Genetik Flashcards

Question

Prokaryotik polimerazlar

Answer 1

Pol I: RNA primer uzaklaştırır. Dna tamiri Pol II: dna tamiri Pol III: dna replikasyonu

Answer 2

Pol alfa:carries a DNA primase as one of its subunits. Primer sentezi Pol beta: dna tamiri Pol gama: mitokondriyal DNA sentezi, 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi Pol delta: lagging zincirde DNA sentezi, 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi Pol epsilon: leading zincirde DNA sentezi 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi

Answer 3

cdc6 ve cdt1

Answer 4

Reverse transkriptaz yapar. RNA kalıbını üzerinde taşır(telomeraza özgü bir özellik). Bütün hücrelerde aktif değil. Sürekli bölünen hücrelerde aktif. Malignitelerde aktif.

Answer 5

1- DNA uçlarını ekzonükleazdan koruyor 2- telomerler olmazsa kromozomlar birbiriyle ilişkiye girer. Telomerler kromozomlar arasında yeni yapıların (reaarengement) oluşmasını engeller. İnsanda telomeric repeat TTAGGG

Answer 6

Arttırıcılar ve destekleyiciler arasındaki etkileşimi engelleyen genetik sınır

Answer 7

Bir gen kümesindeki genlerin transkripsiyin hızının artmasını sağlayan, transkripsiyon faktörlerinin bağlandığı kısa bir DNA bölgesi.

Answer 8

Baskılayıcı olarak adlandırılan transkripsiyon düzenleme faktörlerinin DNA üzerinde bağlandığı bölge Bir baskılayıcı protein DNA nın susturucu (silencer) bölgesine bağlandığında RNA polimeraz DNA dizisinden RNA oluşumunu engeller.

Answer 9

Nükleotit trifosfattan iki fosfat koparılırken enerji çıkar bu enerjiyi DNA polimeraz fosfodiester bağı oluştururken kullanır.

Answer 10

Dna polimeraz senteze doğrudan başlayamaz. Başlayabilmesi için primer Rna gerekir. Primer rna dna primaz tarafından sentezlenir. Dna primaz enzimi Dna yı kalıp olarak kullanarak kısa rna primerleri sentezler

Answer 11

Kesintisiz

Answer 12

Prokatyotlarda 1000-2000 Ökaryotlarda 100-200

Answer 13

Dna sentezi esnasında birtakım hatalar meydana gelebilir ve bunları önlemeye yönelik mekanizmalara proofreading aktivite denir. Bunlardan birisi dna polimerazın 3'-5' ekzonükleaz aktivitesidir

Answer 14

Dna nın yapısında Rna bulunamayacağından primer Rna ların parçalanması lazım. RNAaz H primer RNA ları parçalar

Answer 15

Dna sentezinde bazı proteinler de görev alır. Clamp loader clampı dnaya yükler. Sliding clamp ise dna polimerazı dna kalıbı üzerinde tutuyor. Bu yardımcı proteinler sayesinde DNA polimerazın kalıptan uzaklaşması önleniyor ve etkinliği artıyor.

Answer 16

Saç tokası (hairpin) benzeri yapılar oluşmasını engeller ve tek zincirli DNA nın DNAaz tarafından parçalanmasını engeller.

Answer 17

Dna sentezi sırasında yaşanabilecek problemlerden biri de supercoil oluşumudur Dna çift zinciri açılırken kalan kısımde daha çok sıkışma meydana gelebilir ve burada iplikler birbiri üzerine katlanarak supercoil denen yapıları oluşturur. Supercoiller dna sentezini durdurur bu yüzden yok edilmeliler.

Answer 18

Supercoilleri kaldıran enzimlerdir. Özellikle topoizomeraz 1 ve 2 etkilidir Topoizomeraz 1 zincirlerden birinde kırık oluşturur. Topoizomeraz 2 zincilerin ikisinde de kırık oluşturur

Answer 19

Belirli bölgelerdir tesadüfi değillerdir. Bu başlangıç bölgelerine bağlanan proteinler var. İlk olarak ORC (Origin Recognition Complex) proteini bağlanır. Daha sonra ise *cdc6 ve cdt1proteinleri* ( helikazı yükleyici proteinlerdir) bağlanır. Bunlar da bağlandıktan sonra birkaç tane proteinden oluşan helikaz komplexi (mcm) bağlanıyor: pre-RC (prereplication complex - ORC, cdc6 ve cdt1 proteinlerinin bağlanması G1 fazında gerçekleşir. - S fazında ise cdc6 ve cdt1 proteinleri ayrılarak (kinazlarla fosforillenir ve degrade olurlar) helikazın aktifleştirilmesini sağlarlar. Bu mekanizma sayesinde her bir replikasyon orijini S fazında bir kez aktive olabilir.

Answer 20

Pol alfa,beta,gama,delta,epsilon

Answer 21

Primer sentezi Which carries DNA primase as one of its subunits)

Answer 22

Dna tamiri

Answer 23

Mitokondriyel dna sentezi, 3'-5' ekzonükleaz aktivitesi

Answer 24

Lagging zincirde dna sentezi, 3'-5' ekzonükleaz aktivitesi

Answer 25

Leading zincirde dna sentezi, 3'-5' ekzonükleaz aktivitesi

Answer 26

Rna primer uzaklaştırma, dna tamiri

Answer 27

Dna tamiri

Answer 28

Dna replikasyonu

Answer 29

Reverse transkriptaz enzimidir, kendi rna kalıbını üzerinde taşır bu ona has bir özelliktir.

Answer 30

1) DNA uçlarını ekzonükleazdan koruyor 2) telomerler olmasa kromozomlar birbirleriyle ilişkiye girebilir. Telomerlerkromozomlar arasında rearrengement (yeni yapılar) oluşmasını engeller

Answer 31

Genin ifade edilmesi demektir. İfade ise transkripsiyon demektir. Eğer protein kodluyorsa translasyondur.

Answer 32

Prokaryotlarda genler genellikle operon adı verilen yapılar halinde gözlenir. Operonun yapısındaki temel elemanlar: -promotör -operatör -transkripsiyon başlama noktası -kodlayan dizi -transkripsiyon sonlanma bölgesi (terminatör dizi)

Answer 33

●-10 bölgesi (pribnow bölgesi) TATAAT (Consensus) Dna çift sarmalının açıldığı bölgedir (unwinding domain) ●-35 bölgesi TTGACA (Consensus) Rna polimerazın tanınma bölgesidir (recognition domain) Bu iki bölge arası 16-19 bç !promotör transkripsiyinun nerde başlayacağını gösterir

Answer 34

Operonlara bakıldığında -10 ve -35 bölgelerinde hepsi aynı değildir. Çoğu operon tarafından paylaşılan gen dizilerine consensus (uzlaşma) denir. Bu bölgelerdeki dizilim konsensüs diziye ne kadar benziyorsa o kadar güçlü

Answer 35

-10 bölgesine 5-9 bç uzakta Genellikle (>%90) pürin nükleotitle başlar

Answer 36

Prokaryotlar polisistroniktir (birden fazla geni temsil eden kodlama bölgesi Ökaryotlar monosistroniktir (genelde tek bir transkript tek bir protein kodlar)

Answer 37

G ve C den zengin (h bağlarından dolayı daha kararlı stabil bir yapı oluşmasını sağlar) bir bölge sonrasında 4-8 nükleotitlik (Rna da) U dizisi (dna da) A dizisi var. Hairpin adlı özel yapı oluşur Prokaryotlarda transkripsiyonun nerde sonlancagini belirleyen temel etmenlerdendir

Answer 38

Operatör: -5/+20 arasında yer alan, represör molekülün bağlandığı bölgedir Up (upstream) elemanları: -30/-65 arasında yer alan diziler Enhancers (güçlendiriciler): -80/-160 arasında yer alır transkripsiyonu artırırlar.

Answer 39

Operonun 5' ucundaki yakın komşularında başka bir gen bulunur bu genin kodladığı protein represör olarak adlandırılır. Represör proteinin görevi ilişkili olduğu operonun operatör bölgesine bağlanmaktır Promotör ve operatörün dna daki dizilimleri örtüşür. Yani bir protein operatöre bağlandığında promotör bölgeyi işgal eder.

Answer 40

Prokaryotlarda 1 adet ökaryotlarda 3 adet

Answer 41

Rna polimeraz I: class I genler: 5.8s, 18s ve 28s lik rRNA kodlayan genlerdir. Rna polimeraz II: class II genler: mRNA kodlayan genlerdir Rna polimeraz III: class III genler: tRna, 5S rRna kodlayan genler

Answer 42

Ökaryotik rna polimerazlar prokaryotlardaki gibi kendi başlarına promoter bölgelerine bağlanamazlar. Bunun için çok sayısa faktöre gereksinim duyarlar. Bu faktörlere genel transkripsiyin faktörü denir Sıralama: TFIID TATA kutusuna bağlanır TFIIA ve TFIIB bağlanır TFIIF eşliğinde rna polimeraz bağl TFIIE ve TFIIH bağlanarak preinitiation complex (başlangıç kompleksi) oluşur Bu yapı oluşt sonra dnanın açılması ve transkripsiyin işlemleri gercekleşebilir.

Answer 43

Unwound region Çözülmemiş bölgedir

Answer 44

TATA box (TATAAA) •-25 te yer alır •Çoğu promotörde gözlenen bir yapıdır GC box (GGGCGG): -90 da yet alör Oktamer (ATTTGCAT) Initiator(başlatıcı) (Py-py-A-N-(T/A)-py-py) •initiator nükleotit dizisi en sık görülendir. Class II gen dizisinin yaklaşık yarısında bu nükl. dizisi bulunur. 128 çeşit nükleotit dizisine sahip olabilir

Answer 45

Transkripsiyon başlama noktasına göre daha 3' tarafındaki diziler görülebilir ama daha 5' tarafındakiler sentezlenen rna dizilerinde görülemez

Answer 46

Ökaryotik diziler prokaryotlardan farklı olarak kodlama yapmayan diziler tarafından yer yer kesintiye uğrar Ekzon: kodlama yapan diziler İntron: kodlama yapmayan diziler Kodlayan dizilerin karşılığı aa lerde görülür. İntronlar ise aminoasitlerde görülmez onlar daha sonra ayıklanır

Answer 47

Transkripsiyonun sonlandığı yer prokaryotlarda terminatör dizisiyle ökaryotlarda ise poliadenilasyon sinyaliyle belirlenir Poli A sinyali 6 nükleotitlik bir dizidir AAUAAA mRNA üzerinde bu nükleotit dizisi oluşt zaman birtakım proteinler o bolgeye bağlanır. Bu proteinler önce mRna yı parçalar daha sonra başka enzimler tarafından buraya A tekrarından oluşan ve poliA kuyruğu denen yaklaşık 200 nükleotit eklenir

Answer 48

PPE (promoter proximal element) • -100/-200 arasında yer alan 15-30 bç uzunluğunda dizilerdir Enhancer 100-200 bç uzunluğunda kısa nükleotit tekrarlarından oluşan dizilerdir

Answer 49

Başlangıc kodonu hemen transkriptin başında değildir, stop kodonu da transkriptin en sonunda değildir. 5' UTR deki nükleotit dizileri daha çok translasyonun etkinliğiyle alakalı. Translasyonun az veya çok olması gibi etkileri kontrol ediyor 3' UTR bölgesindeki nükleotit dizilimleri de daha çok mRNA nın stabilitesiyle ilgili. Parçalanıp parçalanmayacağı, yarı ömrü gibi şeyleri kont eder

Answer 50

Prok larda sent ilk transkr ürünü aynı zmnda son sentez ürünüdür herhangi modifikasyonlar görülmez ökaryotlarda görülür. Ökaryotlarda İlk ürün primer transkript olarak adlandırılır. (hnRNA). Daha sonra bazı modifikasyonlar yaparak olgun mRNA haline gelir

Answer 51

Ayıklanma(splicing) Başlık takılması (5' capping) Poliadenilasyon

Answer 52

1- RNA yı parcalayan enzimlerden rnayı korumak 2- transportta fonksiyonu vardır 3- translasyonda fonksiyonu vardır

Answer 53

mRNAnın 5' ucundaki ilk nükleotide guanilil transferaz enzimi aracılığıyla GMP eklenir Guanin 7 metil transferaz enzimi tarafından metillenir

Answer 54

Uçlardan parçalarlar. Hem 3'-5' hem de 5'-3' ekzonükleazlar vardır

Answer 55

İçerden parçalar

Answer 56

GU AG GU-AG kuralı diye geçer

Answer 57

Ekzon intron birleşim yerleri çok iyi belirlenip intronu olması gereken yerden ayıklayarak AGG nükleotit dizisi oluşturulur. Ayıklanması gereken yerlerin sağa veya sola kayması durumunda mutasyon gerçekleşir.

Answer 58

Splaysozom

Answer 59

U1 U2 U4 U5 U6 Bunlar sadece protein değildir yapılarında RNA da bulunur. Ribonükleoprotein (RNP) yapılıdırlar

Answer 60

PoliA sinyali olarak adlandırılan AAUAAA dizisinin 11-30 nükleotit alt bölgesinden -CPSF (cleavage/poliadenilasyon specificity factor) -CstF (cleavage stimulation factor) -CFI ve CFII (cleavage factors) Proteinleri tarafından mRNA kesilir ve poliA polimeraz enzimi tarafından adenin nükleotitleri eklenir.

Answer 61

Bu bölge başlık takılmasında, ayıklanmada, poli-A kuyruğunun eklenmesinde gelen bütün proteinlerin yerleştiği bölgedir. Bu karboksil uç ortadan kalktığında ya da kısaldığında canlı yaşayamaz çünkü transkripsiyin yapamaz.

Answer 62

Hepsi tarnskripsiyon ile eş zamanlı gerçekleşir

Answer 63

Cap başlık takıldıktan sonra cap bindin complex (CBC) bağlanır ya da intronlar ayıklandıktan sonra ekzonlar birleşir ve bj bölgelere exon junction complex (EjC) bağlanır. Bir proteine bakıldığında CBC, EJC ve poly-A binding proteinleri görülüyorsa bu olgun bir mRna proteinidir

Answer 64

Ekzon atlaması Alternatif ayıklanma Birbirini dışlayan ekzonlar İntron korunması

Answer 65

Frederick miescherin çekirdek içerisinden izole ettiği materyale verdiği ad Yaklaşık %50si asidik(DNA)%50 si bazik(histon) yapıdadır.

Answer 66

Frederich miescher

Answer 67

Çöken kısım bakterilerden çökmeyen kısım bakteriyofajdan kalanlar

Answer 68

Santrifüjde çöken kısım

Answer 69

Santifüjde yüzeyde kalan kısım

Answer 70

Mikroorganizmaların optimum koşullarda bir araya getirilip bekletilmesi

Answer 71

Bir canlının DNA sının yüzde kaçının adenin yüzde kaçının sitozin olması gibi

Answer 72

● Baz içeriği türden türe değişiklik gösterebilir. İnsanda %40 guanin sitozin %60 adenin timindir ● Baz içeriği aynı tür içinde farklılık göstermez. ● hangi tür olursa olsun dna da A=T G=C ● pürin bazlarının toplamı ile pirimidin bazlarının toplamı birnirine eşittir.

Answer 73

Bu molekül helikal yapıda olmalı Bu molekül tek zincirli olamaz Fosfatlar dışarda

Answer 74

Fosfat 5' karbona bağlı Hidroksil grubu 3'

Answer 75

5'nden 3' ne

Answer 76

●Çift zincirli sağa dönümlü helikal (sarmal bir merdiven) ●zincirler antiparalel. karşı zincir=komplementer zincir ● bazlar arasında hidrojen bağı ●majör ve minör yarıklar içerir ●Bir dönümde 10.5 baz çifti yer alır (yaklaşık 30 derece açılanma)

Answer 77

Yeni katılacak nükleotitin fosfat grubuyla öncekinin 3' OH grubu arasında

Answer 78

A B Z ... DNA nın 30 küsür formu var

Answer 79

Watson crick tarafından tanımlanan formu Fizyolojik koşullarda en sık görülen formu

Answer 80

Sudan fakir ort. larda gözlenebilir

Answer 81

Yüksek tuz konsantrasyonlarında ya da pürin pirimidin bazlarının tekrarında görülebilir sola dönüşlüdür

Answer 82

Aynı aa birden fazla kodon tarafından kodlanabilir (metiyonin ve triptofan hariç). Buna "genetik kodun dejeneresansı" adı verilir.

Answer 83

Aynı aa i kodlayan kodonlara denir. Bu kodonlarda genellikle ilk iki nükleotit aynı, 3. Pozisyondaki nükleotit farklıdır.

Answer 84

Kodonların arka arkaya gelmesi ile oluşan yapı, okuma kalıbı (reading frame) olarak adlandırılır.

Answer 85

Stop kodonu içermeyen 50 ya da daha fazla kodonun yer aldığı dizi bu şekilde adlandırılır. NOT: intronlarda stop kodonlarına sık rastlanır. Exonlarda ise nadir rastlanır. Dolayısıyla 50 ya da daha fazla kodonu stop kodonu olmayacak şekilde sıralanabiliyorsa o nükleotit dizisi bir gene aittir, bir exona aittir)

Answer 86

Her bir tRNA ya doğru aminoasidin bağlanması için her bir aminoaside özgü aminoaçil tRNA sentetaz enzimleri bulunmaktadır Aa ler aminoaçiltrna sentetaz enzimi ile trna nın 3' ucuna bağlanarak aminoaçil trnaları oluşturur trna ya spesifik çalışmıyor aa e spesifik çalışıyor

Answer 87

I ile gösterilir. mRNA da görülmez tRNA da görebiliriz

Answer 88

•bir mRna kodonundaki ilk iki baz trna daki antikodonla her zaman güçlü watson crick baz eşleşmesini yapar. •Wobble hipotezine göre, bir baz, birden fazla baz ile hidrojen köprüsü yapabilir. Buna wobble bazı denilir ve bu tRNA ların birden fazla kodonu tanımalarını sağlar. •antikodondaki ilk baz (5'-3') kodondaki 3. Bazın karşısındaki bazdır ve bu baz wobble bazıdır. mRNA: G tRNA: C mRNA: U tRNA: A mRNA: C U tRNA: G mRNA: A G tRNA: U mRNA: C A U tRNA: I Her kodon için farklı tRNA ya gerek yoktur örneğin insanlarda yaklaşık 30 tane tRNA vardır bu olay olası mutasyon etkilerini azaltır

Answer 89

Akseptör (A) Peptidil (P) Exit (E) Başlangıç trna sı hariç tüm tRNA ların izlemek zorunda old bir yol vardır: APE

Answer 90

Tam bilinmemekle birlikte 20

Answer 91

Aynı aa e özgü birden fazla trna vardır ve bu trna lara cognate trna denir Aminoaçil sentetaz da aminoasiti tanıyıp cognate trnalardan birine bağlar

Answer 92

3' ucudur. Özgül aminoasit gelip oraya bağlanır

Answer 93

Bu editing diye geçer. Sentez sırasında ve sonrasında doğru aminoasit ve doğru tRNA nın bağlanıp bağlanmadığını kontrol eder. Yanlış bağlanma varsa hataları onarmaya çalışır. Hata payı yaklaşık 1/50000 dir

Answer 94

1) başlama 2) uzama 3) sonlanma

Answer 95

Demek ki sadece AUG yok. Başlangıç kodonunun 5' ucuna yakın komşusunda bir nükleotit dizisi var: shine dalgarno sekansı. Bu dizi ile 16S rRNA nın (prokaryotlarda robozomun küçük alt ünitesinde bulunan rRNA) 3' ucu ile baz eşleşmesi yapıyor. Böylelikle P bölgesi bu başlangıç kodonuna hizalanıyor.

Answer 96

Ribozom mRNA üzerinde ilerliyor 3 nükleotit kadar 5'nden 3' ne

Answer 97

Stop kodonu tanıyan trna yok dolayısıyla aminoasit gelemiyor. Stop kodonunu tanıyanlar prokaryotlarda release factor diye geçiyor. Release factorler stop kodonunu tanırlar. Stop kodon gelince RF ler sentezlenen polipeptitle trna arasındaki bağı hidroliz eder peptit yapıdan ayrılır. Ribozomun alt br leri ayrılır translasyon sona erer.

Answer 98

Prokaryotlarda başlangıç kodonu mRna üzerinden doğrudan bağlanırken (3', 5' veya ortası fark etmez) ökaryotlarda ribozom öncelikle 5' cap bölgesindeki proteinlerle (başlangıç faktörleri) ilişki kurmak zorunda. Sonra 5'den 3'ne doğru tarama işlemi ile mRNA üzerinden başlangıç kodonunu bulana dek ilerler.. Hangi AUG nin kullanılacağı prokaryotlarda olduğu gibi özel bir diziyle belirlenir : KOZAK dizisi

Answer 99

Bu bir deney yapılan şey de şu: rna ile de dna ile de dna ile rna arasında da yapabilirsiniz. Diyelim ki dna ile yapıyoruz dna yı izole et tüpe koy ısıt denatüre et soğut renatüre olurken arada bir ölçüm yap Eğrinin özelliği: bu denatüre olan dna tekrar çift zinc olm başl sonra bi duruyor sonra tekrar falan 3 fazlı bir eğri. Bunu prokaryotik dna da yapınca tek fazlı eğri. Ve zaman daha kısa Açıklama: ilk faz en erken renatüre olanlar (çünkü kopya sayıları daha yüksek) son faz en geç renatüre olanlar (kopya sayıları en düşükler (unique, low copy number)) Yani kopya sayısı fazla olunca komplementerini bulma şansı daha fazla falan..

Answer 100

Çoğunluk 3. Fazda

Answer 101

Bazı proteinler bazı hücrelerde çok fazla miktarda sentezlenir farklı hücre tiplerinde ise hiç sentezlenmezler

Answer 102

Her hücrede çalışması gereken genler

Answer 103

Dokuya özgü olan genler sayıca az olabilir ama ekspresyon çok yüksek. En sağda housekeeping genler (ekspresyon düzeyi en düşük olan genler)

Answer 104

1) transkripsiyonel düzeyde (en çok kullanılan) 2) RNA processing yani transkripsiyon sonrasında 3) translasyon sırasında 4) posttranslasyonel (translasyondan sonra) = protein activity control

Genetik Flashcards

(132 cards)