DNA

Question 1

¿qué estructura de DNA tiene giro contrario al normal y qué dirección es esa?

Answer 1

DNA Z, levógiro

Question 2

Purinas

Answer 2

Adenina
Guanina
dos anillos

Question 3

efecto hipocrómico DNA

Answer 3

disminución en la absorbancia de la molécula cuando las bases están apiladas en doble hebra

Question 4

¿por qué en PCR es importante identificar la Tm del primer con la hebra parental también?

Answer 4

porque es necesario saber los rangos de T en los que se puede trabajar, pues si no se baja lo suficiente la T, es posible que no hibride el partidor con la hebra parental ¿?

Question 5

¿cómo afecta la fuerza iónica a la Tm?

Answer 5

a medida que aumenta la fuerza iónica -la concentración salina-, incrementa el valor de Tm pues se necesita más energía para desestabilizar los puentes de hidrógeno pues la estructura se hallaba estabilizada por las sales¿?

Question 6

hibridación selectiva

Answer 6

es el fenómeno de apareamiento entre hebras individuales de DNA con cierta identidad mínima tolerada, esto último implica la selectividad
se controla a través de la astringencia

Question 7

fórmula cálculo Tm en solución sin sal

Answer 7

T°m = 69,3°C + 0,41 (% G + C)°C

Question 8

¿por qué los viruses tienen más CG%?

Answer 8

porque tienen el genoma más compactado y la secuencia de los genes tiende a ser alta en CG, mientras que AT es más de codones de término

Question 9

sal más usada en hibridación

Answer 9

SSC

standard sodium citrate

Question 10

Fórmula para obtener el % de identidad tolerable de acuerdo a los grados bajo Tm

Answer 10

100% - (°C bajo Tm/(1.4°/%)) = % identidad suficiente

Question 11

¿Cómo es el sobreenrrollamiento del DNA in vivo?

Answer 11

1 s.e negativo (en contra de la helicidad) cada 200 bp

Question 12

Orden de DNA (arriba hacia abajo) en gel de acuerdo al sobre enrollamiento

Answer 12

Migra menos
- DNA circular relajado
- DNA lineal
- DNA sobre enrollado neg%
Migra más

Question 13

DNA linker

Answer 13

Sección de DNA eucariótico accesible porque se halla entre dos núcleosomas

Question 14

Histona H1

Answer 14

Histona de DNA linker que permite cambiar el ángulo de salida del DNA desde el nucleosoma, de tal manera que permite formar una hélice en sí mismo

Question 15

DNa de 10 nm vs 30 nm

Answer 15

10 nm es más laxo, collar de perlas

30 nm es más condensada, hélice de nucleosomas (H1)

Question 16

¿Cuál es el menor tamaño de DNA que corta una nucleasa y why?

Answer 16

200 nts, porque la nucleasa solo corta el DNA linker, y cada nucleosoma tiene 200 nts de largo en las dos vueltas que da a las core histonas
Ahora, si la digestión es ctte, podemos llegar hasta 140 nts (nucleosome core) porque la nucleasa eventualmente consigue llegar a la parte más externa del nucleosoma

Question 17

¿Cómo se sobre enrolla el DNA que no es circular?

Answer 17

Con proteínas fijas en los extremos del DNA, y con histonas ¿?

Question 18

1. Enzima que forma primers
2. Enzima que los quita
3. Enzima que los reemplaza

Answer 18

1. Primasa (RNApol)
2. RNAsa + 5’ exonucleasa
3. DNApol + DNA ligasa

Question 19

¿Cómo se crea y mantiene la burbuja de replicación?

Answer 19

Se crea a partir de la apertura del nucleosoma, que deja laxa un area sin twists, pero además la helicasa la mantiene abierta separando los pdH entre bases (tiene polaridad de 5’ a 3’ tb, por ende se enrolla al rededor de la hebra retrasada)

Question 20

¿Cómo se separan los dos anillos enlazados después de replicación bidireccional de DNA circular?

Answer 20

Mediante un corte doble hebra con Topoisomerasa II

Question 21

¿Why es necesario hacer PCR y amplificar DNA?

Answer 21

Porque así no aseguramos de que estamos manipulando el DNA correcto, ya que la amplificación nos permite ver (gel electroforesis) las moleculas

Question 22

¿Qué puedo hacer con el DNA amplificado?

Answer 22

Clonación, análisis electroforesis, secuenciación, usados como sonda

Question 23

Fingerprint DNA

Answer 23

Utilización del DNA como marcador identificatorio en forénsica, a través de la amplificación del DNA de la muestra y su posterior digestión con enzimas de restricción que dejan bandas de DNA en electroforesis características para esa secuencia

Question 24

RNAsa H en PCR de Covid-19

Answer 24

Control positivo que permite concluir que se ha extraído suficiente cantidad de RNA como para identificar el virus

Question 25

¿Cuál es la limitación de tamaño de DNA que se puede replicar x PCR y de qué depende?

Answer 25

Hasta 20k nts | Por la procesividad de la polimerasa y la cantidad de nts que puedo poner en la sln

Question 26

¿Por qué es importante usar primers convergentes en PCR?

Answer 26

Porque esto me permite aumentar progresiva y exponencialmente la cantidad de DNA templado a la cual se podrán unir los partidores, además de que así no existe hebra retrasada y permite amplificar sólo la sección de DNA que flanquean los partidores creados

Question 27

Componentes reacción PCR

Answer 27

- buffer pH 8.2 con Mg++ - dNTPs - Taq DNApol - DNAtemplado - 2 primers que flanquean

Question 28

T óptima, velocidad promedio y tasa de error Taq DNA pol

Answer 28

72°C 1 Kb/min 1-2 / 10^4 pb

Question 29

¿A qué T se debe hacer el melting y el annealing de primers during PCR?

Answer 29

Melting por sobre la Tm del templado (94°C) | Annealing bajo la Tm de primers con templado (50°C)

Question 30

¿Why 30 ciclos de PCR?

Answer 30

Es lo que permite llegar a máximo del producto antes de que se sature porque se acaban los primers y la cantidad de NTPs que podía añadir

Question 31

¿Qué tengo que hacer post PCR si quiero usar el DNA amplificado para clonar?

Answer 31

Secuenciarlo y clonarla en bacterias a través de plasmidios, para obtener más copias sin mutaciones

Question 32

¿Cómo hacer un cálculo del error del PCR que realicé?

Answer 32

Mediante un test in vivo amplificando lacZ como marcador

Question 33

¿Qué factores aumentan la tasa de errores en PCR?

Answer 33

Mayor [] de Mg y de dNTPs

Question 34

¿Cómo evitar problemas de sensibilidad con el PCR?

Answer 34

- siempre tener control positivo y neg - usar reactivos y condiciones optimas - sector dedicado, puntas con filtro, etc (prolijidad de manipulación)

Question 35

Condiciones que haya que considerar al hacer primers (8)

Answer 35

- convergentes - secuencia única - de 17 a 25 nt - no inter ni intracomplementariedad de + de 3 bp - el extremo 3’ debe ser C o G - %C/G al rededor de 50% (min eso) - Tm de ambos primers debe ser sobre 50°C pero hasta 65°C no más (o 5°C bajo melting) - Dif de Tm de no menor de 5°C

Question 36

Cantidad de nts accesibles x surco mayor

Answer 36

4-5

Question 37

distancia entre pares de nts y por giro

Answer 37

3.4 A entre nts Por lo tanto 34 por giro ya que son 10 nts c/u

Question 38

proteoma definición

Answer 38

Es la totalidad de proteìnas expresadas en una célula particular bajo condiciones de medioambiente y etapa de desarrollo (o ciclo celular) específicas, como puede ser la exposición a un estímulo. Es aproximadamente, el equivalente proteico del genoma.