Définitions Flashcards
(28 cards)
Brin codant/sens
Brin d’ADN non transcrit
5’-3’
Brin matrice/antisens
Brin d’ADN transcrit en ARNm et traduit
3’-5’
TATA box
Séquence TATATA à -20 reconnue par la protéine TFIID (cofacteur de l’ARN poly)
Boite CAT/CAAT/GC
Séquence où d’autres protéines de transcription viennent se poser
Sous-unité/facteur σ
- Reconnait spécifiquement les promoteurs bactériens
- Quand se lie à l’ARN polymérase = changement de conformation du core et se lie au promoteur
Holoenzyme
ARN polymérase bactérienne contenant la sous-unité σ
Boite de Pribnow (-10)
Boite dans les promoteurs bactériens, associée à un des éléments suivants:
- Région +35
- Élément UP (gène fortement exprimé)
- Discriminateur
4 domaines du facteur σ
σ4 : reconnait +35
σ2 : reconnait -10
σ3 : reconnait l’extension de -10
σ1 : reconnait le discriminateur
Élément UP
- Région riche en A-T pour une meilleure fixation
- Présent chez les gènes fortement exprimés
- Reconnu par αCTD
Synthèse abortive
Pendant l’initiation, l’ARN polymérase produit des petits ARNs (<9nt) avant de se libérer du promoteur pour commencer l’élongation. L’élongation commence quand la taille des petits ARNs dépassent 9nt, car ça oblige l’ARN à sortir du complexe, et s’insère dans son canal de sortie
Protéine Rho
Hexamère qui se lie à l’ARN à sa sortie de la polymérase
- Utilise son activité ATPase pour induire la terminaison
- Ne se lie pas au ARN en traduction car lié aux ribosomes
Terminaison Rho-Dépendante
Protéine Rho se fixe sur le site rut et induit la terminaison avec son activité ATPase
Terminaison Rho-Indépendante
Formée d’une séquence répétée/inversée de 20 bases, suivie d’une région de 8 A/T. Après leur transcription, il y a formation d’une structure en épingle à cheveux qui provoque la terminaison en:
1. Déplaçant la polymérase vers l’avant
2. Détachant la polymérase du transcrit
3. Induisant un changement de conformation de la polymérase
La terminaison est seulement efficace s’il y a une série de A-U
Promoteur minimal
Promoteur central composé d’éléments de reconnaissance (promoteur de base)
Promoteurs naturels
Séquences régulatrices:
- Activatrices/inhibitrices
- Proches/éloignées du promoteur
- Peuvent avoir des éléments pouvant aider/empêcher la transcription:
–> séquences activatrices en amont
–> enhancers/amplificateurs
–> silencers
GTF ou FGT
General transcription factors ou Facteurs généraux de transcription
- Reconnait les éléments du promoteur initial
- 3 : TF I, TF II, TF III
- Remplace le facteur σ des procaryotes pour l’initiation
Complexe de pré-initiation (CPI)
GTF + ARN polymérase lié au promoteur
GTFs aident ARN polymérase à:
- se lier au promoteur
- séparer les brins d’ADN
- se séparer du promoteur
- s’engager dans la phase d’élongation
FACT
Aide au désassemblage et reconstruction des nucléosomes derrière l’ARN poly
CPSF et CstF
CPSF: cleavage and polyadenylation specific factor
CstF: cleavage stimulation factor
- Facteurs se liant aux séquences signales de polyadénylation
- Recrutent d’autres protéines pour cliver ces séquences
PolyA polymérase (PAP)
- Ajoute env. 200 nucléotides pour faire la queue polyA
- Recrutée par CPSF
Trans-estérification
2 réactions successives d’attaques nucléophiles pour épisser un intron
snRNA et snRNP
snRNA: 5 ARNs du spliceosome (U1, U2, U4, U5, U6)
- Reconnaissent les séquences des sites d’épissage
- Catalysent le site catalytique
snRNP: ARNs complexés à des protéines (ARN-protéine)
- Aident reconnaissance du site donneur d’épissage 5’
- Reconnaissent le site de branchement A
-
BBP
Protéine de liaison au point de branchement A
2 erreurs potentielles d’épissage
- Saut d’exon: Non reconnaissance d’un site d’épissage 3’
- Sites d’épissage cryptiques: Reconnaissance d’une séquence qui n’est pas un vrai site (dans un exon)
