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Cours 6 Flashcards

(67 cards)

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1
Q

qu’est-ce qu’un activateur? et un répresseur?

A

activateur: active la transcription d’un gène en recrutant des protéines sur le promoteur

répresseur: inhibe la transcription d’un gène en recrutant des modificateurs de nucléosomes

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Q

qu’est-ce un enhencer? a quoi ça sert?

A

plusieurs sites activateurs regroupés en une seule unité

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3
Q

quel problème peut engendrer l’activation des gènes a distance?

A

l’activateur lié a l’enhenceur peut controler plusieurs gènes à sa portée plutôt qu’un seul

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4
Q

quelle structure permet de réguler le controle a distance des enhencers? comment ces structures fonctionnent-elles

A

les isolateurs

ils sont situés entre l’enhencer et le promoteur et bloquent l’activation du promoteur induite par l’activateur

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5
Q

quel est la fonction de Gal 4?
où se lie-t-il?
comment réagit-il en présence de galactose?

A

active la transcription des gènes galactose chez S. cerevisiae

il lie 4 sites (SAAg) situés à 275 pb en amont de Gal 1

il active la transcription de Gal 1 en présence de galactose

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6
Q

Vrai ou Faux

Un DLA bactérien peut remplacer un DLA eucaryote

A

Vrai

il n’y a pas de différence fondamentale dans la facon dont ils lient l’ADN

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7
Q

Sous quel forme la plupart des régulateurs bactériens lient l’ADN? Comment?

A

sous forme de dimère

chaque monomère insert un hélice alpha dans le grand sillon

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8
Q

quel motif est employé par la grande majorité des protéines bactériennes?

A

hélice-coude-hélice

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9
Q

qui a découvert la structure cristtalline de l’hélice-coude-helice?

A

McKay et Steitz

Pabo et Lewis

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10
Q

ou se lie la 1ere hélice dans le modèle hélice-coude- hélice? et la 2e hélice?

A

1ère helice: dans le grand sillon pour reconnaitre des paires de base spécifiques

2e hélice: crée des contacts

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11
Q

nommez 1 régulateur bactérien qui se lie sous forme d’hétérodimère? et sous forme de monomère?

A

hétérodimère: AP-1

monomère: NF-1

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12
Q

Qu’est-ce qu’un homéodomaine chez les eucaryotes?

A

Région de 60 A.A. très conservés dont la structure 3D est de type HCH

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13
Q

quelle est la séquence consensus de l’homéodomaine?

A

TAATNN

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14
Q

Quel est le plus commun des domaines de liaison de l’ADN? Où l’a t-on identifié la première fois?

A

Domaine en doigt de zinc

TFIIA

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15
Q

Quelle est la composition des domaines en doigt de zinc?

A

2 résidus cystéine + 2 résidus histidine

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16
Q

le domaine en doigt de zinc comprend une structure de 30 A.A qui se replie pour former quelle structure?
Quelle portion permet la liaison a l’ADN?

A

2 barreaux bêta antiparallèle suivi d’une hélice alpha

l’hélice alpha

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17
Q

Comment est la structure de l’activateur Sp1?

A

3 structures en doigt de zinc consécutive

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18
Q

comment le zinc est-il recruté dans la structure en doigt de zinc?

A

par 4 résidus cystéines

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19
Q

comment fonctionnent les récepteurs glucocorticoïdes?

A

ils ont 8 cystéines pouvant lier 2 atomes de zinc

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20
Q

quelle est la fonction d’une fermeture a glissière?

A

elle combine les surfaces de dimérisation et la liaison à l’ADN dans une même molécule.

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21
Q

qui a identifier la fermeture a glissière initialement?

A

Steven L. McKnight

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22
Q

quelles sont les structures essentiels a la dimérisation dans la fermeture à glissière?

A

une région de leucines (4-6) séparés par intervalle de 7 résidus

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23
Q

Vrai ou Faux

les fermetures à glissière forment des homodimères

A

Vrai

mais ils forment aussi des hétérodimères

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24
Q

que permet l’arrangement particulier des leucines dans la fermeture à glissière?

A

la formation d’une hélice alpha avec une interface très hydrophobe

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25
le motif hélice-boucle-hélice comprend 2 régions, lesquelles? comment sont-elles liés ensemble?
hélice de reconnaissance a l'ADN hélice alpha plus courte elles sont séparées par une boucle flexible
26
pourquoi peut-on dire que le motif hélice-coude-hélice ressemble a la fermeture leucine?
car il possède une région basique pour la liaison de l'ADN et une région permettant la dimérisation
27
quelle est la région conservée du motif hélice-boucle-hélice?
la boite E = CAXXGT
28
Vrai ou Faux | la région activatrice a une structure définie
Faux | aucune structure définie
29
pourquoi dit-on que la région activatrice de gal 4 est acide?
a cause de sa prépondérence en acide aminé acides
30
de quoi est constitué l'Activateur Sp1? et l'activateur CTF1?
sp1 est riche en glutamine | CTF1 riche en proline
31
a quoi servent les modificateurs de nucléosomes? par quoi peuvent-ils être recrutés?
aident a l'initiation | sont recrutés par les activateurs
32
le recrutement de modificateurs de nucléosome peut aider a activer un gêne empaqueté dans la chromatine. Nommez 2 mécanismes de régulation.
1. un activateur se lie a un site sur un nucléosome. il recrute une histone acétyl-transférase qui va ajouter des groupements acétyl permettant de déserrer l'ADN et de découvrir le promoteur 2. un activateur se lie a un site sur un nucléosome et recrute un complexe modifiant la chromatine (SWI/SNF) rendant le promoteur accessible a la machinerie transcriptionnelle
33
l'acétylation ne permet pas seulement de décompacter l'ADN, que peut-elle faire d'autre?
crée des sites de liaisons spécifiques contenant des bromodomaines qui peuvent être reconnus par TFIID
34
Gal 4 peut interagir avec 3 composants permettant une activité d'acétylation, lesquels?
Médiateur SAGA (contient des TAFs) TFIID
35
Comment se nomme la séquence cible reconnue par GAL 4?
UAS
36
Quelle est la fonction de GAL 80? que se passe-t-il avec Gal 80 en présence de galactose?
elle bloque le domaine d'activation UAS Legalactose induit l'expression de Gal 3 qui modifie Gal 80 permettant de rendre accessible la région UAS. Il y a alors recrutement de SAGA qui recrute TBP a la boite TATA et il y a amorce de la transcription de Gal1
37
Qu'est-ce qui active le gène HSP70 chez la drosophile? par quels activateurs ce gène est-il contrôlé?
Activé par un choc thermique GAF-1 et HSF controlent HSP70
38
quelle est la fonction de GAF-1? | Que se passe-t-il en absence de HSG?
se lie a l'élément GATA pour recruter les composantes de la machinerie transcriptionnelle En absence de HSF la polymérase qui a initié la transcription s'arrête a 25 pb en aval du promoteur
39
Quel est le mode de fonctionnement du promoteur HSP70?
avant le choc thermique les résidus sérines 5 sur l'a-CTD de la polymérase sont partiellements phosphorylés. La queue a-CTD est complexé avec DSIF et NELF Choc thermique Trimérisation de HSF qui recrute P-TEF qui phosphoyryle ser 2 de a-CTD + DSIF + NELF libérant l'enzyme
40
qu'est-ce qui fait en sorte que la polymérase s'arrête en absence de HSF?
DSIF et NELF obligent l'arrêt
41
Nommer un enhencer chez la bactérie. Quel est son fonctionnement?
IHF | lie des sites d'ADN en la courbant, ce qui aide l'activateur lié à l'ARN pol a atteindre le promoteur
42
À quoi sert la protéine CHIP?
aide la communication entre l'enhencer et le gène chez la drosophile
43
Si un enhencer active un gène spécifique a 50 kb, qu'est-ce qui l'empêche d'activer d'autres gènes dont les promoteurs sont dans le rayon?
les isolateurs | ils inhibent l'activation du gène induite par l'activateur en bloquant la communication
44
Où sont exprimés les gènes APO? a quoi servent-ils?
dans l'intestin et le foie | sont essentiels au métabolisme et a la redistribution des lipides et des lipoprotéines
45
Quels sont les constituants prédominants des HDL?
APOA1, APOA4, APOA5
46
Quelle est la fonction de CTCF?
en association avec la cohésine (RAD21, Scc1), il se lie aux isolateurs AC2 et AC3 pour former 2 boucles permet de rapprocher l'enhencer C3E des promoteurs et bloquer la fonction enhancer pour réprimer la transcription
47
quelles sont les globines humaines et quand sont-elles exprimés?
``` epsilon gamma G gamma A delta bêta ``` ne sont pas tous exprimés en même temps
48
on dit que les multiples activateurs sont synergiques, expliquer
l'effet des 2 activateurs ensemble est plus grand que la somme des 2 séparés
49
la synergie peut se faire de 3 facons, lesquelles?
1. plusieurs activateurs peuvent recruter un composant 2. plusieurs activateurs peuvent recruter plusieurs composants 3. de multiples activateurs s'entraident pour lier leur site
50
qu'est-ce que la coopérativité?
condition où la liaison de l'un dépend de la liaison de l'autre
51
le répresseur lamda est un exemple d'action synergique. comment fonctionne-t-il?
les monomères lamda forment des dimères lamda qui forment des tétramères lamda qui vont se lier a l'opérateur lamda
52
Les gènes HO fonctionnent sous 2 conditions, lesquelles? comment ces conditions sont-elles communiquées dans la cellule?
sont exprimés dans la cellule mère seulement a un certaine moment du cycle cellulaire les conditions sont communiquées via2 activateurs: Swi 5 et SBF
53
Quelle est la particularité de Swi 5 dans la liaison de l'ADN? et SBF?
Swi5: lie plusieurs sites a une certaine distance du gène sans aide SBF: ne peut pas lier ses sites sans aide
54
Qu'est-ce qui permet la liaison de SBF a l'ADN?
Swi5 recrute des modificateurs de nucléosomes (HAT) agissant sur le site SBF permet a SBF de se lier
55
l'interféron beta est activé dans la cellule sous infection virale. quels sont les 3 activateurs ciblés? quelle est leur fonction?
NF-KB, IRF, Jun/ATF ils lient de facon coopérative un site compacté d'un enhancer pour former une structure appelée enhanceome
56
quelle est la fonction de HMGA1?
redresse l'ADN enhancer pour activer le coactivateur CBP
57
expliquer le contrôle combinatoire?
un gène est contrôlé par 4 signaux sur 4 activateurs indépendants. un autre gène peut être contrôlé par 3 signaux sur 3 activateurs indépendants. Il est possible que ces 2 gènes aient un activateur/signal commun permettant le controle combinatoire
58
pourquoi dit-on que SP1 est ubiquitaire?
il est exprimé dans presque toutes les cellules
59
nommez 4 stratégies adoptées par les répresseurs eucaryotes?
1. l'activateur et le répresseur partage la même séquence (compétition) 2. le répresseur peut masquer le domaine de l'activateur (répression indirecte) 3. recrutement d'une histone désacétylase qui enlève les groupements acétyls sur le nucléosome et rend indisponible le site d'activation 4. la liaison du répresseur sur son site inhibe l'activateur
60
qu'est-ce que Mig 1? quel est son mécanisme d'action?
Mig 1: répresseur de Gal 1 il réprime la transcription de Gal1 en recrutant une Tup 1 Tup 1 peut recruter des histones désacétylases ou interagir directement avec la machinerie transcriptionnelle
61
comment se fait l'expression d'un gène chez la bactérie? chez les eucaryotes?
bactérie: petite molécule relargué par une cellule et recue par une autre (changement allostériques) eucaryotes: voie de transduction du signal (régulateurs transcriptionnels)
62
Quel est le principe général de la voie de transduction du signal?
un ligand se lie a un récepteur de surface cellulaire. il y a communication au domaine intracellulaire où il y a une cascate de protéine kinase
63
expliquer le mécanisme de la voie STAT?
activation du récepteur par son ligand provoque le rapprochement de 2 récepteurs qui induit la kinase de chacun des récepteurs a phosphoryler des domaines intracellulaires. les sites phosphorylés sont reconnus par STAT qui se dimérise et entre dans le noyau
64
comment fonctionne E2F sur le cycle cellulaire? par quoi est-il régulé?
contrôle l'entrée en phase S du cycle cellulaire régulé par le répresseur Rb qui bloque l'activation des gènes cibles et recrute une désacétylase. la phosphorylation de Rb l'empêche de se lier a E2F.
65
comment est régulé le dimère Nf-kB?
il est maintenu inactif dans le cytoplasme par IkB la signalisation par un récepteur activa la kinase Ikk qui phosphoryle IkB et libère NF-Kb
66
quel est le mécanisme des récepteurs nucléaires?
GR peut aussi bien réprimer que activer un gène selon la nature. En absence de son ligand, GR est maintenu avec Hsp90 et HSP70
67
que lie le GRE répresseur? et le GRE activateur?
GRE répresseur: lie HDAC Gre activateur: lie CBP

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