Cours 4 Flashcards
(33 cards)
Que sont les plasmides ? Définition et caractéristiques.
Ce sont des molécules d’ADN extra chromosomique..
- circulaires ou linéaires.
- bicaténaires ou monocaténaires
- 1,000 pb à 1,000,000 pb
- nombre de copies variables
- plusieurs types différents peuvent être présents dans la même cellule
- trouvés chez Gram+, Gram-, archeabactéries, levures
Quel est la forme la plus abondante du plasmide ?
Supercoiled
On retrouve aussi relax et linéaire mais pas autant.
Quelles sont les fonctions des plasmides ?
- codent pour les protéines et ARN
- fonctions non-essentiel pour la croissance bactérienne.
- capable de donner une avantage de croissance pour la cellule.
Comment classer les plasmides ?
- par la résistance aux antibiotiques qu’ils portent.
- par la sensibilité/résistance aux phages qu’ils portent
- la taille moléculaire sur gel d’agarose
- le type d’hôte
- le groupe d’incompatibilité
Que sont les groupes d’incompatibilité (plasmide) ?
Deux plasmides ayant le même groupe d’incompatibilité ne peuvent pas vivre dans la même cellule de façon stable. Il y aurait une compétition pour les facteurs de réplication.
C’est le moyen principal de classifier les plasmides.
Quels sont les types (par fonctions) des plasmides ?
- Transférable (permet la conjugaison)
- Résistance/Facteur R (permet résistance aux antibiotiques, métaux, détergents, bactériophage..)
- Bactériocine (tue certaines espèces si transférer)
- Virulence (portent des facteurs favorisant l’infection)
- Métabolique (permet de dégrader des substrats particules, adapter à des environnements..)
Peu importe le type de réplication de plasmide utilisé, de quoi a-t-on besoin ?
D’une origine de réplication.
Quels sont les types de réplication de plasmide ?
- De type Thêta (uni ou bidirectionnelle)
- à cercle roulante
- linéaire (streptomyces, borrelia, rhodococcus)
Pourquoi dit-on que seulement une petite région autour de l’origine est nécessaire pour la réplication ?
Dans la plupart des plasmides, les gènes requis pour la réplication se trouvent très proche de l’origine. Donc, seulement cette région est nécessaire. Le plasmide peut être réduit mais il faut garder cette région.
Cela permet aussi facilement de trouver l’origine de réplication car on connait les gènes de réplication.
Durant la réplication plasmidique linéaire chez Borrelia, qui est responsable de cliver le dimère circulaire pour reformes les plasmides linéaires ?
La résolvase
Quel est ce type de réplication plasmidique?
À cercle roulante/monocaténaire
Quel est ce type de réplication plasmidique ?
Thêta unidirectionnelle
Quel est ce type de réplication plasmidique ?
Thêta bidirectionnelle
Quel est ce modèle de réplication plasmidique ? À quoi servent les protéines terminales ?
C’est le modèle Raquette. Réplication des plasmides linéaires chez Streptomyces.
Les protéines terminales protègent les extrémités contre la dégradation, aussi nécessaire pour répliquer les extrémités.
Quel est l’objectif de réguler la réplication des plasmides ?
Garder le bon nombre de copies de plasmide.
Le nombre de copies de plasmides est variable selon le type de plasmide.
Faible = combien ? Quel type ?
Moyen = combien ? Quel type ?
Multicopie = combien ? Quel type ?
Faible = 1-2 (plasmide F, P1)
Moyen = 5-30 (plasmides R)
Multicopie = >30 (plasmide colicine (ColE1) capable de tuer d’autres bactéries
Sommaire de la régulation de réplication ARN-ARN chez ColE1
RNA II sert d’amorce pour la réplication du plasmide ColE1 et RNA I régule la réplication du plasmide en bloquant l’activité d’amorce de RNA II. Les deux sont transcrits à partir de l’origine de réplication mais à différents niveaux.
Les niveaux d’ARN I sont contrôlléd par la polyadénylation, et par la dégradation par RNAseE.
Les ColE1 régulent la réplication en déstabilisant les ARN I
Sauf le plasmide ColE1, dont la réplication commence à partir d’une amorce d’ARN, de quoi ont besoin la plupart des plasmides pour ouvrir le double brin d’ADN et commencer la réplication?
De la protéine RepA, une helicase réplicative.
Dequoi dépend la régulation de la réplication du plasmide R1 ? (Intéraction ADN-protéine et ARN-ARN)
En régulant l’expression de RepA par l’action de certaines protéines et molécules d’ARN.
Sommaire de la régulation du plasmide R1.
Le plasmide R1 a besoin de la protéine RepA pour être répliquer.
En excès de plasmide, CopA (ARN antisens) et CopB (répresseur) sont produit pour limiter la réplication en :
- CopA : stopper la traduction de RepA mais pas CobB.
- CopB : stopper la transcription de RepA.
Que sont les itérons ?
Ce sont des séquences plasmidiques répétés dans la région d’Ori faisant partie d’un moyen de réguler la réplication.
Chez les plasmides avec itérons, quelle est la seule protéine requise pour commencer la réplication ?
RepA
Comment fonctionne la régulation de la réplication plasmidique par des itérons ? (ADN-protéine)
RepA est la protéine initiatrice de la réplication dans ce type de plasmide.
Elle peut se fixer à l’origine pour initier la réplication ou à d’autres sites appelés itérons.
En excès de plasmides, RepA peut se fixer à deux plasmides simultanément via les itérons ce qui empêche la réplication
Ce méncanisme s’appelle Handcuffing
Qu’est-ce que le mutant copy-up de RepA ?
C’est un mutant qui à des liaisons faibles à des itérons. = plus de réplication, moins régulation. La fixation à l’origine n’est pas affectée.
