Cours 2 Flashcards
(29 cards)
Qu’est-ce qu’un résidu?
Un ensemble d’acides aminés qui forment une chaîne dans une protéine.
On ne les appelle plus acides aminés parce qu’ils ont perdu quelques atomes, ils ne sont donc pas complets.
Quel est le nom du carbone “coeur”, au centre de l’acide aminé?
carbone alpha
Quelle est la différence entre une structure secondaire et quaternaire pour une séquence d’acides aminés?
S’il s’agit d’une seule chaîne enroulée sur elle-même, c’est une structure secondaire, s’il s’agit de deux chaîne différentes, c’est une structure quaternaire.
Pourquoi dit-on que l’hélice alpha “bouge?”
Elle est située dans un milieu liquide (eau), elle va donc bouger jusqu’à ce que tous les ponts H possibles sont réalisés. Puisque l’augmentation du nb de liaisons augmente sa stabilité, elle bouge de moins en moins.
Quels sont les deux caractéristiques des domaines fonctionnels?
Ils se replient (forme 3D) toujours de la même façon peu importe le contexte dans lequel ils se trouvent et leur forme spécifique détermine leur fonction (liaison avec autres molécules ou activité enzymatique)
Quand on parle d’une hétérotétramère, que veut-on dire?
Non, tétra signifie qu’il y a 4 chaînes peptidiques. (4 mères, 4 sous-unités)
Mère: chaîne peptidique repliée dans une structure tertiaire.
Quelle est la différence entre un domaine et un motif?
Un domaine est une grosse partie d’un protéine. Un motif est plus petit.
Ils sont souvent interchangés. Normalement, un domaine est fait de plusieurs motifs.
Si une protéine est formée d’un domaine jaune, 2 verts et un brun, qu’est-ce que cela signifie?
Rappel: jaune: petit domaine kinase (lie l’ATP)
Vert: domaine SH3, se lie aux sections riches en proline
Brun: petit domaine kinase + gros domaine tyrosine (se lie à l’ATP et en prend un phosphate pour phosphoryler la protéine nouvellement attachée)
Dans ce cas, une protéine compatible aurait besoin de deux domaines riches en proline. Elle serait phosphorylée par le domaine kinase. Le petit domaine kinase se lierait seulement à l’ATP mais ne phosphorylerait pas la molécule puisqu’il lui manque l’autre partie du domaine kinase qui détache le P de l’ATP. La protéine peut donc se lier à deux ATP mais enlever le dernier phosphate d’un seul d’entre eux.
Si une protéine est formée de 5 domaines SH2 et d’un domaine kinase (petit et gros) qu’est-ce que cela signifie?
Elle va être complémentaire à une protéine possédant 5 tyrosines phosphatées. Elle va se fixer à l’ATP avec son domaine jaune et va transférer son phosphate sur la protéine nouvellement liée.
Quelle est l’importance particulière des résidus glutamate et aspartate dans le site actif du lysozyme?
Le glutamate et l’aspartate sont deux acides aminés ionisés. Ils portent tous deux une charge négative, ce qui signifie qu’ils attirent les H. Une charge négative sur un atome signifie qu’il a plus d’électrons que de protons. Il a donc tendance à attirer le H à qui manque un électron pour respecter la règle de l’octet et avoir 2 électrons. La présence de ces a.a. dans le site actif du lysozyme est utile pour déstabiliser les atomes d’hydrogène et ainsi catalyser la réaction d’hydrolyse. Lors de la réaction d’hydrolyse, le lien entre l’oxygène et les deux hydrogènes doivent être brisés, donc la présence de ces a.a. attire les hydrogènes alors qu’ils repoussent l’oxygène, très électronégatif.
Les charges nettes déstabilisent les liens covalents existant.
Combien de fois l’ADN est-il compacté chez les procaryotes vs les eucaryotes?
1000 x procaryotes
200 000 x eucaryotes
Quelles sont les deux différences majeures entre une bactérie en phase stationnaire vs une bactérie en phase exponentielle au niveau des protéines liées à son ADN?
Une bactérie en phase stationnaire a des transcriptases, mais pas d’usines de transcription…la réplication n’est donc pas active.
Une bactérie en phase exponentielle a deux choses particulières:
1-Plusieurs usines de transcription
2-Plus de protéines Fis. Ces protéines sont utiles pour transcrire des gènes en protéines et pour former l’ARNr, qui sont tous deux nécessaires pour former des ribosomes. Les ribosomes sont très importants lors de la phase exponentielle, car c’est eux qui vont produire toutes les protéines dont la cellule a besoin pour doubler son ADN, son cytoplasme, etc.
On peut donc dire que le nucléoide des procaryotes est dynamique.
Quand on rajoute H1 au nucléosome, est-ce que la fibre est encore de 11nm?
Oui, les nucléosomes sont simplement plus rapprochés. Un se renverse vers le bas.
Pour passer aux fibres de 30nm, il faut ajouter des liaisons entre les nucléosomes grâces aux queues N.
Qu’est-ce qui est plus accessible entre les fibres de 11nm et les fibres de 30nm?
Ces deux types de fibres font partie de la chromatine, qui est de base plus accessible que les chromosomes mitotiques. Les fibres de 11nm ont moins de liens entre eux et sont donc plus accessibles, tandis que les fibres de 30nm ont plus de liens, ce qui les rends moins accessibles puisqu’ils sont bcp plus condensés.
11nm: euchromatine
30nm: hétérochromatine
Une fibre de 30nm peut devenir plus accessible si elle est déroulée un peu à 11nm. Il peut aussi être nécessaire d’ouvrir plus l’ADN (encore plus que 11nm)
Une fibre davantage compactée que celle de 30nm inaccessible. v ou f
V. Elle ne sera plus accessibles aux enzymes, seulement quelques enzymes particulières.
Un ADN de plus de 30nm sera fermé de façon constante.
Combien de liaisons y-a-t’il en moyenne entre une protéine et l’ADN? Compare avec le nombre de liaisons entre l’ADN et le nucléosome.
Il y a généralement 20 ponts H entre l’ADN et une protéine quelconque. Entre l’ADN et le nucléosome, il y a 40 ponts H, divisés en 14 points de contact entre le sillon mineur et l’histone. La majorité des ponts H sont faits avec le O de la charpente, 7 sont faits avec les bases azotées du sillon mineur. Ceci permet de donner plus de force nécessaire pour plier l’ADN
On sait que les liaisons entre le nucléosome et l’ADN se font surtout dans les sillons mineur de l’ADN et en particulier avec ses régions riches en AT, pourquoi?
Les nucléosomes sont riches (20%) en acides aminés lysine et arginine. Ce sont deux acides aminés chargés positivement.
Les histones interagissent avec les P chargés négativement. Dans le sillon mineur, les deux charpentes (droite et gauche) sont très rapprochées, donc les charges négatives sont plus proches. Ce qui attire davantage les charges positives des histones.
Aussi, il est plus facile de plier un angle de 120 degrés que de plier un angle de 240 degrés.
Les régions AT sont préférées, car elles ont uniquement deux ponts H entre elles. Elles vont pouvoir se courber plus facilement que les régions CG, qui contiennent 3 ponts H. Le fait d’avoir plus de liaisons diminue le mouvement des molécules. Puisqu’il y a moins de liaisons entre A et T, il y a plus de chances d’avoir un mouvement…comme plier! Étant donné qu’il y a moins de ponts entre A et T, cette paire est moins stable que celle entre C et G. Les atomes de cette liaison bougent donc davantage: il est plus facile de plier ce lien.
Est-ce que c’est le tétramère ou le dimère qui lie plus d’ADN?
Quelle est l’importance de ceci?
Le tétramère lie davantage d’ADN, c’est lui qui plie l’ADN et l’enroule. Il est aussi plus large que le dimère, car il est composé de 4 mères, 2 replis d’histone.
Puisque le tétramère lie plus d’ADN, il sera plus facile pour lui de bien plier l’ADN s’il a un plus grand contrôle sur le brin.
Puisqu’il est capable de plier l’ADN tout seul, il sera possible de sortir seulement les dimères pour transcrire, temporairement. Pour répliquer, il faudra tout enlever.
Si l’ADN fait 40 liens avec le nucléosome, en quoi constituent ces liaisons précisément? (entre quoi et quoi)
Une partie des liaisons se fait sous la forme de ponts H avec l’oxygène négatif du phosphate de la charpente.
7 liaisons se font avec les bases du sillon mineur (1 liaison par sillon).
Plusieurs liaisons se font avec les queues N
Que se passe-t-il lorsqu’on rajoute un groupement acétyl sur une lysine?
La lysine est un a.a. positif, ce qui est très utile pour intéragir avec les charges - de l’ADN, mais aussi pour pouvoir plier l’ADN, qui autrement a trop d’interactions entre ses charges - non neutralisées pour être plié.
Lorsqu’une enzyme HAT rajoute un groupement acétyl sur une lysine, la charge positive disparait. L’ADN va donc moins intéragir avec l’histone…il sera donc plus accessible…donc plus facile à transcrire/dérouler.
Quels sont les différentes étapes de la compaction de l’ADN?
1.Formation de nucléosomes. H3, H4 en tétramère et 2 dimères H2A, H2B. C’est la fibre de 11nm EUCHROMATINE
Ajout de H1. Sans H1 la fibre reste 11nm.
- Formation de fibres de 30nm en ajoutant des interactions entre les queues N des histones. HÉTÉROCHROMATINE
Formation de splénoide ou de zigzag.
3.Formation de fibres de 300nm en ajoutant des protéines sir pour faire une boucle avec les fibres de 30nm. On stabilise à l’origine de la bouche avec les condensines (pinces qui retiennent l’ADN).
Des topoisomérases permettent le passage de certaines fibres à travers d’autres fibres, en coupant et ressoudant vite. Ils assurent que les boucles restent séparées.
- Fibre de 700nm à l’aide des condensines.
Quelle est la différence entre le nombre haploides de chromosomes et la ploidie?
La ploidie est le nombre de copies du “set” de chromosomes.
Le nombre haploide de chromosomes est le nombre de chromosomes dans une seule copie, un seul set.
Comment se calcule la taille haploide du génome? (taille du génome)
En calculant le nombre de paires de bases présentes dans une seule copie de tous chromosomes.
ex: si le nombre haploide de chromosomes est de 7, l’organisme a 7 chromosomes dans chaque copie. On additionne le nb de pb dans chacun des septs chromosomes et on obtient un chiffre X. X est la taille du génome.
LA TAILLE DU GÉNOME N’A DONC PAS RAPPORT AVEC LA PLOIDIE.
Comment fonctionne la transmission de l’information génétique chez les organismes polyploides?
Leurs gamètes ont la moitié du nombre de n total. Par exemple pour un organisme 6n, la mère donne 3n (3 chrosomes de chaque type, mais avec des gènes différents, donc 3 chromosomes homologues) et le père donne 3n. On se retrouve avec 6 chromosomes homologues.
