Évolution, Taxinomie et Diversité

Question 1

3 parties distinctes de la taxinomie

Answer 1

Classification
Nomenclature
Identification

Question 2

Classification?

Answer 2

Arrangement en groupes ou taxons, selon la base de similarités mutuelles

Question 3

Nomenclature?

Answer 3

Consiste à donner des noms aux groupes taxinomiques selon les règles publiques

Question 4

Identification?

Answer 4

Détermine qu’un isolat particulier appartient à un taxon connu… et si c’est le cas, lequel.

Question 5

4 importances de la taxinomie

Answer 5

• Met de l’ordre dans nos connaissances
• Permet de faire des prédictions et hypothèses
• Répartit MO en groupes significatifs
• Essentielle pour l’identification précise des MO

Question 6

4 systèmes de classifications

Answer 6

1. Classification naturelle
2. Rangs taxinomiques
3. Définir une espèce procaryotes
4. Une souche

Question 7

La classification naturelle est une approche _______

Answer 7

polyphasique

Question 8

Les classification naturelle inclut les trois caractères suivants :

Answer 8

1. Phénotypiques : caractères phénotypiques
2. Phylogénétique : relations évolutives plutôt que des ressemblances
3. Génotypiques : similarité génotypique

Question 9

Le groupe de base en taxinomie microbienne est _____

Answer 9

l’espèce

Question 10

Rangs taxinomiques : genre?

Answer 10

Groupe bien défini, d’une ou plusieurs espèces, qui est clairement séparé des autres genres.

Question 11

Définition la plus fondamentale des procaryotes?

Answer 11

Un ensemble de souches qui partagent de nombreuses propriétés stables et diffèrent significativement des autres groupes de souches.

Question 12

Une souche est constituée de ?

Answer 12

des descendants d’une seule culture microbienne pure.

Question 13

Une souche provient d’un _________ ou d’un _______

Answer 13

organisme unique

isolat de culture pure

Question 14

3 façons de différencier des souches

Answer 14

Biovars: différences biochimiques ou physiologiques
Morphovars : Différences morphologiques
Sérovars : Propriétés antigéniques distinctes

Question 15

Une des premières souches étudiées? plus ou moins caractérisée que les autres souches?

Answer 15

Souche type

Plus caractérisée

Question 16

La souche type de l’espèce est appelée _________. C’est quoi?

Answer 16

espèce type.

C’est le type nomenclatural ou détenteur du nom de l’espèce

Question 17

Deux grands groupes de caractéristiques?

Answer 17

Caractéristiques classiques

Caractéristiques moléculaires

Question 18

4 caractéristiques classiques?

Answer 18

1. Morphologiques
2. Physiologiques et métaboliques
3. Biochimiques
4. Écologiques

Question 19

5 caractéristiques moléculaires?

Answer 19

1. Composition en base des acides nucléiques
2. Hybridation des acides nucléiques
3. Séquençage des acides nucléiques
4. Prise d’empreintes génomiques
5. Séquençage des protéines

Question 20

Pourquoi des organismes aux contenus en GC similaires n’ont pas des séquences d’ADN similaires? Comment aurait-ils des séquences similaires?

Answer 20

deux séquences très différentes peuvent encore avoir le même nombre de GC et AT.
Seulement si deux MO se ressemblent phénotypiquement qu’un contenu en GC similaire suggère un parenté

Question 21

L’hybridation des acides nucléiques mesure ________ et est utilisée que pour étudier des MO _______. Pourquoi?

Answer 21

• la similitude entre deux génomes

- très apparentés. Sinon, les molécules d’ADN ne forment pas d’hybrides stables détectables

Question 22

Une des techniques les plus courantes de l’hybridation des acides nucléiques?

Answer 22

marquage à l’ADN radioactif

Question 23

3 étapes de l’hybridation des acides nucléiques

Answer 23

1. ADN non radioactif (espèce A) est dénaturé et fixé à une membrane de nitrocellulose.
2. Incubation avec ADN simple-brin (espèce B marqué à la radioactivité)
3. Lavage de la membrane et mesure la radioactivité (reflète le degré d’hybridation)

Question 24

Séquençage des acides nucléiques - Quelles deux gènes sont idéaux pour déduire des phylogénies microbiennes?

Answer 24

Gènes ribosomaux 16S et 18S

Question 25

6 raisons pourquoi 16S et 18S sont idéaux pour la séquençage des acides nucléiques

Answer 25

1. Même rôle chez tous MO 2. Indispensables à la survie 3. Ne peuvent pas tolérer d'importantes mutations 4. Évoluent lentement 5. Ne peuvent pas être transférés par transfert horizontal 6. Possèdent des régions très stable et des régions variables

Question 26

L'analyse comparative des séquences d'ARNr 16S ou 18S de milliers de MO démontre la présence de quoi?

Answer 26

des signatures oligo-nucléotidiques

Question 27

2 principales approches de prises d'empreintes génomiques?

Answer 27

1. Polymorphisme de longueur de fragments de restriction (RFLP) 2. rep-PCR : basée sur des séquences d'ADN hautement conservées et répétitives

Question 28

4 étapes du RFLP?

Answer 28

1. Gène amplifié par PCR 2. Gène amplifié (souvent 16S et 18S) est digéré par enzymes de restriction 3. Mélange de fragments d'ADN obtenu et séparé avec électrophorèse 4. Organismes avec patrons similaires sont taxinomiquement plus proches

Question 29

Une méthode directe de la séquençage des protéines?

Answer 29

Détermine la séquence d'acides aminés de protéine ayant la même fonction - spectromètre de masse

Question 30

3 méthodes indirectes de la séquençage des protéines?

Answer 30

1. Comparer la mobilité dans électrophorèse 2. Déterminer les propriétés immunologiques 3. Comparer les propriétés enzymatiques

Question 31

``` Arbres phylogénétiques: Chaque ramification (____) représente quoi? ```

Answer 31

Noeud | un évènement ou (endroit) une divergence s'est produite

Question 32

Arbres phylogénétiques: | La longueurs des branches représente quoi?

Answer 32

Le nombre de changement moléculaires qui se sont produits entre deux noeuds

Question 33

Comment créer un arbre phylogénétiques à | partir de données moléculaires ? 4 étapes

Answer 33

1. Aligner les séquences 2. Déterminer le # de positions qui varie entre les séquences 3. Exprimer cette différence 4. Utiliser cette mesure de différence pour créer un arbre phylogénétique

Question 34

5. Les arbres phylogénétiques : | Typologie? (2)

Answer 34

Arbres non racinés = n'indiquent pas le chemin évolutif | Arbres racinés = comporte un noeud qui sert d'ancêtre commun

Question 35

Comment un arbre non raciné peut devenir raciné?

Answer 35

En ajoutant les données d'une espèce très distante des autres espèces

Question 36

Le défi des transferts horizontaux?

Answer 36

Un transfert génétique horizontal considérable a lieu à l’intérieur et entre les domaines Le patron de l’évolution microbienne n’est donc pas aussi linéaire et en arborescence qu’on ne l’avait pensé