Contrôle de l'expression génique chez les eucaryotes Flashcards

1
Q

Que permet la révélation du corpuscule de Barr?

A

Déterminer le sexe de l’individu s’il est présent

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2
Q

Quelles observations suggèrent que la transcription requiert un état condensé de la chromatine?

A

Chromosomes polythènes et en goupillons

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3
Q

Expliquer le processus de digestion à la DNAse I et ce qu’il permet de conclure.

A

Les régions plus accessibles aux protéines (décondensées) sont sensibles à la DNAse I, ce qui confirme que la transcription a lieu dans ces régions.

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4
Q

Pourquoi les protéines HMG ont-elles une forte interaction avec l’ADN?

A

Elles sont très basiques

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5
Q

Décrire les 3 familles de protéines HMG et leur affinité respective.

A

HMGA: liaison à des régions riches en AT par le biais d’un crochet AT
HMGB: liaison non-spécifique (batard)
HMGN: homodimères interagissant avec les nucléosomes

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6
Q

Décrire les sites d’hypersensibilité à la DNAse.

A

Tous les gènes actifs en ont un ou plusieurs en amont du promoteur, ils correspondent à des régions où il n’y a pas de nucléosomes ou des régions déstabilisées

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7
Q

Que permet la technique FAIRE?

A

Enrichir les séquences d’ADN qui correspondent aux sites d’hypersensibilité et donc les sites de début de transcription/promoteurs

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8
Q

Où sont situés les sites super-hypersensibles à la DNAse I?

A

En amont et en aval de la région de transcription.

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9
Q

Quelle serait l’utilité des régions de contrôle d’un locus (LCR)?

A

Elles seraient reconnues par des protéines qui induisent une restructuration de la chromatine permettant l’expression de la région.

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10
Q

Quel est l’effet des nucléosomes sur l’accès à l’ADN?

A

Effet de répression du au surenroulement serré

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11
Q

Qu’est-ce qui est responsable du remodelage de la chromatine pour passer d’un état à un autre?

A

Quatre familles de gros complexes de remodelage

Elles ont toutes de l’affinité pour le nucléosome et peuvent reconnaitre les histones modifiées

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12
Q

Décrire la RNAPII

A

2 grosses sous-unités (220 et 140 kD)

8 à 10 petites sous-unités

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13
Q

Quels éléments sont nécessaires à la formation du complexe de préinitiation (PIC)?

A

RNAPII

Facteurs de transcription de base (TFIIX)

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14
Q

Est-ce que le complexe de préinitiation est suffisant pour transcrire des gènes?

A

Oui, toutefois le niveau de transcription est très faible. Il faut d’autres facteurs spécifiques.

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15
Q

Quels sont les éléments de base d’un promoteur?

A

Site initiateur Inr
Boite TATA
Site BRE (conjoint à boite TATA)
Sites DPE et MTE si pas de boite TATA

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16
Q

Quels sont les deux modes de transcription?

A

Focalisé (un ou quelques sites rapprochés)

Dispersé (plusieurs sites faibles d’initiation)

17
Q

Nommer une sous-unité importante de TFIID et décrire son interaction.

A

TATA Binding Protein (TBP)

Lie spécifiquement la boite TATA et interagit avec le sillon mineur.

18
Q

Expliquer l’assemblage du PIC sur un promoteur à boite TATA.

A

TFIID fixe la boite TATA via TBP
TFIIB se fixe en amont de TATA
RNAPII arrive escortée par TFIIF
TFIIE et TFIIH arrivent pour compléter

19
Q

Pourquoi TFIIH est-il important?

A

Activités kinase et hélicase, interagit avec la polymérase

Impliqué dans la réparation de l’ADN

20
Q

Quel est le rôle des éléments activateurs?

A

Augmenter ou réduire le niveau de transcription basal du PIC.

21
Q

Qu’est-ce qui permet d’identifier les régions du promoteur contenant des éléments régulateurs?

A

Introduire des mutations dans le promoteur à différents endroits et observer le niveau de transcription

22
Q

Est-ce que la présence d’un élément activateur est suffisante pour prédire l’activation dans une cellule donnée?

A

Non. Cela dépend aussi de quel facteur est responsable de l’activation et de sa disponibilité.

23
Q

Donner des exemples d’éléments activateurs communs.

A

Boite CAAT
Boite GC
Élément octamère

24
Q

Donner des exemples d’éléments activateurs spécifiques

A

Response elements (heat shock, glucocorticoid)

25
Q

Comment un élément spécifique constitutif pourrait être activé? Quel en serait l’avantage?

A

Phosphorylation

Réponse rapide

26
Q

Quelle est la fonction du complexe médiateur?

A

Intégrer l’information provenant des différents activateurs

27
Q

Quelles sont les fonctions des deux régions d’un facteur de transcription?

A

Fixation: apporter la région d’activation à proximité du complexe de transcription
Activation: agit sur le complexe de transcription

28
Q

Donner des exemples de domaines de fixation

A

Motif doigt de zinc
Motif zipper de leucines
Motif HTH ou HLH

29
Q

Quelle est l’importance des modifications sur les histones?

A

Elles affectent les interactions avec l’ADN.

30
Q

À quel changement structural de la chromatine est associée l’acétylation des histones?

A

Relâchement de la chromatine, activation de la transcription
Acétylation par HAT
Déacétylation par HDAC

31
Q

Comment la méthylation des histones peut-elle mener à une activation de la transcription?

A

Les histones méthylées recrutent des protéines agissant comme facteurs de remodelage de la chromatine.

32
Q

À quelle région sont associés les ilots CpG et comment la méthylation influence la transcription?

A

Promoteurs de gènes, leur méthylation affecte l’expression des gènes associés