F3 - Proteinevolution, Proteomanalyser (Massespektrometri) Flashcards Preview

Proteinkemititis molbo edition 2k20 > F3 - Proteinevolution, Proteomanalyser (Massespektrometri) > Flashcards

Flashcards in F3 - Proteinevolution, Proteomanalyser (Massespektrometri) Deck (20)
Loading flashcards...
1
Q

Hvad er proteinevolution?

A

En undren over hvorfor organismer har udviklet sig over tid. Evolution er en måde at forklare ændringer i genomet på for forskellige genomer. Ønsker at forklare ændringsmønstreret. Evolution kan bestemmes fra molekulære data.

2
Q

Hvad er proteomics(eller bare omics)?

A

Et storskala studie af proteiner eller proteomanalyse. Proteiner har en vital del af alle levende organimser. Bestemmer proteinniveau og funktion.

3
Q

Hvad kan proteomics sige noget om?

A

Evolutionære sammenhænge og benyttes til at forudsige et proteins funktion.

4
Q

Hvilke metoder benyttes til at undersøge funktionelle genomics? og hvilke datasæt kommer ud?

A

fx. DNA-microarrays, DNA i syntetisk genetik –> Datasæt: fx. Celluær fænotypisk ekspression.

5
Q

Hvad bestemmer genomics?

A

bestemmer hele DNA-sekvensen. Bestemmer funktion af proteomet.

6
Q

Hvad er et proteom?

A

Proteom = protein + genom.

7
Q

Hvilke analytiske metoder bruges til at undersøge proteomics? og hvilke datasæt kommer ud?

A

fx. Massespektroskopi, Proteinarrays og GFP + FRET. —> Datasæt fx: Absorbans, fluorescens.

8
Q

Hvad kan datasættene for de analytiske metoder sige noget om?

A

Et organisk system i fx. mennesket eller i en banaflue.

9
Q

Ved at analysere primærstrukturer i proteiner hvilke fem ting kan vi sige noget om?

A
  1. Proteinfamilier. 2. Cellulær lokalisering, 3. modifikationer, 4. interaktioner, 5. teritærstruktur
    = Ved lav grad af simmilaritet på disse parametre viser det noget om den evolutionære sammenhæng.
10
Q

Hvis vi kigger/regulerer på atom-niveau hvad kan der så ske? (fire punkter)

A
  1. Ændring i gensekvens. 2. Ændring i aminosyresekvens eller genekspression. 3. Ændring i proteinfunktion eller -struktur. 4. Ændring i selektiv fordel eller ulempe.
11
Q

Hvordan kan vi afkode en DNA-sekvens?

A

Ved at kigge på DNAets nukleotider. Tre nukleotider i DNA koder for én specifik aminosyre.
Fx CAG = Glutamin. TAT = Tyrosin.

12
Q

Hvad betyder det at sekvenser/proteiner er homologe?

A

HELT samme oprindelse. (Proteiner og sekvenser udviser ofte similaritet, men er ofte IKKE homologe)

13
Q

Hvad betyder det at sekvenser/proteiner er ortologe?

A

Homologer i forskellige arter der er afledt fra samme stamprotein(gen)

14
Q

Hvad betyder det at sekvenser/proteiner er paraloge?

A

Homologer i samme art der er afledt ved genduplikation.

15
Q

Kan sekvenser kun være enten homologe, ortologe eller paraloge?

A

Nej, kan både være paraloge + homologe eller ortologe + homologe.

16
Q

Hvad er et fylogenetisk træ?

A

Viser den molekylære afstand mellem bestemt gener/sekvener.

17
Q

Hvilke analysemetoder bruger vi ved proteomanalyser?

A

2D gelelektroforese, SDS-page(molekylevægt), Isoelektrisk fokusering, massepektroskopi(MALDI-TOF, ESI-MS og Tandem MS)

18
Q

Hvad er massespektroskopi begrænset til?

A

Begrænset til at måle massen/molekylevægt af små prøver via lys.

19
Q

Hvad viser MALDI TOF? Og hvilken formel bruges til masseudregning?

A

Masse/ladnings-forholdet.
m/z=(M+nX)/nX, hvor n er antallet af påsat ladning (hermed antal protoner) og X er massen er den påsatte ladning (for protoner altid 1).

20
Q

Hvad kan omics bruges til? (Hvad er det blevet brugt til at fortælle noget om evolutionen)

A

Identificerer ubiquitineringsites (Via ubiquitinylering) og fosforyleringsubstrater i insulinssignalvej.