gener Flashcards
(47 cards)
hvilke av purinbaser og hvilke pyrimidinbaser har vi i DNA?
purin: A og G.
pyrimidin: T og C
A parer alltid med T, G parer alltid med C
Hva er DNAheliksens diameter?
Hvor mange baser per omdreining?
Hvor store er minor og major groove?
diameter: 20Å
10,4 baser per omdreining
minor: 12Å, major: 22Å
Hva er nukleolus?
del av kjernen der deler av ulike kromosomer med gener for ribosomalt RNA samler seg - dannes her ribosomalt RNA - det kombineres med proteiner for å danne ribosomer
hva er nukleosomer?
Første ordens oppkveiling/kondensering av DNA, vha histoner (proteiner). Vi kaller DNA-protein-komplekser for kromatin. Dette er altså en type kromatinpakking.
Hvilke histoner har vi?
vi har 5 histoner, hvorav fire inngår i nukleosomene: H2A, H2B, H3, H4. Vi har to av hver av disse som danner en oktamer.
Kromosomene er oftest pakket som fiber, og dette avhenger av det femte histonet: H1.
Hvordan er strukturen til uttrykkende vs. hvilende gener?
uttrykkende er generelt mer utvidede, mens hvilende er mer kompakte.
hva er heterokromatin?
= den mest kondenserte formen av interfasekromatin. Det meste av DNA som er i heterokromatinform har ikke gener, og evt gener uttrykkes ikke - kan gi sykdommer hvis “feil” gener kommer hit.
hvilke to nukleotidsynteseveier har vi?
“salvage pathway”: fra frie baser, aktivert ribose + base = nukleotid
“de novo-syntese”: fra byggesteiner, aktivert ribose + aminosyrer, ATP, CO2 el. = nukleotid
Videre reduseres nukleotider til deoksynukleotider
Hva katalyserer DNA polymerase?
Addering av dNTP-nukleotider til 3’-enden (OH-) ved å danne fosfodiesterbinding mellom denne og 5’-fosfatgruppen på innkommende dNTP-nukleotid. DNA polymerase kobler frigjøring av energi fra hydrolyse av høyenergisk binding til polymeriseringsreaksjonen. PPi hydrolyseres til Pi og dette gjør polymeriseringsreaksjonen irreversibel.
I hvilken retning polymeriserer DNA polymerase?
ALLTID kun 5’-3’
dvs. subenhetene legges til 3’.
Hvordan skjer proofreadingen?
Går bakover: 3’-5’. Skjer samtidig som DNAsyntese. Feil baseparing: klipper av misparingen og prøver igjen. Skjer vha nuklease som kløyver fosfodiesterskjelettet.
Hva trenger DNA polymerase for å fungere?
Husk: håndstruktur. Trenger 2 metallioner i det aktive setet, hvorav dett ene binder seg til dNTP og primerens 3’-OH. Det andre virker kun på dNTP.
Typisk Mg2+.
Trenger dessuten en primer med fri 3’-OH-gruppe som allerede er baseparet til malen.
Hvilke tre enzymer trengs for å lage sammenhengende DNA-tråd?
ligase, primase (lager korte stykker RNA som fungerer som primer primer), helikase (skiller DNA-trådene fra hverandre for å lage replikasjonsgaffelen - trenger her i tillegg et protein som forhindrer ny baseparing)
Hva er sliding clamp?
= replikasjonsprotein som holder polymerasen bundet til malen slik at den ikke faller av - lager ring rundt. På leadning strand festes sliding clamp 1 gang per syklus. På lagging strand fjernes og festes den på nytt for hvert okazakifragment som lages.
hvordan repareres DNA-skader der vi har brudd på begge DNA-tråder
ved nonhomolog end-joining: to ødelagte ender går sammen og reparerer bruddet, men nukleotidene er tapt. I nylig syntetisert DNA kan vi gjøre dette på en bedre måte siden malen ofte er i nærheten da: homolog rekombinering = bytter genetisk informasjon mellom homologe DNA.
5 ulikheter mellom RNA og DNA?
- ribonukleotider (ribose, ikke deoksyribose, dvs. har OH (ikke kun H) på C2)
- Thymin erstattet av Uracil
- Enkelttråd
- Kan komme i mange former med ulike funksjoner, ikke kun informasjonslagring
- Kan lage intramolekylære basepar og foldes i ulike strukturer
Hva heter RNA som kopieres fra genene som spesifiserer aminosyresekvens til proteiner?
mRNA
hva er sigmafaktor?
(gul klump) = subenhet av bakteriell polymerase som skal gjenkjenne promoter-sekvensen slik at RNA polymerase kan begynne her. Går bort når polymerasen er festet og har syntetisert ca 10 nukleotider.
6 ulikheter ved eukaryot transkripsjon kontra prokaryot:
- transkripsjon og translasjon skjer på separate steder
- tre typer RNA polymerase: I, II ogIII
- polymerase II bruker også enhancere, som kan være langt borte
- eukaryot RNA polymerase kan ikke initiere transkripsjonen selv uten hjelp fra transkripsjonsfaktorer
- mer avansert kontroll av initiering, mulig pga større avstander mellom genene (introner/exoner)
- initieringen må dessuten ta hensyn til pakkingen av DNA i nukleosomer og mer kompakte kromatinstrukturer
Hva er TATAA-sekvens/TATA-box?
= promoter, plassert typisk 25 nukleotider før startpunktet. TATA-boxen bindes av transkripsjonsfaktor, TFIID, som bøyer DNAheliksen slik at minor groove utvides. Da kan flere transkripsjonsfaktorer komme til og danne transkripsjonsinitieringskompleks som åpner DNA og rekrutterer RNA polymerase II.
Hvordan får vi RNA polymerase II til å begynne jobben når den alt er festet til DNA?
Det festes fosfatgrupper til halen, hjelper den med å løsne. Da slippes også de fleste transkripsjonsfaktorene. Når polymerasen er ferdig fjernes fosfatgruppene av fosfataser.
Hva slags modifiseringer kan gjøres før RNA transporteres ut av kjernen?
kun for mRNA: 5’-capping og polyadenylering
for alle typer: intronspleising
Hvordan gjenkjennes intronene ved spleising?
Hver intron begynner med GU og slutter med AG.
Hvorfor er spleising mulig med RNA, og ikke DNA?
Fordi RNA har OH-gruppe på C2, der DNA kun har en H (deoksy).
