Exam 2 Flashcards
(125 cards)
1
Q
C’est quoi une protease bacterienne et donne un exemple?
A
c’est une enzyme coupant une liaison peptidique comme la Thermolysine
2
Q
Quelle est la classe d’enzyme de la thermolysine ?
A
Metallo-enzyme
3
Q
Quels sont les deux complexes pour la thermolysine ?
A
Enzyme-substrat
Enzyme-produit
4
Q
Quels sont les complexes pour les proteases a serine ?
A
E-S
IT-1
AE
IT-2
E-P
5
Q
Quel modele permet d’expliquer la spécificité des enzymes pour certains substrats ?
A
le modele cle-serrure
6
Q
Vrai ou faux: Le modele cle serrrure permet d’expliquer comment l’enzyme stabilise l’etat de transition
A
faux
6
Q
Quel modele explique la stabilisation de l’etat de transition?
A
le modele de l’ajustement induit
7
Q
Qu’est-ce que le modele de l’ajustement induit ?
A
Une modification du modele de cle et serrure qui tient compte du fait que les proteines ne sont pas rigides:elles sont dynamiques
8
Q
Quelle est la conformatoin de l’enzyme qu’on voit le plus?
A
l’enzyme libre a la conformation de l’état libre
9
Q
comment est la stabilisation par rapport au carbonyle?
A
parrallele
10
Q
Quel est le facteur de plus d’isomerisation de la TPI?
A
10 fois plus
11
Q
La TPI est-elle reversible ou non?
A
reversible
12
Q
Quelle est la difference entre l’Etat de transition ET et l’intermediaire de reaction?
A
Un ET est instable alors qu’un intermediaire est stable
13
Q
Comment les enzymes reduisent l’energie d’activation ?
A
1) abaissant l’energie de l’état de transition
2)en augmentant l’energie de l’état initial du complexe enzyme-substrat
14
Q
comment determiner les groupe partants en fonction de l’etat de protonation?
A
plus le groupe est protonné plus c’est un meilleur groupe partant
15
Q
Qu’est-ce qu’une catalyse acide générale ?
A
Procedé dans lequel le transfert d’un proton a partir d’un groupe acide abaisse l’energie de l’ET
16
Q
quels sont les acides potentiels chez les proteines ?
A
His car pKa de 7
Glu et Asp si le pKa de 4 est modifié en 7
17
Q
Qu’est-ce qu’une catalyse base générale ?
A
une reaction d’abstraction partielle d’un proton par une base
18
Q
quels sont les bases potentiels chez les proteines ?
A
His
Asp Glu
groupe RS- et RO- de cys tir sur et thr
Lys
19
Q
Quelles catégorie d’enzyme catalyse la majorité des réactions protéolytiques
A
les protease a serine
20
Q
Les proteines ont un nombre limité de groupement fonctionnel. Quel est la consequence et comment ca se regle ?
A
cela limite la chimie potentielle
la solution est d’utiliser des molecules d’assitance aidant aux reactions qu’on appelle COFACTEURS
21
Q
Qu’est-ce qu’un cofacteur ?
A
Souvent une vitamine ou derivee de vitamine contenant de l’AMP,ATP,CoA,FAD et NAD+ dans sa structure
22
Q
Pourquoi les analogue a l’etat de transition font des bons inhibiteurs ?
A
Ils ressemblent beaucoup a l’etat de transition et lie 10^5 fois plus que le substrat. Les enzymes optimisent la liaison avec l’état de transition afin de réduire l’énergie d’activation. Par conséquent l’analogue qui imite l’état de transition sans être transformé en produit peut se lier fortement à l’enzyme et bloquer son activité catalytique.
23
Q
Comment fonctionne la TPI?
A
transfert un H- d’un carbone a un autre
24
A quoi sert la boucle possedant un mouvement de 7A de la TPI?
-couvre le substrat pour le protéger de l'eau
-contribue a bien orienter le substrat
-en absence de substrat oscille entre ajustement induit et selection conformationnelle
25
La majorité des protéines qui causent le mouvement sont-elles homologues?
vrai
26
Les propriétés dynamiques d'une enzyme sont dans quelle échelle de temps ?
millisecondes a microsecondes
27
Que représente ∆G‡, et quelle est sa relation avec la vitesse d'une réaction?
∆G‡ represente l'energie d'activation de cette reaction. les enzyme agissent sur les reaction en baissant l'energie d'activation ce qui permet d'augmenter la vitesse de la reaction.
28
les mouvements locaux sont ? et produisent des mouvements ?
rapides et non-corrélés et produisent des mouvement globaux
29
les mouvements a large échelle sont ?
lents et corrélés
30
donne un exemple de mouvement lent et correle ?
la barnase qui est un ribonucleotide degradant l'ARN en fragments plus petits impliquant un mouvement de charniere au niveau. du feuillet beta pour positionner les boucles aux extremites pour la catalyse
31
donne un 2e exemple de mouvement lent et correle specifique?
Domaine B1 de la proteine G
mouvement lents dans le feuillet b
32
donne un 3e exemple de mouvement lent et correlé ?
Ubiquitine qui interragit avec plusieurs partenaires avec fluctuation lente d'une boucle beta 1/2
33
quel type de mouvement (lent ou rapide) est plus important au niveau fonctionnel ?
lent
34
pourquoi l'état non-replie n'est pas aleatoire ?
Car certaines conformation sont impossible a cause de l'encombrement stérique
35
Commemt est defini un état de transition?
Comme etant un état correspondant a l'energie maximale le long d'une coordonnee de reaction
36
Quelle est la durée de vie d'un etat de transition?
10^-12s
37
quelle est la formule de la vitesse d'une reaction?
V=Ae^-Ea/RT
38
Comment augmenter la vitesse d'une reaction ?
En diminuant l'energie d'activation
en abaissant l'energie de l'etat de transition et augmentant l'energie de l'etat initial
39
Vrai ou faux: le groupe partant dans le bris d'une liaison doit etre stable ?
vrai
40
Est-ce qu'un bon groupe partant veut dire une reaction rapide ?
oui
41
quels sont les mecanismes de catalyse utilisés par la thermolyse?
Catalyse acide, base et electrophile
42
Quel aa la thermolysine utilise en catalyse acide ?
His
43
Quel aa la thermolysine utilise en catalyse base ?
Glu
44
Quel ion la thermolysine utilise pour polariser le carbonyle electrophile ?
Zinc
45
quel type d'enzyme catalyse la majorité des reactions?
Les proteases a serine
46
Pourquoi les proteines doivent utiliser des cofacteurs ?
Car ils ont un nombre limité de groupement fonctionnel ce qui limite la chimie potentielle
47
Explique moi le modele de l'equilibre conformationnel?
C'est un modele qui suggere que les enzymes sont en equilibre dans plusieurs conformation dont c'est celui de l'etat actif qui liera plus frequemment le substrat
48
La TPI utilise quels aa en catalyse electrophile?
Lys12 ou His95
49
En absence de substrat, la boucle de 7A de la TPI oscille entre les deux conformations. Lesquelles?
Ajustement
induit ou sélection conformationnelle
50
Quel type de mouvement est plus specifique a une proteine?
Lent et correle a large echelle
51
Donne un exemple montrant que La sélection conformationnelle est une meilleur modèle que l'ajustement
induit?
Exemple du cycle catalytique de la dihydrofolate réductase.
52
Enzyme trop flexibilite=
Enzyme manque de flexibilité =
enzyme instable
catalyse trop lente
53
Quel est l'encetre commun des proteines homologues ?
ancêtre : une GTPase primitive qui agissait comme interrupteur (switch) conformationnel.
54
S = 0 =
S = 1 =
S = 0.9 =
S2 = 0= amplitude maximale.
– S2 = 1 : amplitude minimale (immobile).
– S2 = 0.9 : typique pour les régions les plus ordonnées.
55
Est-ce que les protéines se déplacent d'une manière directionnelles?
Généralement, non. La majorité des mouvements intracellulaires se produisent par diffusion
aléatoire.
56
La diffusion aléatoire est-elle eficace?
La diffusion aléatoire n'est peut-être pas efficace, mais la grosseur relativement petite d'une
cellule permet à ce processus de déplacement d'être assez rapide.
57
Lorsque Ras est lié au GTP quel est l'effet sur les ponts H?
Reseau cooperatif des ponts H
58
Lorsque Ras est lié au GDP quel est l'effet sur les ponts H?
Relativement désordone
59
Explique moi pourquoi le GTPase Ras est un exemple d'interrupteur moleculaire ?
Lorsque lié au GTp il y'a un effet de chargement a ressort alors que l'hydrolyse de ce GTP fait en sorte que les boucles rebondissent dans la conformation relaxée.
60
Quelles sont les 3 sous-unités de la troponine?
TnI,TnC et TnT
61
Quel est le role de la troponine I?
Bloquer le site actif de la myosine
62
Quel est le role de la troponine C?
Regule la contraction musuculaire musuclaire via liaisomn de 2 calcium et libere des patchs hydrophobes
63
Quel est le deplacement des kinesines ?
Du noyau vers la peripherie
64
Qu'est-ce qu'un interactome cellulaire ?
Définition des interactions entre les différentes molécules d'une cellule qui forment des machines cellulaires.
65
Quelle est l'ARN pol la plus compliqué?
Pol II
66
L'ARN pol II prend en charge quoi?
l'ARNm
67
L'ARN pol I prend en charge quoi?
ARNr 18s 5,8S 28S
68
L'ARN pol III prend en charge quoi?
ARNt et 5S de ARNr
69
L'ARN pol II prend en charge quoi?
70
Que prend en charge l'ARN pol IV?
ARNi chez les plantes seulement
71
Quelles sont les 3 etapes de l'ARN pol?
Initiation, elongation et terminaison
72
Que font les ARN pol?
polymérisation d'ARN a partir d'ADN via transcription
73
Comment fonctionne l'ARN pol II?
Les facteurs de transcriptions reconnaissent spécifiquement les séquences d'ADN et
les lient en premier, afin que Pol II puissent lier correctement par la suite.
74
Quels sont les 4 polypeptides du complexe photosynthetique ?
un cytochrome et 3SU H,L et M
75
A quoi servent les proteines membranaires agissant comme des antennes ?
Elle contiennent plusieurs molecules de chlorophyle pour capter les photon sur une large surface et les acheminer vers le centre reactionnel
76
C'est quoi la symetrie M-L et quel est le role symetrie du complexe M-L pour la formation de la paire
spéciale de molécules de chlorophylle?
-À cause de la symétrie du complexe L-M, les pigments du centre
photosynthétique forment 2 circuits possibles pour le transport
d’électrons à travers la membrane (de l’espace périplasmique au
cytoplasme), mais un seul est utilisé.
-cette symétrie est importante pour permettre le contact
entre les 2 molécules de chlorophylle de la paire spéciale : la proximité
et le parallélisme des 2 molécules de chlorophylle facilitent l’excitation
d’un de leurs électrons, suite à l’absorption d’un photon.
77
Quels sont les étapes du transfert d’électrons catalysé par le centre photo-synthétique?
Étape 1 L’électron excité de la paire spéciale de Chl est transféré → phéophytine→ quinone A → quinoneB
Étape 2 Le cytochrome du centre réactionnel photosynthétique, situé du côté
périplasmique, transfère un électron à la paire spéciale pour la
neutraliser.
Étape 3 Un autre cycle de transfert d’électrons (étapes 1 et 2) permet
l’accumulation de 2 électrons additionnels par la molécule de quinone B.
Étape 4 Cette molécule réduite de quinone B est relarguée du centre réactionnel,
ce qui lui permet de participer aux étapes suivantes de la photosynthèse
(réduction du NADP en NADPH, ...)
78
Le transfert d’électrons vers la quinone A est combien de fois plus rapide que la réaction
inverse?
10^8
79
C'est quoi les complexes multimeriques LH1 et LH2?
Dans les capteurs photosynthétiques bactériens, les molécules de pigments
(chlorophylles et caroténoïdes) sont fermement retenues par de petites protéines
hydrophobes et assemblées dans 2 types de complexes multimériques :
LH1 et LH2.
80
Quelle est la structure du complexe LH2?
9 chaines alpha et 9 chaines beta qui forment 2 anneaux d'hélices transmembranaires
81
Les molécules de la chlorophylle situées à la mi-hauteur de LH2 sont dans un
environnement (1), alors que celles situées au sommet sont dans un
environnement (2)
1-hydrophobe
2- plus polaire
82
Quelle est la structure de LH1?
LH1 comprend 16 chaînes α, 16 chaînes β, et 16
groupes de 2 chlorophylles
83
Quel chemin est priorisé dans le chemin photosynthétique ?
le chemin A
84
A quoi sert le trou au centre de l'anneau du complexe LH1?
Il peut accomoder un centre photosynthétique
85
C'est quoi un chromatophore ?
Vient d'une bacterie pourpre et contient des LH2,LH1 et Des chlorophylle
86
A quoi correspond une pureté minimale d'une proteine sur un gel SDS-PAGE?
Une seule bande
87
Pourquoi parfois système bactérien n'est pas adéquat pour des protéines eucaryotes?
a cause des modifications post-traductionnelle et des ponts di-sulfures
88
Comment obtenir un gène et construire le vecteur d'expression?
-PCR a partir d'ADNc ou ADNg
-Constuire un vecteur d'expression qui permet de surexprimer dans un hote
-incorporer un tag de purification comme His-Tag
-Verifier la sequence du vecteur d'expression
89
Comment surexprimer la protéine recombinante apres avoir construit le vecteur d'expression?
--Choix du milieu de culture
* milieu riche
* milieu minimal pour marquer la protéine
* marquage potentiel
--Optimisation des conditions de croissance cellulaire
--Optimisation des conditions d'induction à l'IPTG.
--Optimisation de la température d'incubation.
* protéines solubles
* minimisation des corps d'inclusion
‣ Surexpression à grand volume
* 250mL – 10L
‣ Extraction de la protéine soluble (ou des corps d'inclusion)
90
Comment faire la Purification de la protéine?
Utilise principalement la chromatographie:
-interactions ioniques (chromatographie échangeuse d'ions)
-volume hydrodynamique avec la couche de solvatation(chromatographie d'exclusion stérique)
-affinité (chromatographie d'affinité) pour des molecules specifiques du melange
Purification a l'aide du Tag aussi en chromato d'affinité
91
Comment eliminer le Tag mis sur la proteine?
A l'aide de composé ayant une grande affinité comme l'midazole
92
Definir une spectroscopie ?
Analyse en detectant l'interaction entre une radiation electromagnétique et un echantillon
93
Quels sont les rayonnement utilisé pour les proteines ?
Infrarouge, UV et visible avec souvent une combinaison UV/vis
94
Quelle information sur la structure de proteine les infrarouge peuvent nous donner ?
Information de base pour dinstinguer les helices alpha et feuillets beta
95
Vrai ou faux : l'analyse des proteines en infrarouge est specifique ?
faux
96
Quelle information nous donne UV/Vis sur les proteines ?
information sur les électrons et leur énergie or les électrons signifient liaison, donc la longueur d'onde et l'intensité UV/vis donne de l'information sur les liaisons dans les protéines.
97
Quel est λabs de l'eau?
180nm
98
Quel est λabs de du NADH?
340nm
99
Comment definir le coeff d'extinction molaire ?
C'est la capacité a absorber l'UV/vis
100
Quel est l'intervalle de frequence de la RMN?
10^7 a 10^8 Hz
101
Quelle est l'unité de mesure en InfraRouge et sa formule?
Le nombre d'onde 2pi/Lambda
102
Donne un exemple d'interpretation de strcuture difficile du spectre Infrarouge ?
Les fibres amyloides qui par exemple sont plus faciles a voir avec ce spectre
103
Quels types de structure absorbent principalement les radiations UV/vis?
les groupe aromatiques des proteines et des cofacteurs
104
Qu'est-ce qu'un chromophore ?
un groupement moléculaire qui est principalement aromatique
105
Que permettent les absorbances UV/vis?
Il permettent de suivre une reaction dans le cas ou le substrat et le produit absorbent differement
il peuvent aussi servir pour suivre le repliement
106
A quoi sert le dichroisme circulaire ?
-Utilise les radiations UV polarisées pour detecter les molecules ou structures chirales mais aussi les arrangement de celles ci
-detecter le % de strcuture secondaire dans une proteine
-suivre le repliement d'une proteine en fonction de la temperature
-permet d'étudier rapidement les
protéines en faisant varier les conditions
107
Quelles sont les deux types de lumieres polarisées et laquelle est utilisée pour le dichroisme?
lineaire et circulaire*
108
Comment le dichroïsme detecte les structures chirales ?
Les molecules chirales absorbent differement la lumiere polarisee circulaire droite ou circulaire gauche et cette mesure de difference permet la detection de structures
109
A quoi sert le tag pour la fluorescence ?
Voir la localisation de biomolecules dans une cellule
110
A quoi servent les mesures hydrodynamiques?
Groupe de méthodes permettant de mesurer la grosseur et la forme des
protéines, l'état oligomérique, l'état de complexes
111
Quelle est la distance entre deux carbones alpha selon la RMSD?
2,1 A
112
Quelles sont les etapes pour determiner une structure en RMN?
1) preparer echantillon en remplacant les atomes par ceux radioactifs (etape tres longue et compliqué par on veut une solution tres concentré)
2)Exposer l'echantillon a de forts champs magnetiques et enregistrer plusieurs spectres en differentes dimensions
3) faire des analyses semi-automatique pour attribuer les differents deplacement chimiques
4) obtenir des contraintes structurales
5)generer une structures qui satisfait les contraintes structurales
113
Pourquoi un spin de 1/2 est plus utile que 1?
1/2 a deux etats alors que 1 en a 3
114
Quelle est l'utilité de la transformé de fourrier ?
elle permet de convertir l'amplitude en fonction du temps en amplitude en fonction de la fréquence
115
Quelle est l'utilité de la RMN 1D et sa limite?
acceptable pour des petites molécules mais le chevauvement des pics est limitant
116
Quelle est l'utilité de la RMN 2D et sa limite?
proteines <8kDA sinon chevauchement
117
Comment se fait l'attribution des deplacement chimiques en RMN?
methodes HNCO et HNCACO avec comparaison du HN a son propre carbonyle ou au carbonyle de l'autre résidu
118
Est-ce que la liaison d'un ligand modifie le deplacement chimique en RMN?
Oui car cela change l'environnement
119
Quells sont les données qui definissent les les contraintes structurales en RMN?
-Les effet NOE qui depend de la distance entre les atomes
-la constante de J couplage qui permettra aussi de mesurer l'angle dièdre
-Le deplacement chimique, les ponts H et l'orientation de vecteur
120
En RMN est-il possible de calculer une structure desordonné?
Oui
121
Quelles sont les limites de la RMN?
- proteines de max 300 aa
- chevauchement des pics
-elargissement des raies pour les tres grosse proteines
122
Quelle est la composante principale d'un instrument RMN et quelles sont ses composantes?
C'est l'aimant composé de:
-bobine supra conductrice
-Helium a -269
-Azote liquide -196
-sonde
-tubes a echantillon a temperature voulue
-bobine emettrice
123
Pourquoi la christallographie a rayon X?
Car c'est une technique pour reveler la structure 3D de molecules au niveau atomique
124
