Final Flashcards
1
Q
Quelles sont les objectifs des techniques biologiques ?
A
Extraire, enrichir, purifier, quantifier.
2
Q
Donner des exemples pourquoi l’on devrait conserver l’intégrité des composants ?
A
1) Garder la strucutre d’une enzyme pour faire son analyse fonctionnelle par la suite.
2) Garder la strucutre du protéine pour faire son analyse strucuturale.
3
Q
Quelles sont les paramètres de la purification ?
A
Taille, solubilité, charge, densité, marqueur ajouté.
4
Q
Pour garder l’intégrité du matériel que peut-on faire ?
A
-Travailler un système tampon
-Travailler sur glace ou froid
-Travailler avec des inhibiteurs de protéases (ex: EDTA)
-Travailler dans un milieu sans RNase et ADNase
5
Q
Nomme des méthodes d’extraction.
A
Mécanique
Osmotique
Ultrasons
Gel-dégel
6
Q
Qu’est-ce qu’un détergent ?
A
Composé amphiphile. Ils peuvent s’insérer à l’interface eau-lipide et détacher les graisses d’une surface.
7
Q
Quelles sont les caractéristiques du SDS et Triton X-100 ?
A
SDS: dénature protéines + détergent ionique
Triton X-100: détergent non-ionique
7
Q
Qu’est-ce que la concentration micellaire critique ?
A
Elle correspond à la concentration du tensioactif pour lequel, les micelles se forment spontanément.
8
Q
Comment peut-on extraire le contenu du cellule par choc osmotique ?
A
On plonge la cellule dans un milieu hypotonique. L’eau entre dans la cellule par osmolarité. La cellule gonfle et perce.
9
Q
Quel est l’un des désavantages de la sonication ?
A
Le sonicateur génère beaucoup de chaleur.
10
Q
Quel est le principe de la dialyse ?
A
Procédé de séparation par membrane semi-perméable des molécules et des ions en solution jusqu’à l’atteinte de l’équilibre.
11
Q
Quelles sont les force utilisées pour la séparation à travers une membrane semi-perméable.
A
-Gradient de pression
-Gradient de potentiel électrique
-Gradient de concentration
12
Q
Pourquoi utilise-on la dialyse
A
-Pour le retrait de contaminant
-Modification du pH
-Concentration des protéines
-Ajouter des solutés diffusibles
13
Q
Qu’est-ce que l’ultrafiltration ?
A
On fait une surpression ou depression au-dessus de l’un des compartiments et on force le mouvement de l’eau ET des solutés
14
Q
Qu’est-ce que l’osmose inverse ?
A
On exerce une pression sur le compartiment concentrée et l’on force le mouvement de l’EAU.
15
Q
Qu’est-ce que le principe de la centrifugation ?
A
Une particule, un organite cellulaire qui est soumis à une force de centrifugation quand le tube est tourné à une certaine vitesse.
16
Q
Quels sont les deux unités avec lesquels on exprime la vitesse de centrifugation et leurs définitions ?
A
-g: force de centrifugation relative (peu importe le rotor)
-rpm: révolution par minute (en fonction de l’axe de rotation, rotor, modèle de centrifugeuse)
17
Q
Quelles sont les deux forces qui s’opposent lors de la centrifugation ?
A
-g
-f: force de flottaison; selon la densité/solubilité
18
Q
Qu’est-ce que la centrifugation différentielle ?
A
-Séparation selon la taille des particules
-Molécules les plus grosses sédimentent avant les plus petites
19
Q
Qu’est-ce que l’on paramètre lors de la centrifugation ?
A
-Vitesse
-Temps
20
Q
Comment procède-t-on pour séparer plusieurs composants d’un homogénat cellulaire ?
A
En faisait un série de centrifugation en augmentant la force de centrifugation à chaque fois et récupérer un composant à chaque fois.
21
Q
Quel est l’ordre de sédimentation lors d’une centrifugation différentielle.
A
Noyaux, mitochondries, microsomes. Du plus lourd au plus léger.
22
Q
Quelles sont les caractéristiques d’une centrifugation zonale sur coussin ?
A
-Elle est formé de dépôts successifs de densité croissante.
-Basée sur la taille et la masse.
23
Q
Quelles sont les caractéristiques d’une centrifugation zonale sur gradient continu ?
A
-Utilisée pour de fins analytiques
Déterminer la masse
-Pas l’atteinte de l’équilibre-ralentir la sédimentation
24
Quelles sont les caractéristiques d'une centrifugation isopycnique ?
-Centrifugation dans un gradient de densité continu
-Centrifugation jusqu'à l'équilibre
-Déterminer la densité
-Molécule se stabilise à densité de flottaison
25
À quoi sert d'utiliser un gradient de chlorure de césium
Le Césium se lie au molécules de densité apparentes et permet de les différencier. Ex: ADN, ARN, protéines.
26
Comment fonctionne la précipitation des protéines au sulfate d'ammonium ?
En modifiant la force ionique de la solution (avec le sulfate d'ammonium) et fait un effet sur la solubilité des protéines en solution et fait un phénomène de saltin-out.
27
Quels sont les effets d'un force ionique élevée ?
-Neutraliser les charges ionique nécessaire à la solubilité
-Compétionner avec les protéines pour les molécules d'eau disponibles en solution.
28
Qu'est-ce que le salting-in ?
-Augmentation de la solubilité d'une protéine par faible concentration de sels.
-Ions interagissent avec les protéines -> augmentent la répulsion entre les protéines
-Ions hydrophiles permettent d'augmenter les intéractions avec le solvant aqueux
29
Qu'est-ce que la chromatographie ?
-Ensemble de méthodes de séparation des constituants d'un mélange en connaîssant une caractéristique d'un constituant en utlisant deux phases non miscibles.
Pour analyse, préparation, industrie.
30
Quelles sont les caractéristiques de la phase stationnaire ?
Elle est immobile et elle a une grande affinité pour les divers solutés.
31
Quelles sont les caractéristiques de la phase mobile ?
Elle entraîne les divers solutés.
32
La séparation des composants entraînés par la phase mobile résulte de 2 phénomènes, lesquels ?
-Adsorption/désorption
-Solubilité
33
Généralement, les composants qui migrent le plus loin ont plus d'affinité avec la phase stationnaire ou la phase mobile ?
La phase mobile.
34
Comment classifie-t-on les chromatographies ?
-État de phases
-Principe d'intéractions
-Mode d'immobilisation de la phase stationnaire
-Modalités de migration de la phase mobile.
35
Qu'est-ce qu'une chromatographie en phase liquide ?
La phase mobile est liquide, et la phase stationnaire est liquide ou solide.
36
Qu'est-ce qu'une chromatographie en phase gazeuse ?
La phase mobile est gazeuse et la phase stationnaire est liquide ou solide.
37
Quelles sont les principes des intéractions entre le soluté et la phase stationnaire ?
-Adsorption
-Partage
-Échanges d'ions
-Gel filtration
-Intéractions biospécifiques
-Intéractions hydrophobes
-Chélation
38
Comment sont les 2 manières comment on peut immobiliser la phase stationnaire ?
-Surface plane
-Colonne
39
Quelles sont les modalités de migration de la phase mobile ?
-Par élution
-Par déplacement
40
Qu'est-ce que représente l'aire sous la courbe d'un graphique de chromatographie ?
Le nombre de molécules.Q
41
Quelles sont les caractéristiques des adsorbants ?
Ils doivent être insolubles dans le solvant et chimique inerte.
42
Quels sont les applications de la CCM ?
-Elle permet de faire un contrôle de la pureté d'un composé organique.
-Elle permet de trouver le meilleur solvant pour un prochain test.
43
Quels sont les synonymes de la chromatographie par gel-filtration ?
-Tamis moléculaire
-Tamisage moléculaire
-Chromatographie d'exclusion
44
Comme sont séparés les molécules dans un gel-filtration ?
Par la taille et la conformation à travers un tamis moléculaire.
45
Dans le domaine de fractionnement d'un gel-filtration, comment diffusent les molécules ?
Inversement proportionnel à leur masse.
Correspond à la zone de séparation.
Retarder par leurs diffusions dans les billes
46
Comment se nomme la limite supérieure à la zone de séparation d'un gel-filtration ?
La limite d'exclusion. Molécules plus grosse font parties du volume mort.
47
Est-ce que l'on dénature les molécules dans un gel-filtration ? Se lient-elles au gel ?
Non, pas de conditions dénaturantes. Non plus, pas de liaison ?
48
Quel recours prend la chromatographie d'affinité ?
L'affinité de divers molécules. Importance qu'il puisse avoir une liaison réversible.
49
Comment fait-on pour détacher la phase solide (désorption) dans une chromatographie d'affinité ?
-pH
-Température
-Récepteur avec encore plus d'affinité
50
Quelles sont les caractéristiques de la chromatographie d'interactions hydrophobes.
-Salting-out (haute force ionique)
-Phase stationnaire avec groupements hydrophobes
-S'associer à la matrice
51
Sur quoi s'immobilise les protéines sur une chromatographie d'affinité d'immobilisation ?
Un atome métallique comme le nickel et le cobalt
52
Quelles sont les caractéristiques des protéines lors d'une IMAC ?
-Même taille
-Même point isoélectrique
53
Comment se lient les solutés dans une chromatographie d'échangeuses d'ions
-Le soluté se lie par liaison ionique
54
Qu'est-ce que contient la phase stationnaire de la chromatographie d'échangeuses d'ions ?
Des macromolécules échangeuses d'ions.
55
Qu'est-ce que contient la phase mobile de la chromatographie d'échangeuses d'ions ?
Les solutés et un tampon de pH.
56
Comment nomme-t-on une chromatographie d'échangeuses d'ions ayant une résine avec des ions positifs.
Une chromatographie d'échangeuses d'anions.
57
Comment nomme-t-on une chromatographie d'échangeuses d'ions ayant une résine avec des ions négatifs.
Une chromatographie d'échangeuses de cations.
58
Comment fait-on pour faire décrocher des molécules sur une chromatographie d'échangeuses d'ions ?
En faisant varier le pH => la force ionique.
59
Que veut-dire l'acronyme HPLC ?
High performance liquid chromatography
60
Sur quoi est basé le HPLC ?
Sur le partage de l'analyte entre une phase mobile et une phase stationnaire solide finement divisée.
61
Quels sont les types de HPLC ?
-D'échangeuses d'ions
-D'exclusion
-De partage
-D'affinité
62
Quels sont les phases stationnaire possibles pour un HPLC ?
-Gel de silice
-Phase inverse
63
Quels sont les 2 gradient d'élution possibles pour un HPLC ?
-Isocratique; composition fixe
-Par gradient; composition variable
64
Quels sont les détecteurs possibles pour un HPLC ?
-Détecteur UV-visble
-Détecteur de fluorométrie
-Réfractomètre
-Électrochimie
-Conductivité ou polarité
-Spectrométrie de masse
-Spectrométrie par infrarouge
65
Pour quels échantillions utilise-t-on une chromatographie en phase gazeuse.
-Échantillons gazeux
-Possibilité de vaporisation sans décomposition
66
Dans une chromatographie en phase gazeuse, qu'elle est la phase de la phase mobile ?
Gazeuse
67
Quel est le nom de la chromatographie lors d'une CPG avec un liquide comme phase stationnaire ?
Chromatographie de partage
68
À quoi correspond le spectre du visible ?
400nm à 800nm
69
Quels sont les principes des méthodes spectroscopiques ?
Lorsqu'une lumière incidente traverse une solution, une partie de la lumière est absorbée et le reste est transmis (intensité inférieure à la lumière incidente)
70
Est-ce qu'une absorbance peut-être négative ?
Non, elle est toujours positive et sans unité.
71
Qu'est-ce que nous indique la loi de Beer-Lambert ?
Que l'absorbance est proportionnel à la concentration si la solution ne contient qu'une seule espèce ?
72
Est-ce que l'on peut quantifier des protéines et des acides aminés avec la spectrophotométrie ?
Oui.
73
Peut-on avoir de l'information sur la conformation d'une protéine grâce à la spectrophotométrie ?
Oui.
74
Qu'est-ce que l'on excite lors de spectrophotométrie de protéines ?
Les groupements amines aromatiques et les liens peptidiques ?
75
À quelle longueur d'onde mesure-t-on des protéines ?
280 nm
76
Une absorbance à 280 nm est proportionnelle à quoi ?
-La quantité d'acides aminés aromatiques
-La concentration d'une protéine en solution
77
Quel est le principe de la méthode de Biuret ?
Des ions Cu2+ se lient aux atomes d'azote de la protéine dans des conditions alcalines.
78
Quels sont les méthodes colorimétriques ?
-Biuret
-Lowry
-Bradford
79
Quel est le principe de la méthode de Lowry ?
Les réactions de la méthode de Biuret avec une deuxième réaction de rédox.
80
Quel est le principe de la méthode Bradford ?
Ajout de bleu de Coomassie à pH acide et liason par des intéractions non-covalentes.
81
Qu'est-ce qui absorbe le plus entre le un ADN simple brin ou un ADN double brin ?
Simple brin, digéré par des enzymes.
82
À quelle longueur d'onde mesure-t-on des acides nucléiques ?
260 nm.
83
Vrai ou Faux ? L'ARN et l'ADN se mesurent à la même longueur d'onde.
Vrai. Cela cause des problèmes lors de l'interprétation des données.
84
Qu'est-ce qui interfèrent dans la quantification des acides nucléiques ?
Les protéines. C'est pourquoi on fait le rapport A260/A280.
85
Quels sont les principes à respecter lors du dosage UV des protéines ?
-Détermination de la concentration dans la région linéaire d'une courbe d'étalonnage.
-La quantification d'un mélange de différentes protéines est difficile
-Absorbance à 280 nm
-Sensibilité de 100 microgrammes/1 millilitres
86
Quand utilise-t-on des méthodes colorimétriques ?
Lors de la détection des protéines en spectroscopie visible.
87
Quels sont les points clés de la spectroscopie à UV et visible ?
-Cartes de états énergétiques d'un composé
-Spectre unique
-Spectre=signature moléculaire
-Pour qualitatif ou quantitatif (Beer-Lambert)
88
Qu'est-ce que la fluorescence ?
C'est un processus d'émission dans lequel des molécules sont excités et émettent directement un photon.
88
Qu'est-ce que l'on recherche dans un composé pour la spectrofluorométrie ?
Un composé contenant des noyaux aromatiques.
89
Que fait-on pour visualiser de l'ADN avec la fluorescence ?
-On lit un fluorophoe à l'ADN
-Liaison proportionnelle à l'ADN
-Beer-Lambert => Quantification
90
Quels sont les facteurs influençant l'absorption ou l'émission ?
-pH
-Température
-Solvants/tampons
-Concentration du produit à doser
91
Qu'est-ce que la phosphorescence ?
Une molécule qui absorbe une lumière émise pour réemmttre une lumière phosphorescente LENTEMENT.
92
Qu'est-ce que la chimiluminescence ?
Des molécules portées à un certain état d'excitation émette de la lumière. L'énergie provient d'une réaction chimique.
93
Qu'est-ce que la bioluminescence ?
C'est de la chimiluminescence, mais dans un organisme biologique.
94
Quels sont les types d'électrophorèse ?
-Immunobavardage
-Gel d'acrylamide
-Gel d'agarose
-Électrofocalisation
95
Qu'est-ce qu'une électrophorèse ?
L'électrophorèse consiste à faire migrer des molécules (protéines/acides nucléiques) sous l'effet d'un champ électrique.
96
Quels sont les facteurs qui impactent la mobilité des molécules ?
-puissance du champ
-force ionique et pH du tampon
-support dans lequel se déplacent les molécules
-charge des molécules, taille ou forme.
97
Différence entre un gel d'agarose et un gel de polyacrylamide ?
Agarose: Horizontale,
ADN de 0,5kpb-20kpb.
Polyacrylamide: Verticale, ADN de moins de 1 kpb et protéines.
98
Quels sont les types de gels de polyacrylamide peut-on faire ?
-Natif
-Dénaturant
-Dénaturant et réducteur
99
L'ADN et l'ARN varient avec leurs poids, mais deux autres facteurs viennent aussi faire varier le protéines.
-La forme
-Leur charge
100
Que peut-on ajoute à un gel de polyacrylamide ?
Du SDS, du Bêta-mercaptoéthanol et de la chaleur.
101
Quel est le rôle du SDS dans une électrophorèse ?
Couper les pont H et ajouter une charge négative proportionnelle au poids de la protéine
102
Quel est le rôle du Bêta-mercaptoéthanol dans une électrophorèse ?
Agent réducteur qui coupe les ponts disulfures
103
Qu'est-ce qui permet de catalyser la réaction de polymérisation d'un gel de polyacrylamide ?
Le persulfate d'ammonium et TEMED.
104
Est-ce qu'une bande sur une électrophorèse équivaut seulement à une seule protéine ?
Non, cela peut être plusieurs protéines de même poids.
105
Qu'est-ce qui correspond à la concentration d'un gel d'agarose ?
Sa porosité
106
Qu'est-ce que l'électrofocalisation ?
Une électrophorèse de protéines. Elle sépare les protéines en fonction de leur charge (pI) plutôt que par leur masse à un pH donné.
107
Quels sont les deux séparations qui sont faites lors d'un gel 2-dimension ?
-Électrofocalisation (selon pHI)
-Gel dénaturant (selon P.M.)
108
Les molécules avec un pH isoélectrique plus alcalin se déplacent plus loin ou plus proche ?
Plus loin.
109
Qu'est-ce qu'un antigène ?
Substance reconnue par un anticorps.
110
Qu'est-ce qu'un anticorps ?
Protéine retrouvé dans le sang en réponse à la présence d'un antigène.
111
Quel autre nom donne-t-on aux anticorps ?
Immunoglobulines
112
On dit des anticorps qu'ils sont bivalents, que cela veut-il dire ?
Qu'ils contiennent deux sites de liaisons identiques par molécule.
113
Quels autres noms donne-t-on aux antigène ?
-Immunogènes
-Haptène
114
Qu'est-ce que l'épitope ?
Séquence d'acides aminés sur l'antigène auquel le paratope d'un anticorps se lie.
115
Qu'est-ce que le paratope ?
Séquence d'acides aminés sur l'anticorps qui se lie sur l'épitope d'un antigène.
116
Qu'est-ce qui varie chez un anticorps ?
La paratope.
117
Qu'est-ce que des antigènes polyclonaux ?
Produit dans le sérum, ce sont plusieurs anticorps auxquels le paratope se lie au même épitope.
118
Dans un anticorps, qu'est-ce qui est conservé dans la même famille ?
Le fragment invariable.
119
Sur quoi sont basés les essais immunologique ?
La réaction spécifique antigène-anticrops pour la détection/quantification d'antigène/anticorps.
120
Quel type d'épitope un anticorps peut-il reconnaître ?
-Un épitope conformationnel
-Un épitope séquentiel
121
Est-ce que la réaction anticorps-antigène est sensible ?
Oui, elle est possède beaucoup d'affinité.
122
Que peut-on quantifier avec un ELISA ?
Des antigènes et des anticorps.
123
Nomme les étapes en ordre d'un ELISA.
-Adsorber un anticorps/antigène sur la plaque
-Laver
-Ajouter un agent de blocage
-Ajouter l'échantillon à tester
-Laver
-Ajouter un anticorps secondaire ou un ligand marqué
-Laver
Mesuré l'intensité du signal
124
Qu'est-ce qu'un anticorps secondaire ?
Il reconnaît un différent épitope sur antigène où un anticorps y est déjà lié.
Liaison d'un anticorps sur la séquence invariable d'un anticorps (primaire) déjà lié à un antigène.
125
Que permet la liaison d'un enzyme à un anti-anticorps ?
Avec son substrat, il le transforme en un produit d'une couleur proportionnelle aux anticorps du milieu.
126
Quel est la caractéristique de l'anti-anticorps ?
Il se lie au fragment invariable d'un anticorps.
127
Quels sont les types d'ELISA ?
-Direct
-Indirect (anti-anticorps sur l'anticorps)
-Sandwich (anti-anticorps sur l'anticorps secondaire de l'antigène)
-Biotine (Sandwich anti-anticorps avec biotine qui se lie sur l'anticorps secondaire de l'antigène)
128
Quel est l'utilité de l'immunofluorescence ?
Visualiser l'intérieur de cellule.
129
Pourquoi utilise-t-on une chromatographie d'affinité (colonne d'affinité) ?
Purifier d'une substance antigène/anticorps
130
Pourquoi utilise-t-on une immunoprécipitation ?
Purification d'une substance antigène/anticorps
131
Quels sont les réactions que l'on peut utiliser pour visualiser AG-AC ?
-Détection radioactive
-Détection enzymatique-Chimiluminescencne=Colorimétrique
-Fluorescence
132
Quel est l'utilité de l'immunobavardage ?
Identifier une substance dans un mélange complexe
133
Quels sont les étapes d'un immunobavardage ?
