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MCB2979 > Cours 4 > Flashcards

Cours 4 Flashcards

1
Q

Que sont les plasmides?

A

ADN extrachromosomiques, circulaire/linéaire, bicat./monocat., codent pour des protéines/ARN, donne avantage de croissance, mais non essentiel

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2
Q

Classes (5) des plasmides:

A
  1. résistance
  2. sensibilité aux phages
  3. taille moléculaire sur gel d’agarose
  4. hôte
  5. groupe d’incompatibilité
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Q

Types (5) de plasmides:

A
  1. transférable
  2. résistant
  3. virulent
  4. bactériocine (toxine pour bactérie)
  5. métabolique
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4
Q

3 types de réplications pour les plasmides:

A
  1. theta (uni/bidirectionnel; birect. + vite)
  2. cercle roulante
  3. linéaire
    * tous besoin Ori pour réplication (initié sous certaines conditions)
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5
Q

Combien d’Ori dans réplication à cercle roulante?

A

2 (1 bicat. DSO + 1 monocat. SSO)

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6
Q

Dans la réplication à cercle roulante (plasmides), la protéine Rep se lie sur quels bouts après avoir clivée près de SSO? 3’ ou 5’?

A

5’ pour laisser 3’OH pour une amorce et une pol.III éventuellement

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7
Q

Comment fonctionne la réplication de plasmides linéaires?

A

réplication bidirect. pour générer un dimère circulaire + clivage par résolvase pour reformer plasmides linéaires

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8
Q

Les plasmides sont régulés pour garder le bon nbr dans une cellule; qu’est-ce qu’un plasmide faible, moyen et multicopie?

A 
faible = 1-2 copie/cellule (plasmide F, P1)
moyen = 5-30 copies/cellule (plasmide R)
multicopie = + que 30/cellule (colicine)
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9
Q

3 types de régulation de la réplications:

A
  1. prot-ADN
  2. ARN-ARN
  3. ARN-ARN + prot-ADN
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10
Q

Comment fonctionne la régulation ARN-ARN (plasmides)?

A

ARN II produit (chevauche Ori) et s’hybride à l’ADN, cet hybride est clivé par RNaseH produit 3’OH pour amorce –> réplication
*lorsque bcp de copie, ARN I et II s’associe via Rop Dimer = kissing complex, ce qui empêche le clivage pour créer 3’OH pour amorce –> 0 réplication

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11
Q

Dans la régulation ARN-ARN, qu’est-ce qui contrôle le niveau d’ARN I?

A

la polyadénylation et la dégradation par RNaseE

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12
Q

À quoi sert la protéine RepA dans la réplication ARN-ARN+prot-ADN

A

hélicase réplicative pour ouvrir brin et est proportionnelle au nbr de copie du plasmide

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13
Q

Le gène repA peut être transcrit à partir de 2 promoteurs:

A
  1. P(repA)

2. P(copB) = polycistronique (opéron)

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14
Q

L’expression du gène repA est réprimée au niveau du promoteur majeur par:

A

CopB

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15
Q

Qu’est-ce qui inhibe la traduction de repA, mais qui permet quand même la traduction de CopB:

A

ARN antisense CopA (s’hybride sur ARNm-CopB-RepA)

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16
Q

Qu’est-ce que les itérons?

A

séquences répétées, courtes, dans la région d’Ori, 3-7 copies/plasmide

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17
Q

Chez les plasmides avec des itérons, quelle est la seule protéine (sous contrôle plasmidique) requise pour débuter la réplication?

A

RepA (près de Ori)

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18
Q

Le contrôle de la réplication des plasmides avec itérons est basé selon la concentration de RepA et de plasmide. VRAI OU FAUX

A

vrai

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19
Q

Couplage repA/itérons: si faible concentration de plasmides:

A
  • interaction bimoléculaire

- activation réplication

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20
Q

Couplage repA/itérons: si forte concentration de plasmides:

A
  • interaction multimoléculaire

- plasmides couplés via itérons (handcuffed) = bloqués pour réplication

21
Q

Qu’est-ce que l’incompatibilité plasmidique?

A

2 plasmides ne peuvent cohabiter dans 1 même cellule

22
Q

Raisons (2) de l’incompatibilité plasmidique?

A
  1. même syst. de réplication (pas indépendant l’un de l’autre, alors il y en a 1 qui va être éliminé par l’autre)
  2. même syst. de répartition (nbr de copie)
    * COMPÉTITION
23
Q

3 syst. utilisés par les plasmides pour assurer leur stabilité:

A
  1. monomérisation (recombinaison inversée par recombinases)
  2. partition
  3. syst. d’addiction (syst. tueur/létal)
24
Q

Stabilité des plasmides: sites de

monomérisation se nomment…

A

= cer, contenant séquences reconnues par recombinases produit par chromosome (XerC/D)

25
Q

Stabilité des plasmides: sites de

monomérisation alignés par…

A

ArgR + PepA

26
Q

Stabilité des plasmides (col, F, R1): systèmes tueurs

A
  • les cellules sans plasmides sont tuées par les cellules avec plasmides
  • plasmide produit protéine létale + son antidote
27
Q

Stabilité des plasmides: fx du système de partition:

A

assure que, au moment de la division cellulaire,

chaque cellule fille reçoit au moins une copie du plasmide

28
Q

Concernant le plasmide R1 du modèle de partition, quel réaction permet l’élongation du filament qui pousse les plasmides aux extrémités ?

A

l’hydrolyse de l’ATP sur ParM

29
Q

Les protéines (recombinases) de la monomérisation peuvent êtres codées par le plasmide ou le chromosome. Lesquelles?

A

PLASMIDE: Cre (P1), protéine D (F’)
CHROMOSOMIQUE: XerCD (ColE1)

30
Q

Quels sont les 2 types de système qui assurent la stabilité des plasmides?

A
  1. Actifs : protéines qui interagissent avec plasmide

2. Passifs: multicopies, monomérisation

31
Q

Quels sont les 3 systèmes utilisés par les plasmides pour assurer leur stabilité?

A
  1. partition (F, P1, R1)
  2. système tueurs (colE1, F, R1)
  3. monomérisation (colE1, F, P1, R1)
32
Q

Que fait le système de monomérisation (stabilité plasmides)?

A
  • permet séparation des plasmides dimérisés
  • éviter qu’une cellule fille reçoive le plasmide
  • peut-être exécuté par XerCD
33
Q

Chez ColE1, le site de monomérisation (cer) contient des

séquences reconnues par:

A

XerCD

34
Q

Chez ColE1, quelles protéines alignent les sites spécifiques pour la recombinaison et catalysent la réaction?

A

ArgR, PepA

35
Q

Dans les systèmes tueurs, quelle molécule produites par le plasmide est stable et laquelle est instable?

A 
STABLE = toxine
INSTABLE = antidote
36
Q

Les cellules sans plasmide sont tuées par les

cellules avec un plasmide. VRAI OU FAUX?

A

vrai

37
Q

Dans la réplication des plasmides linéaires, quel enzyme clive le dimère circulaire pour reformer les plasmides linéaires chez B.burgdorferi?

A

résolvases

38
Q

Dans la réplication linéaire, les protéines terminales ont quelles fx (2)?

A
  1. protège contre dégradation

2. nécessaires pour répliquer les extrémités

39
Q

Dans les plasmides ColE1, lorsque le l’ARN I et l’ARN II sont hybridé ensemble (interac. ARN-ARN):

A

la RnaseH ne peut pas cliver (pas de site 3’OH) et inhibe la réplication

40
Q

À partir de quel facteur la réplication du plasmide R1 est régulé pour débuter l’ouverte de la double hélice?

A

RepA

41
Q

Qu’est ce qui inhibe la traduction de la protéine RepA?

A

ARN anti-sens

42
Q

Quel promoteur permet la transcription de l’ARN anti-sens inhibant la traduction de RepA?

A

P(CopA)

43
Q

La protéine CopB (régulatrice) réprime quel promoteur ? Et par conséquent quel gène?

A

réprime le promoteur repA

44
Q

Lorsque l’ARN de CopA (anti-sens) se fixe sur l’ARNm de CopB-RepA, quel facteur permet la dégradation et empêche la traduction de RepA?

A

RNase III

45
Q

Pourquoi les cellules sans plasmide ont une avantage de croissance?

A

prend - d’énergie

46
Q

Quelle est la fonction des plasmides tueurs?

Et exemples…

A

forcer les cellules à garder le plasmide

  1. colicines chez E.coli (plasmide col)
  2. Hok et son ARN anti-sens Sok (plasmide R1)
47
Q

Concernant les systèmes de partition (faux):

A. Peuvent être fait par ParM/R ou ParA/B
B. Doit y avoir une activité ATPase
C. Doit avoir plus d’un site plasmidique
D. Interaction avec les membranes ou septum de division

A

C. Doit avoir plus d’un site plasmidique FAUX EN A 1 SEUL!

48
Q

Plasmide R1: modèle de partition:

Quelle séquence plasmidique permet l’attachement des protéines de partitions sur le plasmide?

A

ParC (ParR s’y attache)

49
Q

Quelle sont les différences (3) concernant la partition du plasmide R1 VS le plasmide P1 et F?

A
  • Au lieu d’être poussé, les plasmides sont tirés
  • Les protéines ParB/A assurent la partition
  • La séquence plasmidique est parS au lieu de parC

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