DNA/RNA

Question 1

Welche Molekülart & Aufbau DNA/RNA?

Answer 1

Polynukleotide
Pentose (Desoxy oder Oxy)
Phosphat
Purin/Pyrimidinbase

Question 2

Nucleosid: Was?

Answer 2

DNA/RNA-Molekül ohne Phosphatgruppe

Question 3

Wie ist Pyrimidin/Purin & Phosphat mit Pentose verknüpft?

Answer 3

Pyrimidin: C-1 kovalent an C-1’ d. Pentose
Purin: C-9 kovalent an C-1’ d. Pentose
N-ß-glycosidische Bindung
Phosphat bindet kovalent an C-5’ d. Pentose

Question 4

Wie formt sich glycosidische Bindung?

Answer 4

Unter Abspaltung v. H2O -> Kondensation

Question 5

Welche Form haben Pentosen in DNA/RNA

Answer 5

Geschlossene ß-Furanose-Ringform

Question 6

Purin-Basen

Answer 6

Adenin, Guanin

Question 7

Pyrimidin-Basen

Answer 7

Cytosin, Thymin/Uracil

Question 8

Welche RNA enthält Thymin?

Answer 8

tRNA im TpsyC-Loop (Ribothymidin)

Question 9

Aufbau tRNA

Answer 9

Aminosäure-Arm: Bindestelle für Aminosäure (ACC)
Anticodon-Arm: spez. Bindestelle für mRNA
Dihydrouridin-Arm: UH2
TpsyC-Loop: T-Pseudouridin-C

Question 10

Deamination: was? Umwandlungen welcher Basen & unter welchen Bedingungen?

Answer 10

Spontaner Verlust extrazyklischer Aminogruppen

C -> U (sauer)

Question 11

Chargaff-Regeln

Answer 11

1. Verhältnisse BP unterschiedlich in Organismen
2. Verhältnisse BP eines Organismus in jedem Gewebe gleich
3. Verhältnisse BP eines Organismus verändert sich nicht mit Altern/Umweltänderungen
4. Anzahl A = Anzahl T & Anzahl G = Anzahl C -> Anzahl Pyrimidine = Anzahl Purine

Question 12

Absorptionsmessungen bei Mischung aus Nukleotiden bei welcher Wellenlänge?

Answer 12

260nm

Question 13

Hypochromismus/Hyperchromismus von dsDNA: Was? Nutzbar wofür?

Answer 13

dsDNA absorbiert weniger UV-Licht als ssDNA -> besonders bei Watson-Crick-Paarungen
Unterscheidung von ss/dsDNA mit Photometer
Hyperchromismus: umgekehrtes Phänomen

Question 14

Wie kann DNA geschmolzen werden?

Answer 14

Erhitzen
Zugabe von Säure
Zugabe von Base

Question 15

Definition Schmelztemperatur (Tm)

Answer 15

Temperatur bei der Hälfte der Helixstruktur aufgelöst ist

Question 16

Wie viel tragen HBB zu DNA-Stabilität bei?

Wie viel tragen Stapelungen zu DNA-Stabilität bei?

Answer 16

2-8 kJ/mol

22,5-61 kJ/mol

Question 17

2 Arten durch die Stapelungen positiv auf DNA-Stabilität wirken?

Answer 17

Hydrophober Effekt -> Positionierung & HBB-Bildung

VdW-Kräfte -> Anziehung zw. 2 BP

Question 18

Wofon & wie ist Schmelzpunkt d. DNA abhängig?

Answer 18

Anzahl an GC-Paaren -> hoher Schmelzpunkt bei erhöhtem GC-Vorkommen (80-110°C)

Question 19

Wo kommt A-DNA natürlicher Weise vor?

Answer 19

dsRNA
DNA-RNA-Hybride
dehydrierte dsDNA

Question 20

Z-DNA: Unterschiede zu A-/B-DNA?

Answer 20

linksdrehend

Phosphatgruppen liegen im Zickzack

Question 21

Wo kommt Z-DNA natürlicher Weise vor? Erkennung wodurch?

Answer 21

DNA-Oligomere (z.B. CpG-Inseln)

Z-DNA-Bindeproteine (z.B. Pockenviren/Variola)

Question 22

Tautomere v. Uracil bei geringer werdendem pH-Wert

Answer 22

Uracil -> Lactam -> Lactim -> Doppellactim

Question 23

Tautomere v. Guanin/Cytosin?

Answer 23

jeweils Lactam/Lactim-Form (Keto/Enol-Form)

Question 24

Was passiert mit RNA unter alkalinen Bedingungen?

Answer 24

Auto-Hydrolyse d. Phosphodiesterbindung über Hydroxylgruppe am 2’C

Question 25

Konformation d. Pentose: Wie viele Zuckeratome sind co-planar? Bei welcher DNA-Konformation was?

Answer 25

``` meistens 4 2'C oder 3'C >20 Angström außerhalb A-DNA: 3'C-endo B-DNA: 2'C-endo Z-DNA: Purin 3'C-endo, Pyrimidin 2'C-endo ```

Question 26

Warum kann RNA nicht in B-Form existieren?

Answer 26

Sterische hinderung zw. 2'C-Hydroxylgruppe & 3 Atomen v. Base bzw. Phosphatgruppe

Question 27

Was löst Propeller-Twist in manchen Basen aus & wozu führt es?

Answer 27

Basensequenzfolge | Verringert HBB, erhöht Stapel-Kräfte

Question 28

Welche Konformationen können Purin-Basen einnehmen?

Answer 28

syn-Konformation: Ringsystem über Pentose | anti-Konformation: Ringsystem neben Pentose

Question 29

Welche Konformation können Pyrimidin-Basen einnehmen & warum?

Answer 29

anti-Konformation: Ringsystem neben Pentose | -> Sterische Hinderung Pentose & 2C-Gruppe

Question 30

B-DNA: Abstand Basenpaare? Anzahl Basenpaare pro ganze Umdrehung? Grooves? Wo verläuft Helixachse?

Answer 30

3,4 Angström 10,5 BP Major & Minor Groove, ähnlich tief Helichsachse durch Mitte d. BP

Question 31

A-DNA: Abstand Basenpaare? Anzahl Basenpaare pro ganze Umdrehung? Grooves? Wo verläuft Helixachse?

Answer 31

2,5 Angström 11 BP Major & Minor Groove, Major Groove deutlich tiefer Helixachse durch Major Groove

Question 32

AT Akzeptor- & Donorgruppen in Major & Minor Groove

Answer 32

Major: Akzeptor O & N, Donor H Minor: Akzeptor O & N

Question 33

GC Akzeptor- & Donorgruppen in Major & Minor Groove

Answer 33

Major: Akzeptor O & N, Donor H Minor: Akzeptor O & N, Donor H

Question 34

Z-DNA: Abstand Basenpaare? Anzahl Basenpaare pro ganze Umdrehung? Grooves?

Answer 34

3,8 Angström 12 BP Major & Minor Groove, Major fast nicht da, Minor sehr tief