DAL DNA ALLE PROTEINE Flashcards
(16 cards)
Quali caratteristiche ha la RNA polimerasi?
Catalizza legami fosfodiesterici tra ribonucleotidi, necessita dell’idrolisi di molecole come ATP o GTP per spingere avanti le reazioni, non necessita di un primer,, trascrive molte copie in un tempo breve, non si dissocia dal filamento stampo, fa molti più errori, ha un meccanismo proprio di correzione per escissione.
Qual è il compito di TFIID e TFIIH?
Entrambi fanno parte dei fattori generali di trascrizione e permettono l’inizio della trascrizione:
TFIID: è la prima proteina che si lega al DNA e riconosce la TATA box, grazie al suo dominio TBP (TATA binding protein). Inoltre, l’attacco a questa sequenza provoca una distorsione del DNA utile per il posizionamento di un promotore attivo.
TFIIH: è la proteina più grande e più complessa, svolge diversi ruoli, fa da DNA elicasi, aggiunge gruppi fosfati alla coda della polimerasi (Dominio C- terminale o CTD). Grazie a questo la polimerasi si può stccare dal gruppo dei fattori trascrizionali, a seguito di alcuni cambiamenti conformazionali e può cominciare la trascrizione.
Cos’è l’enhancer?
Una sequenza di DNA a cui si può legare una proteina attivatrice, che mediante un mediatore si lega al complesso di inizio, per permettere l’inizio dell’allungamento (questo legame è NECESARIO)
Quando entrano in gioco le proteine accessorie?
Entrano in gioco una volta che la trascrizione è iniziata.
1) Dei fattori di allungamento evitano che la RNA polimerasi si stacchi dal filamento.
2) complessi di rimodellamento della cromatina viaggiano con la polimerasi cercando di salvarla quando si trova in stallo a causa della conformazione del DNA.
3) Chaperoni degli istoni disassemblano parzialmente il DNA dai nucleosomi per poi riassemblarlo subito dietro
Quando avviene la maturazione del DNA?
Non avviene dopo che la trascrizione si è conclusa, ma è strettamente collegata all’ allungamento. In realtà la coda C-terminale della polimerasi, che era stata fosforilata dal TFIIH, permette ad altre proteine di associarvisi e “saltare” sulla molecola di RNA nascente
Dove viene aggiunto un nucleotide guaninico?
E’ la prima modificazione che l’RNA subisce, dopo che sono stati trascritti solo 25 nucleotidi. Attraverso l’azione di tre enzimi che agiscono in successione, una fosfatasi, una guanil trasferasi e una metil trasferasi. Questa modificazione aiuta a distinguere questo mRNA da altri RNA (gli RNA della RNA polimerasi I e III non possiedono questo cappuccio. Nel nucleo si legherà poi ad un complesso chiamato CBC, cap binding complex
Quali sequenze nucleotidiche segnalano dove deve avvenire lo splicing?
sito di splicing 3’
sito di splicing 5’
punto di ramificazione della sequenza intornica
Queste sequenze servono per rimuovere gli introni attraverso la formazione di un cappio attraverso due reazioni di transesterificazione
Com’è strutturato uno spliceosoma?
5 moleocle molto brevi di snRNA (U1 U2 U4 U5 U6), in complesso con almeno sette subunità proteiche per formare una snRNP (small nuclear ribonucleoprotein). Queste proteine formano il nucleo dello spliceosoma
Come sono scelti i siti corretti per lo splicing?
Due strategie:
Molti componenti si legano molto presto alla coda della polimerasi e sono trasferiti sul filamento di mRNA appena questo emerge dalla trascrizione e questo evita di “saltare” dei siti di legame, perchè questi non sono ancora stati sintetizzati
Le dimensioni degli esoni sono piuttosto uniformi
Come influisce la struttura della cromatina sullo splicing?
I nucleosomi tendono ad essere posizionati sopra gli esoni, che sono mediamente lunghi come il DNA avvolto nel nucleosoma e quindi cambiamenti della cromatina intervengono per variare gli schemi di splicing
A cosa servono CPSF e CstF?
Sono enzimi che si legano alla CDC della polimerasi e vengono trasferite su particolari sequenze di RNA trascritto (sequenze che indicano l’avvicinamento dell’estremità 3’ e quindi della fine della trascrizione).. Quando queste si sono legate, si assemblano altre proteine per eseguire modificazioni ch ecreano l’estremità 3’. Tra quete abbiamo la PAP, che senza il bisogno di uno stampo, sintetizza una coda poli-A sull’estremità 3’.
In che modo si distingue un mRNA maturo dai tanti RNA in circolazione per il nucleo?
Per la presenza o non presenza di determinate proteine ( ad esempio, la presenza di snRNP indicherebbe uno splicing inadeguato o aberrante) oppure per la presenza di modificazioni post-trascrizionali.
Qual è la struttura del tRNA?
Il tRNA può essere schematizzato con una struttura a trifoglio, che viene ripiegata assumendo una forma tridimensionale a L. Le due estremità della L sono le più importanti, una lega l’amminoacido e l’altra è l’anticodone, una sequenza di nucleotidi che si accoppia con il codone complementare
Quanti tipi diversi di tRNA esistono?
In realtà non sempre esiste un tRNA per ogni amminoacido, ma essendo il codice genetico ridondante, alcuni amminoacidi hanno più tRNA, altri tRNA possono formare legami con più di un codone, tantochè molti tRNA necessitano della complementarietà con solo due basi e possono tollerare un appaiamento sbagliato o wobble.
A quali modificazioni va incontro il tRNA prima di uscire dal nucleo?
Sono sintetizzati dalla polimerasi III. Grandi precursori di tRNA, appena sintetizzato, vengono sottoposti ad un taglio che li accorcia rendendoli tRNA maturi. Altri vanno incontro allo splicing (che però in questo caso non forma un cappio come nell’ mRNA, ma ha un meccanismo di tagli-cuci. Entrambi questi meccanismi richiedono che la molecola si ripiegata correttamente a trifoglio e dunque fungono anche da controllo di qualità.
A cosa serve l’amminoacil-tRNA sintetasi?
Riconosce e lega l’amminoacido corretto al domino del tRNA, attraverso l’idrolisi di ATP che crea un legame ad alta energia. La sintetasi ha anche la funzione di controllo: l’aa legato, se è quello giusto, ha maggiore affinità, inoltre, dopo aver legato l’aa al tRNA, li fa entrare in una tasca di controllo dove viene idrolizzato. Questo meccanismo è molto simile all’esonucleasi di correzione delle bozze sulla DNA polimerasi
