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Écologie microbienne > Examen 1 > Flashcards

Examen 1 Flashcards

1
Q

Définir l’autoécologie (écophysiologie).

A

Une espèce vivante avec son environnement. (conditions de subsistance et de vie idéale, les capacités de survie et de résistance, ses habitudes alimentaires, etc.)

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2
Q

Définir la dynamique des populations (démoécologie).

A

Étude de l’évolution et de la structure des populations dans l’espace et dans le temps.

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3
Q

Définir synécologie.

A

Étude des rapports entre les diverses espèces d’un même ensemble. C’est l’étude des écosystèmes.

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4
Q

Définir biocénose.

A

Désigne la totalité des êtres vivants qui sont présents dans un écosystème donné. Le terme “communauté” est aussi employé.

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5
Q

Définir biodiversité.

A

Désigne la richesse des espèces vivantes qui peuplent la biosphère dans son ensemble ou dans un écosystème en particulier.

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6
Q

Définir biosphère.

A

Définit la région de la planète dans laquelle la vie est possible en permanence et qui renferme des êtres vivants. Se divise en 3 compartiments : lithosphère, hydrosphère et atmosphère.

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7
Q

Définir biotope.

A

Composante d’un écosystème constitué par ses dimensions physico-chimiques et spatiales.

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8
Q

Définir chaîne alimentaire

A

Terme désignant les relations trophiques qui unissent les organismes de niveau trophique différent à l’intérieur d’une même communauté (chaîne trophique).

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9
Q

Définir cycles biogéochimiques

A

Processus qui caractérise la transformation de la matière et la circulation des éléments dans les écosystèmes et entre les divers compartiments de la biosphère.

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10
Q

Définir facteurs abiotiques.

A

Désigne les facteurs écologiques de nature physico-chimique, dons indépendants des êtres vivants (paramètre non biologiques. Ex : température et hygrométrie.

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11
Q

Définir facteurs biotiques

A

Ensemble des facteurs écologiques liés aux êtres vivnats : compétition, prédation, parasitisme, mutualisme par exemple.

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12
Q

Définir habitat.

A

Lieu où vit l’espèce et son environnement immédiat à la fois abiotique et biotique.

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13
Q

Définir niche écologique.

A

L’ensemble des paramètres qui caractérisent les exigences écologiques (climatiques, alimentaires, reproductives, etc.) propres à une espèce vivante et qui la différencie des espèces voisines d’un même peuplement. C’est la fonction d’une espèce dans un écosystème, sa profession

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14
Q

Définir pollution.

A

Modification défavorable du milieu naturel causée directement ou indirectement par l’action humaine en causant des altérations de divers types.

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15
Q

Définir population.

A

Ensemble des individus appartenant à une même espèce et occupant une même fraction de biotope et qui échangent librement entre eux leurs gènes dans les processus reproductifs

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16
Q

Définir l’écologie microbienne.

A

Étude des microorganismes dans leur environnement

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17
Q

Définir la microbiologie de l’environnement et donner des exemples.

A
  • S’intéresse aux processus microbiens globaux (et non au microorganismes comme tels).
    Ex : Traitement des déchets, fertilisation des sols, récupération des métaux, contrôle des insectes, production d’aliments.
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18
Q

Durant la Terre primitive, que contenait les océans (chimie) ?

A

H2S, Fe2+, métaux lourd

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19
Q

En quoi consiste l’expérience de Miller ?

A

Reproduire les conditions de la Terre primitive. En mimant les gaz présents dans l’atmosphère à ce moment, on veut synthétiser les 22 acides aminés, des biomolécules et des polymères.

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20
Q

Pourquoi l’ARN serait le dernier ancêtre commun ?

A

L’ARN est : thermorésistant, autoréplication, activité catalytique, compatible avec environnement fer/soufre

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21
Q

Nommez deux avantages de l’encapsulation (membrane).

A
  • Protection physique

- Rétention et concentration de composés et de macromolécules.

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22
Q

Qui suis-je?

Bactérie phototrophe filamenteuse anoxigénique qui emprisonnent les sédiments

A

Stromatolites

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23
Q

Qu’est-ce que la panspermie ?

A

Selon cette théorie, la vie sur Terre serait venue d’ailleurs (extrémophiles).

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24
Q

Vrai ou faux.

La source d’énergie primitive serait le H2 provenant de la réaction entre le FeS et le H2S.

A

Vrai

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25
Q

Qu’est ce qui a permit d’avoir de l’oxygène dans l’atmosphère ?

A

L’oxygène produit par les cyanobactéries provenant de la photosynthèse oxygénique. Ils utilisaient le H2O plus abondant au lieu du H2.

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26
Q

Nommez deux conséquences de l’oxygène dans l’atmosphère.

A
  • Métabolisme basé sur l’oxygène beaucoup plus performant ce qui amène une prolifération des espèces et de leur nombre.
  • Amène l’apparition de la couche d’ozone ce qui a permis l’apparition de la vie sur la surface de la Terre.
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27
Q

Qu’est-ce qui est différent entre l’écologie microbienne et la microbiologie de l’environnement ?

A

Microbiologie de l’environnement ne s’intéresse pas directement aux microorganismes comme tels ni à leur place dans l’environnement. Elle s’intéresse aux processus microbiens globaux.

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28
Q

Qu’est-ce que le principe d’incertitude d’Heisenberg ?

A

À l’échelle microscopique, l’action de mesurer un objet affecte l’objet et peut même le modifier.

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29
Q

Vrai ou faux.

L’analyse faite sur un échantillon peut être généralisée à l’environnement.

A

Faux.

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30
Q

Vrai ou faux.
L’échantillonnage, les manipulations et les mesures n’introduisent pas tous des biais lors de l’interprétation des résultats.

A

Faux.

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31
Q

Vrai ou faux.
Lorsqu’on atteint un plateau, on atteint le max d’espèces avec la méthode utilisée. On a pas tous les espèces dans l’environnement.

A

Vrai.

32
Q

Pour avoir des résultats fiables, on veut qu’ils soient entre :

a) LID (limite instrumentale de détection
b) LDM (limite de détection de la méthode)
c) LQM (limite de quantification de la méthode)
d) LL (limite de linéarité)

A

entre c) et d)

33
Q

Que permet l’analyse de l’environnement (2) ?

A
  • Permet une évaluation globale de l’activité d’une communauté microbienne donnée.
  • Permet la conception de milieu d’enrichissement.
34
Q

Quel antibiotique prometteur a été trouvé avec iShips et comment agit-il ?

A

Teixobactin : efficace contre les bactéries Gram+ et les mycobactéries. Il se lie à deux précurseurs de la paroi cellulaire (peptidoglycane et teichoic acid).
- Incapable de générer des bactéries résistantes à cet antibiotique.

35
Q

Nommez une solution alternative aux microorganismes non cultivables.

A

Étude de l’ADN.

36
Q

Nommez trois limites à la microscopie.

A

1- limite de résolution (petite bactérie)
2- difficulté à distinguer (mort-vivant/cell.-matière)
3- Pas d’évaluation de la diversité

37
Q

Nommez des paramètres pouvant influencer l’hybridation d’une amorce/sonde (4).

A
  • Son niveau de similarité avec la cible
  • les concentrations en ions
  • température
  • type de fixation de l’échantillon
38
Q

Vrai ou faux.

Avec la méthode FISH, il n’est pas nécessaire de connaître la séquence de l’ARNr 16S.

A

Faux.

39
Q

Définir ectosymbiote et endosymbiote.

A

ce sont deux type de contact (ne définit pas la nature de l’interaction.

  • Ectosymbiote : interaction entre deux microorganismes
  • endosymbiote : organisme vivant à l’intérieur d’un autre.
40
Q

Quel est la différence entre une relation positive et une relation négative?

A
  • Relation positive : permet l’optimisation des ressources
  • Relation négative : permet le contrôle de l’utilisation des ressources disponibles en régulant les densités de populations.
41
Q

Complétez.

  • Interaction positive intra-population = _____.
  • Interaction négative intra-population = _____.
A
  • Interaction positive intra-population = coopération.

- Interaction négative intra-population = compétition.

42
Q

Définir le neutraliste.

A
  • Phénomène rare (voire purement théorique)
  • Pas d’interaction (faible densité de population, environnement à faible croissance, microorganismes en dormance (spores))
43
Q

Définir le mutualisme.

A 
Synonyme : symbiose
- relation mutuelle obligatoire
- très spécifique
- dépendant de l'autre pour vivre
- résultat d'une longue co-évolution
Ex : Lichens (algue ou cyanobactérie + champignon), Thermite mange le bois mais le digère pas.
44
Q

Vrai ou faux.

Certains organismes perdent des gènes car ils vivent en symbiose.

A

Vrai.

45
Q

Définir la protocoopération.

A

Synonyme : synergisme

  • relation mutuelle positive mais pas obligatoire.
  • Peu spécifique (peu importe le cuisinier c’est la bouffe qui est importante)
  • viable sans l’interactions
46
Q

Qu’est-ce que le synthophisme (cross-feeding) ?

A

Association de microorganismes dans laquelle la croissance des microorganismes dépend ou est améliorée par les nutriments, facteurs de croissance ou substrats fournis par les autres microorganismes.
Ex : E. coli produit de la putrescine à cause de l’ornithine produit par un autre organisme.

47
Q

Définir le commensalisme.

A
  • Profite de l’autre sans lui nuire.
  • habituellement pas obligatoire
  • peu spécifique
48
Q

Le commensalisme survient si une population : ______.

A
  • modifie un environnement avantageusement pour une autre population ou produit un facteur de croissance utilisé par un autre organisme.
    Ex : E. coli (ana. facultatif) aide Bactérioides (ana strict) / Flavobacterium brens produit cysteine pour L. pneumophila.
  • permet un changement d’état de la matière (insoluble=soluble)
  • Permet l’élimination d’un produit toxique
  • devient l’habitat d’un autre espèce (colonisation du corps humain)
49
Q

Définir le cométabolisme (fait partie du commensalisme).

A

Transformation d’un composé organique par un microorganisme qui est incapable de l’utiliser comme substrat pour produire de l’énergie ou pour l’utiliser comme éléments de constitution.
Ex : Mycobacterium transforme un métabolite qui ne lui est pas utile, mais est utile à quelqu’un d’autre.

50
Q

Définir la compétition.

A
  • Interaction négative entre deux population ou plus
51
Q

Qu’est-ce que le principe d’exclusion compétitive ?

A
  • implique deux populations métaboliquement similaires voulant occuper le même espace
  • une population gagne, l’autre est exclue.
  • la vitesse de croissance élevée est un net avantage pour gagner la compétition.
52
Q

Qu’est-ce que la co-existence ?

A
  • Possible lorsque plusieurs facteurs impliqués dans la compétition sont limitants.
    Ex : A. formosa a besoin de moins de PO4, tandis que C. meneghiniana a besoin de moins de SiO2. Lorsque les deux gaz deviennent limitant, les deux peuvent co-exister.
53
Q

Définir la prédation.

A
  • Interaction de courte durée

- le prédateur mange et digère la proie.

54
Q

Vrai ou faux.

Les rencontres prédateurs-proies peuvent ne pas être au hasard.

A

Vrai (la chasse)

55
Q

Définir le parasitisme.

A

Le parasite se nourrit des ressources de l’hôte.
- long contact (physique ou métabolique)
- très spécifique
Ex : des Amibes et L. pneumophila.

56
Q

Complétez.

L’hyperparasite est un ____ d’un ____.

A

L’hyperparasite est un parasite d’un parasite.

57
Q

Complétez.

Le ____ et le ____ sont plus importants à forte densité et diminuent à faible densité.

A

Le parasitisme et la prédation.

58
Q

De quelles façons le parasitisme et la prédation permettent le contrôle des populations (3) ?

A
  • impliquent la notion de feedback négatif
  • permettent de préserver les ressources du milieu
  • augmentent le recyclage de la matière
59
Q

Définir l’amensalisme.

A
  • Microorganismes produisant une substance toxique (avantage compétitif).
  • composés possiblement impliqués : Acides organique (lactique, acétique), O2, Alcool, ammoniaque, antibiotique, bactériocine
60
Q

Nommez les deux avantages de l’amensalisme dans un environnement.

A
  • Peut prévenir la colonisation d’un habitat par un second organisme (production acide dans le conduit vaginal)
  • permet de préserver les ressources d’un habitat.
61
Q

Comment les bactériocines agissent-ils ?

A
  • gènes présents généralement sur plasmides ou transposons
  • peptides et protéines de bas poids moléculaires
  • s’insère dans la membrane d’autre microorganismes –> lyse et mort
  • agissent sur microorganismes apparentés au producteur
  • action à spectre très restreint.
62
Q

Vrai ou faux.

Les microorganismes ont souvent des interactions non complexes.

A

Faux.

63
Q

Qu’est-ce qu’un guilde ?

A

Ensemble de populations (de microorganismes) métaboliquement apparentés

64
Q

La structure d’une communauté dépend de quoi ? (2)

A
  • conditions environnementales (température, pH entre 5 et 9, pression osmotique, O2)
  • Ressources disponibles ( nutriments…)
65
Q

Complétez. La ____ doit être occupée pour maintenir la _____ de la _____.

A

La niche doit être occupée pour maintenir la stabilité de la communauté.

66
Q

Complétez. Le nombre de niche détermine la _____ .

A

Le nombre de niche détermine la diversité.

67
Q

Qu’est-ce que le climax ?

A

Stade ultime et à l’équilibre d’une succession évolutive de communautés dans un milieu donné

68
Q

Qu’est-ce qu’une succession primaire ?

A
  • succession de communauté dans un environnement initialement vierge (non colonisé)
    Ex : tube digestif d’un nouveau né
    roches volcaniques nouvellement formées
    nouvelle plomberie d’une maison
69
Q

Qu’est-ce qu’une succession secondaire ?

A
  • succession de communauté dans un environnement déjà occupé, mais qui a subi un évènement catastrophique
    Ex : recolonisation du tube digestif après un traitement aux antibiotiques / la peau après une douche ou un bain / cuir chevelu après un shampoing.
70
Q

Qu’est-ce qu’une succession autogénique ?

A
  • Succession provoquée par l’action des organismes sur l’habitat (organismes provoquent eux-même la succession)
    Ex : ana facultatif aide ana stricte / formation d’un biofilm
71
Q

Qu’est-ce qu’une succession allogénique ?

A
  • Succession provoqué par des modifications de l’habitat par des facteurs environnementaux.
    Ex : saisons
72
Q

Qu’est-ce qu’une succession autotrophique ?

A
  • Production de matière organique plus grande que le taux de respiration
  • accumulation de matière
73
Q

Qu’est-ce qu’une succession hétérotrophique ?

A

production de matière est plus petite que le taux de respiration
- utilisation, consommation de la matière (ne produit pas de matière)
Ex : composte

74
Q

Décrivez un organisme de type R.

A
  • grande capacité de reproduction et de croissance
  • souvent colonisateur initial
  • reproduction efficace à faible densité de population
  • dominant si ressources illimitées
  • subissent variations extrême de population
  • souvent membre transitoire d’une communauté
75
Q

Décrivez un organisme de type K.

A
  • taux de reproduction faible
  • adapté à l’environnement
  • utilisation optimal des ressources
  • efficace dans un environnement limité en ressources
  • membre plus stable et permanent d’une communauté.
76
Q

Vrai ou faux.

Les microorganismes de type K sont seulement visible à l’échelle macro.

A

Faux. À l’échelle macro, tous les microorganismes sont des types r.

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