DAG 1 Flashcards

(63 cards)

1
Q

DNA strukur?

A

DNA är uppbyggd av en sockergrupp som binder till kvävebas vid 3’, och en fosfatgrupp vid 5’. Kvävebaserna är tymin, cytosin, adenin och guanin (T, C, A och G), förutom vid RNA – då bytes T ut emot Uracil (U). § Dubbelsträngat med vätebindingar i mellan

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Vad gör histoner?

A

Histoner hjälper till vid paketering av DNA. Olika sorters histoner bildar tillsammans nuklesomer – vilka DNA strängen tajt kan rullas runtèkromosomer. Kromatider skyddar DNA under mitos

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hur påverkar histoneras av genuttryck?

A

Histoner kan ändra genuttrycket igenom att ändra strukten på DNA. Exempelvis så kan aminosyror på H3 metyleras och deacetyleras – vilket kondensera kromatiet. Acetylering och demetylering, som öppnar kromatiet sittet också på histonerna.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

DNA-metyliging påverkar vilken sekvens och hur?

A

En metyhlgrupp adderas till nukleotider § Sker till cytosin i CG-sekvens o Gör att gener tystnar enzymer drar till sig proteiner som blockerar genutrycket

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hur sker replikation?

A

De vätebindningar som finns mellan de två DNA strängarna. Dessa bryts av proteinet Helicase(som aktiveras av cdk) som binder in till starsekvensen och delar kedjan. Fäster på ”origens of replikations” (AT rik delè2 och inte 3 vätebindningar) 2. Strängarna vill koppla samman igen, men Singel-stranging binding (SSB) binder in istället så kedjorna inte ska falla tillsammas. Helicase stressas DNA och skapar hög energi. DNA gyros läggs då till för att neutralisera. 4. Ett protein(RNA primer) binder in till den fria stängen. 5. RNA primers fungera som en signal för DNA-polymeras, så den vet var den ska binda in. 6. DNA-polymeras binder in fria kvävgaser.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Vad är ORC

A

ORC sitter vid helicaset utgångspunkt. CDK aktiverar helicas, samtidigt som de inaktivera ORC ==> gör att replikation bara sker en gång

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad är leading strand?

A

DNA-polymeras läser bara av föräldrar strängen i 3’è5’ riktning. Detta skapar dottersträng i 5’è3’ riktning, även kallad leading strand.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Vad är lagging strand?

A

Laging-strand är den sträng som blidas i 5’è3’. Sker igenom att RNA-primers sätts ur på flera ställen längs stränge och bygger på kvävebaser i 3’è5’ riktning. Varje del som kopplas på kallas Okazaki fragment. Det sätts sedan ihop av DNA-ligase, som ersätter RNA- primers.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Vad är telomerer?

A

Vid slutet av DNA sekvens finns upprepade delar av TTAGGG flera hundra gånger. Denna del kalas för telomerer och fungera som skydd så kromosomer inte brytts ner helt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Vad är replikations problemet?

A

DNA på slutet av kromosomen kan inte bli kopierad heltèkortare kromosom • Lagging strand är uppgjord av små delar (okazaki) som alla har en RNA-primer o I överiga delar av DNA så blir primerna utbytta av DNAèblir hela slutet av kromosomen så blir det en liten vit av DNA som inte täcks av okazakt o Det går inte att starta okazakt fragment för primers skulle bara falla utanför • èen liten del blir inte kopierad o èkortare kromosomer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hur är telomer i verkligheten?

A

Del i slutet av kromosom som skyddar • Cellen vill reparera felet med överhänget (gap i bild ovan) o Men teolmerna skyddas igenom att överhänget binder till andra dna-strängen i form av en lopp.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Vad är senescenes?

A

När telomer blir korta så kommer de till ett stadie där – om de fortsätter förkortas – gör så att DNA kommer börjat skadas. Detta vill inte DNA och gör då en ”insats”, vilket är att den ger upp sin förmåga att delas. Det blir så den senesence cell. Görs med p53. • Replicativ senesence o När teolmoer blir förkorta (beror på fibroblasterna) • Hyflick-gränsen är antal gånger cellen kan delas (ca 60st).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Vad är telomeras?

A

Vissa celler har förmågan att mothäva telomer förkortningen igenom telomeras (ett enzym som förlänger telomerna på kromosomerna. Celler med telomeras är könsceller och viss Fungera: • Enzymet bindet till en särskild RNA-molekyl som innehåller en sekvens kvävebaser som är komplementa till telomer raden (TTAGGG)). • Den lägger till kvävebaser till den överhängade sytängen igenom att använda speciella RNA-moleylen som mall • När överhängade är tillräckligt lång så bildas på normalt sätt (med primers och polymeras) en dubbelsträng DNA Primers kanske inte fäster rätt och kan då inte blir utbytt av DNA, så en överhäng kommer finnas – men hela längden på teolomerna är nu längre.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vad är transpkiptionsfactor?

A

Är protien som hjälper till att stänga av eller sätta på speciella gener. Detta gör de genom att binda till DNA. Activators o De som ökar transcription • Repressor o De som minskar transcription

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hur sker transkpitons iniation=

A

TBP (tata binding Protein) sätter sig på Tataa, o Detta är ca 25-30 bp före startförkvensen • TF2D fäster på TBP • TF2B fäster på TF2D • RNA-pol2 fäster på alla o RNA har en CTD ”svans” som innehåler 52st AA upprepningar o ègör att den kan fostfoliera • TF2F sätter sig på RNA-poly • TF2E sätter sig på • TF2H(innehåler kinases) sätter på och ger ATP (tre fosfat) till CTD på RNA-polyö Det gör att helicas (som finns i TF2H släpps ut) • Helicas ”smälter” DNA Strängen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hur sker transkprions elongation?

A

DNA strängen delas • TG2H släpper ifrån polymerasèden går ifrån 5’ till 3’ • Det är översta strängen (den som går ifrån 5’è3’) som icke kodar o VILKET är den vi läser av till mRNA • mRNA sträng kommer ut ifrån RNA-Pol 2

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Vad är 5’ caping? gjort av? funktion=

A

skyddade del på 5’ består av: trifosfat för energi + huanin och metylgrupp funktion: - att ta sig ut ur kärnana - skyddar mRNA -transport av mRNA - posetion på ribosomen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

hur sker splicing

A

när RNA kommer ut har det 3 speciella punkter, vilka är: 1. Splcie donor (AG|G) 2. Branch point (A) 3. Splice acceptor (AG|G) Small nuclear RiboNucleo Proteins (Snurps) binder in till mRNA • U1snRNP sätter sig vid splice donor • Branch point binding protein (BBP) sätter sig vid A • Med hjälp av flera andra U protein så börja en loop bilas. • U2 ger bort en OH-grupp som fäster in vid AG och bryter upp bindningen mellan AG|G o Leder till att G ändan är Fri • AG binder till G vid Splice acceptior (mellan G|G) • Det fria svansen med G i ändan (som innan fäste vid splice doner) fäster vid A • eskapar lariat ( och Spliced mRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Vad är alternativ sprlicng

A

Man måste ta dem i ordning. Man hoppar alltså inte fram och tillbaka, utan tar dem i ordning. • Måste ha med start och slut eftersom annars kommer inte CAP med • Det måste bli jämna kvävebas trippleter. o GA och TAGT bildar 6stè2 trippleter o GA och TCG bildar 5stègår ej jämn ut på 3

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Vad är transkripation termiantion?

A

CTD hopapr av Clavage faktor Poly A

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Vad är deaminering

A

avlägsande av en amiogrupp (NH2).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Vad är microDNA

A

microRNA delen fäster på mRNA o om den passar § bryter ner mRNAèvidare till translation o om den inte passar § sitter kvar på mRNAèförhindrar tranlation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Olika RNA?

A

mRNA a. molekylen som bär kodningen ifrån kärnan till cytoplasma 2. rRNA a. Står för Ribosomal RNA b. Är byggsten i ribosomen och aktiv vid translation 3. tRNA a. Samlar och leverar amiosyror ifrån cytoplasma till ribosom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

vad är ribosimen?

A

Det är här tranlation sker

• Består av 2 delar (subunites) som består av protein och rRNA o Small subunit som är 40s stor o Large subunit som är 60s stor • Small och Large och mRNA bildar tillsammans Ribosomen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
vad är trna? och hur många finns det=
Det finns något som kallas laddar t- RNA, vilket är när en amiosyra sitter på t-RNA:t. • t-RNa är uppbygt av 3 loppar med vätebindingar mellan alla. • Vid 3’ finns kvävebas skekvensen som binder amiosyror. Dessa binds in med enymet t-RNA synthetase. • Anticodon är den del som innehåller sekvens som är komplement emot sekvensen på m-RNA. finns 50 olika
26
delar i tranlation?
1. Initation 2. Elongation 3. Termination
27
vad sker i translations iniation?
28
vad sker vid translations elongation?
För att ribosomen ska röra på sig så måste ett nytt t-RNA binda in vid A-site. • När P och A-site är fyllda gör enzymet ”peptidy transferase att peptid bidningar mellan de två amiosyrorna bildas • Amiosyran på P-site släppet sedan è bildar en kedja ifrån A-site • Translocation o Ribsomen flyttas 3 kvävbaser i 5’è3’ riktning. Detta gör att t-RNA:t som innan satt på P hamnar på E-site. Vid E-site så tas de bort av ribosomen. • Detta sker om och om och bildar en kedja av aminosyror.
29
vad sker vid translations termination?
Det finns en stop-kod som signalera slut o Sker när UAA, UGA eler UAG läses av. • Ett protein (release faktor protein) binder till A-site • Detta gör att kedjan brytes av och ribosom-komplexet släppet ifrån mRNA.
30
Vad gör chapersoner?
Felveckande protiner kan återvecka med hjälp av chaperoner • Felveckade protein kommer in till chaperonen Hsp60. • Med hjälp av ATP så ätts GroES Cap på Hsp60èproteinet återveckas rätt.
31
sätt att brytta ner felveckade protoner?
1. Upiqutin fästter på protinern så de skickas till proteasome, där de förstörs 2. Lysosomen bryter ner dem a. Har lågt pH inom sig. b. Brytter ner till dess olika byggdelar
32
Vad är locus?
o Specifik position i genomet
33
vad är alle
Varitation av gener (en ifrån mamam och en ifrån pappa) o AA, aa, Aa •
34
skillnad på herto och homozygpot
Homozygot o Två lika alleler • Hetrozygot o Två olika alleler på de olika kromosomerna
35
vad är codominan arv
o Fenotypisk uttrck av två olika alleler vid samma locus
36
3 delar på en kromosom
Centomer i mitten o Förbinder syterkormatidern a o Har reperativ del, typ CACACA • P del som är lilla delen • Q del som är stora delen
37
x inaktivering. vad är de? vad
eftersom kvinnan har 2 x kromosomer så kan den inte göra protein ifrån bådae ==\> den ena måste inaktiveras – vilket betyder att vissa gendelar ”tystas”
38
aviklerser ifrån nedärvning?
Könsberoende sjukdomar • X-inaktivering • Påverkan av miljö • Mitokondries nedärvning
39
insertion/deletion?
insertion = när extra baser kommer till. deletion = när del av dna försviner
40
Vas är translokation?
När ett segment av DNA brytts av och fäster på en gen kromosom som inte kodar för samma sak.
41
konsekvenser av translokation?
Om en promotor på A som ”uttrycks” till hög grad tar bort en promotor på en annan gen B (som ”urrycks” i låg grad). Detta skulle leda till ökad genutyck på gen Bèökad transkription. • Om exon 1 på A blandar sig med exon 1 på B så kan läsramsskifte skeèkan leda till ”odugligt” protein. • Blandning av intron kan bilda ”inaktivering” eller foramtion av fusions protein (två protein som kopplas till ett).
42
vad gör de olika fyra punktmutationerna?
Silent mutation o När kvävbas bytes ut, men den nya tripletten kodar för samma amiosyra. sker hela tiden * Nonsense mutation o När mutatuionen kodar för stopèavläsningen avslutas * Missense mutation o När det blir en annan amiosyra som kommer blida annat protein. Förändrar veckning och påverkar proatiners effekt. * Framshift mutation o göra så AGT inte läses (för de är t.ex. AGC) vilket gör att den väntar till nästa AGTe ==\> framshifting. sker när 3 paren blir ojämna.
43
Steg i PCR
Denaturing vid 96 grader. a. Här används värmen för att bryta bindingarna (likt ett helikas) 2. Annealing (55 grader) a. Kyler ner så konstgjorda primers kan binda in till strängarna b. Primerna är spesifika för den gen/sekvens man vill kopiera 3. Elongering vid 72 grader a. Gör så Tag-Polymerase kan vinda in till primers och starta replikation 4. Processen sker om och om igen. a. Leder till flertala kopieringar
44
vad hände i vår labb i pcr
Med hjälp av Restriktionsenzymet Mva1 som finns i kroppen klyvs kedjan mellan Intron 3 och exon 4. Om man har en mutation så AG inte sitter här, så kommer inte kedjan klyvas  om denna kedjan inte klyvs så kommer vissa läkemedel att metaboliseras dåligt. Resultatet mäts Gensekvenserna läggs i en agarosgel, där storleken på sekvenserna gör att de vandrar olika långt i gelen. Detta kan ge tre resultat: • En 104 och en 230 lång sekvens o Ingen mutaton ifrån mamma eller pappa • 334, 104 och 230 o Mutation ifrån en av föräldrarna • 334 o Mutation ifrån båda förädrana
45
vilken energi används vi elogongation translation och vad gör den?
GTP gör bindignar och rör allt framåt ==\>
46
celler med telomeras?
hud cancer köns
47
vad består histoner av (vilken laddning på amnisyrona)
histoner består av basiska och neutrala aminosyror
48
skillnad på RNA-pol-2 och 1&3
RNA-pol 2 = för transkription 1 & 3 = för tRNA och rRNA
49
vad krävs för att transcription elongation ska gå framåt?
porcessen kostar UTP, ATP, CTP, GTP
50
bidnings size på ribosomen? hur många och vilka?
4 st mRNA och E\_P\_A
51
vad är svedberg?
S = svedberg unit och är en mätning u vilken grad en partikel rös sig neråt vid centrifugering. Tyngre moleykler rör sig längre ner. • Innan translation är small och large speareade, men de kommer tillsammas vid translation • Ribosomens jobb är att översätta mRNA till sekvenser av aminosyraor.
52
hur fungera ribosomen som ett enzym?
den gör peptidbindingar sker igenom ändring i den aktiva ytan så förskjutning av e- gör att bindingar försvagas och nya kan bildas ==\> gör att aa kommer närmanre varnadra
53
Vad gör ATP vid transaltion?
den primära energin kommer ifrån ATP främst för att koppla rätt aa till rätt plats
54
vad gör GTP vid translation? samt vad är de bundet till?
gör så de rör sig framåt bunder till elegationsFaktor (EF)
55
Vad är diploid och haploid?
diploid 46 kromsomer och somatiska haploid 23 komosomer och gameterna(könscellerna) är detta
56
Konsekvens om x-inaktivering inte funnits, samt när sker inakiveringen?
vissa känslaiga gener skulle skapar dubbel uppsättning proetiner ==\> dåligt sker tidigt i embryot, då tutipoenta ==\> pluripotenta
57
Vad är * Autosomal recessiv nedärvning
* Båda föräldrarna bär på recessivt anlag * ==\> 25% friska, 50 friskt heterozygora och 25% sjuka * Både män och kvinnor
58
vad är Autosomalt dominant nedärvning
* En sjuk föräldrer så bilir de * è 50% friska och 50% sjuka * Både män och kvinnor * Måste ha en sjuk förälder
59
vad är * X-bunden resesiv nedärvning
* Män drabbas i större utstäckning * Sjuk man får friska sönder men friska anlagsbärande döttrar * Om de är på båda föräldrarnas x * 50% av flickor sjuka och 50% heterzygota (bärare) * 50 % av pojkar sjuka * Om den sitter på bara mamman * Alla flickor friska och hälften bärare * Hälften av pojkarna sjuka
60
vad är * X-bunden dominant nedärvning
* Om pappan har den * Alla döttrar sjuka, men inga sönder * Om mamman har den * Hälften av flickor sjuka och hälften av pojkar
61
vad är y-bunden nedärvning?
* Y-bunden nedärvning * Drabbar bara män och sjuka män har alltid sjuk papapa
62
använd hardy weinbers lag för att räka ut ögonfärg om 9% är blå (bb) och brun är (B)
63
vad gör föränding i intron och 3' delen
intron: påverkar hur enhncers binder in 3': påverkar stabilteten