Fasta & BLast

Question 1

Fasta

Answer 1

First sequence searching algorithm for comparing a query sequence against a database

Question 2

Blasta

Answer 2

• Basis Local Alignment Search Technique
• improvement of FASTA :

a) Search speed
b) ease of use
c) statistical rigor

Question 3

Fasta and Blast : The Basis idea ….

Answer 3

a good alignment contains subsequences of absolute identy (short lengths of exact matches)

Question 4

Blast is

Answer 4

• good to compare small single sequences to an entire database
• better than Fasta
• more user-friendly

Question 5

Welche Aussagen zum FASTA-Algorithmus sind korrekt?

Answer 5

a. Ist eine Heuristik

b. Arbeitet mit kurzen Alignment Seeds

Question 6

Welche Aussagen zum BLAST(2)-Algorithmus sind korrekt?

Answer 6

a. Ist eine Heuristik
b. Filtert Seed-Words über einen Score
c. Kann Seed-Hits kombinieren

Question 7

Bei einer Datenbanksuche mit BLAST erhält man E- und P-values. Welche Aussagen sind richtig?

Answer 7

a. P-Value und E-Value sind aneinander gekoppelt
b. E-values ändern sich wenn sich die Datenbankgröße
ändert
c. Der E-value ist immer größer als der P-value
d. Je kleiner der E-value, desto signifikanter der Hit

Question 8

Sie haben die Proteinsequenz eines biologisch relevanten Peptids isoliert. Welche BLAST-Variante würden sie benutzen um die dazugehörige genomische Sequenz aufzufinden?

Answer 8

TBLASTN

Question 9

BLASTN

Answer 9

compares a DNA query sequence to a DNA sequence database

Question 10

BLASTP

Answer 10

compares a protein query sequence to a protein sequence database

Question 11

TBLASTN

Answer 11

compares a protein query sequence to a DNA sequence database (6 frames translation)

Question 12

BLASTX

Answer 12

compares a DNA query sequence (6 frames translation) to a protein sequence database

Question 13

TBLASTX

Answer 13

compares a DNA query sequence (6 frames translation) to a DNA sequence database (6 frames translation)