Chapitre 2 : La structure du génome Flashcards
2.0 : Les protéines 2.1 : Le chromosome et la chromatine 2.2 : Les histones et le nucléosome 2.3 : Les fibres 11 nm et 30 nm 2.4 : Les chromosomes et l'extra 2.5 : Un gène et la densité génique 2.6 : L'accès à l'ADN 2.7 : Introduction à la transgénèse (147 cards)
1
Q
cforrélation négative chez l humain
A
plus la complexité augmente, moins les genes sont denses
2
Q
qu est ce qun gene:
qu est ce qu une densité génique
procaryotes: transcrits polycistroniques
eucaryotes: monocistroniques, genes discontinus qui sont sepre par des sequances intergeniques
A
c est ce qui va etre transcrit en ARN
c est la quantité de genes sur un fragment d ADN précis
sur un seul ARN, il y a trois genes differents qui vont donner 3prot
pour un promoteur, il y a un gene=plus d’adn. Il n y a pas de proteurs qui permet l expression de un deux trois quatres genes.
3
Q
vrai ou faux
la majorité des organismes sont diploides au niveau des cellules somatiques et haploides pour les gametes
A
vrai
4
Q
de quoi est consitue les genes et seq associes
A
sequences associes aux genes et de genes qui representent 1,5 %
5
Q
De quoi est constitué le génome humain
A
Il est constitué d’adn intergénique et de (gene et seq associe)
6
Q
Qu’est-ce qu’un lien peptidique?
A
Une liaison covalente entre le groupement carboxyle d’un acide aminé et le groupe amine de l’acide aminé suivant.
7
Q
Comment se nomme le carbone « coeur » d’un acide aminée?
A
Le carbone alpha.
8
Q
Dans une hélice alpha, les chaînes latérales R sont à l’extérieur ou à l’intérieur de l’hélice?
A
À l’extérieur.
9
Q
Dans un feuillet beta, les chaînes latérales R se trouvent en haut ou en bas du feuillet?
A
En haut ET en bas.
10
Q
Qu’est-ce qu’un domaine fonctionnel dans une protéine?
A
Un domaine est un agencement d’hélices alpha et/ou de feuillets beta qui se replie toujours de la même façon, peu importe le contexte dans lequel il se trouve. La forme du domaine détermine sa fonction.
11
Q
Est-ce qu’un domaine fonctionnel est exclusif à une seule protéine?
A
Non. Un domaine donné peut se retrouver dans plusieurs protéines.
12
Q
Quelle importance a un domaine dans une protéine?
A
La fonction d’une protéine peut être interprétée par les domaines qu’elle possède.
13
Q
Que veut dire un « mère » dans une protéine? (ex. tétramère)
A
C’est une chaîne peptide repliée en structure tertiaire (une unité de construction).
14
Q
Que signifie « hétérotétramère »?
A
Une protéine possédant 4 sous-unités, soit 4 chaînes peptidiques, (d’où le tétramère) où les 4 chaînes ne sont pas nécessairement les mêmes (ex. 2 chaînes T avec 2 chaînes W), à comparé à « homotétramère » où les 4 chaînes sont identiques.
15
Q
Qu’est-ce qu’un lysozyme?
A
C’est une protéine (enzyme) qui accélère l’hydrolyse de 2 sucres, donc permet ls dégradation de la molécule.
16
Q
Comment procède un lysozyme dans sa réaction? (Quels acides aminés, ce qu’ils ont de spécial.)
A
Sur le lysozyme, 2 acides aminés sont placés stratégiquement pour catalyser l’hydrolyse, soit Glu35 et Asp52. Ces 2 a. a. se retrouvent sous leur forme protonée à un pH physiologique normalement, mais dans ce cas-ci seul Asp52 se trouve dans une partie polaire de l’enzyme (Glu35 se trouve dans une partie plus hydrophobe, donc protégé). Lors de l’hydrolyse d’un sucre, leur charge nette déstabilise le lien covalent de la liaison glycosidique.
17
Q
Vrai ou faux. Les bactéries portent habituellement leurs gènes sur des chromosomes comme chez l’humain.
A
Faux. Elles portent habituellement leurs gènes sur un seul chromosome circulaire.
18
Q
Qu’est-ce que la phase stationnaire chez une bactérie?
A
Lorsqu’elle n’a plus assez de nourriture pour se diviser.
19
Q
Comment se nomme la structure formée par le génome des bactéries et où est-elle située?
A
C’est le nucléoïde et il est situé dans le cytoplasme de la cellule.
20
Q
Quelle est la taille d’une cellule E. Coli par rapport à la taille de son ADN?
A
La cellule mesure 1 µm et son ADN mesure environ 1 mm (1 000 µm).
21
Q
Comment l’ADN d’une bactérie est organisé? Qu’est-ce qui s’en charge?
A
La protéine H-NS (histone-like nucleoid-structuring) s’occupe d’organiser l’ADN pour le compacter. Elle 4 façons de faire : 1 - recouvrement de l’ADN (coating) 2 - formation de ponts (bridging) 3 - enrouler l’ADN 4 - plier l’ADN
22
Q
Quelles sont les protéines (autre que H-NS) qui travaillent dans le nucléoïde (bactérie) lors de la transcription?
A
- ARN polymérase et les promoteurs d’ARN : transcription d’un segment d’ADN en ARNm (aussi appelé transcriptase ) -Facteurs de transcription : amalgame de protéines aidant à la transcription -Fis : facteur de transcription pour les ARnr et autres gènes
23
Q
Environ combien de fois l’ADN humain doit-il être condensé?
A
10 000 fois.
24
Q
Comment s’appelle la phase de « vie normale » d’une cellule?
A
L’interphase.
25
Vrai ou faux. L'ADN est moins condensé en chromatine qu'en chromosome mitotique.
Vrai.
26
Où se trouve l'ADN dans une cellule procaryote pendant l'interphase?
Dans le noyau sous forme de chromatine.
27
Quelle est la forme de l'ADN lors de la mitose?
L'ADN est condensé en chromosomes mitotiques et se retrouve dans le cytoplasme.
28
Vrai ou faux. Les protéines représentent le quart de la masse moléculaire d'un chromosome.
Faux. Elles en représentent la moitié.
29
Qu'est-ce que l'hétérochromatine?
Des fibres d'ADN condensées à un diamètre de 30 nm et plus.
30
Qu'est-ce que l'euchromatine?
Des fibres d'ADN condensées à un diamètre de 10 nm.
31
De quoi est constitué le noyau d'un nucléosome (aussi appelé « core »)?
Il est composé de 8 histones (octamère) : 2 dimères H2A-H2B et un tétramère H3-H4.
32
L'ADN s'enroule combien de fois autour du noyau du nucléosome?
1,65 fois, soit environ 147 paires de base.
33
Vrai ou faux. Les nucléosomes sont collés les uns sur les autres sans laisser d'espace libre entre eux.
Faux. Un morceau d'ADN mesurant entre 20 et 60 pb relie 2 nucléosomes et est appelé « ADN intercalaire » ou « linker ».
34
Vrai ou faux. Les histones sont non spécifiques à la séquence de bases azotées de l'ADN.
Vrai.
35
Quels sont les acides aminés qui composent principalement les histones?
Lysine (K) et arginine (R). Ils représentent environ 20% des histones.
36
Vrai ou faux. L'affinité des histones pour l'ADN est très grande. Expliquez.
Vrai. Les histones sont composées en grande partie de lysine et d'arginine, lesquels sont chargés positivement, et la charpente de l'ADN est chargée négativement (à cause des groupements phosphates).
37
Pourquoi les histones se lient avec la charpente de l'ADN dans le sillon mineur?
Au niveau du sillon mineur, l'angle est plus petit, donc les groupements phosphates de la charpente de l'ADN sont plus rapprochés les uns des autres, ce qui facilite la liaison pour les histones (elles doivent accrocher les gr. P des 2 côtés de la chaîne).
38
Pourquoi les histones se lient de préférence sur des séquences riches en A-T?
A-T ne font que 2 ponts H, à comparer à C-G qui en font 3. Il y a donc moins de stress causé à la molécule si c'est le lien A-T qui est « plié ».
39
Vrai ou faux. Le noyau du nucléosome ne peut s'agencer qu'en présence d'ADN.
Vrai. Les dimères et les tétramères d'histones sont présents en solution en absence d'ADN disponible.
40
Qu'est-ce qu'un repli d'histone?
Les histones sont auto-complémentaires, car elles comportent des domaines identiques, ce qui leur permet de faire des « repli d'histones », soit de se replier sur elle-même en formant plusieurs liaisons faibles.
41
Comment se fait l'assemblage d'un nucléosome?
Le tétramère H3-H4 se lie en premier en pliant et en enroulant l'ADN. Les 2 dimères H2A-H2B se joignent ensuite au complexe pour le stabiliser.
42
Combien y a-t-il de points de contact ADN-histone à l'intérieur d'un nucléosome?
14. Un pour chaque fois que le sillon mineur fait face au noyau (147 pb autour d'un nucléosome ; 1 tour d'hélice = 10 pb ; 147/10 = 14,7 sillons mineurs)
43
Les points de contact ADN-histone sont composés principalement de quel type de lien?
Environ 40 liens hydrogènes, la plupart impliquant les O de la charpente. Seulement 7 liens impliquent les bases azotées du sillon mineur. Plusieurs des 40 liaisons sont formées par les queues d'histones.
44
Vrai ou faux. Chaque histones du noyau du nucléosome a une longue queue C-terminale qui ressort du nucléosome. Expliquez.
Faux. Ce sont des queues N-terminale qui ressort du nucléosome. Ces queues servent à stabiliser davantage l'ADN autour du noyau et permettent des interactions entre les nucléosomes.
45
Quel intermédiaire du nucléosome lie le plus d'ADN?
Le tétramère H3-H4, puisqu'il se lie en premier et qu'il est capable de plier et de tenir l'ADN par lui-même (donc + de liens), à comparer au dimère H2A-H2B qui peut être enlevé temporairement (par exemple pour remplacer des histones par des variantes ou pour permettre la transcription).
46
Une protéine normale liant l'ADN fait combien de lien avec celui-ci?
20 liens, les 20 supplémentaires chez les nucléosomes donnent la force nécessaire pour plier l'ADN.
47
Par où sortent les queues de l'intermédiaire H2A?
En haut et en bas de l'hélice.
48
Par où sortent les queues de l'intermédiaire H2B?
Entre les 2 brins d'ADN où 2 sillons mineurs se font face, créant une brèche juste assez grande pour la chaîne peptidique.
49
Par où sortent les queues de l'intermédiaire H3?
Entre les 2 brins d'ADN où 2 sillons mineurs se font face, créant une brèche juste assez grande pour la chaîne peptidique.
50
Par où sortent les queues de l'intermédiaire H4?
En haut et en bas de l'hélice.
51
Vrai ou faux. Les enzymes modificatrices d'histone ne peuvent pas reconnaître leur propre travail.
Faux. Certaines enzymes peuvent reconnaître leur propre travail. Elles s'associent sur une queue déjà modifiée et font la même modification sur le nucléosome voisin.
52
Quelles sont les conséquences d'une acétylation sur une queue d'histone?
L'ajout d'acétyle sur la lysine neutralise la charge positive de l'histone, ce qui affaiblit le lien histone-ADN et rend l'ADN plus facile à dérouler. L'acétylation est aussi souvent associée à l'expression de gènes.
53
Que signifie HAT?
Histone AcetylTransferase (ajout d'acétyle sur une queue d'histone)
54
Que signifie HDAC?
Histone DeACetylase
55
Que nécessite l'assemblage d'un nucléosome?
Seul une longueur d'ADN suffisante (au moins 150 pb pour le core+linker) est nécessaire pour former un nucléosome. Les nucléosomes ne sont pas séquence-spécifique.
56
Qu'est-ce que l'inhibition de positionnement pour un nucléosome?
Des protéines interférentes lient l'ADN à des intervalles inférieur à 150 pb, l'ADN demeure alors « nu » et est facilement accessible. Il peut s'agir du linker ou d'un fragment plus long.
57
Qu'est-ce que l'assemblage préférentiel pour un nucléosome?
Des « protéines aidantes » se lient sur des nucléosomes existants et aident l'assemblage de nouveaux nucléosomes.
58
Quel est le rôle de H1?
C'est l'histone H1, il interagit avec l'ADN intercalaire et une partie de l'ADN autour du nucléosome pour resserrer les nucléosomes entre eux. C'est la première étape pour atteindre le 30 nm.
59
Combien de paires de bases supplémentaires H1 permet-il d'enrouler?
20 pb.
60
Comment se forme la fibre 30 nm de la chromatine?
Les queues N des histones forment de nombreuses interactions entre des nucléosomes voisins.
61
Comment est la chromatine quand les genes sont exprimes et quand ils ne le sont pas.
Quand les genes sont exprimes:euchromatine
Quand les genes sont peu utilisés: hétérochromatine
62
Comment se forme la fibre 30 nm de la chromatine?
Les queues N des histones forment de nombreuses interactions entre des nucléosomes voisins.
63
Quels sont les 2 modèles possibles pour la fibre 30 nm?
Le solénoïde(nucléosome un a coté de l'autre) et le zigzag(face a face).
64
Quel est le rôle de la protéine Sir?
Elle condense davantage l'hétérochromatine. Après s'être condensée en une fibre de 30 nm, l'hétérochromatine peut s'organiser en boucle (DNA loops) de 40-90 kpb. C'est la protéine Sir qui se lie à l'hétérochromatine et la fait s'enrouler sur elle-même puis que Sir est auto-complémentaire.
65
Qu'est-ce qu'un échafaudage nucléaire (nuclear scaffold)?
C'est un agrégat protéique qui retient la base de chaque boucle formée par les protéines Sir.
66
Qu'est-ce que la topoisomérase II?
C'est une protéine faisant partie de l'échafaudage nucléaire qui participe dans le maintien de la structure et s'assure que les boucles de l'hétérochromatine restent séparées les unes des autres.
-sert a demeler l'ADN
67
Que sont les protéines SMS (condensines)?
C'est une protéine faisant partie de l'échafaudage nucléaire qui fait office de pince auto-complémentaire pour aider à compacter la chromatine davantage. Elles peuvent s'assembler en fleur et s'empiler une par-dessus l'autre.
-Participent au maintien de la structure
68
Qu'est-ce que la cohésine?
C'est une protéine similaires aux condensines, mais qui sont impliquées dans l'agencement de 2 chromatides soeurs en un chromosome mitotique.
69
Qu'est-ce que le génome?
L'ensemble des informations contenues dans l'ADN dont les séquences nécessaires pour coder tous les ARN et toutes les protéines de l'organisme. Il est distribué sur 1 ou sur plusieurs chromosomes. Il englobe aussi l'ADN mitochondrial.
70
Quelles sont les fonctions d'un chromosome?
1 - Compacter l'ADN (pour qu'il entre dans la cellule ou dans le noyau) 2 - Protéger l'ADN (l'association à des protéines donne plus de stabilité) 3 - Organiser l'ADN (expression génique et recombinaison) 4 - Transmettre l'ADN durant la mitose
71
Qu'est-ce que l'ADN génomique?
C'est une très longue molécule qui est rarement représentée complètement. Pour se retrouver dans la longue séquence, les nucléotides sont numérotés et divisé à chaque 10 nt.
72
Qu'est-ce que la ploïdie?
C'est le nombre de copie de chaque chromosome. Par exemple, l'humaine est diploïde (les chromosomes viennent en paires).
73
Qu'est-ce qu'un gène?
C'est l'unité fonctionnelle de l'hérédité (porté par l'ADN). C'est un ensemble de segments d'acides nucléiques contenant l'information nécessaire pour produire une ARN fonctionnel de façon contrôlée.
74
Vrai ou faux. Les bactéries ont un seul chromosome haploïde circulaire dans le nucléoïde.
Vrai.
75
Vrai ou faux. Il est possible que seules certaines cellules soient polyploïdes.
Vrai. Par exemple les cellules spécialisées dans la production des plaquettes sanguines. Cela permet une amplification globale du génome et donc une production accrue d'ARN et des protéines.
76
Vrai ou faux. Aucun organisme est entièrement polyploïde.
Faux. C'est assez courant chez les plantes que l'organisme soit entièrement polyploïde. Leur gamète ont alors la moitié du n total. Par exemple, si les cellules somatiques sont 4n, les gamètes sont 2n.
77
Qu'est-ce que la taille du génome?
C'est le nombre de pb contenus dans 1n.
78
Quel organisme parmi les suivants a le plus grand génome : un organisme haploïde (1n), diploïde (2n) ou polyploïde (xn)?
La taille du génome correspond à la valeur de n seul, indépendamment de la ploïdie.
79
Qu'est-ce qu'un plasmide?
Chez les bactéries, il s'agit d'un petit ADN circulaire extra-chromosomique, donc non rattaché au chromosome et ayant une réplication indépendante.
80
Vrai ou faux. Un plasmide contient exactement les mêmes gènes que le chromosome de la bactérie.
Faux. Un plasmide ne contient pas de gènes importants pour la croissance, mais confère souvent un caractère avantageux comme la résistance à un antibiotique.
81
Vrai ou faux. Les eucaryotes ont 2 organites qui possèdent leur propre génome.
Vrai. Les mitochondries et les chloroplastes. Leur génome existe en plusieurs copies par organites, sont circulaires et ressemblent aux génomes bactériens.
82
Nos mitochondries codent pour quoi et combien?
2 ARNr, 22ARNt et 13 protéines.
83
Quelles sont les caractéristiques des gènes bactériens?
Ils sont généralement organisés en opérons et donnent des transcrits d'ARN polycistroniques, i. e. contenant l'information pour plusieurs protéines.
84
Comment s explique la dimunition de la densité genique
Elles s explique par l ajout de sequences non codantes comme les introns et l adn intergénique: sequences uniques et les sequences repeteesé
85
Quelles sont les caractéristiques des gènes eucaryotes?
Présence d'introns qu'il faut enlever, donc beaucoup plus long et discontinu. L'ARNm code une seule protéine (avec nuance à cause de l'épissage...)
86
Qu'est-ce que la densité génique?
Le nombre de gènes par Mb (mégabase = 1 000 000 de bases) d'ADN.
87
Si un organisme possède 5 000 gènes dans son génome de 50 Mb, sa densité génique est de...
100 gènes/Mb.
88
Vrai ou faux. Le génome des bactéries est composé principalement de séquences non-codantes.
Faux. Il est composé principalement de séquences codantes. Le reste sont les séquences non-codantes régulatrices de l'expression génique et une séquence d'origine de réplication.
89
Quelle est la densité génique de l'humain?
10 gènes/Mb.
90
À quoi est due la différence de densité génique de saccharomyces cerevisiae (un eucaryote, une levure, haute densité génique) avec les autres eucaryotes qui ont une plus faible densité génique?
La levure est unicellulaire, donc ne nécessite pas de différenciation cellulaire, ce qui implique : 1 - moins de gènes, car moins complexe 2 - plus grande densité génique = davantage de gènes codent sans régulation nécessaire (seulement 3% des gènes ont des introns)
91
Qu'est-ce qu'un intron?
C'est une portion non-codante d'ADN située dans un gène. Cette portion est transcrite puis éliminée par épissage dans les ARN matures. Ils allongent la séquence du gène.
92
Vrai ou faux. Chez l'humain, 95% de l'ADN transcrit en ARN pour coder une protéine est composé d'introns.
Vrai.
93
Vrai ou faux. Les organismes les plus complexes ont de très grande densité génique.
Faux. Les organismes les plus complexes ont un grand génome, mais l'augmentation de gènes est moins rapide, il en résulte donc une densité génique de plus en plus faible au cours de l'évolution.
94
L ADN intergénique peuvent être séparés en 2 catégories. Quelles sont-elles?
Les séquences uniques et les séquences répétées.
95
Les séquences uniques regroupent...
- Les pseudogenes - Les ARN régulateurs - Les origines de réplication - Les séquences régulatrices
96
Que sont les « fossiles » de l'évolution?
Des pseudogènes et des fragments de gènes. Ils sont produits par duplication, incorporation de gènes viraux, mutations (insertion/délétion).
97
Combien y a-t-il de pseudogènes dans le génome humain?
Entre 12 600 et 19 700!
98
Que sont les ARN régulateurs?
Ce sont de longs ARN (IncRNA) et de petits ARN (microARN ou snARN) non traduits, mais impliqués dans la régulation.
99
Les séquences répétées regroupent...
- Les microsatellites - Les télomères - Les transposons
100
Que sont les séquences régulatrices?
Ce sont des séquences uniques faisant partie des gènes.
101
Vrai ou faux. Les séquences répétées ne sont répétées qu'une dizaine de fois.
Faux. Elle sont répétées plus de 1000 fois.
102
Qu'est-ce qu'un transposons?
C'est une partie de l'ADN pouvant bouger dans la séquence. Ils n'ont aucune fonction connue et sont souvent référés comme du « junk DNA », mais l'évolution favorise leur expansion.
103
Vrai ou faux. Les complexes remodelants de la chromatine n'ont pas besoin d'ATP pour fonctionner.
Faux. Ils sont ATP-dépendants.
104
Qu'est-ce qui peut recruter des complexes remodelant de la chromatine?
Les facteurs de transcription et les queues N des nucléosomes.
105
De quelle façon les complexes remodelants peuvent-ils rendre accessible l'ADN caché par les nucléosomes?
Les nucléosomes étant attachés par des liens non-covalents faibles (surtout des liens H), ils peuvent être déplacés ou leur ADN peut être déroulé légèrement par glissement.
106
Vrai ou faux. Un complexe remodelant est multimérique.
Vrai.
107
Que signifie le fait de faire glisser un nucléosome?
Pour rendre accessible l'ADN enroulé autour du nucléosome, un complexe remodelant peut venir se mettre sur le nucléosome voulu et le faire glisser sur l'ADN en le rapprochant du nucléosome voisin.
108
Que signifie le fait de déplacer un nucléosome?
Pour rendre accessible l'ADN enroulé autour du nucléosome, un complexe remodelant peut venir se mettre sur le nucléosome voulu et l'expulser complètement de sa position.
109
Quelles sont les grandes sous-familles de complexes remodelants?
1 - SW1-SNF 2 - ISW1 3 - CHD 4 - INO80
110
Que signifie SW1-SNF?
Switch/sucrose non-fermentable
111
Que signifie ISW1?
Imitation switch
112
Que signifie CHD?
Chromodomain helicase DNA-binding
113
Que signifie INO80?
Inositol requiring 80
114
Quel(s) complexe(s) remodelant(s) permettent de faire glisser les nucléosomes/ADN?
Tous (SW1-SNF, ISW1, CHD, INO80)
115
Quel(s) complexe(s) remodelant(s) peut éjecter des nucléosomes?
Seulement SW1-SNF
116
Quel(s) complexe(s) remodelant(s) permettent d'échanger des histones?
Seulement INO80
117
Comment se fait le glissement d'ADN par un complexe remodelant (quelles sont les étapes)?
On peut voir le principe comme 2 « mains » qui tiennent l'ADN comme un fil. La séquence d'ADN voulu se trouve sous la main 2.
1. La main 1 tient fort l'ADN (position fermée) tandis que la main 2 est lousse (position ouverte), mais les 2 font partie du même complexe remodelant.
2. La main 1 reçoit de l'ATP pour changer sa conformation, la main 2 doit alors elle aussi changer sa conformation (1 devient ouverte et 2 devient fermée)
3. La main 1 glisse vers la main 2 puis s'y lie. Il y a alors hydrolyse de l'ATP (donc dégagement d'énergie libre)
4. Avec l'énergie libérée, la main 1 se resserre (et la main 2 redevient lousse) et tire l'ADN (le fil) vers l'endroit où elle était au début, ce qui expose la séquence d.ADN voulu
118
Complexes de modifications post-traductionnelles des queues d'histones:
1) Ajout d'un groupement méthyl:
2) Ajout phosphate et phosphate sur une serine
1. Ajout de methyl sur une arginine ou une lysine provoque repression et l histone se lien encore plus a l adn
2. acetyl ou phosphate: interagit moins bien avec l adn donc l adn peut se derouler facielment et cela peut etre reversible; acetyl augmente la transcription
119
Les traductions post-traductionnelles se font sur quoi?
Sur les queues N d'histones.
120
En parlant de modifcation post-traductionnelle, que signifie H3K4me1? H3K4me3? H3K27ac? H3K27me3?
H3K4me1 : une méthylation sur la 4e lysine de l'histone 3
H3K4me3 : 3 méthylations sur la 4e lysine de l'histone 3
H3K27ac : une acétylation sur la 27e lysine de l'histone 3
H3K27me3 : 3 méthylations sur la 27e lysine de l'histone 3
121
Que signifie la figure b?
H3K4me1 et H3K27ac sont les 2 modifications apportées (une méthylation sur la 4e lysine et une acétylation sur la 27e lysine, les 2 sur l'hsitone 3). Ces 2 modifications combinées vont engendrer un déroulement de l'ADN entre les 2 nucléosomes qui portente la MÊME modification. Des facteurs de transcriptions (boules roses) vont alors être recrutés.
122
Que sont les boules roses dans les figures b et e?
Ce sont des facteurs de transcriptions qu'on appelle « enhancer », soit des amplificateurs. Ce sont donc des facteurs de transcription activateurs.
123
Que signifie la figure c?
H3K4me3 et H3K27ac sont les 2 modifications apportées (3 méthylations sur la 4e lysine et une acétylation sur la 27e lysine, les deux sur l'histone 3). Ces 2 modifications combinées vont engendrer un déroulement de l'ADN entre les 2 nucléosomes qui portent la MÊME modification. Ensuite, une polymérase est recrutée.
124
Que signifie la figure d?
H3K4me1 et H3K27me3 sont les 2 modifications apportées (une méthylation sur la 4e lysine et trois méthylations sur la 27e lysine, les deux sur l'histone 3). La combinaison de ces 2 modifications « ferme » les nucléosome, l'ADN reste donc innaccessible.
125
Que signifie la figure e?
La seule modification apportée est H3K4me1, soit une méthylation sur la 4e lysine de l'histone 3. Ceci engendre un déroulement de l'ADN entre les 2 nucléosomes portant la MÊME modification et seul un facteur de transcription activateur sur 3 est recruté.
126
Que signifie la figure f (si on la compare à la b)?
Dans les deux cas, ce sont les même modifications qui sont apportées, mais en b), les modifications sont déjà là, tandis qu'en f), c'est un stimulus particulier qui fait que les deux mofications viennent se faire. Dans ce cas-là, seulement un facteur de transcription activateur sur 3 est recruté.
127
Comment appelle-t-on une région non-dynamique de l'ADN/nucléosome?
« Transcriptionnal silencing », c'est une région que la cellule n'utilise pas.
128
Comment un complexe remodelant fait-il pour savoir où il doit aller?
Il y a des « petits drapeaux » sur les gènes, ce sont les facteurs de transcription (on se rappelle les boules roses...) et/ou les modifications sur les queues d'histones.
129
Vrai ou faux. Il existe des variantes d'histones. Expliquez.
Vrai. Les variantes sont spécifiques à certaines espèces, types cellulaires ou phases cellulaires. Leur séquence protéique varie de celle des histones canoniques de quelques acides aminés seulement, mais leurs propriétés (de quelles façons elles peuvent être modifiées) varient grandement.
130
Qu'est-ce qu'un nucléosome positionné?
Ce sont des nucléosomes composés de variantes d'histones qui sont positionnés de manière spécifique à la séquence et régulent ainsi la transcription. Ce sont les variantes d'histones qui reconnaissent certaines séquences sur l'ADN et se positionnent spécialement en fonction de ça.
131
Qu'est ce qu une H2A z et comment la H2a devient H2Az
1. Cest une H2 modifié et quin est pas necessairement identique a la H2A et permet l expression de gene
2. par le complexe remodlant de la chromatine
Le HSA domaine destabilise la structure et libere H2A et H2B pour les remplacerpar H2Az…
132
À quoi sert la variante d'histone H2A.Z?
C'est ce qui permet aux nucléosomes positionnés d'être positionnés, c'est ce qui les définit.
133
À quoi sert la variante d'histone H3.3?
C'est une variante qui se trouve autant dans les nucléosomes positionnés que dans ceux normaux. Elle est combinée à H2A.Z.
134
Vrai ou faux. Il est impossible d'avoir plus d'une variante d'histone par nucléosome.
Faux.
135
Quelle(s) modification(s) d'histone permet d'indiquer où mettre les nucléosomes positionnés?
H3K4me3 et H4ac. Ces 2 modifications permettent d'indiquer où mettre les variantes d'histone nécessaires pour créer un nucléosome positionné.
136
Quel est l'avantage des nucléosomes positionnés?
Puisqu'ils sont fixes, ils permettent de laisser une certaine partie voulue de l'ADN toujours exposée, car aucun autre nucléosome ne voudra se placer entre les 2. C'est donc plus rapide pour la transcription puisqu'il n'est pas nécessaire d'avoir un premier facteur de transcription qui va se faire dérouler l'ADN.
137
Qu'est-ce que la transgénèse?
l'introduction d'un gène étranger dans un génome d'intérêt.
138
Qu'est-ce que la cisgénèse?
L'introduction d'un gène modifié ou d'un proche parent d'un génome d'intérêt.
139
À quoi sert la transgénèse?
C'est pour modifer le génome d'un organisme dans le but de voir apparaître des traits que l'on trouve avantageux.
140
Vrai ou faux. Les techniques et protocoles utilisés pour la transgénèse sont les mêmes d'une espèce à l'autre.
Faux.
141
Quelles sont les étapes générales d'une transgénèse?
1. Sélection du gène étranger (d'intérêt) (ex. un gène de poisson résistant au froid) et colnage dans le plasmide adéquat du gène étranger et de kanR
2. Transformation bactérienne pour distribuer le plasmide dans la cellule voulue (ex. une cellule végétale)
3. Incorporation de l'ADN étranger dans le génome de la plante
4. Sélection des cellules transformées et croissance des plantes
5. Les plantes obtenues seront entièrement transgéniques (toutes leurs cellules posséderont le gène de poisson), donc on obtient une plante résistante au froid
142
Dans une transgénèse, de quelle façon peut-on « sélectionner » les cellules ayant reçu le gène d'intérêt?
Puisque le plasmide ayant reçu le gène d'intérêt a reçu en même temps kanR, qui est résistant à l'antiobiotique kanomycin. Lors de la culture des cellules, on met les cellules en contact avec de la kanomycin, donc seules les cellules avec kanR pourront survivre dans cet environnement, les autres ne vont pas croître (la kanomycin affecte la croissance, mais on ne sait pas pourquoi).
143
Quel est le nom de la bactérie utilisée principalement dans la transgénèse végétale? Que fait-elle de spécial chez les plantes?
Agrobacterium. C'est une bactérie qui fait des maladies chez les plantes, elle infecte les plantes et provoque des tumeurs à l'endroit de l'infection et elle colonise ces tumeurs.
144
Quelles sont les étapes de la transformation bactérienne pour mettre le plasmide dans la cellule végétale?
1. La cellule végétale émet des signaux pour attirer les bonnes bactéries, et Agrobacterium a évolué pour capter ces signaux (quand il en capte, il se dit « la plante est proche, je dois m'activer »)
2. La protéine VirA capte le signal de la plante, puis active la transcription et la traduction cellulaire du plasmide Ti pour produire plusieurs protéines Vir
3. Les premières protéines Vir qui s'activent sont VirD1-2, lesquelles retournent voir le plasmide Ti et coupe et détache un brin d'ADN spécifique (en temps normal, c'est le segement permettant de donner une tumeur à la cellule végétale, mais on le change en labo pour que ça soit le gène d'intérêt)
4. D'autre protéines Vir (VirB) s'activent pendant ce temps et construisent un « pont/tunnel » pour que VirD2 (avec le brin d'ADN) passe à travers et aille dans le cytoplasme végétal
5. Dans le cytoplasme de la plante, VirE2 recouvre la plante (ça ressemble à de la myéline) pour la protéger (parce que le morceau d'ADN serait dégradé par des enzymes)
6. Le bout d'ADN protégé passe par NPC (complexe de port nucléaire) qui contrôle le passage (VirD2 est compatible pour passer)
7. Dans le noyau, tout est dégradé et l'ADN se combine à celui de la plante
145
--\> voir pour transgénèse chez les animaux... on voit ça au chapitre 4?
146
Quelle est la relation entre la complexité et la taille du genome
Plus un organisme se complexifie, plus la taille du génome augmente + le nombre de genes n augmente pas aussi vite que la taille du genome car il y a d autres choses que genes qui s ajoutent
147
peut on avoir des variations du genome au sein d une meme espece
a l interieur d une espece, on peut avoir des variations de la taille du genome
