Génétique moléculaire et génomique Flashcards Preview

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Flashcards in Génétique moléculaire et génomique Deck (16)
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1
Q

Definition genomique

  1. Genomique est l’etude de quoi (genomique structurale et fonctionnelle)?
  2. Genomique comparative ? Permet quoi? Ce nouvel axe de recherche benificie de quoi ?
  3. une des applications majeures de la genomique comparative ? basee sur quoi ?
A
  1. Des genomes, de leur organisation (genomique structurale) et de leur evolution, ainsi que de l’expression et de la fonction des genes (genomique fonctionnelle)
  2. Etude comparative de la structure et fxn des genomes de differentes especes.

Permet d’identifier et de comprendre les effets de la selection sur l’organisation et l’evolution des genomes.

Beneficie de l’augmentation du nb de genomes sequencés et de la puissance des outils informatiques.

  1. La decouverte de genes et de leurs sequences regulatrices non-codantes basee sur le principe de conservation
2
Q

Principe de conservation

  1. Qu’exploite a la fois la genomique comparative? But ?

Pr mieux comprendre cmt ces genomes evoluent et fonctions specifiques des genes.

  1. S’attend a retrouver 3 types de sequences dans genome?
A
  1. Les similitudes et les differences dans les regions codantes et non-codantes de differents organismes afin de deduire comment la selection a agit sur ces elements.
  2. a) Les elements respos de fonctions similaires entre les especes doivent etre conserves dans le temps (selection purifiante ou prificatrice)
    b) Les elements sans fonction (ex. ADN non-codant) vont evoluer de facon neutre
    c) Les elements responsables des differences (fxns specifiques) entre les especes devraient etre divergents (selection positive)
3
Q

Pourquoi la genomique comparee est importante ?

A
  1. Permet de deceler des differences et similitudes d’organisation structurale
  2. Permet d’approcher la fonction des genes
  3. Permet d’agencer les especes les unes par rapport aux autres et definir leur filiation
  4. Permet de tirer conclusions particulieres a propos de la biologie des especes et tirer des conclusions plus generales a propos de leur evolution.
  5. Aide a mieux comprendre l’interaction entre les genes d’un individu et la reponse de son corps aux meds.
  6. Permet de decouvrir des genes de predisposition a de nombreuses maladies (cancer, maladies cardiovasculaires, diabete, etc.)
4
Q

De quoi est fait un genome?

A

ADN= adenine, thymine, guanine, cytosine.

CHROMOSOMES

10 % de notre genome: Genes (proteines, ARNr, ARNt)

90%:
Pseudogenes (reliquats de genes)

Regions non-codantes (regulatrices ou non)

Elements genetiques mobiles (transposons)

5
Q

Les pseudogenes

  1. Que designe un pseudogene?
  2. Comment on les appelle parfois et pq?
  3. A ce titre, ils appartiennent a quelle fraction du genome ?

Ya des genes fossiles qui pourraient encore fonctionner

  1. 2 types de pseudogenes differenciés par leur origine?
A
  1. Designe un gene inactif du fait d’alterations genetiques le rendant non-fxnel et donc incapable de conduire a l’expression d’une proteine.
  2. “Genes fossiles”, en estimant qu’a la suite de ces alteration et de la perte de leur caractere codant, ils ne jouent plus de role significatif dans l’organisme.
  3. A la fraction non-codante
  4. a) Duplication -> mutation -> classical pseudogene formation
    b) Reverse transcription -> insertion in genomic DNA -> processed pseudogene formation
6
Q

Les pseudogenes

Les duplications ne menent pas seulement a la formation de pseudogenes

A quoi d’autre?

A
  1. Conservation
  2. Neofonctionnalisation
  3. Specialisation
7
Q

Regions non-codantes

  1. Comprennent quoi ?
A
  1. Les introns et les sequences d’ADN repetitives (ex. micro-satellites, minisatellites, telomeres).

Comprennent egalement les sequences regulatrices (promoteurs, operateurs, etc.)

8
Q

Elements transposables

C’est quoi ?

A

Sequences d’ADN (transposons) ou ARN (retrotransposons) ayant la capacite de se multiplier et de se deplacer a l’interieur d’un genome hote.

9
Q

Comparaisons de genomes ?

A
  1. nb de chr.
  2. Structure des chr.
  3. Taille des genomes
  4. Nb de genes
  5. Pourcentage de l’ADN codant vs. non-codant
  6. Localisation/ordre des genes
  7. Genes conservés (ou non) entre les especes
  8. Similarité des sequences ADN
10
Q

Comparaison de genomes

Nb et structure des chromosomes

  1. Le caryotype de l’homme differe de celui du champanze de quelle maniere ?
  2. similarités des chr. entre les deux especes?
  3. Identite genetique des deux especes sur le plan moleculaire?
A
  1. par une paire de chr. (46 contre 48), mais on retrouve chez l’homme un chr. resultant de la fusion de deux chr. presents chez le chimpanzé
  2. Plsrs chr. sont identiques dans les deux especes et les autres chr. ne sont affectés que par des modification limitées (addition, inversion de segments, etc)
  3. identite estimée a 98%.
11
Q

Comparaison de genomes

Taille des genomes

  1. Correspond a quoi ?
  2. Egalement appellee quoi ? Mesuree par quoi ?
  3. 1 pg correspond a quoi ?
A
  1. A la qte d’ADN contenue dans une copie d’un genome
  2. Valeur C.
    Mesuree soit par sa masse (pictogramme, pg) ou par le nb de nucleotides (megabase, Mb (1 million de nt)).
  3. 1 pg= 978Mb
12
Q

Comparaison de genomes

  1. Taille des genomes & complexité des organismes : Caracteristique ?
  2. Taille des genomes & nb de genes? Plus la taille du genome est importante… ?
  3. Taille des genomes & ADN codant vs. ADN non-codant?

Taille du non codant est super importante!!!!

  1. Taille des genomes & taille des genes (nb d’introns)?
A
  1. Absence de correlation entre la taille du genome et la ocmplexite des organismes
  2. Pas de correlation “vraie” entre la taille des genomes et le nb de genes CHEZ LES ORGANISMES EUARYOTES (plus la taille du genome est importante, moins le nb de genes est correle avec la taille du genome)
  3. Les genomes sont constitués de regions codantes (genes) et de regions non codantes (constituees des segments intergeniques et des introns) et ce sont SURTOUT ces dernieres qui contribuent a l’augmentation de la taille des genomes.
  4. Le nb et la longueur des introns (donc la taille des genes) augmente avec la taille des genomes (et la complexité des organismes).
13
Q

Comparaison de genomes

Localisation & ordre des genes

  1. Synténie?
A
  1. Groupe de genes dont le voisinage et l’organisation sont conservés sur plsrs genomes (certains bouts de genomes gardent des structures communes certains groupes de genes restent ensemble au cours de l’evolution)
14
Q

Comparaison

Similarite dans les sequences d’ADN

A

Codant (exons) sont plutot conservés

Introns pas du tt

Sequences regulatrices plus ou moins!

15
Q

Transcriptomique

Qu’Est ce ? Repose sur quoi, ce qui permet quoi ?
Quelles techniques permettent d’avoir acces a cette indo?

A

La transcriptomique est l’etude de l’ensemble des ARN messagers produits lors du processus de transcription d’un genome.

Repose sur quantification systematique de ces ARNm, ce qui pemet davoir une indication relative du taux de transcritpion de differents genes dans des conditions donnees.

Technique des puces a ARN, de la PCR quantitative, ou du sequencage direct des ARNm

16
Q

Proteomique

Qu’est ce ? Permet quoi ? Etudie aussi quoi ?

A

Proteomique designe la science qui etudie l’ensemble des proteines d’une cellule, d’un organite, d’un tissu, d’un organe ou d’un organisme a un moment donné et sous des conditions donnees.

Permet de quantifier les variations de leur taux d’Expression en fxn du temps, de leur environnement de leur etat de developpement, de leur etat physiologique et pathologique, de l’Espece d’origine.

Etudie aussi les interactions que les prot. ont avec d’autres proteines, avec l’ADN ou l’ARN, ou d’autres substances.