chap 6; transcription eucaryote > Flashcards

Chap 6; transcription eucaryote Flashcards

1
Q

dans la transcription eucaryotes, les gènes sont __

A

monocistroniques

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2
Q

c’est quoi la régulation extensive de la transcription?

A

'’un tel gène, dans une telle cellule , à un tel moment’’

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3
Q

Combien ya-t-il d’ARN pol dans la transcription eucaryote?

A

3

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4
Q

y a-t-il bcp d’espace entre les gènes d’eucaryote?

A

oui

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5
Q

quels sont les transcrits de l’ARN pol 1?

A

ARNr 28s, 18s et 5,8s

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6
Q

quels sont les transcrits de l’ARN pol 3?

A

les ARNt, ARNr 5s et ARN 7s ( le SRP)

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7
Q

quels sont les transcrits de l’ARN pol 2?

A

des ARNm ( plus de 20k transcrits ARNm différents par cellule)

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8
Q

L’abondance relative de transcrits varie de qq copies à plus de 10k selon (2)

A
  1. la reconnaissance du promoteur

2. efficacité de transcription variable

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9
Q

en quoi l’ARN pol 2 ressemble à l’ARN pol des procaryotes?

A

elle est en forme de pince de crabe et possède un site catalytique

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10
Q

en quoi l’ARN pol2 est différente de l’ARN pol des procaryotes?

A

elle possède + de sous-unités en périphérie donc permet d’interagir avec différents facteurs de transcription.

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11
Q

combien l’ARN pol2 possède-t-elle de sous-unités? et comment s’appellent-elles? quelle est celle qui a une extension C-terminale (carboxyl-terminal) aka CTD?

A
  1. 12 (RPB1,2,3…12)
  2. protomères
  3. RPB1
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12
Q

de quoi est constitué le domaine CTD de RBP1?

A

de répétitions en tandem de l’hepapeptide ‘‘tyr-ser-pro-thr-ser-pro-ser’’

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13
Q

quelle sont les 2 fcts du domaine CTD de RPB1, une sous-unité de ARN pol 2?

A
  1. phosphorylation de ses aa: le CTD phosphorylé est responsable du passe de l’étape d’initiation à élongation
  2. est impliqué dans le recrutement de facteurs de maturation du pré-ARNm. (couplage transcription à la maturation)
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14
Q

quels sont les 4 séquences conservées du promoteur basal utilisé par l’ARN pol 2?

A
  1. BRE
  2. TATA
  3. Inr
  4. DPE
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15
Q

Outre ARN pol 2, qui reconnait les séquences conservés du promoteur basal? et ils jouent le mm role que qui?

A

des GTF (facteurs de transcription généraux). les GTF jouent le mm role que la sous-unité sigma de E.coli.

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16
Q

Où se passe la formation du complexe de pré-initiation?

A

à la boite TATA

17
Q

Quel est l’élément le plus fréquent chez tous les promoteurs?

A

l’élément Inr

18
Q

La boite TATA contient généralement un motif conservé positionné__? La boite TATA sont-ils des gènes activement transcrits? Une mutation à l’intérieur de la boite TATA entraine quoi? Une mutation entre la boite TATA et le site d’initiation entraine quoi?

A

-25/-35pb
oui!
Diminution drastique de la transcription.
Rien, ces séquences entre peuvent varier sans conséquence dans la transcription.

19
Q

Qui permettent l’association de ARN pol 2 au promoteur?

Ils sont généralement des complexes protéiques ___

A 
les GTF (facteurs de transcription généraux)
multimériques donc composés de plusieurs sous-unités
20
Q

quel est le GTF le plus grand et le 1er à interagir avec le promoteur? Il contient quoi et interagissent avec quoi? quelle est l’interaction la plus forte? Qui régulent l’association TBP-TATA et comment?

A

TFIID
Un TPB qui lie TATA et 13 TAF qui lient Inr et DPE
TBP-TATA est l’interaction la plus forte.
les TAF en cachant le site sur TBP.

21
Q

quelle est la première étape d’assemblage du complexe d’initiation de transcription? Comment ca se passe?

A

TFIID lie le promoteur.
le domaine C-terminal de TFB, une composante de TFIID, se replie autour de l’ADN dans al région de la boite TATA. ce qui permet:
- contact direct avec sillon mineur
- repliement local de l’ADN

22
Q

Quelle est l’association qui est la plateforme nécessaire pour recruter d’autres GTF lorsque TFIID lie le promoteur?

A

association TBP-TATA

23
Q

quelle est le deuxième étape d’assemblage du complexe d’initiation de transcription? 2 domaines sont impliqués, explique:

A

TFIIA et TFIIB lie ADN et TBP.

  • le domaine C-terminal de TFIIB fait contact avec TBP’ BRE et l’ADN situé près de TATA.
  • le domaine N-terminal de TFIIB s’étend vers le site d’initiation et fait contact avec ARN pol 2 quand elle arrive
24
Q

quelle est la troisième étape d’assemblage du complexe d’initiation de la transcription?

A

le complexe TFIIE et ARN pol 2 se lie au promoteur, ce qui stabilise l’agrégat ADN-TBP-TFIIB

25
Q

quelle est la quatrième étape d’assemblage du complexe d’initiation de la transcription?

A

TFIIE et TFIIH completent le complexe d’initiation.

26
Q

quelle sont les 3 fcts enzymatiques de TFIIH? Ecq TFIIH est gros? dans quelle étape est impliquée TFIIH et avec quel autre GTF?

A
  1. hydrolyse ATP
  2. Hélicase
  3. phosphorylation de CTD
    oui!
    dans la 4e étape d’assemblage du complexe d’initiation de transcription et avec TFIIE, ils vont completer le complexe d’initiation.
27
Q

quelle est l’étape après que TFIIE et TFIIH completent le complexe d’initation?

A

Passage du complexe fermé à ouvert!

28
Q

Qui s’occupe de dérouler l’ADN et comment? Que se passent-ils avec les autres facteurs de transcription?

A

TFIIH avec son activité hélicase déroule ADN db avec l’énergie qu’il a pris en hydrolysant ATP. Puis, une autre sous-unité de TFIIH phosphoryle CTD de la polymérase.
TBP reste liée à TATA mais les autres facteurs se dissocient. Ainsi, ARN pol échappe au promoteur et commence synthèse ARN.

29
Q

Besoin de quoi pour permettre accès à l’ADN pour ARN pol et facteurs de transcription?

A

complexe médiateur!

30
Q

C’est quoi le complexe médiateur? Il s’associe avec quoi? il est constitué de combien de sous-unités et combien sont fortement conservées et laquelle est essentielle à la transcription par ARN pol 2?

A
  • un énorme complexe protéique qui contient des modificateurs de nucléosome et des remodeleurs de la chromatine.
  • S’associe avec ARN pol 2 et des facteurs de transcription généraux (GTF) et spécifiques.
  • 20 sous-unités donc 7 fortement conservés. la sous-unité Srb4.
31
Q

ca permet quoi la phosphorylation de CTD?

A

de recruter des facteurs d’élongation qui vont permettre 1. de stimuler ARN pol pour synthétiser ARN plus rapidement et 2. d’aider a la correction.
D’autres facteurs recrutés par CTD phosphorylé vont être utilisés dans la maturation de l’ARN.

32
Q

que fait le complexe FACT durant l’élongation? Est-ce une relation dynamique entre les histones et ADN?

A

il retire un dimère H2A-H2B du nucléosome devant ARN pol pour lui laisser de la place pour faire sa transcription et une fois transcrit, derrière ARN pol, il remet le dimère H2A-H2B sur son nucléosome.
oui!

33
Q

Comment le signal poly-A est impliquée dans l’arret de la polymérisation d’ARN par la par l’ARN pol?

A

Il y transcription de l’ARN jusqu’à ce que la séquence dictant le clivage et polyadénylation soit dépassée!
Le complexe responsable du clivage et polyadénylation est déjà sur CTD-P et lorsque poly-A signal est transcrit, ce complexe se transfère du CTD vers cette séquence signal. Ce complexe va alors couper ARNm et y ajouter 200 adénines sur son bout 3’

34
Q

Est-ce que l’ARN pol arrete sa transcription dès qu’il transcrit la séquence poly-A signal?

A

Non, elle continue a transcrire jusqu’à 0.5-2kb dépassés le signal poly-A mais ce second ARN transcrit n’aura pas de coiffe ni de queue poly-a donc va être rapidement dégradé par des exonucléases.

35
Q

Quel est le modèle utilisé pour la terminaison?

A

modèle de la torpille

36
Q

Une fois l’ARN pré-messager clivé, qui dégrade le bout restant d’ARN attaché à la polymérase? Comment est recruté cette exonucléase avant? Comment la transcription arrete completement?

A
  • Rat1 va se lier à ce bout d’ARN et va le dégrader.
  • la prot RTT103 qui lie le CTD via les phosphorylation recrute Rat1.
  • Lorsque Rat1 rattrape la polymérase
37
Q

quels sont les 3 étapes de l’ajout de la coiffe?

A
  1. une phosphatase retire le dernier phosphate y du 1er nucléotide transcrit.
  2. une guanyltransférase ajoute un GMP en liaison inverse 5’-5’
  3. une méthylase ajoute un CH3 sur le 7e azote de la guanosine.
38
Q

Quels sont les 3 processus qui arrivent en mm temps que la transcrit primaire est produit? (maturation)

A
  1. ajout de la coiffe en 5’
  2. clivage et polyadénylation en 3’
  3. élimination des introns et épissages des exons
39
Q

quels sont les fcts de la coiffe?

A
  • distinguer les ARNm des autres especes d’ARN dans le noyau et les proteger
  • la coiffe 5’ s’unit a un complexe protéique, CBC, qui facilite la maturation et le transport à travers le pore nucléaire.
  • role dans la reconnaissance et traduction de l’ARNm par les ribomes dans le cytoplasme

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